Anda di halaman 1dari 10

Penetapan Struktur Peptida

Penetapan struktur peptida dapat dilakukan dengan cara analisis residu


ujung.

Reagensia Sanger (1-fluoro-2,4-dinitrobenzen)

NO 2
O 2N

NO2

F +

H2N-CH-C-

O 2N
..-

NO2
O 2N

F
+
NH-CH-COR

NO2

NH-CH-COOH
R

Asam amino N-ujung


Berwarna
kuning merah
Dapat diisolasi dan
diidentifikasi

hidrolisis

O 2N

NH-CH-COR

Reagensia Edman (fenil isotiosianat)


R' O
R''
+
N-C-NH-CH-C-NH-CH- PEPTIDA
S
H

lebih elektronegatif

R'
..
..
N=C=S + H2N-C-H
C=O
NH

S
+

R''

NH-C-NH-CH-C---NH-CH- PEPTIDA

PEPTIDA
H

R'

C-R''

+ H+ / Asam tidak berair


NH-R'

OH
R'
R''
..
+
NH-C-NH-CH-C-NH-CHPEPTIDA

CH
.. C
NH OH
CH-R''

C=O

PEPTIDA

C
N

C CH
+

NH2

NH-R'

OH

C CH

-H+

CH-R''

+
NH2

C=O

CH-R''

PEPTIDA

NH-R'

C=O
PEPTIDA

turunan asam amino


feniltiohidantoin (PHT)
dipisahkan dan identifikasi
dengan kromatografi

Analisis peptida dengan menggunakan enzim (bersifat


spesifik)

Suatu polipeptida biasanya dihidrolisis menjadi pecahan-pecahan yang


lebih kecil untuk menetapkan rentetan dalam asam amino.
Campuran hidrolisis dipisah-pisahkan dan urutan residu asam amino
dalam tiap pecahan ditentukan (misalnya dengan analisis gugus ujung)
Struktur pecahan-pecahan ditentukan seperti teka-teki jigsaw untuk
memperoleh struktur keseluruhan
Ex.
Suatu pentapeptida setelah dihidrolisis parsial menghasilkan tripeptida
berikut: glu-arg-gly
arg-gly-phe
gly-glu-arg
Bagaimana struktur pentapeptida tersebut ?

Enzim yang biasa digunakan untuk memaksapisahkan ikatan


peptida:

kimotripsin
pepsin
tripsin
sianogen bromida
termolisin

R = tyr, phe, trp


R= tyr-phe-trp
R = lys, arg
R = met
R= ile-leu-val

Sintesis peptida

R-CO-Cl + RNH2

R-CO-NHR

Tetapi untuk peptida cara diatas tidak bisa dilakukan karena: asam amino dapat
bergabung dengan berbagai cara
Ex : phe + gly
phe-phe
gly-phe
phe-gly
gly-gly

Karena itu dalam sintesis peptida semua gugus reaktif harus diblokade, kecuali
gugus amino dan gugus karboksil yang diinginkan saja yang bebas
sehingga reaksi dapat dikendalikan

Ex. Sintesis dipeptida ala-gly


CH3
H2N-CH-COOH
diblokade

H2N-CH2-COOH

cara langsung

CH3

H2N-CH-COOH +

CH2-O-C-Cl

diblokade

benzilkloroformat
-HCl
CH3 O

CH2-O-C-NH-CH-C-OH
..
diaktifkan

Tidak bisa lagi menyerang

CH3 O

Cl=C-O-C2H5
etilkloroformat

CH2-O-C-NH-CH-C-O-C-O-C
2H5 +
NH2-CH2-COOH
..
Glysin
O

CH3 O

CH2-O-C-NH-CH-C-NH-CH2-COOH
..
ala-gly yang gugus aminonya diblokade
H2, Pd
CH3 O
NH2-CH-C-NH-CH2-COOH
ala-gly

Sintesis peptida fase padat

Menggunakan resin polistiren yang mengandung p-(klorometil)stiren


CH2Cl

CH2Cl
Resin
CHCH2

CHCH2x

Dalam sintesis ini resin menahan amino C-ujung pada gugus


karboksilnya .

Gugus amino dari asam amino pertama diblokade dengan tbutiloksikarbonil

Sintesis ala-gly
H O
H2N-CH-C-OH
blokade

-HCl

(CH3)3-C-O-C-NH-CH2-C-OH + CH2-Cl

(CH3)3-C-O-C-Cl

resin

t-butilkloroformat

-HCl
O

(CH3)3-C-O-C-NH-CH2-C-O- CH2---resin
+ asam tak berair
untuk membuang gugus pemblokade

O
O

CH3 O
(CH3)3-C-O-C-NH-CH-C-OH

H2N-CH2-C-O- CH2---resin
gly

diaktifkan

CH3 O

(CH3)3-C-O-C-NH-CH-C-NH-CH2-C-O-CH2---resin
+HF
CH3 O

H2N-CH-C-NH-CH2-C-OH
ala-gly

Biosintesis Peptida

Dilaksanakan oleh asam ribonukleat (RNA) dan enzim


RNA disintesis dalam inti sel dibawah pengarahan DNA

mRNA ---- RNA pesuruh---disintesis dibawah pengarahan DNA dalam inti sel
bertindak sebagai cetakan-kerja utk sintesis rantai
protein
r RNA ---- RNA ribosomal---- bertindak sebagai sebagai tempat
langsungkannya sintesis protein
T RNA ---- RNA transport--- bertindak sebagai suatu pembawa asam amino
spesifik untuk pembentukan suatu rantai polipeptida

M-RNA yang disintesis diinti sel, keluar dari inti dan melekat pada ribosom
(tempat sintesis protein), kemudian t-RNA yang membawa asam amino juga
melekat pada ribosom----- terjadilah proses sintesis

mRNA -- cetakan untuk protein yang akan dibentuk


basa

basa

basa

basa
m RNA

deret tiga basa


berurutan (kodon)
ex : basa UUU = masuk fenilalanin
UUA = leusin dst

Guanin (G)
Sitosin (S)
Urasil (U)
Adenin (A)

deret basa pada mRNA merupakan kode


yang menentukan urutan dimasukkannya
asam amino-asam amino pada protein
yang sedabg tumbuh

t RNA yang membawa asam amino mampu mengenali tempat yang cocok
karena ia mempunyai/mengemban suatu antikodon (deret tiga basa yang komplementer dengan mRNA)