Prosedur Seleksi Tanaman

Menggunakan Marka Molekuler

Kelompok 3
Ersyanitya Primanita

150510150086

Putri Erli Dwi Yulistari

150510150255

Rifka Suci

150510150266

Mohammad Rava Abdul Majid

150510150263

Pendahuluan
Pemuliaan

tanaman

merupakan

suatu

metode

yang

mengeksploitasi potensi genetik tanaman untuk memaksimumkan

ekspresi gen dari potensi genetik tanaman pada suatu lingkungan
tertentu (Stoskopf et al., 1993).

Tujuan pemuliaan tanaman adalah memaksimalkan potensi genetik

tanaman melalui perakitan kutivar unggul baru yang berdaya hasil
dan berkualitas tinggi, resisten terhadap kendala biotik dan abiotik
(Mayo, 1980).

Apa itu Marka Molekuler?

Marka Molekuler yaitu Penanda genetik atau penciri individu yang
terdeteksi dengan alat tertentu yang menunjukkan genotipe suatu individu.

Bentuk

Marka

Molekuler :

Berupa penampilan fenotipe/morfologi tertentu

Kandungan senyawa (protein atau produk biokimia tertentu)

Berkas (band) pada suatu lembar hasil elektroforesis gel atau kromatogram,
atau hasil pembacaan sekuensing.

Jenis Marka Molekuler

1. PCR (Polymerase Chain Reaction)
Suatu proses sintesis enzimatik untuk mengamplifikasi/memperbesar/melipat
gandakan suatu sekuen nukleotida tertentu secara invitro.

Teknik PCR biasanya memiliki sensivitas yang sangat tinggi,

sehingga kontaminasi sampel DNA dapat mempengaruhi hasil
analisis.
1.1 RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA)

Prinsip kerja dari RAPD yaitu semua pita DNA yang berukuran sama hasil dari
amplifikasi dapat dikelompokkan menjadi satu tanpa perlu mengetahui urutan
DNAnya.

Jenis Marka Molekuler

Kelebihan
RAPD

dari

teknik

analisa

-Pelaksanaannya lebih cepat

-Hanya membutuhkan sampel DNA dalam jumlah
sedikit (0,5-50 nm)
-Tidak membutuhkan radioisotope
-RAPD tidak membutuhkan informasi sekuen DNA
lebih dulu dan prosedurnya lebih sederhana, lebih
cepat, lebih murah daripada RFLP.

-Tidak dapat membedakan individu homozigot dan heterozigot

karena bersifat sebagai penanda dominan
-Sulit mendeteksi perubahan yang kecil pada struktur DNA (gen),
kecuali jika menggunakan lebih dari 500 jenis primer
-Polymorphismenya rendah, reproducibility rendah (dapat
diperbaiki dengan emphasized RAPD dengan menambah
nucleotide (A,T,G, atau C) pada ujung 3 pada primer yang asli.

Kelemahan
RAPD

dari

teknik

Jenis Marka Molekuler

Contoh kasus pada tanaman teh :

Penggunaan RAPD untuk identifikasi gen ketahanan tanaman
teh

terhadap

penyakit

cacar

daun.

Penanda

RAPD

dapat

digunakan sebagai alat bantu seleksi secara tidak langsung dalam

seleksi klon teh yang tahan terhadap penyakit cacar apabila
terdapat pautan yang kuat antara penanda RAPD dengan gen
pengendali karakter ketahanan dalam kromosom (Burr, 1994).

Jenis Marka
Molekuler
1.2 AFLP (Amplified Fragment Length Polymorphism)

Pada dasarnya AFLP merupakan gabungan dari teknik RLFP dan teknik PCR,
dikembangkan pertama kali oleh Vost et al. pada tahun 1995. Prinsipnya
dengan mendeteksi perbedaan letak marka DNA di seluruh genom yang
berupa urutan basa tertentu.

Jenis Marka Molekuler

Keunggulan teknik AFLP menurut Vos et al.
(1995)

Tidak memerlukan informasi sekuen dari genom dan perangkat (kit)

oligonukleotida yang sama ketika dilakukan analisis dan dapat diaplikasikan
pada semua spesies tanaman, hasil amplifikasinya stabil

Tingkat pengulangan dan variabilitasnya sangat tinggi

Memiliki efisiensi yang sangat tinggi dalam pemetaan lokus, karena sekali
amplifikasi dapat meliputi beberapa lokus

Dapat digunakan untuk menganalisis sidik jari semua DNA dengan

mengabaikan kompleksitas dan asal usulnya

Dapat bertindak sebagai jembatan antara peta genetik dan peta fisik pada
kromosom

Jumlah lokus yang diperoleh dari setiap reaksi lebih banyak, hal ini
disebabkan karena penggunaan primer PCR yang lebih panjang sehingga
memungkinkan dilakukannya reaksi pada suhu yang tinggi

Jenis Marka Molekuler

Kelemahan
AFLP

dari

teknik
Cara aplikasinya relatif lebih rumit, sehingga memerlukan waktu lebih lama,
keterampilan khusus, serta pengadaan alat dan bahan sangat mahal. Teknik
ini sedikit rumit karena melibatkan enzim restriksi dan amplifikasi.

Prosedur AFLP lebih banyak membutuhkan tenaga dan lebih mahal daripada
analisis RAPD, Marka AFLP mirip dengan RAPD, tetapi primernya spesifik dan
jumlah pitanya lebih banyak. Marka AFLP dikategorikan 18-25 nukleotida.
Contoh penggunaan AFLP pada tanaman teh yaitu; Dendrogam

menggunakan AFLP pada 32 klon teh, menghasilkan teh yaitu: Assam

(Assamica), China

(Sinensis),

dan Kamboja (Assamica ssp.

konsisten dengan klasifikasi atas dasar taksonomi dan asal daerah.

Lasiocalyx),

Jenis Marka Molekuler

1.3 SSR (Simple Sequence
Repeats)

Kelebihan marka SSR :

Bersifat

akurat

membedakan
evaluasi

diketahui

genotipe,

untuk
diinginkan.

karakter

benih,

pemetaan, dan seleksi genotip

yang

lokasinya

pada

DNA

sehingga

dapat

mendeteksi keragaman alel pada level yang tinggi

untuk

kemurnian

tingkat

pembeda antar individu sangat tinggi serta dapat

mikrosatelit

merupakan alat bantu yang

sangat

sehingga

heterozigositasnya tinggi yang berarti memiliki daya

SSR yang juga sering disebut

dengan

kodominan

Mudah

dan

ekonomis

dalam

pengaplikasiannya

karena menggunakan proses PCR

SSR memiliki tingkat polimorfisme yang tinggi stabil

secara somatik dan diwariskan secara Mendelian.

Jenis Marka Molekuler

Kelemahan teknik SSR adalah tidak tersedia pada semua spesies

tanaman, sehingga untuk merancang primer yang baru dibutuhkan
waktu yang lama dan biaya yang cukup mahal (Powell et al., 1996
dalam Azrai, 2005).

Contoh penggunaan SSR pada tanaman

teh

yaitu

menggunakan

Freeman
marka

et

al.

(2004)

SSR

untuk

menentukan keragaman pada tanaman teh.

Jenis Marka Molekuler

Non
Non PCR
PCR

RFLP
RFLP (Restriction
(Restriction Fragment
Fragment Lenght
Lenght Polymorphisme)
Polymorphisme)
Prinsip
Prinsip kerja
kerja dari
dari RFLP
RFLP adalah
adalah Pemotongan
Pemotongan DNA
DNA pada
pada sequence
sequence yang
yang

spesifik
spesifik oleh
oleh enzim
enzim restriksi.
restriksi. Hasil
Hasil pemotongan
pemotongan tersebut
tersebut kemudian
kemudian
dianalisa
dianalisa dengan
dengan elektroforesis
elektroforesis gel
gel agarosa.
agarosa. Enzim
Enzim restriksi
restriksi akan
akan
memotong
memotong sequence
sequence pada
pada daerah
daerah yang
yang berbeda
berbeda karena
karena sequence
sequence RFLP
RFLP ini
ini
berbeda
berbeda setiap
setiap individunya.
individunya.
Tahapannya
Tahapannya yakni
yakni Isolasi
Isolasi DNA,
DNA, Pemotongan
Pemotongan sequence,
sequence, Menganalisa
Menganalisa hasil
hasil

pemotongan
pemotongan dengan
dengan elektroforesis
elektroforesis gel
gel agarose,
agarose, Transfer
Transfer DNA
DNA dengan
dengan
Southern
Southern blotting,
blotting, dan
dan terakhir
terakhir Hibridisasi
Hibridisasi DNA.
DNA.

Jenis Marka Molekuler

Bersifat kodominan, sehingga sangat baik untuk komparatif pemetaan genom.
Kelebihan

Polymorphisme akan menghasilkan perbedaan ukuran fragmen yang terpotong,

sehingga setiap siklus restriksi dapat dipetakan, dapat diturunkan dari nuclear
genom, kloroplas genom, dan mitokondia genom (Adam et al., 1992).
Menyita banyak tenaga dan waktu, kuantitas dan kualitas DNA yang diperlukan

Kekurangan

sangat tinggi, prosedur hibridisasinya rumit, sehingga menyulitkan otomatisasi,

dan memerlukan pustaka probe untuk spesies-spesies tanaman yang belum
pernah dieksplorasi sebelumnya (Prasanna 2002).

Contoh penggunaan RFLP pada tanaman teh yaitu Matsumoto et al.,

(2004) dengan RFLP menggunakan (PAL) untuk evaluasi 297 kultivar teh,
didapat bahwa lokus PAL teh Korea paling sedikit 10 fragment alleles

Hal yang Harus Diperhatikan

dalam Pemilihan Marka Molekuler

Tentukan tujuan yang ingin dicapai, ini merupakan hal terpenting dalam
pemilihan marka, karena akan berpengaruh pada pemilihan teknik yang
akan digunakan.

Jumlah lokus atau alel yang ingin diketahui, AFLP mampu mendeteksi
multilokus, ketika kita mengharapkan tingkat polimorfis tinggi teknik yang
digunakan berbasis single locus yaitu SSR atau simple sequence repeats.

Perbedaan tingkat taksonomi, tingkat taksonomi perlu diperhatikan karena

akan berpengaruh pada variasi genetik. Oleh karena itu, pemilihan marka
yang akan digunakan harus memperhatikan tingkat genus, spesies atau
populasi.

Hal yang Harus Diperhatikan

dalam Pemilihan Marka Molekuler

Pola pewarisan, hal yang perlu diperhatikan adalah apakah pola pewarisan
dari tanaman yang akan kita teliti bersifat homozigot atau heterozigot.

Kebutuhan DNA, beberapa marka molekuler memiliki perbedaan dalam

jumlah kebutuhan akan DNA untuk analisisnya. Teknik marka molekuler yang
berbasis PCR membutuhkan DNA lebih sedikit daripada teknik non-PCR.

Keahlian, untuk melakukan teknik berbasis non-PCR (enzim restriksi) lebih

sulit dibandingkan dengan teknik marka molekuler berbasis PCR.

Biaya

Fasilitas Laboratorium (Alat dan Bahan)

Kecepatan/Waktu yang diinginkan.

SELEKSI BERBASIS MARKA MOLEKULER PADA

PADI GENERASI F2 GUNA MERAKIT GALUR
PADI HARAPAN TAHAN WERENG COKLAT
Pengembangan kultivar padi tahan wereng coklat
dengan karakter agronomi yang diinginkan
merupakan tujuan utama pemuliaan tanaman padi.
Salah satu metode yang dapat digunakan dalam
perakitan tanaman padi tahan wereng coklat yaitu
dengan memanfaatkan teknik introgresi yang
digabungkan dengan teknik Marker Assisted Selection
(MAS).

Kultivar padi yang diketahui mempunyai tingkat ketahanan

tinggi terhadap berbagai biotipe wereng coklat adalah padi kultivar
PTB-33. Kultivar PTB-33 diketahui mempunyai lebih dari satu gen
ketahanan terhadap wereng coklat yaitu gen Bph2, gen Bph3
(Santhanalakhsmi et al., 2010), dan gen Bph4 (Jairin et al., 2007).

Pemilihan Tetua
Penyisipan Gen
Ketahanan

IP-1 (hasil persilangan IR-64 x

PTB-33) dan PP-11 (Pandan
Wangi x PTB-33).

Seleksi dengan
Teknik MAS

MAS pada Generasi F2 :

Seleksi generasi F2 dilakukan secara molekuler dengan menggunakan PCR
(Polymerase Chain Reaction) metode SSR. Primer SSR yang digunakan yaitu
RM586 dan RM8213.

Tahapan pengerjaan seleksi marka

molekuler secara berurutan yaitu :

Isolasi DNA
Pengujian konsentrasi dan kualitas DNA
Amplifikasi DNA dengan PCR
Elektroforesis DNA
visualisasi DNA
Analisis data

UV-transluminator,seperangkat alat
yakni tangki UV sebagai tempat
penyinaran sampel DNA hasil
elektoforesis gel agarosa dan komputer
sebagai alat visualisasi hasil
elektroforesis berupa gambaran panjang
pita DNA.

UV-transluminator

PenggunaanUV-transluminatorakan
menentukan berhasil tidaknya tahap
elektroforesis DNA. Indikator
keberhasilan tahap elektroforesis yaitu
munculnya pita-pita DNA ketika
divisualisasikan pada komputer minimal
akan terlihat panjang pita DNA marker
yang digunakan.

Daftar Pustaka

Azrai, M. 2005. Sinergi Teknologi Marka Molekuler Dalam Pemuliaan Tanaman Jagung.
Jurnal Litbang Pertanian 25: 81-89.

Burt, B. 1994. Some concept and new methods for moleculer mapping in plants crop. In:
Phillips, R.L. and I.K. Vasil (Eds.). DNA-Based Markers in Plants.

Bustaman, M dan S. Moeljopawiro. 1998. Pemanfaatan teknologi sidik jari dna di bidang
pertanian. Zuriat. 9: 77-90.

Demeke, T and R.P. Adams. 1994. PCR Technology Current Innovation: The Use PCR RAPD
Analysis in Plant Taxonomy and Evolution. CRC. Press. Inc.

Garcia, A.A.F., L. Luciana, Benchimol, A.M.M. Barbosa, I.O. Geraldi, C.L. Souza Jr. And A.P. de
Souza. 2004. Comparison of RAPD, RFLP, AFLP and SSR Markers for Diversity Studies in
Tropical Maize Inbred Lines, Genetics and Molecular Biology 27: 579-588.

Ishak. 1998. Identifikasi DNA Genom Mutan Padi Atomita-2 dan Tetuanya Menggunakan
RAPD Markers. Zuriat. 9: 71-83.

Prasetiyono, J. dan Tasliah. 2004. Marka Mikrosatelit: Marka Molekuler yang Menjanjikan.
Buletin AgroBio: Jurnal Tinjauan Ilmiah Riset Biologi dan Bioteknologi Pertanian 6: 4551.

Tanaka and Taniguchi. 2002. Emphasized-RAPD (e-RAPD): Simple and efficient technique to
make RAPD bands clearer. Breeding science 3: 225-229.

Yu and K.P. Pauls. 1994. PCR Technology Current Innovation: Optimation of DNA-Extraction
and Procedures For RAPD Analysis in Plants. CRC. Press Inc.

Terima Kasih