Jelajahi eBook
Kategori
Jelajahi Buku audio
Kategori
Jelajahi Majalah
Kategori
Jelajahi Dokumen
Kategori
Kelompok 3
Ersyanitya Primanita
150510150086
150510150255
Rifka Suci
150510150266
150510150263
Pendahuluan
Pemuliaan
tanaman
merupakan
suatu
metode
yang
Bentuk
Marka
Molekuler :
Berkas (band) pada suatu lembar hasil elektroforesis gel atau kromatogram,
atau hasil pembacaan sekuensing.
Prinsip kerja dari RAPD yaitu semua pita DNA yang berukuran sama hasil dari
amplifikasi dapat dikelompokkan menjadi satu tanpa perlu mengetahui urutan
DNAnya.
Kelebihan
RAPD
dari
teknik
analisa
Kelemahan
RAPD
dari
teknik
terhadap
penyakit
cacar
daun.
Penanda
RAPD
dapat
Jenis Marka
Molekuler
1.2 AFLP (Amplified Fragment Length Polymorphism)
Pada dasarnya AFLP merupakan gabungan dari teknik RLFP dan teknik PCR,
dikembangkan pertama kali oleh Vost et al. pada tahun 1995. Prinsipnya
dengan mendeteksi perbedaan letak marka DNA di seluruh genom yang
berupa urutan basa tertentu.
Memiliki efisiensi yang sangat tinggi dalam pemetaan lokus, karena sekali
amplifikasi dapat meliputi beberapa lokus
Dapat bertindak sebagai jembatan antara peta genetik dan peta fisik pada
kromosom
Jumlah lokus yang diperoleh dari setiap reaksi lebih banyak, hal ini
disebabkan karena penggunaan primer PCR yang lebih panjang sehingga
memungkinkan dilakukannya reaksi pada suhu yang tinggi
dari
teknik
Cara aplikasinya relatif lebih rumit, sehingga memerlukan waktu lebih lama,
keterampilan khusus, serta pengadaan alat dan bahan sangat mahal. Teknik
ini sedikit rumit karena melibatkan enzim restriksi dan amplifikasi.
Prosedur AFLP lebih banyak membutuhkan tenaga dan lebih mahal daripada
analisis RAPD, Marka AFLP mirip dengan RAPD, tetapi primernya spesifik dan
jumlah pitanya lebih banyak. Marka AFLP dikategorikan 18-25 nukleotida.
Contoh penggunaan AFLP pada tanaman teh yaitu; Dendrogam
(Sinensis),
Lasiocalyx),
Bersifat
akurat
membedakan
evaluasi
diketahui
genotipe,
untuk
diinginkan.
karakter
benih,
lokasinya
pada
DNA
sehingga
dapat
untuk
kemurnian
tingkat
mikrosatelit
sehingga
kodominan
Mudah
dan
ekonomis
dalam
pengaplikasiannya
yaitu
menggunakan
Freeman
marka
et
al.
(2004)
SSR
untuk
RFLP
RFLP (Restriction
(Restriction Fragment
Fragment Lenght
Lenght Polymorphisme)
Polymorphisme)
Prinsip
Prinsip kerja
kerja dari
dari RFLP
RFLP adalah
adalah Pemotongan
Pemotongan DNA
DNA pada
pada sequence
sequence yang
yang
spesifik
spesifik oleh
oleh enzim
enzim restriksi.
restriksi. Hasil
Hasil pemotongan
pemotongan tersebut
tersebut kemudian
kemudian
dianalisa
dianalisa dengan
dengan elektroforesis
elektroforesis gel
gel agarosa.
agarosa. Enzim
Enzim restriksi
restriksi akan
akan
memotong
memotong sequence
sequence pada
pada daerah
daerah yang
yang berbeda
berbeda karena
karena sequence
sequence RFLP
RFLP ini
ini
berbeda
berbeda setiap
setiap individunya.
individunya.
Tahapannya
Tahapannya yakni
yakni Isolasi
Isolasi DNA,
DNA, Pemotongan
Pemotongan sequence,
sequence, Menganalisa
Menganalisa hasil
hasil
pemotongan
pemotongan dengan
dengan elektroforesis
elektroforesis gel
gel agarose,
agarose, Transfer
Transfer DNA
DNA dengan
dengan
Southern
Southern blotting,
blotting, dan
dan terakhir
terakhir Hibridisasi
Hibridisasi DNA.
DNA.
Kekurangan
Tentukan tujuan yang ingin dicapai, ini merupakan hal terpenting dalam
pemilihan marka, karena akan berpengaruh pada pemilihan teknik yang
akan digunakan.
Jumlah lokus atau alel yang ingin diketahui, AFLP mampu mendeteksi
multilokus, ketika kita mengharapkan tingkat polimorfis tinggi teknik yang
digunakan berbasis single locus yaitu SSR atau simple sequence repeats.
Pola pewarisan, hal yang perlu diperhatikan adalah apakah pola pewarisan
dari tanaman yang akan kita teliti bersifat homozigot atau heterozigot.
Biaya
Pemilihan Tetua
Penyisipan Gen
Ketahanan
Seleksi dengan
Teknik MAS
Isolasi DNA
Pengujian konsentrasi dan kualitas DNA
Amplifikasi DNA dengan PCR
Elektroforesis DNA
visualisasi DNA
Analisis data
UV-transluminator,seperangkat alat
yakni tangki UV sebagai tempat
penyinaran sampel DNA hasil
elektoforesis gel agarosa dan komputer
sebagai alat visualisasi hasil
elektroforesis berupa gambaran panjang
pita DNA.
UV-transluminator
PenggunaanUV-transluminatorakan
menentukan berhasil tidaknya tahap
elektroforesis DNA. Indikator
keberhasilan tahap elektroforesis yaitu
munculnya pita-pita DNA ketika
divisualisasikan pada komputer minimal
akan terlihat panjang pita DNA marker
yang digunakan.
Daftar Pustaka
Azrai, M. 2005. Sinergi Teknologi Marka Molekuler Dalam Pemuliaan Tanaman Jagung.
Jurnal Litbang Pertanian 25: 81-89.
Burt, B. 1994. Some concept and new methods for moleculer mapping in plants crop. In:
Phillips, R.L. and I.K. Vasil (Eds.). DNA-Based Markers in Plants.
Bustaman, M dan S. Moeljopawiro. 1998. Pemanfaatan teknologi sidik jari dna di bidang
pertanian. Zuriat. 9: 77-90.
Demeke, T and R.P. Adams. 1994. PCR Technology Current Innovation: The Use PCR RAPD
Analysis in Plant Taxonomy and Evolution. CRC. Press. Inc.
Garcia, A.A.F., L. Luciana, Benchimol, A.M.M. Barbosa, I.O. Geraldi, C.L. Souza Jr. And A.P. de
Souza. 2004. Comparison of RAPD, RFLP, AFLP and SSR Markers for Diversity Studies in
Tropical Maize Inbred Lines, Genetics and Molecular Biology 27: 579-588.
Ishak. 1998. Identifikasi DNA Genom Mutan Padi Atomita-2 dan Tetuanya Menggunakan
RAPD Markers. Zuriat. 9: 71-83.
Prasetiyono, J. dan Tasliah. 2004. Marka Mikrosatelit: Marka Molekuler yang Menjanjikan.
Buletin AgroBio: Jurnal Tinjauan Ilmiah Riset Biologi dan Bioteknologi Pertanian 6: 4551.
Tanaka and Taniguchi. 2002. Emphasized-RAPD (e-RAPD): Simple and efficient technique to
make RAPD bands clearer. Breeding science 3: 225-229.
Yu and K.P. Pauls. 1994. PCR Technology Current Innovation: Optimation of DNA-Extraction
and Procedures For RAPD Analysis in Plants. CRC. Press Inc.
Terima Kasih