ASAM NUKLEAT

(DNA & RNA)

Bagian kimia :
Komponen penyusun
Struktur kimia
Replikasi DNA
Transkripsi RNA

Bagian biokimia :
Peranan dalam biosintesa protein
Kaitan dengan berbagai macam penyakit
Ekstraksi DNA untuk berbagai tujuan
Operasional PCR
Asam Nukleat
Merupakan biopolimer dengan
susunan unik
Monomer dari asam nukleat
adalah nukleotida
Klasifikasi Asam Nukleat
Asam nukleat
DNA : deoxyribo nucleic acid
ADN : asam deoksiribo nukleat
RNA : ribonucleic acid
ARN : asam ribonukleat
 ASAM NUKLEAT
(POLI NUKLEOTIDA)
hidrolisa

n x NUKLEOTIDA
Asam fosfat hidrolisa

NUKLEOSIDA
hidrolisa

GULA PENTOSA BASA NITROGEN

deoksi ribosa turunan purine
ribosa turunan pirimidin
Unit-unit Penyusun Asam Nukleat
Asam fosfat
Gula pentosa
Basa nitrogen

Asam Fosfat
OH

HO P O

OH
Basa Nitrogen
Pirimidin dan turunannya
H
C
N CH N

atau
HC CH
N N

NH2 O O

H CH3 H
N N N

O N O N O N

H H H

sitosin ( C ) timin ( T ) urasil ( U )

Purin dan turunannya
H
C N
N
N C N
CH atau
C C
N N
H N N

H H

NH2 NH

N H
N
N N

N N
N H2N N

H H

adenin ( A ) guanin ( G )
Pentosa penyusun
O O
C H C H

H C OH H C H

H C OH H C OH

H C OH H C OH

CH2OH CH2OH

D - ribosa 2 - deoksi - D - ribosa

CH2OH OH CH2OH OH
O O
H H H H

H H H H
OH OH OH H

- D - ribofuranosa - 2 - deoksi - D - ribofuranosa

 Komponen penyusun
DNA = ADN
NH2 O
NH2 NH
H CH3
N H N
N N
N N

O N O N
N N
N H2N N

H H
H H

adenin ( A ) guanin ( G ) sitosin ( C ) timin ( T )

CH2OH OH OH
O
H H
HO P O
H H

OH H OH

deoksi ribosa asam fosfat

Komponen penyusun
RNA = ARN
NH2 O
NH2 NH
H
N H N
N N
N N

O N O N
N N
N H2N N
H
H H H

adenin ( A ) guanin ( G ) sitosin ( C ) urasil ( U )

CH2OH OH OH
O
H H
HO P O
H H

OH OH OH

ribosa asam fosfat

NUKLEOSIDA
Merupakan basa organik (turunan
purin atau pirimidin) yang mengikat
pentosa (ribosa atau deoksi ribosa)
Nukleosida (berdasarkan gula) :
Deoksi ribo nukleosida
Ribo nukleosida
Nukleosida (berdasarkan basa) :
Purina nukleosida
Pirimidina nukleosida
 DEOKSI RIBO NUKLEOSIDA
NH
NH2

H
N
N N
N

CH2OH CH2OH N
N N NH2
N
O O
H H H H

H H H H

OH OH H
deoksi adenosin deoksi guanosin
H

NH2
O

H3C H
N
N

CH2OH N O
CH2OH N O
O
O
H H
H H

H
deoksi timidin
H H
H

OH H
OH H deoksi sitidin
 RIBO NUKLEOSIDA
NH
NH2
H
N
N N
N

CH2OH N
CH2OH N NH2
N
N
O
O
H H
H H

H H adenosin H H guanosin
OH OH
OH OH

O NH2

H
N N

CH2OH CH2OH N O
N O
O O

H H H H

H
H H
uridin H

OH OH OH OH sitidin
 PIRIMIDINA NUKLEOSIDA
O

CH2OH H
OH
O N

H H

N O
H H
H
ribosa OH OH urasil

H
N

N O
H2O CH2OH

O
H H

H H uridin
OH OH
 PURINA NUKLEOSIDA
NH2

CH2OH
OH N
O N
H H

N
H N
H
H
ribosa OH OH adenin
NH2

N
N

N
N
CH2OH
H2O O
H H

H H
OH OH
adenosin
NUKLEOTIDA
Merupakan basa organik (turunan
purin atau pirimidin) yang
mengikat pentosa (ribosa atau
deoksi ribosa) dan mengikat fosfat
Nukleotida (berdasarkan gula) :
Deoksi ribo nukleotida
Ribo nukleotida
Nukleotida (berdasarkan basa) :
Purina nukleotida
Pirimidina nukleotida
 DEOKSI RIBO NUKLEOTIDA
O
deoksi adenosin monofosfat
NH2
deoksi guanosin monofosfat
asam deoksi adenilatN N
/ asam deoksi guanilat N NH

N N
O N O N NH2

HO P O CH2 HO P O CH2
O O
H H OH H H
OH
H H H H
OH H OH H

deoksi timidin monofosfat O

deoksi sitidin monofosfat
NH2

/ asam deoksi timidilatH C 3

/ asam deoksi sitidilat N
NH

N O
N O O
O

HO P O CH2
HO P O CH2 O
O
OH H H
OH H H
H H
H H
OH H
OH H
 RIBO NUKLEOTIDA O
adenosin monofosfat
NH2
guanosin monofosfat
/ asam adenilat N N
/ asam guanilat N
NH

N N
O N O N NH2

HO P O CH2 HO P O CH2
O O
H H OH H H
OH
H H H H
OH OH OH OH

O NH2

uridin monofosfat sitidin monofosfat

NH N
/ asam uridilat / asam sitidilat
N O N O
O O

HO P O CH2 HO P O CH2
O O

OH H H OH H H

H H H H
OH OH OH OH
Deoksi ribo nukleotida NH2

N
N

N
O N
5
HO P O CH2
O

OH H H

H H
OH H asam deoksi adenilat

Ribo nukelotida O

NH

N O
O
5
HO P O CH2
O

OH H H

asam timidilat
H H
OH OH
 Nukleotida dengan radikal fosfat
tak terikat pada C-5
NH2 O

N N
N NH

N N
N N NH2

5 5CH OH
CH2OH 2
O O
4 H H 1 4 H H 1
2 2
H 3 H H 3 H
OH
O H
O

HO P O HO P O

OH OH

adenosin 3 fosfat deoksi guanosin 2 fosfat

AMP (adenosin mono phosphat)
NH2

N
N

N
O N

HO P O CH2
O

OH H H

H H
OH OH

ADP (adenosin diphosphat)

NH2

N
N

N
O O N

HO P O P O CH2
O

OH OH H H

H H
OH OH
ATP (adenosin tri phosphat)
NH2

N
N

N
O O O N

HO P O P O P O CH2
O

OH OH OH H H

H H
OH OH

ikatan fosfat berenergi tinggi

Pada hidrolisanya diperoleh
ADP AMP
+ asam fosfat + pirofosfat
Singkatan Deoksi Ribonukleotida
DEOKSI RIBONUKLEOSIDA
BASA MONOFOSFA DIFOSFAT TRIFOSFAT
T
Adenin d AMP d ADP d ATP
Guanin d GMP d GDP d GTP
Sitosin d CMP d CDP d CTP
Timin d TMP d TDP d TTP
Singkatan Ribonukleotida
RIBONUKLEOSIDA
BASA MONOFOSFA DIFOSFAT TRIFOSFAT
T
Adenin AMP ADP ATP
Guanin GMP GDP GTP
Sitosin CMP CDP CTP
Uridin UMP UDP UTP
DNA
STRUKTUR PRIMER DNA
Merupakan rantai deoksi
ribonukleotida yang tersusun
atas residu :
2-deoksi ribosa
Basa A, G, C, T
Asam fosfat
Tidak ada residu U
 NH2

GAMBAR N
N

STRUKTUR PRIMER DNA

O
N N
HO P O CH2
O
O H H (A)
H H
O H
Ikatan 3-fosfat ester NH2

N O
HO P O CH2
O
O H H (C)
H H
2-deoksi-D-ribosa O H O

N
NH

N N NH2
HO P O CH2
O
H H
O
(G)
Ikatan 5-fosfat ester
H H
O H
O

NH

N O
HO P O CH2
O
O H H
(T)
3 ujung
H H
O H
 STRUKTUR SEKUNDER
DNA
Dua rantai poli deoksi ribonukleotida
membentuk pita spiral dobel yang saling
berpilin membentuk double helix
Kedua rantai poli deoksi ribonukleotida
merupakan tulang punggung struktur DNA
Kedua rantai dihubungkan oleh ikatan
hidrogen antara residu
A dengan T
G dengan C
Kedua rantai dalam double helix bergabung
dalam posisi anti paralel.
Letak residu A, T, G, C ada dalam helix,
sedang pentosa fosfodiester ada di
permukaan luar.
Ikatan hidrogen antar
basa H

H N
O
H N

N H N
N

R
O R
N H

G C
H

Tiga buah ikatan hidrogen

(antara guanin dan sitosin)
H

N H O CH3

H N
N
H N H

N N
A R
N H
O T

Dua buah ikatan hidrogen

(antara adenin dan timin)
IKATAN HIDROGEN
ANTAR BASA
REPLIKASI DNA
Kemampuan DNA untuk
memperbanyak atau
menggandakan diri
DNA mampu membentuk DNA
baru yang persis sama dengan
DNA awal
Deoksi ribonukleotida (d NTP)
yang digunakan dalam replikasi
DNA adalah : d ATP, d CTP, d
GTP, dan d TTP.
TINGKAT-TINGKAT REPLIKASI DNA

Membukanya pilinan dari salah

satu ujung DNA
Karena aksi enzim pilinan DNA
memisah menjadi benang
tunggal
Masing-masing benang tunggal
berlaku sebagai cetakan tempat
menmpel benang kedua
berikutnya
Nukleotida baru terpasang
GAMBAR REPLIKASI DNA

Kedua untaian
heliks ganda
membuka dan
masing-masing
menentukan
untaian anak
yang baru,
dengan
memasangkan
basanya.
REPLIKASI DNA
REPLIKASI DNA
BEBERAPA REPLIKASI DNA
REPLIKASI SEMI KONSERVATIF DNA

Molekul induk asal

Molekul anak
generasi
pertama
Molekul anak
generasi
kedua
 O O O
PEMBENTUKAN
HO P O P O P O CH2
O IKATAN
FOSFODIESTER
OH OH OH H H

H H
O OH
DALAM
O
H
O O
REPLIKASI DNA
HO P O P O P O CH2
O

OH OH OH H H

H H
OH OH

O O O O O

HO P O P OH HO P O P O P O CH2
O

OH OH OH H H
OH OH
H H
O OH

HO P O CH2
O

O H H

H H
OH OH
RNA
STRUKTUR PRIMER RNA
Merupakan rantai ribonukleotida
yang tersusun atas residu :
Ribosa
Basa A, G, C, U
Asam fosfat
Tidak ada basa T
STRUKTUR SEKUNDER
RNA
Struktur sekunder RNA dapat
terjadi apabila struktur primernya
melipat diri dan diperoleh ciri
berutas rangkap tetapi tidak
membentuk heliks

STRUKTUR
SEKUNDER
RNA
 NH2

N
N
O

GAMBAR
N N
HO PH O CH2
O
(A)
STRUKTUR RNA O- H H
H H
O OH
NH2

N O
HO P O CH2
O
O H H (C)
H H O
O OH

N
NH

N N NH2
HO P O CH2
O
O H H
H
O OH
H (G)
O

NH

N O
HO P O CH2
O
H H
O
H H
(U)
O OH
TIGA MACAM RNA
Messanger RNA m RNA
RNA duta
RNA utusan
RNA kurir
RNA pembawa pesan
Transfer RNA t RNA
RNA pemindah
Ribosomal RNA r RNA
RNA ribosom
MESSANGER RNA (m RNA)
RNA pembawa pesan, RNA duta,
RNA kurir, RNA utusan
Merupakan polinukleotida
berutas tunggal
Dicetak oleh salah satu pita DNA
dalam nukleus dan dikirim ke
ribosom.
Cetakan untuk biosintesa protein
TRANSFER RNA (t RNA)
RNA pemindah
Minimal setiap sel ada 20 jenis t-
RNA
Mengikat asam-asam amino yang
akan disintesa menjadi protein

MODEL
DAUN SEMANGGI
t RNA
RIBOSOMAL RNA (r RNA)
Menyusun 65% berat ribosom.
Molekulnya berupa pita tunggal
tak membentuk heliks
Peranannya dalam sintesa
protein belum jelas.
TRANSKRIPSI RNA
Pencetakan atau pembentukan m RNA oleh
salah satu pita DNA
Aksi enzim menyebabkan heliks ganda
membuka sehingga basa-basa pada salah
satu pita menjadi bebas
m RNA dicetak / dibentuk sepanjang salah
satu pita DNA tersebut. Proses pencetakan
seperti pada replikasi DNA.
Ribonukleotida (NTP) yang diperlukan dalam
biosintesa m RNA adalah : ATP, CTP, GTP,
UTP.
Pita m RNA yang terbentuk tidak tetap
berpasangan dengan pita DNA pembuatnya,
tetapi segera melepaskan diri meninggalkan
inti sel.
SpiralDNA membuka, karena aksi enzim
NTP (UTP, ATP, GTP, CTP) masuk mencari
pasangannya
Untaian DNA memisah
Molekul RNA disusun atau dicetak pada salah satu
untaian DNA
Setelah tersusun sempurna, RNA meninggalkan
DNA
C berpasangan G
U berpasangan A
HIDROLISA ASAM
NUKLEAT
Nuklease
Enzim yang mengkatalisa hidrolisa asam
nukleat (DNA atau RNA)
Secara hidrolitis, enzim ini memotong
atau memendekkan struktur kimia DNA.
Hidrolisa dilaksanakan dengan memecah
ikatan fosfodiester yang
menghubungkan satu nukleotida dengan
nukleotida berikutnya pada untaian DNA
Air berperan sebagai penutus dan
nuklease sebagai biokatalis.
 EKSONUKLEASE
Nama lain :
eksodeoksiribonukleotidase
Mengkatalisa hidrolisa DNA dari
ujung (dari luar). Tiap
pemotongan lepas 1 unit
ikatan fosfo diester
deoksiribonukleotida.

ikatan
nukleotida hidrogen
eksonuklease pemotongan

eksonuklease pemotongan

eksonuklease pemotongan

dst...
 ENDONUKLEASE
Nama lain :
endodeoksiribonukleotidase
Mengkatalisa hidrolisa DNA dari
tengah. Tiap pemotongan lepas 1
unit ikatan
deoksiribonukleotida.
fosfo diester

ikatan
nukleotida hidrogen
 endonuklease

endonuklease endonuklease

endonuklease endonuklease endonuklease endonuklease

dst...