Genetika

Virus dan bakteri

BIO MOL
 Genetika Virus
Ditemukan oleh : Adolf Mayer (1883)
Pertama ditemukan pada pohon tembakau yang
terkena penyakit .
Penyakit ini menghambat pertumbuhan tanaman
tembakau yang menyebabkan daun tembakau
mempunyai bercak- bercak ( mozaik).
Penyakit ini menular( karena dapat dipindahkan
melalui cara : Getah hasil ekstraksi dari tanaman
yang sakit disemprotkan kepada tanaman yang
sehat ) maka tanaman yang sehat akan sakit.
Dimitri Ivanowsky
Melanjutkan penelitian Mayer, Mayer mendu-
ga penyebab penyakit adalah bakteri tetapi
setelah getah disaring dengan penyaring bak-
teri tetap menyebabkan penyakit .
Kesimpulannya adalah :
Penyebab penyakit mozaik adalah bakteri
yang mempunyai bentuk yang sangat kecil.
 Martinus Beijerinck ( 1897)
Dari Belanda ;
Melanjutkan penelitian dengan melakukan proses
infeksi yang diambil dari ekstrak getahberulang kali
dan tetapmemberikan aktivitas yang sama, tetapi
ketika dilakukan diluar inang ternyata tidak dapat
menginfeksi tanaman tembakau lainnya.
Kesimpulan
Sifatnya berbeda dengan bakteri.
Tidak dapat di-inaktifkan dengan alkohol.
Hanya dapat menginfeksi bila berada dalam inang (da-
lam botol dengan media nutrien tidak dapat dibiakkan).
Wendell Stanley (1935)
Berasal dari Amerika
Membuktikan bahwa penyebab mozaik tembakau
adalah Virus bukan bakteri.
Akhirnya virus itu diberi nama TMV ( Tobacco Mozaic
Virus ).
Virus merupakan genom yang terbungkus didalam
suatu lapisan pelindung.
Virus merupakan partikel penginfeksi yang terdiri dari
asam nukleat yang terbungkus di dalam lapisan
pelindung dan kadang kadang dalam selubung
membran
 Virus : Merupakan mahluk terhalus dimana sebenarnya
belum terbina oleh sel tetapi umumnya tubuhnya
terdiri atas nukleoprotein .

Terbagi atas 2 bagian

-. Kulit ( protein )
-. teras ( core ) asam inti

Bahan Dasar Penyusun Genom Virus (2):

Virus DNA
Virus RNA
Utas Tunggal DNA dan RNA
Terdapat 2 jenis susunan DNA dan RNA
yaitu :
Utas positif (+)
Utas yang basa basanya homolog dengan
mRNA

Utas Negatif (-).

Utas yang basa basanya merupakan komplemen
atau anti pararel terhadap m RNA
 Molekul DNA dan RNA penyusun genom
Ada dua macam yaitu : utas tunggal ( ut )
utas ganda ( ug )
yang dapat berbentuk sirkuler
atau linear
Hanya DNA virus utas(-) yang dapat digunakan langsung
untuk mencetak mRNA, sedangkan DNA utas (+) tidak
bisa langsung mencetak
m RNA sehingga pada ekspresi gennya DNA utas (+)
harus berubah dulu membentuk DNA utas (-) dan utas (-)
akan digunakan untuk mencetak m RNA.
 Jenis utasan akan berpengaruh pada proses
ekspresi gen dan pembentukan mRNA
Asam nukleat penyusun genom berfungsi untuk
Mengendalikan pembentukan protein ,sementara
protein dibentuk melalui pembentukan m RNA
Virus RNA utas (+) dalam ekspresi gennya akan
menggunakan utas genomnya yang berfungsi sebagai
m RNA.
Virus RNA utas (-) dalam ekspresi gennya akan meng
-gunakan utas genomnya untuk mencetak m RNA.
 Virus mempunyai kromosom dengan struktur
asam nukleat yang beragam dan kemudian
dijadikan contoh / model yang menunjukkan
betapa pentingnya DNA atau gen dalam
kehidupan.
Virus merupakan partikel DNA yang dibung-
kus oleh mantel protein tidak mempunyai
organel atau senyawa lain untuk perkembang
biakannya
SIFAT VIRUS :

Untuk mempertahankan hidupnya virus

mempunyai struktur yang berubah rubah,
Untuk mempertahankan siklus hidupnya virus
harus menginfeksi inang ( parasit obligat ).
Didalam sel inang virus akan memanfaatkan
seluruh perangkat yang ada (kecuali DNA)
untuk berkembang biak .
Virus dapat berkembang biak tanpa mengguna-
kan DNA yang dimilikinya tetapi memanfaatkan
DNA milik inangnya.
 Struktur dan kromosom virus
Virus mempunyai kromosom yang beraneka ragam
dan struktur yang berubah ubah.

Dalam kapsul ( bentuk dewasa / virion ).

Dalam sel inang bereplikasi ( bentuk vegetatif)
Dalam bentuk provirus yaitu bentuk virus dalam
kondisi / dalam bentuk dorman yang berintegrasi
kedalam kromosom sel inang.

Virion ( kromosom dewasa ) dapat tersusun atas DNA

ataupun RNA baik dalam bentuk linear ataupun
sirkuler dan utas tunggal ataupun ganda
Kapsid dan Selubung
Kulit protein yang menyelubungi virus disebut kapsid.
Bentuk kapsid bermacam macam tergantung tipe
virus. Dapat berbentuk batang (heliks),polihedral,
atau bentuk lainnya yang lebih kompleks.
Tersusun atas subunit protein (kapsomer).
Jenis protein yang menyusun sedikit.
No Nama virus Bentuk Kapsid Jenis protein

1 TMV Batang kaku Satu protein &

1000 molekul
2 Adenovirus Polihedral dg 20 252 molekul
faset ikosahedron protein yang
identik
 Pada virus influenza selain kapsid virus juga ada yang memiliki
selubung yang berasal dari membran sel inang, selain
mengandung fosfo- lipid & protein dari sel inang juga
mengandung protein dan glikoprotein yang berasal dari virus.
Virus bakteri (bakteriofaga) ada 7 faga yang menginfeksi E coli
dinamakan sebagai tipe 1 (T1) tipe 2 (T2) dstnya.
Dari ketiga faga dengan T genap (T2,4,6) memiliki kemiripan
struktur, kapsid kapsidnya memiliki kepala ikosahedral
memanjang yang menyelubungi DNAnya.
Yang melekat pada kepala adalah ekor protein dgn serabut
serabut ekor yang digunakan oleh faga tersebut untuk
menempel.
Infeksi virus :
Infeksi dimulai saat virus mulai memasuki sel
inang. Mekanisme masuknya virus tergantung
pada virusnya. Misalnya: faga T genap masuk
kedalam sel inang dengan cara menggunakan
ekornya yang rumit untuk menginjeksikan DNA.
Setelah berada dalam inangnya virus akan
memerintah inang untuk melakukan program
ulang untuk membuat salinan asam nukleat
virus.
 Pada virus RNA untuk mereplikasi dirinya maka
harus menggunakan polimerase khusus dari
virus.
Apapun tipe virus maka mereka tetap akan
memaksakan kehendaknya pada inang untuk
memproduksi sesuai yang diperlukan virus.
Inang mempersiapkan nukleotida nukleotida,
enzim, ribosom,t RNA, Asam amino ,ATP dan
kebutuhan lainnya.
 Penyakit yang disebabkan virus
Papovavirus ( papiloma,polioma )
Adenovirus (saluran pernafasan, tumor hewan )
Herpesvirus( Herpes simpleks I,II )
Poxvirus ( cacar,)
HIV
AIDS
Viroid Dan Prion
Viroid
Adalah molekul kecil dari RNA sirkuler telanjang yang
menginfeksi tanaman.
Panjang viroid hanya beberapa ratus nukleotida tidak
mengkode protein tetapi dapat bereplikasi dalam sel
inang dengan menggunakan enzim seluler.
RNA viroid mengganggu metabolisme dan
menghambat pertumbuhan keseluruhan sel tanaman.
Viroid menyebabkan kesalahan pada sistem pengatur
yang mengontrol pertumbuhan tanaman. Gejalanya
berhubungan dengan perkembangan yang abnormal
dan pertumbuhan yang terhambat.
 Prion
Protein penginfeksi
Merupakan penyebab penyakit degeneratif otak termasuk
scrapie pada domba, penyakit sapi gila,penyakit
creutzfeldt Jacob pada manusia.
Prion adalah suatu protein yang terdapat dalam otak dan
protein mengalami salah lipat,
Tidak dapat bereplikasi tapi bisa menjadi patogen
Hipotesis prion : Ketika prion memasuki sel yang
mengandung protein normal maka proteinnya akan diubah
menjadi versi prion. Dengan cara ini prion memperbanyak
diri dan ditransmisikan
 Genom virus umumnya memilki banyak
persamaannya / mirip dengan genom
inangnya.
Bahan yang paling berpotensi sebagai sumber
genom adalah 2 jenis elemen genetik seluler
yang dikenal dengan plasmid dan transposon.
Plasmid: Molekul DNA sirkuler berukuran kecil
terpisah dari kromosom.
Transposon : Segmen DNA yang dapat berpin
dah dari satu lokasi ke lokasi lain
didalam genom sel.
 Virus,Plasmid,Transposon :
Ketiga tiganya memiliki satu sifat
penting dan merupakan elemen
genetik bergerak.
Hubungan evolusioner antara virus
dan genom sel inang digunakan seba-
gai model yang digunakan dalam
biologi molekuler.
Bakteri
Rentang generasi yang pendek / singkat dari bakteri akan
mempermudah adaptasi evolusioner dari lingkungan.
Ada 2 adaptasi :
Adaptasi evolusioner melalui seleksi alam.
Adaptasi dalam penyesuaian fisiologis terhadap perubahan
lingkungan.
Komponen utama genom bakteri adalah :
Sebuah molekul DNA sirkuler untai ganda.
Pada E coli DNA kromosomnya terdiri dari 4,6 juta pasang
nukleotida dan merepresentasikan 4300 gen, jumlah ini 100 x
lebih banyak dari DNA virus, dan seperseribu DNA eukariot.
 Bakteri memperbanyak sel dengan jalan pembelahan sel
secara biner yang didahului oleh replikasi kromosom
bakteri.
Penggandaan ini berlangsung dalam 2 arah, disekeliling
kromoson sirkuler.
E coli yang tumbuh dalam kondisi optimum dapat membe
lah setiap 20 menit.
Pada kultur laboratorium setiap sel dapat menghasilkan
satu koloni yang terdiri dari 107 - 108 bakteri dalam satu
malam ( 12 jam)
 Pembelahan sel merupakan pembiakan secara asek
-sual dari satu induk tunggal maka bakteri dalam
koloni identik secara genetik
Bila mengalami mutasi maka beberapa keturunan
nya akan memiliki kandungan genetik yang berbeda.
Rekombinasi genetik
Menghasilkan strain bakteri baru
Menghasilkan keaneka ragaman genetik.
Bila 2 strain bakteri yang berbeda dikulturkan
dalam media cair dan diinkubasi selama 1 jam
kemudian dipindahkan dengan cara disebarkan
diatas media sederhana, inkubasi semalaman.
Maka akan terlihat pertumbuhan koloni bakteri
yang dimulai dari kemampuan membuat
triptopan dan arginin sekaligus.
 Metode rekombinan

Penggabungan DNA dari sumber yang berbeda.

Ada 3 :
Transformasi
Transduksi
Konjugasi
Transformasi
Merupakan perubahan suatu genotip sel bakteri
dengan cara mengambil DNA asing telanjang
dari sekitarnya.
Transformasi terjadi ketika sel nonpatogenik
hidup mengam- bil DNA yang kebetulan
mengandung alel patogenesitas(gen untuk
lapisan sel yg melindungi bakteri dari sel inang).
Alel ini kemudian dimasukkan kedalam
kromosom bakteri menggan tikan alel
aslinya( tanpa lapisan). Pertukaran segmennya
secara crossing over(pindah silang).
Sel yang ditransformasi memiliki satu
kromosom yang mengandung DNA yang
berasal dari 2 sel yang berbeda.
Transduksi
Adalah proses membawa bacteri dari satu sel inang
kepada sel inang lainnya.
Ada 2 tipe transduksi
Transduksi umum
Transduksi khusus

Keduanya berasal dari penyimpangan pada siklus

reproduksi
faga( virus yang menginfeksi bakteri ).

Transduksi umum
Faga akan menginfeksi sel bakteri kemudian
masuk kedalam sel inang. Molekul asam nukleat
virus akan terbungkusdidalam kapsid dan pada
saat sel inang lisis maka faga lengkap akan
dilepaskan.
Kadangkala sebagian kecil DNA sel inang ikut
terdegradasi dan terbungkus dalam kapsid faga
menggantikan genom faga. Virus ini cacat
( nongenetik),
 Tetapi bila faga ini kemudian menempel pada
bakteri lain dan menginjeksikan bagian DNA bakteri
yang didapat dari sel pertama
Beberapa DNA ini kemudian dapat menggantikan
daerah homolog dari dua sel. Rekombinasi genetik
telah terjadi.
Jenis transduksi ini disebut dengan transduksi
umum karena gen gen bakteri ditransfer secar
acak.
 Transduksi khusus
Bentuk transduksi ini memerlukan infeksi oleh faga
temperat.
Genom faga temperat berintegrasi sebagai profaga kedalam
kromosom bakteri inang, biasanya disuatu tempat yang
spesifik .
Ketika genom faga dipisahkan dari kromosom yang
kadangkala membawa DNA dari bakteri yang berdampingan
dengan profaga.
Ketika suatu virus yang membawa DNA bakteri seperti ini
menginfeksi sel inanglain, gen gen bakteri ikut terinjeksi
bersama sama dengan genom faga.
Transduksi khusus hanya mentransfer gen-gen yang berada
didekat tempat profaga pada kromosom tersebut.
Konjugasi
Merupakan transfer langsung materi genetik antara
dua sel bakteri yang berhubungan sementara
(reproduksi seksual ala bakteri).
Transfer DNA satu arah :
Satu sel sebagai donatur gen /DNA ( jantan)
Satu sel sebagai penerima gen/DNA ( betina)
Jantan akan menggunakan pili seks untuk menempel
pada resipien ( betina)
Kemudian akan terbentuk jembatan sitoplasmik semen
tara diantara kedua sel.
Kegiatan donor dan penggunaan pili seks disebabkan
adanya pengaruh sepotong DNA khusus yang disebut
faktor F (Fertilitas).