Anda di halaman 1dari 87

PROTEIN DAN ASAM NUKLEAT

Blok 3
Learning outcome
Mahasiswa mampu memahami
Struktur Protein dan asam Nukleat
Sifat Protein dan asam Nukleat
Fungsi Protein dan asam Nukleat
Asam amino penyusun protein
Penggolongan protein
Denaturasi protein
DNA dan RNA sebagai kode genetik
C yang mengikat COOH dan NH2
Protein : suatu poliamida
Ikatan amida (-CONH-) disebut ikatan
peptida, menghubungkan dua unit Aa
Gugus aktif
Sebelah kiri: gugus amino
Sebelah kanan: gugus karboksil
Gugus ini dapat membentuk ikatan lagi
dgn Aa, ikatan peptida terus sampai
ribuan unit menjadi polimer protein
Peptida yang disusun oleh
Lebih 10 Aa disebut polipeptida
2 Aa disebut dipeptida
3 Aa disebut tripeptida
Glycilphenylalanine (dipeptida)

O
H O
H3N C C N NH
H2 H2
O
CH2
Protein
Komponen dari semua bagian tubuh
Zat makanan yang penting
Fungsi sebagai zat pembangun, pengatur,
dan bahan
bakar
Sebagai bahan membran sel, pembentuk
jaringan pengikat, bagian inert pada rambut dan
kuku
Sebagai enzim katalisa; hormon, antibodi
Terdiri dari C, H, O, N, juga S, P, dan logam
dalam jumlah kecil
Protein
Molekul yg sangat vital untuk
organisme terdapat di
semua sel
Polimer disusun oleh 20
macam asam amino standar
Rantai asam amino
dihubungkan dg ikatan
kovalen yang spesifik
Struktur & fungsi ditentukan
oleh kombinasi, jumlah dan
urutan asam amino
Sifat fisik dan kimiawi
dipengaruhi oleh asam amino
penyusunnya
Komponen penyusun protein

Unit dasar penyusun struktur protein


adalah asam amino
Dengan kata lain protein tersusun
atas asam-asam amino yang saling
berikatan
Hampir semua enzim adlh protein
Fungsi protein

Protein penting dalam berbagai proses


biologi:
1. Katalisis enzimatik. Hampir semua r/
kimia dlm sistem biologi dikatalisis oleh
enzim dan hampir semua enzim adlh
protein
2. Transportasi dan penyimpanan
Bbg mol. kecil dan ion-ion ditansport
oleh protein spesifik. Misalnya
transportasi oksigen di dlm eritrosit oleh
Hb dan transportasi oksigen di dlm otot
oleh mioglobin
Fungsi Protein
3. Koordinasi gerak
Kontraksi otot dapat terjadi krn pergeseran
dua filamen protein. Contoh lainnya adalah
pergerakan kromosom saat proses mitosis
dan pergerakan sperma oleh flagela
4. Penunjang mekanis
Ketegangan kulit dan tulang disebabkan
oleh
kolagen yg merupakan protein fibrosa
Fungsi protein
5. Proteksi imun
Antibodi mrpkan protein yg sangat spesifik
dan dpt mengenal serta berkombinasi dgn
benda asing seperti virus, bakteri dan sel
dari organisma lain
6. Membangkitkan dan menghantarkan
impuls saraf
Respon sel saraf thdap rangsang spesifik
diperantarai oleh oleh protein reseptor.
Misalnya rodopsin adlh protein yg sensitif
terhadap cahaya ditemukan pada sel batang
retina. Contoh lainnya adlh protein reseptor
pada sinapsis
Fungsi protein
7. Pengaturan pertumbuhan dan
diferensiasi
Pada organisme tingkat tinggi,
pertumbuhan dan diferensiasi diatur
oleh protein faktor pertumbuhan
Misalnya faktor pertumbuhan saraf
mengendalikan pertumbuhan
jaringan saraf. Selain itu, banyak
hormon merupakan protein
CIRI MOLEKUL PROTEIN
1. BM BESAR
2. UMUMNYA TERDIRI ATAS 20
MACAM ASAM AMINO
3. TERDAPAT IKATAN KIMIA LAIN
4. STRUKTUR TAK STABIL
TERHADAP BEBERAPA FAKTOR
5. UMUMNYA REAKTIF DAN
SANGAT SPESIFIK
IKATAN YANG MUNGKIN TERJADI

1. IKATAN DISULFIDA
- CH2 S S CH2 -

2. IKATAN HIDROFOBIK (Vander


Walls)
- CH3 CH3 -

3. IKATAN IONIK
- COO- +
NH3 -

4. IKATAN HIDROGEN
- C = O . H N =
SIFAT-SIFAT PROTEIN

1. SIFAT KOLOID HIDROFIL


a. KOAGULASI REVERSIBEL PRESIPITASI
JIKA : - GARAM NETRAL PEKAT
- ALKOHOL ATAU ASETON
b. KOAGULASI IRREVERSIBEL DENATURASI (tdk
alamiah)
JIKA : - DIDIDIHKAN SAMPAI 100 0C
- ASAM MINERAL
- GARAM NETRAL LOGAM BERAT

2. HIDROLISIS pecah menjadi asam-asam amino


JIKA : - ASAM ATAU BASA
- ENZIM-ENZIM
3. SIFAT AMFOTER (asam/basa)
PROTEIN
R CH COOH + H+ R CH COOH

NH2 NH 3+

R CH COOH + OH- R CH COO- +


H 2O

NH2 NH 2

H2 O
R CH COOH R CH COO-

NH2 NH 3+
FAKTOR YANG MEMPENGARUHI
STRUKTUR PROTEIN

1. Ikatan peptida yang terletak pada satu


bidang datar

2. Rotasi sumbu C NH2 dan rotasi C COOH

3. Gugus rantai samping


DENATURASI PROTEIN
BILA SUSUNAN RANTAI
POLIPEPTIDA SUATU PROTEIN
BERUBAH
MODIFIKASI TERHADAP
STRUKTUR SEKUNDER, TERSIER
DAN KUARTENER PROTEIN TANPA
TERJADINYA PEMECAHAN IKATAN2
KOVALEN
PENYEBAB DENATURASI

1. Temperatur (sekitar 55 750C)


kecuali untuk kasein dan gelatin
2. pH hidrolisis
3. Garam
4. Pengaruh permukaan (misal
penggocokan putih telur)
PERUBAHAN KARENA
DENATURASI
1. BERKURANGNYA DAYA LARUT
PROTEIN
2. VISKOSITAS AKAN BERTAMBAH
3. SUDUT PUTARAN OPTIK AKAN
MENINGKAT
4. HILANGNYA AKTIFITAS ENZIM
ATAU HORMON
5. BERUBAH ATAU HILANGNYA
SIFAT ANTIGEN
IKATAN YANG DIPENGARUHI OLEH
PROSES DENATURASI

1. IKATAN HIDROGEN
2. IKATAN HIDROFOBIK
3. IKATAN IONIK ANTARA GUGUS + DAN

4. IKATAN INTRAMOLEKULER (GUGUS
DISULFIDA)
Struktur Protein
Struktur primer
Struktur primer adalah urutan asam-
asam amino yang membentuk rantai
polipeptida
Helix lurus
Struktur Protein
Struktur sekunder
Struktur sekunder protein bersifat
reguler, pola lipatan berulang dari
rangka protein. Dua pola terbanyak
adlh alpha helix dan beta sheet
Atap seng karena ada ikatan
hidrogen
Kromosom dan DNA
Struktur Protein
Struktur tersier
Struktur tersier protein adlh lipatan
secara keseluruhan dari rantai
polipeptida sehingga membentuk
struktur 3 dimensi tertentu. Sebagai
contoh, struktur tersier enzim sering
padat, berbentuk globuler
Ada gabungan alpha helix dgn beta
pleated sheet membentuk gumpalan
Struktur Protein
Struktur kuartener
Bbrp protein tersusun atas lebih dari
satu rantai polipeptida. Struktur
kuartener menggambarkan subunit-
subunit yg berbeda dipak bersama-
sama membtk struktur protein
Gabungan ikatan tersier (4 ikatan
tersier jadi satu membentuk
haemoglobin)
PENGGOLONGAN
PROTEIN
PROTEIN SEDERHANA
jika dihidrolisis hanya
menghasilkan asam amino
saja
1. Albumin
2. Globulin
3. Glutelin
4. Prolamin
5. Skleroprotein
PROTEIN KONJUGASI
1. Fosfoprotein
2. Lipoprotein
3. Nukleoprotein
4. Glikoprotein
5. Kromoprotein
JENIS TERSUSUN OLEH TERDAPAT PADA
NUKLEOPROTEIN PROTEIN + AS. - INTI SEL
NUKLEAT - KECAMBAH BIJIAN

GLIKOPROTEIN - MUSIN PD KLJR


PROT + KARBOHIDRAT LUDAH
- TENDOMUSIN PD
FOSFOPROTEIN TENDON
PROTEIN + FOSFAT - KASEIN SUSU
YANG MENGANDUNG - VITELIN PAD
LESITIN KUNING TELUR
KROMOPROTEIN
PROTEIN + PIGMEN - HAEMOGLOBIN
(ION LOGAM)
- SERUM DARAH
LIPOPROTEIN
PROTEIN + LEMAK - KUNING TELUR
- SUSU
- DARAH
KEKURANGAN KONSUMSI PROTEIN

1. KUASHIORKOR ANAK BERHENTI TUMBUH

CIRI : - APATIS
- NAFSU MAKAN KURANG
- REWEL
- WAJAH BENGKAK SEPERTI BULAN
- KAKI BENGKAK
- KULIT MERAH MENGELUPAS
- GEJALA SPESIPIK : OEDEM
2. KKP (MARASMUS)
ANAK BATITA & IBU ANDUNG-TEKI

CIRI : - TUBUH KURUS SEKALI


- MUKA SEPERTI ORTU

3. BUSUNG LAPAR
CIRI : TERDAPAT OEDEM POSITIF PADA
ANGGOTA BADAN, KHUSUSNYA KAKI
BAGIAN BAWAH
Asam Amino
merupakan unit
penyusun protein
Struktur:
satu atom C sentral
yang mengikat secara
kovalent:
gugus amino,
gugus karboksil,
satu atom H dan
rantai samping (gugus
R)
Gugus R rantai samping yang berbeda-beda
pada setiap jenis asam amino
Gugus R yang berbeda-beda tersebut
menentukan:
-. Struktur
-. Ukuran
-. Muatan elektrik
-. Sifat kelarutan di dalam air
SIFAT ASAM AMINO
1. TITIK LELEH > 200 0C
2. LARUT DALAM AIR DAN PELARUT POLAR
3. MEMPUNYAI MOMEN DIPOL YANG BESAR
4. SEMUA ASAM AMINO, KECUALI GLISIN
MEMPUNYAI ATOM C ASIMETRIS SHG ADA
KEAKTIFAN OPTIS
5. SEMUA ASAM AMINO BERSIFAT AMFOTER
6. PADA pH ISOELEKTRIK MUATAN + DAN SAMA
BESAR SHG TDK BERGERAK DLM MEDAN
LISTRIK
7. KURANG ASAM DIBANDING SEBAGIAN BESAR
ASAM KARBOKSILAT
8. KURANG BASA DIBANDING SEBAGIAN BESAR
AMINO
Sumber-sumber Aa

Protein tanaman: biasanya kekurangan 1 atau


lebih Aa
Protein jagung: sedikit lisin & triptofan
Protein padi: sedikit lisin& treonin
Protein kedele: protein nabati terbaik, sedikit
metionin
Aa terdiri dari dua gugus fungsional: gugus
amina (-NH2) bersifat basa dan gugus
karboksil (-COOH), asam dan melepas P
O

H2N C C OH

Produk yg dihasilkan zwitterion = senyawa


dg kation dan anion merupakan bgn dari mol
yg sama R O

H3N C C O

H
AMINO ACIDS

Some contain minerals such as iron,


copper, zink, iodine, sulphur and
phosphate.
Amino acids devided into two
categories essential and non-
essential
Essential amino acids cannot be
synthesised in the body, therefore
they must be included in the diet.
Non-essential amino acids are those
wich can be synthesised in the body.
The nutritional value of a protein
Essential and non-essential
amino acids
Essential amino acids non-essential amino acids
Isoleucine Alanin
Leucine Arginine
Lysine Asparagine
Methionine Aspartic acids
Phenylalanin Cysteine
Threonine Cystine
Tryptophan Glutamic acids
Valine Glutamine
Histidine Glycine
Hydroxyproline
Proline
Serine
Tyrosine
Asam amino standar
Asam amino yang
menyusun protein
organisme ada 20 macam
disebut sebagai asam
amino standar
Diketahui asam amino ke
21 disebut selenosistein
(jarang ditemukan)
Terdapat di beberapa
enzim seperti gluthatione
peroxidase (dalam dinding
sel darah merah)
Asam amino non standar
Merupakan asam
amino diluar 20 mcm
as. Amino standar
Terjadi karena
modifikasi setelah
suatu asam amino
standar menjadi
protein (sudah bereaksi
dgn seny. lain)
modifikasi serin
Kurang lebih 300 asam
yang mengalami
amino non standar
fosforilasi oleh
dijumpai pada sel
protein kinase
modifikasi prolin dlm proses
modifikasi posttranslasi, oleh
prokolagen prolin hidroksilase.

Ditemukan pada kolagen untuk


menstabilkan struktur

Dari modifikasi Glu oleh vit


K.
karboksi glutamat mampu
mengikat Ca penting utk
penjendalan darah.
Ditemukan pd protein
protombin
Modifikasi lisin. Terdapat di kolagen dan miosin
(protein kontraksi pd otot) dan berperan untuk sisi
terikatnya polisakarida
Beberapa ditemukan asam amino nonstandar yang
tidak menyusun protein merupakan senyawa
antara metabolisme (biosintesis arginin dan urea)
Klasifikasi Asam amino
Diklasifikasikan berdasar gugus R (rantai
samping)
Biasanya sifat-sifat seperti: hidrofobik/hidrofilik,
polar/non polar, ada/tidaknya gugus terionisasi

AROMATIK
NON
POLAR POLAR
Asam amino

BASIC (+) ACIDIC (-)


Asam amino non polar
Memiliki gugus R alifatik
Glisin, alanin, valin, leusin, isoleusin dan
prolin
Bersifat hidrofobik. Semakin hidrofobik suatu
a.a spt Ile (I) biasa terdapat di bagian dlm
protein.
Prolin berbeda dgn a.a siklis. Tapi
mempunyai byk kesamaan sifat dgn
kelompok alifatis ini.
Umum terdapat pada protein yang
berinteraksi dengan lipid
Asam amino polar
Memiliki gugus R yang tidak bermuatan
Serin , threonin, sistein, metionin, asparagin,
glutamin
Bersifat hidrofilik mudah larut dalam air
Cenderung terdapat di bagian luar protein
Sistein berbeda dgn yg lain, karena ggs R
terionisasi pada pH tinggi (pH = 8.3) sehingga
dapat mengalami oksidasi dengan sistein
membentuk ikatan disulfide
(-S-S-) sistin (tdk tmsk dlm a.a. standar
karena selalu tjd dari 2 buah molekul sistein
dan tidak dikode oleh DNA)
Asam amino dengan gugus R
aromatik
Fenilalanin, tirosin dan triptofan
Bersifat relatif non polar hidrofobik
Fenilalanin bersama dgn V, L & I a.a plg
hidrofobik
Tirosin gugus hidroksil , triptofan cincin
indol
Sehingga mampu membentuk ikatan
hidrogen penting untuk menentukan
struktur ensim
Asam amino aromatik mampu menyerap
sinar UV 280 nm sering digunakan utk
menentukan kadar protein
Asam amino dengan gugus R
bermuatan positif
Lisin, arginin, dan histidin
Mempunyai gugus yg bsft basa pd rantai
sampingnya
Bersifat polar terletak di permukaan
protein dapat mengikat air.
Histidin mempunyai muatan mendekati netral
(pd gugus imidazol) dibanding
lisin gugus amino
arginin gugus guanidino
Krn histidin dpt terionisasi pada pH mendekati
pH fisioligis sering berperan dlm reaksi
enzimatis yg melibatkan pertukaran proton
Asam amino dgn gugus R bermuatan
negatif

Aspartat dan glutamat


Mempunyai gugus karboksil pada rantai
sampingnya bermuatan (-) / acid pada pH 7
ASAM NUKLEAT
1879, Albrecht Kossel menemukan
asam nukleat yang tersusun oleh
suatu gugus gula, gugus fosfat, dan
gugus basa
GULA RIBOSA
Gula pada asam nukleat adalah
ribosa.

Ribosa (-D-furanosa) adalah


gula pentosa (jumlah karbon
5). 5

4 1
Perhatikan penomoran.

Dalam penulisan diberi tanda 3 2


prime(') untuk membedakan
penomoran pada basa nitrogen
PERHATIKAN

Ikatan gula ribosa dengan basa nitrogen (pada atom karbon nomor
1).
Ikatan gula ribosa dengan gugus fosfat (pada atom karbon nomor
5).
Gugus hidroksil pada atom karbon nomor 2
BASA NITROGEN
Basa nitrogen berikatan dengan ikatan-b pada atom karbon
nomor1' dari gula ribosa atau deoksiribosa.
Pirimidin berikatan ke gula ribosa pada atom N-1 dari
struktur cincinnya.
Purin berikatan ke gula ribosa pada atom N-9 dari struktur
cincinnya.
BASA PIRIMIDIN DAN PURIN

Perhatikan struktur cincinnya


BASA-BASA DALAM ASAM
NUKLEAT
GUGUS FOSFAT

Nukleosida (Gula Ribosa yang berikatan


dengan basa nitrogen) + satu atau lebih
gugus fosforil disebut nukleotida
Struktur asam nukleat
Pada manusia dan organisme2 lain, asam nukleat
merupakan pembawa
informasi genetik
2 macam asam nukleat : DNA (deoxyribonucleic acid) dan
RNA (ribonucleic acid), keduanya tersusun atas :
Adenin (A)
Basa nitrogen : purin
Guanin (G)
Thymin (T)
pyrimidin Cytosin (C)
Uracil (U)
Sugar
Phosphat
DNA
Tulang
NAA
punggung :
Fosfat-gula
Basa dalam
untai
Antiparalel

Polaritas :
53 vs 35

Komplemen :
Pasangan basa
(C=O dan N-H
basa
antar
polinukleotida)
DNA RNA
Gula: deoksiribosa Gula: ribosa
Basa: AGCT Basa: AGCU
Untai ganda Untai tunggal
Pada atom C no 2 Pada atom C no 2
tidak ada oksigen ada oksigen
Prokariot: sitolasama sitoplasma
Eukariot: inti inti dan
sitoplasma
Penyimpan informasi Hasil transkripsi
DNA
Basa nitrogen : A, G, T, C
Sugar : deoxyribose
Phosphat
Tiap unit basa dengan sugar
dan phosphat disebut 1 nukleotida
DNA

Molekul DNA tdd 2 rantai nukleotida yg


membentuk double helix, dg arah berlawanan
Ke dua rantai berikatan dg ikatan hidrogen
antara A-T (2 ) dan G-C (3)
Bila satu pita 5-ATGC-3 , maka pasangan
komplementernya adl. 5-GCAT-3 dan bukan
5-TACG-3
Chargaffs rule : A:T = 1:1
G:C = 1:1
RNA
Single stranded
Type :
1. mRNA : nukleus dan sitoplasma
2. tRNA : sitoplasma
3. rRNA : ribosom dan nukleolus
4. hnRNA : nukleus
5. smRNA : nukleus
RIBONUKLEOTIDA
Gula ribosa yang berikatan
dengan basa nitrogen
(dalam contoh di samping
adalah suatu pirimidin,
urasil dan sitosin) pada
atom karbon nomor 1nya
disebut ribonukleosida
(dalam contoh di samping
adalah uridin dan sitidin).
Ribonukleosida yang
terfosforilasi pada atom
karbon nomor 5nya disebut Penyampaian ribonukleotida
ribonukleotida (dalam biasanya dalam bentuk
contoh di samping adalah singkatan (misalnya) U, atau
uridilat atau sitidilat) UMP (uridin monofosfat)
ASAM NUKLEAT
Monomer nukleotida dapat berikatan
satu sama lain melalui ikatan
fosfodiester antara -OH di atom C nomor
3nya dengan gugus fosfat dari nukleotida
berikutnya.
Kedua ujung poli- atau oligonukleotida yang
dihasilkan menyisakan gugus fosfat di
atom karbon nomor 5' nukleotida pertama
dan gugus hidroksil di atom karbon nomor
3' nukleotida terakhir.
NUKLEOTIDA DAN ASAM
NUKLEAT
Ribonukleotida adalah
penyusun RNA

Ribonukleotida
RNA
HASIL PENELITIAN
CHARGAFF
1. Asam nukleat yang diisolasi dari
berbagai jaringan organisme yang
sama memiliki komposisi basa yang
sama
2. Komposisi basa Asam nukleat beragam
pada organisme yang berbeda
3. Komposisi basa Asam nukleat suatu
spesies tidak berubah oleh umur,
nutrisi, dan lingkungan
4. Jumlah residu adenin selalu setara
dengan jumlah residu timin, sedangkan
jumlah residu guaninn selalu setara
KESIMPULAN PENELITIAN
CHARGAFF

Asam nukleat merupakan bahan


penentu sifat mahluk hidup
Asam nukleat diturunkan/ditransfer
dari induk ke keturunannya
RIBOSA vs DEOKSIRIBOSA
Turunan penting dari ribosa
adalah 2'-deoksiribosa, sering
hanya disebut deoksiribosa,
yang pada karbon nomor 2nya
OH digantikan oleh H.
Deoksiribosa ditemukan di
DNA (deoxyribonucleic acid)
Ribosa ditemukan di RNA
(ribonucleic acid).
Penggantian OH oleh H di
atom C nomor 2
mempengaruhi struktur!
DNA RNA
STRUKTUR DNA
DNA terdiri atas dua
rangkaian heliks anti-
paralel (paralel
berlawanan arah) yang
melilit ke kanan suatu
poros.
Ukuran lilitan adalah 36 ,
yang mengandung 10.5
pasangan basa per
putaran.
Kerangka yang berselang-
seling antara gugus
deoksiribosa dan fosfat
terletak di bagian luar.
Ikatan hidrogen antara
basa purin dan pirimidin
RANGKAIAN BENANG DNA
Basa penyusun suatu benang DNA yang
antiparallel tidak sama melainkan bersifat
komplemen terhadap benang
pasangannya.

Basa C berpasangan dengan G, sedangkan


A dengan T. Hal ini sangat bemanfaat
dalam kaitan untuk penyimpanan dan
pemindahan.
Fungsi asam nukleat
2 fungsi utama :
sintesa protein
transmisi informasi dari 1 generasi
ke generasi lain
Protein : terdiri dari asam-amino asam-
amino
contoh : enzim, hormon, reseptor
DIMANA ASAM NUKLEAT
BERPERAN?
DNA mengandung gen, informasi yang mengatur sintesis protein
dan RNA.
DNA mengandung bagian-bagian yang menentukan pengaturan
ekspresi gen (promoter, operator, dll.)
Ribosomal RNA (rRNA) merupakan komponen dari ribosom,
mesin biologis pembuat protein
Messenger RNAs (mRNA) merupakan bahan pembawa informasi
genetik dari gen ke ribosom
Transfer RNAs (tRNAs) merupakan bahan yang menterjemahkan
informasi dalam mRNA menjadi urutan asam amino
RNAs memiliki fungsi-fungsi yang lain, di antaranya fungsi-fungsi
katalis
Asam nukleat vs protein
Nukleotida Asam amino
Polaritas 5 3 Polaritas N
C
Ikatan Ikatan
peptida
fosfodiester
Penyimpan Hasil
ekspresi DNA
informasi
Terima
Kasih