6.

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Acepcin de
Biologa Sinttica
Biologa Sinttica
Conocimientos sobre la naturaleza de la
informacin gentica.
Bacterias
Son los organismos celulares ms simples y ms abundantes en la
Tierra.

Tenemos una idea bastante clara acerca de:

Cmo funcionan los genes bacterianos,
En qu forma interactan unos con otros,
Con cules patrones dependiendo de las condiciones
ambientales- se encienden y se apagan, y
Cmo adquieren nueva informacin gentica estos
microorganismos.
Anlisis genmicos
Ms de 1 000 genomas bacterianos se han secuenciado.

Hemos obtenido un inmenso arsenal de nociones.

Nos permite analizar el plano de vida de un organismo.

Podemos realizar nuestros propios diseos

basado o inspirados en lo que ocurre en la naturaleza.

Biologa sinttica
Definicin de Biologa sinttica
La tecnologa requerida para la produccin de las
primeras bacterias modificadas genticamente que
poseen uno o pocos genes ajenos a su patrimonio
gentico original.
La ciencia y a las tcnicas utilizadas para disear y construir bloques
de genes que confieran a los organismos caractersticas y funciones
nuevas, que no existen en la naturaleza.
Ejemplos de posibles aplicaciones
La modificacin de microbios para que tengan:
la capacidad de degradar compuestos sintticos o
producir biocombustibles,

La creacin de nuevos organismos vivos, diseados

en el escritorio, y luego generados a partir de
ingredientes qumicos obtenidos en el laboratorio.
Tres requisitos que los seres deben cumplir para que
pueda considerarse que realmente estn vivos:
1. Ser capaces de automantenerse, es decir, tener un
metabolismo;
2. Poder reproducirse;
3. Poseer la capacidad de evolucionar.

Establecer exactamente qu compuestos, qu genes y qu

protenas se requieren para cumplir esos tres requisitos.
 BIOLOGA SINTTICA

La Biologa Sinttica se define como la sntesis de

biomolculas o ingeniera de sistemas biolgicos con
funciones nuevas que no se encuentran en la naturaleza.
La biologa sinttica trasciende la mera manipulacin microbiana y
pone en cuestin conceptos centrales de la evolucin.

Fases que ha recorrido:

1) La era de la gentica o la biotecnologa. Comenz en los aos
setenta con la modificacin del genoma de microorganismos.

2) La elaboracin y desarrollo de una genmica sinttica asociada

a la fabricacin de nuevos frmacos y produccin de
biocombustibles y alimentos genticamente modificados.

3) Se pretende la sntesis completa de genomas, la creacin

incluso de especies enteramente nuevas.
Programming biological operating systems:
genome design, assembly and activation
 Options for genome assembly.

TAR, transformation-associated recombination.

A synthetic genome activated in a cell-free
environment will give the same outcome as a genome
activated through genome transplantation.
A futuristic vision for designing synthetic organisms on demand
Tecnologas de Biologa sinttica
1. Expansin del cdigo gentico
Introduccin de nuevas unidades sintticas
y obtencin de protenas sintticas.

2. Circuitos genticos
Formados por genes y sus reguladores

3. Genoma mnimo
Identificar la configuracin mnima de genes necesarios para permitir
a las clulas artificiales replicarse de manera autnoma.

4. Evolucin dirigida
Recombinacin de mltiples secuencias de ADN para crear libreras
de genes quimricos.

5. Ingeniera gentica in slico

Construccin de modelos que puedan predecir el comportamiento
del circuito gentico en el interior de las clulas
Figure 3: Catabolism of hexoses inPseudomonas spp: one substrate,
different strategies
Glycolysis (from 'glykys', meaning sweet, and 'lysis', meaning splitting) is
the metabolic process that converts glucose into pyruvate. The free energy
that is released from these bioreactions is used to form high-energy bonds
(in ATP)
The metabolic heart of Pseudomonas putida KT2440
Lacking 6-phosphofructokinase, most Pseudomonasspecies metabolize
C3 and C6 sugars via the EntnerDoudoroff pathway (instead of the
EmbdenMeyerhofParnas pathway). In the first step of hexose
catabolism, glucose is transported throug
Aplicaciones de la biologa sinttica
Biomedicina
Desarrollo de nuevos frmacos, la terapia gnica, la reparacin y
regeneracin de tejidos y la reprogramacin celular.
Frmacos
Desarrollo de materiales de encapsulacin as como de enzimas que
produzcan la liberacin del frmaco.
Genmica personalizada
Desarrollar frmacos a la carta. Formulacin, dosis, cintica de
liberacin, y patrn de glicosilacin.
Terapia gentica
La capacidad de llevar el transgn a la clula diana.
Reparacin y regeneracin de tejidos
Diseo de sistemas moleculares formados por sensores capaces de
reconocer la existencia de daos en determinados tejidos, unido a un
grupo de enzimas capaces de reparar el dao.
Reprogramacin celular
Reprogramacin del sistema inmunitario para de combatir
enfermedades infecciosas, as como la regeneracin de rganos.
Ambiente
Biorremediacin
El empleo de bacterias y hongos modificados para eliminar compuestos
txicos.

Explotacin de reservas mineras de baja calidad

Diseo de microorganismos capaces de extraer minerales presentes en
bajas concentraciones.

Seguridad de organismos transgnicos

Proporcionar un mecanismo de control de estos organismos, ya que su
presencia dependera exclusivamente del aporte de percusores de cidos
nucleicos no naturales, los cuales no se encuentran en la naturaleza.

Biosensores
Dispositivos compactos de anlisis que se componen de un elemento
capaz de reconocer e interaccionar con sustancias o microorganismos de
inters, y de un sistema electrnico que permite procesar la seal
producida por esta interaccin
The production of advanced biofuels.
Ecological habitats of Pseudomonas spp.
Energa

En primer lugar, es necesario identificar el nmero de genes mnimos e

indispensables para la vida, para posteriormente redisear rutas
metablicas novedosas encaminadas a la produccin de energa.

1. La produccin de hidrgeno o etanol,

2. La conversin eficiente de residuos en energa y
3. La conversin de energa solar en hidrgeno.

Nuevos biomateriales

Materiales farmacolgicamente inertes, utilizados para ser incorporados o

implantados dentro de un sistema vivo para reemplazar o restaurar alguna
funcin permaneciendo en contacto permanente o intermitente con
fluidos corporales.
La creacin
de una clula
bacteriana
controlada
por un
genoma
sinttico.
Diseo gentico
El trmino biologa sinttica surgi en los aos 80:
La tecnologa requerida para la produccin de las primeras
bacterias modificadas genticamente que posean uno o pocos
genes ajenos a su patrimonio gentico original.

Se refiere a la ciencia y a las tcnicas utilizadas para disear y

construir bloques de genes que confieran a los organismos
caractersticas y funciones nuevas que no existen en la naturaleza.
Vida
Todos los seres vivos deben cumplir con tres requisitos para que
pueda considerarse que realmente estn vivos:

1) Ser capaces de automantenerse, tener un metabolismo;

2) Poder reproducirse; y
3) Poseer la capacidad de Evolucionar.
Organismos artificiales
El da 20 de mayo de 2010, Daniel Gibson, Craig Venter y otros
cientficos publicaron en la revista Science, un artculo con ttulo
"Creacin de una clula bacteriana controlada por un genoma
sintetizado qumicamente.

Por primera ocasin, el material gentico de un organismo

(genoma) se disea por mtodos bioinformticos
(computacionales), se sintetiza qumicamente y se trasplanta a una
clula husped, para dar origen a un organismo nuevo cuyas
funciones dependen exclusivamente de las instrucciones que se le
introdujeron.
 Genoma

A, Archaea; B, Bacteria; d, Marcos de Lectura Abiertos; e, Cromosoma lineal

El nmero mnimo de genes requerido para que una
clula pueda ser considerada como viva.
En 1996, luego de anlisis comparativos entre los genomas de
Mycoplasma y Haemophilus realizados con herramientas
bioinformticas, los doctores Koonin y Mushegian, estimaron que
ese nmero mnimo es de 256 genes.

Venter y sus colaboradores, al destruir uno a uno los genes de

Mycoplasma genitalium determinaron cules genes son esenciales
para la vida y cules no. Llegaron a la conclusin de que solamente
se necesitan 425 genes para generar un organismo con vida
independiente.
Mycoplasma genitalium
477 genes
37 codifican los tRNA, rRNA y otros RNA
297 codifican protenas
153 implicados en la replicacin, transcripcin y traduccin
29 codifican protenas de la membrana y estructuras superficiales,
39 implicados en el transporte a travs dela membrana
71 participan en la conversin de energa y en el metabolismo
11 participan en la regulacin del ciclo celular.
The quest for an optimal synthetic biology chassis
Los primeros xitos
En 2007, Venter y colaboradores publicaron en Science "Trasplantes
de genomas en bacterias: cambiando una especie en otra".

Meses despus, en la misma revista publican "Sntesis qumica

completa, ensamblaje y clonacin del genoma de Mycoplasma
genitalium".

Estrategia
El genoma ideal para trabajar no era el de Mycoplasma genitalium,
sino el de Mycoplasma mycoides, un organismo de genoma ms
grande, pero mucho ms fcil de manejar en el laboratorio.

El utilizar como clula husped a Mycoplasma capricolum, con

caractersticas genticas y fisiolgicas que permiten diferenciar
perfectamente las dos especies de Mycoplasma.
ADN artificial
El equipo de Gibson y Venter sintetiz qumicamente 1 078
fragmentos de ADN, de poco ms de 1 000 pares de bases (pb)
cada uno, que abarcaban la totalidad del genoma diseado.

Ensamblaron los fragmentos de 10 en 10, para acabar con una

coleccin de 109 casetes de cerca de 10 000 pb cada uno.

Luego de purificar los 109 casetes y "pegarlos nuevamente en

grupos de 10, en un orden establecido, para lograr 11 segmentos
ensamblados de alrededor de 100 000 pb cada uno.

Se purificaron los 11 segmentos y se pegaron en el orden

requerido y de esta manera llegar finalmente a una sola molcula
de aproximadamente 1.1 millones de pb:
el genoma completo artificialmente diseado.

Este ensamblaje se hizo dentro de la levadura de la cerveza

(Saccharomyces cerevisiae).
A) Diseo E) Genoma artificial
B) Sntesis F) Trasplante
qumica G) Transformacin
C) Casetes
2016
Evadir el sistema de defensa de la clula husped
Purificaron las ADN metilasas de Mycoplasma capricolum, y las
usaron para proteger su genoma artificial.

Transformacin
Se incub el ADN protegido del genoma sinttico con las clulas de
Mycoplasma capricolum, en presencia de polietilenglicol, que
promueve la entrada del ADN a las clulas, que al recibir el genoma
sinttico eliminaron el propio.

Seleccin
Introdujeron en el genoma sinttico un gen de resistencia a
tetraciclina y otro gen que provoca que las clulas se vuelvan
azules en presencia de un reactivo qumico especial.
Genetic traps to identify biotransformations
La clula mnima
Foster y Church crearon en 2006, un organismo vivo
sustancialmente sinttico.

Su idea: fabricar, a partir de molculas, un sistema qumico capaz

de replicacin y evolucin.

Procediendo de abajo a arriba, montaron un ser vivo a partir de sus

componentes; las molculas se ensamblaron en subunidades, que
formaron unidades mayores, etc.

Eligieron el genoma fijndose en los genes homlogos de genomas

de diversos grupos de organismos. Llegaron a un genoma que
constaba solo de 151 genes y 113 000 pares de bases de largo.
Sintetizaron el genoma en una esfera ceida por una bicapa lipdica
y rellena de enzimas macromoleculares codificadas por 151 genes y
un inventario mnimo de pequeas molculas necesaria para la
vida.

Todo el sistema pudo emerger a la vida mediante la adicin de

ribosomas sintticos, factores de traduccin y otras estructuras
inspiradas en las clulas de E. coli.

Con el tiempo habra de producir una clula mnima sinttica,

autorreplicante y autosuficiente.

Para evitar que la clula se replique fuera de las paredes del

laboratorio, introducen una dependencia de nutrientes que no se
encuentran en ningn otro ambiente.
Five hard truths for synthetic biology

Many of the parts are undefined. The truth is that many of the parts are
not well characterized, or work unpredictably in different configurations
and conditions.

The circuitry is unpredictable. Cells can simply be rewired. The

magazines Scientific American (top) and IEEE Spectrumportrayed synthetic
biology as being similar to microchip design or electrical wiring. Although
computational modelling may help scientists to predict cell behaviour, the
cell is a complex, variable, evolving operating system, very different from
electronics.
The complexity is unwieldy

Many parts are incompatible

Variability crashes the system. A promise of unprecedented

power Nature has portrayed synthetic biologists as wielding the power to
hack life (right), and in its Guide to Synthetic Biology, the civil society
organization ETC Group even likened their activity to playing God. But in
reality, the field has yet to deliver much of practical use.
Lengths and costs of different oligo and gene synthesis technologies
Phosphoramidite chemistry
Different strategies for dealing with microarray oligo complexities
Comparison of reported error rates from error-correction techniques
 Diseo del
cromosoma artificial
SynIII
 Diseo del cromosoma artificial SynIII

A y B. Sitios de insercin loxPsym

C. Codn de paro TAG al editado TAA

Diamantes verdes, sitios loxPsym incrustados en la regin no traducida 3 '(UTR) de

los genes no esenciales; Crculos fucsia, codones de terminacin sintticos (TAG
recodificado a TAA).
Narayana Annaluru et al. Science 2014;344:55-58
 Construccin de SynIII

Oligonucletidos
RE, Enzima de restriccin, XmaI o NotI
LEU e IRA, marcadores genticos de codificacin alternativa

Narayana Annaluru et al. Science 2014;344:55-58

 AVANCES EN
BIOLOGA SINTTICA
Herramientas Bioinformticas
Bases de datos sobre microorganismos

Circuitos genticos, esto es, conjuntos de genes que

dan lugar al "encendido" o "apagado" de otros genes.

Seleccin y ensamblaje de combinaciones de circuitos genticos

que permitan armar un microorganismo "a la carta", que no
existe en la naturaleza y que podr desarrollar funciones
preprogramadas:

Generar biocombustibles,
Detectar enfermedades genticas o
Eliminar tumores malignos.
Nuevas formas de sntesis
Produccin de biofrmacos y nanoestructuras
Produccin de quimeras
En 2012 Randy Lewis de la Universidad Estatal de Utah

Cabras a las que se les introdujo un gen de araa para que

produjeran en su leche una protena indispensable para fabricar
tela de araa.

Recolectar y purificar su leche para obtener la protena deseada.

Produccin de Artemisinina
En 2003 Jay Keasling, Universidad de California, Estados Unidos
Introdujo un circuito gentico para producir en Escherichia coli un
precursor qumico de la artemisinina, frmaco contra el paludismo.

En 2010 la compaa LS9 modific

genticamente a E. coli para que
produjera alcanos y alquenos
(constituyentes bsicos de la
gasolina, el diesel y la turbosina).

Es viable transferir la capacidad

de fabricar protenas y enzimas,
de transformar carbohidratos en
combustibles de bajo costo.
Funcionamiento de los circuitos genticos y un sistema
autorreplicable
Agustino Martnez Antonio del Laboratorio de Biologa Sinttica y
Biosistemas del Centro de Investigacin y Estudios Avanzados (Cinvestav)
Unidad Irapuato.

Una molcula de ADN con los

genes necesarios para que se
forme una protena o un
complejo de protenas y pueda
hacer copias, para producir a
menor costo licopeno,
betacaroteno y melanina
(compuesto usados en la
industria alimentaria), adems
de biocombustibles.
2006. Tom Knight. Fundacin Biobricks (BBF), del
Instituto Tecnolgico de Massachusetts (MIT), Estados
Unidos.
Establecer una plataforma comn con estndares tcnicos para la
fabricacin de piezas biolgicas sintticas intercambiables.
Partes biolgicas estandarizadas que sean seguras, ticas, efectivas
y pblicamente accesibles.

El protocolo de ensamblaje 10, basado en el uso de enzimas de

restriccin,, fue el primero en usarse. Este mtodo permite
construir mdulos que son funcionales, pero tiene ciertas
limitaciones. Por ejemplo, al ligar dos bioladrillos se producen entre
ellos pares de bases "cicatriz" que no son reconocidas por las
enzimas de restriccin (no "encajan" completamente en el
rompecabezas) lo cual impide la formacin de protenas quimricas,
es decir, resultantes de la fusin de dos o ms genes que
originalmente codificaban para dos protenas distintas.
Silver o Biofusin
Pamela Silver, de la Universidad de Harvard
Permite reducir la longitud de la "cicatriz" de ocho a slo seis
"letras" del ADN, y con ello la fusin de protenas.

Universidad de Friburgo, Alemania

Introdujo el uso de enzimas de restriccin adicionales para cortar
los fragmentos genticos. Aunque conserva el tamao de las
"cicatrices" en seis pares de bases, stas codifican otras protenas
que resultan ms estables.
Otros mtodos de amplificacin y sntesis de
ADN
El ensamblaje Gibson o el SLIC (Sequence and Ligation lndependent
Cloning) permiten armar mltiples partes biolgicas sin necesidad
de cortar o pegar segmentos, no requieren enzimas de restriccin.

Hacen factible unir muchos fragmentos de ADN en una sola

reaccin, sin necesidad de que las piezas sean compatibles.

Esto posibilita un ensamblaje ms eficiente y reproducible de

ADN recombinante con cinco o incluso 10 fragmentos de
manera simultnea.

Nature Methods, febrero de 2007.

Intervencin Masiva Paralela, un mtodo para cambiar
radicalmente el genoma de una bacteria.
George Church, Escuela de Medicina en la Universidad de Harvard

Sustituyeron un codn de stop.

Con dos mtodos cambiaron la
secuencia TAG (aparece 314 veces
en el genoma de E. coli) por TAA.

Este cambio result inocuo.

Al cambiar as el cdigo
gentico las funciones quedan
intactas, pero los virus
invasores no podrn leer dicho
cdigo alterado ni apropiarse
de la maquinaria celular.

Science, 15 de julio de 2011

 PRODUCTOS DE LA
BIOLOGA SINTTICA
Natural Laundry Liquid, un detergente lquido para ropa.
Empresa Ecover, compaa belga.

Contiene un aceite producido por algas cuyo cdigo gentico fue

alterado.

El aceite de algas es un reemplazo del aceite de nuez de palma.

A los ambientalistas les preocupa que los bosques tropicales sean

talados para cultivar palmas.
El jabn Lux de Unilever
Utiliza un aceite de algas hecho por la compaa
Solazyme.

La quimosina del cuajo se obtena, tradicionalmente, del

estmago de terneros.

Desde finales de los 90, ha sido generado por un

microbio al que le fue insertado el gen bovino.
Biologa sinttica. Se altera el cdigo gentico de forma
extensa.

Genes artificiales. Se sintetiza el ADN en computadoras

y se inserta en organismos.

Bacterias, hongos y otros organismos producen

sustancias que no producen naturalmente.
Etiquetado de los productos
Activistas de consumidores y Grupos ambientalistas han
pedido que el etiquetado revele si se utiliz biologa
sinttica para elaborar los ingredientes de los productos.

Que los consumidores sepan lo que estn comprando.

Principales fuentes:
Cmo ves? Ao 12, No. 140, Universidad Nacional Autnoma de
Mxico, julio de 2010.

Church, G. y Regis, E. Regenesis. How synthetic biology will

reinvent nature and ourselves, Basic Books, Nueva York, 2012.

Hernndez Andreu, Jos Miguel, BIOLOGA SINTTICA, en Garca,

Jos Juan (director): Enciclopedia de Biotica, URL:
http://enciclopediadebioetica.com/index.php/todas-las-
voces/204-biologia-sintetica