Struktur dan Fungsi Protein

Protein merupakan makromolekul yang sangat serbaguna pada

makluk hidup dan melakukan fungsi yang sangat vital dalam
seluruh sistem biologis

Proteins disusun oleh 20 jenis asam amino

3.2 Struktur primer: asam amino yang dihubungkan oleh ikatan
peptida membentuk rantai polipeptida
3.3 Struktur sekunder: ikatan polipeptida terlipat menjadi
struktur yang reguler seperti alpha helix, beta sheet, & loops
3.4 Struktur tersier: protein yang larut dalam air terlipat menjadi
struktur yang kompak dengan inti yang non-polar
3.5 Struktur Kwartener: rantai-rantai polipeptida dapat
membentuk menjadi struktur multi-sub-unit
3.6 untaian asam amino dari suatu protein menentukan struktur
3-dimensinya. 1
 Sifat dan Fungsi protein
1. Protein adalah polimer linear, disusun oleh unit monomer
asam amino secara spontan melipat menjadi struktur 3-dimensi

2. Protein memiliki sejumlah gugus fungsi - alkohol,

thiol, thioether, asam karbosilat, karboksiamida, & beberapa
gugus basa - contoh. Penting untuk fungsi enzim

3. Protein dapat berinteraksi satu dengan yang lain, &

dengan mkaromolekul biologis lain untuk membentuk susunan
kompleks mesin makromolekuler

4. Beberapa protein cukup kaku, tetapi, yang lain menunjukkan

fleksibilitas terbatas komponen struktur pada cytoskeleton
bagian v yang bekerja sebagai engsel, pegas
& handle (engkol) atau tuas 2
 Struktur menggambarkan Fungsinya

Struktur protein
Memungkinkan replikasi
DNA tanpa memisahkan
mesin pengreplikasi

3
 Sebuah susunan protein kompleks

Hasil miroskop elektron

dari jaringan serangga

Susunan heksagonal
dari dua jenis filamen
protein

4
 Fleksibilitas dan Fungsi

Ion besi terikat pada lactoferrin: perubahan konformasi,

perbedaan antara bentuk yang berbeda

5
ASAM AMINO

6
 Protein subunits: -amino acids: isomer L & D
Hanya asam L-amino yang ditemukan dalam proteins.
C Khiral, isomer L & D tidak simetris, kecuali glisin
Gugus R = Rantai samping

Gugus Gugus asam karboksiilat

Amino 7
Bayangan cermin
 Hanya asam L-amino dalam protein
Atom -karbon
Tetrahedral

Pusat khiral C :
Konfigurasi S.
(sinister atau kiri)

Berlawan arah
jarum jam
Pusat khiral
konfigurasi S

Gugus Amino:
Substituen dengan
Prioritas teratas
(menurut no. atom) 8
Keadaan Ionisasi sebagai suatu fungsi pH

9
pH fisiologis ([H+])
 Asam amino sederhana

Ball & stick

Stereo-kimia

Proyeksi
Fischer

10
 Rantai samping: Alifatik/Lurus
M: thioether
(-S-)

Ile: Pusat
Khiral ke-2

Rantai samping
lurus: hidrofobik

11
Rantai samping: Alifatil/Lurus (ball & stick)

12
Rantai samping: Alifatik/Lurus (stereo-kimia)

Val Leu Ile Met

13
Rantai samping: Alifatik/Lurus (Proyeksi Fischer)

14
 Prolin: struktur siklik

Structur Ring : Proline secara konformasi dibatasi, pengaruhnya

pada arsitektur protein

15
Rantai samping: Aromatik

16
 Rantai samping: Aromatik

Gugus Hidroksil (-OH) Cincin indole -

Cincin fenil Gugus metilen
yang reaktif
hydrophobic (-CH2-)
2 cincin menyatu
17
+
gugus NH
 Rantai samping Aromatik

Phe Tyr Trp

Tyr & Trp adalah kurang hidrofobik

karena gugus -OH & -NH

18
 Rantai samping Aromatik
Cincin aromatik memiliki electron terdelokalisasi,
menyerap cahaya UV

Sifat Hidrofobik & Hidrofilik

19
Spektra serapan dari Trp & Tyr

Beers law: A = cl.

Digunakan untuk memperirakan kons.protein

20
 Gugus hidroksil Alifatik

Alanine Valin dengan

terhidroksil gugus hidroksil
menggantikan
gugus metil

Pusat khiral
Ke-2

21
 Sistein (Cysteine)
Mirip Serine dengan gugus sulfhydryl, atau thiol (-SH)
menggantikan gugus hidroksil (-OH)

-SH lebih reaktif dari -OH. -SH pairs dari ikatan disulfida
(aka bridges), kunci utama dalam stabilisasi protein

22
 Asam amino basa

Rantai samping
Polar

Lys & Arg memiliki

Muatan positif
Pada pH netral His bisa
bermuatan
positif
dekat pH
fisiologis
Rantai samping Lys
diakhiri dengan
gugus amino

23
 Arg & His R-group caps

Aromatic ring

(Arginine) (Histidine)

24
 Ionisasi

25
Dekat pH fisiologis
Rantai samping Karbosilat & Karboksamida

26
pKa dari rantai samping yang dapat terionisasi

27
pKa dari bebrapa asam amino

28
Singkatan asam amino

29
 Homoserine
Pembentukan siklik oleh homoserine dapat memutuskan ikatan
peptida (suatu pengecualian)

30
PROTEIN

31
 Struktur primer:
Ikatan Peptida (Peptide bond):
Ikatan antara asam amino

antara gugus -karboksil dari satu AA &

gugus -amino dari AA yang lain

2 asam amino Lepas

Dipeptida H2O

32
 Rantai Polipeptida memiliki arah

N-Terminal C-Terminal

33
 Rantai Utama atau tulang belakang

Rantai utama: bagian yang berulang

Rantai sampaing (R-group) sebagai pembeda: bagian bervasiasi

Asam amino pada rantai polipeptida disebut residu, yang

mengandung,
1 gugus karbonil; penerima ikatan hidrogen yang baik,
1 gugus NH (keculai Prolin); pemberi ikatan hidrogen yang b34aik
 Cross links
Umumnya pada protein ekstraseluler (luar sel)

35
 Ikatan Peptida adalah Datar

Enam atoms (Ca, C, O, N, H, Ca) berada pada bidang datar,

36
dalam sepangan asam amino
 Ikatan Peptida: sifat ikatan rangkap

Mencegah rotasi pada ikatan ini

Panjang ikatan: Dua konfigurasi (cis & trans).

C-N peptide = 1.32 A Hanya trans yang digunakan
C-N ikatan tunggal = 1.49 A
C-N ikatan rangkap = 1.27 A
37
Panjang Ikatan pada ikatan peptida

38
 Posisi Peptida Trans & cis

Konfigurasi Cis memiliki hambatan sterik

Posisi trans sangat diinginkan

Hambatan (efek) sterik

39
 Trans & cis untuk Prolin
N pada Proline N terikat pada 2 karbon tetrahedral:
Hambatan sterik pada kedua bentuk,
kurang diinginkan untuk trans

40
 Rotasi ikatan pada sutau polipeptida
Gugus amino pada C & gugus karbonil pada C merupakan
ikatan tunggal, jadi memungkinkan terjadinya rotasi atau
perputaran
Kekebasan dalam perputaran memungkinkan protein melipat
dalam banyak cara

Sudut dihedral: ukuran rotasi tenang suatu ikatan antara

-180o & +180o
41
 Ramachandran diagram
Kebanyakan kombinasi sudut (75%) dikecualikan oleh
hambatan sterik
Warna Hijau tua sangat diinginkan

Pengecualian sterik: adalah prinsip pengorganisasian yang kuat.

Konformasi terbatas menghendaki pelipatan protein,
entropi yang inginkan dari terlalu banyak konformasi 42
menghambat pelipatan