BIOSINTESIS PROTEIN

Rifda Naufalin

1
Replikasi DNA

Pola replikasi
1. Replikasi DNA, disebut juga sintesis DNA, adalah
semikonservatif: masing-masing untai induk digunakan sebagai
templat pembentukan untai baru sesuai aturan pemasangan basa
2. Replikasi DNA dimulai pada tempat-tempat khusus yang disebut
pangkal replikasi (origin of replication, ori)
3. Kromosom prokariot hanya mempunyai satu ori, sedangkan
kromosom eukariot mempunyai beberapa ori
4. Setiap untai DNA baru disintesis melalui dua mekanisme:
a. Sintesis kontinyu oleh DNA polimerase III dengan arah 5 ke
3 menghasilkan Leading strand
b. Sintesis diskontinyu oleh DNA polimerase III dengan arah 5
ke 3 menghasilkan fragmen pendek ( 1000 nukleotida) yang
disebut fragmen Okazaki pada Lagging strand
 Replikasi DNA

Protein yang berperan dalam replikasi dan mekanisme

replikasi

Helikase membuka Protein pengikat untai Primase mensintesis

untai ganda tunggal menstabilkan DNA untai pendek primer
berpilinDNA yang terbuka RNA

DNA polimerase III DNA polimerase Ligase

memanjangkan RNA lain membuang menggabungkan
primer hanya dalam RNA primer fragmen Okazaki
arah 5'3')
 B. Replikasi DNA

Protein dan enzim yang berperan dalam replikasi dan

mekanismenya
C. Transkripsi

Tipe RNA dan Fungsinya:

1. mRNA: Messenger RNA, membawa informasi untuk sintesis
protein
2. rRNA: Ribosomal RNA, membentuk bagian ribosom.
3. tRNA: Transfer RNA, membawa asam amino ke ribosom
Tahap-tahap Transkripsi
1. RNA polimerase mengikat urutan DNA yang disebut promotor.
2. RNA polymerase mensintesis RNA diarahkan oleh satu untai
DNA cetakan
3. DNA cetakan yang telah ditranskripsi dipilin kembali
4. Sintesis RNA berakhir ketika RNA polimerase mencapai urutan
DNA yang disebut terminator.
5. Molekul RNA baru dan RNA polimerase terlepas dari DNA
cetakan
C. Transkripsi
 TRANSLASI
Biosintesis protein merupakan proses untuk
mengekspresikan informasi genetik dalam sel hidup
yg disebut translasi.

Langkah informasi genetik

Transkripsi
DNA RNA Translasi Protein
Transkripsi balik
Reverse
transcription

7
 Translasi
Translasi melibatkan suatu
sistem
yang membawa mRNA dan
tRNA bersama-sama
mengkatalisis polimerisasi
asam amino - asam amino
menjadi polipeptida

8
 KODON
setiap asam amino dikode oleh tiga nukleotida
43 = 64 kodon
lebih dari cukup untuk mengkode 20 asam amino
hampir semua asam amino dikode oleh lebih dari 1
kodon
kodon urutan 3 nukleotida pada mRNA yang
mencirikan asam amino tertentu
hubungan antara kodon dengan asam amino yang
dikode kode genetic
anti kodon urutan 3 nukleotida yang terdapat
pada tRNA yang merupakan komplemen dari kodon
9
THE GENETIC CODE

10
11
 Wobble Hypothesis

Pada umumnya, setiap asam amino dispesifikasikan

oleh dua nukleotida yang pertama dari kodon
Contoh Proline mempunyai codon : CC-
Valine mempunyai codon : GU-
Jadi basa nitrogen yang ke-3 tidak tertentu
kondisi ini memungkinkan satu tRNA untuk mengenal
lebih dari satu kodon untuk asam amino yang sama
Basa nitrogen yang ke 3 disebut posisi Wobble
( karena ketidakpastian dalam complementary basa
nitrogen antara kodon mRNA dan anti kodon tRNA)
12
 Jumlah tRNA untuk
setiap jenis asam
amino tidak sama
dg jumlah kodon.
Beberapa tRNA
mengandung
nukleosida inosin
(diberi simbol I), I
dpt membentuk
ikatan hidrogen dg 3
bs yang berbeda U,
C, A

FIGURE : Pairing relationship of codon and anticodon

13
The genetic code

14
15
Sintesis protein dari rantai :

1. CCG ATG CCG CTG GAA ATT TTC

2. GGC CCA AAT CCG TTA AAC

16
Biosintesis Protein Terjadi dalam Lima Tahap

17
 Tahap 1: Aktivasi Asam Amino
Each of the 20 amino acids is covalently attached to a specific tRNA
at the expense of ATP energy, using Mg2+ dependent activating
enzymes known as aminoacyl-tRNA synthetases

The esterification reaction catalyzed by an aminoacyl-tRNA synthetase is:

This reaction takes place in the cytosol, not on the ribosom

18
Konformasi Dasar dari Struktur Sekunder tRNAs.
19
20
 Tahap 2 : Inisiasi

Inisiasi dari sintesis polypeptida (protein) pada bakteri membutuhkan:

(1) Sub unit 30S yg mengandung RNA ribosomal 16S

(2) mRNA penyandi polipeptida yang akan dibentuk

(3) fMet-tRNAfMet pemula

(4) Serangkaian protein yg dinamakan faktor inisiasi (IF-1, IF-2, and IF-3)

(5) GTP

(6) the 50S ribosomal subunit

(7) Mg2+.

21
Pembentukan Komplek Inisiasi terjadi dalam tiga tahap:

Tahap Pertama:
sub unit ribosom 30S
mengikat IF-3 yg mencegah
bergabungnya sub unit 30S
dan 50S.
Pengikatan mRNA pd sub
unit 30S terjadi, dg cara
sedemikian rupa sehingga
kodon pemula pd mRNA
yaitu (5)AUG(3) mengikat
lokasi khusus pd sub unit
30S oleh isyarat pemula
khusus (Shine-Dalgarno) pd
mRNA yg terletak pd sisi 5
kodon AUG.
Urutan ini dikenali oleh, dan
berpasangan dengan urutan
komplementernya pd RNA
ribosomal 16S pada subunit
30S, yg menempatkan
mRNA dengan tepat bagi
proses permulaan translasi
22
23
Tahap Kedua:

Kompleks subunit 30S, IF-3

dan mRNA sekarang
membentuk kompleks yg
lebih besar lagi dengan
mengikat protein pengawal
IF-2 yang telah mengandung
GTP terikat dan N-formil-
metionil-tRNAfmet
pengawal, yg ditempatkan
dengan tepat pd kodon
pengawal

24
Tahap Ketiga:
Kompleks berukuran
besar ini bergabung
dg subunit ribosomal
50S.
bersamaan dg itu
molekul GTP yg
terikat IF-2
dihidrolisis menjadi
GDP dan fosfat
segera dibebaskan.
IF-2 dan IF-3 juga
terlepas dr ribosom.
Kompleks yang telah
terbentuk ini disebut
kompleks inisiasi
70S.

25
26
Tahap 3: Perpanjangan (Elongasi)

Untuk tahap perpanjangan dibutuhkan:

1. Kompleks inisiasi
2. Aminiasil-tRNA selanjutnya, yg ditentukan oleh triplet
penyandi selanjutnya pd mRNA
3. Serangkaian tiga protein terlarut dalam sitosol yg
dinamakan faktor perpanjangan Tu, Ts dan G
4. GTP

27
Tahap Pertama:
Aminoasil-tRNA yang
berikutnya pertama-tama
diikat oleh Tu, yg
mengandung molekul mol
GTP terikat.
Kompleks aminoasil-
tRNA-Tu-GTP yg
dihasilkan berikatan
kompleks inisiasi 70S.
Bersamaan dg itu GTP
dihidrolisis dan kompleks
Tu-GDP dibebaskan dr
ribosom 70S,
Kompleks Tu-GTP
dibentuk kembali dari
kompleks Tu-GDP oleh
semua faktor Ts dan GTP.
Aminoasil-tRNA yg baru
terikat pada tempat A pd
ribosom.
28
Tahap Dua: Ikatan Peptida
Ikatan peptida yg baru
dibentuk diantara asam
amino yg tRNAnya terletak
pd pempat A dan P pada
ribosom
Tahap ini dikatalis oleh
enzim peptidil transferase

29
Tahap Tiga: Translokasi
Ribosom bergerak sepanjang
mRNA (translokasi) menuju
ujung 3nya. pergerakan ini
menggeser dipeptidil-tRNA dari
tempat A ke tempat P
Proses ini memerlukan faktor
perpanjangan G dan juga
hidrolisis mol GTP lainnya terjadi
secara bersama.

Ketiga tahap proses

perpanjangan (Elongasi)
polipeptida (Protein) ini
diulangi berkali2

30
Tahap 4: Terminasi & Release
Terminasi polipeptida ini diisyaratkan
oleh satu diantara 3 kodon terminasi
dalam mRNA (UAA, UAG, UGA),
segera setelah kodon asam amino
terakhir dilampaui

Saat ribosom mencapai kodon

terminasi, ada tiga faktor pengakhir
(terminasi yaitu protein R1, R2 dan
S) yang turut serta menyebabkan:
1. Penguraian hidrolitik polipeptida
pd ujung tRNA terakhir dan
melepaskannya dl bentuk
bebas.
2. Pelepasan tRNA terakhir, yg
sekarang kosong dari tempat P
3. Disosiasi ribosom 70S menjadi
subunit 30S dan 50Snya. Siap
untuk memulai pembentukan
polipeptida yang baru. 31
Tahap 5: Folding and Posttranslational Processing
Protein tidak akan aktif secara biologi, sampai terbentuknya
komformasi berlipatnya, yg ditentukan oleh urutan asam
aminonya
antai polipeptida yg baru dibentuk seringkali tidak segera
berubah menjadi konformasi aktif biologiknya, sampai rantai ini
diolah atau mengalai modifikasi kovalen. Perubhan itu disebut
modifikasi pasca translasi,
Beberapa pengolahan dpt terjadi, bergantung pd proteinnya:
modifikasi terminal amino dan terminal karboksil
Terlepasnya urutan pemberi isyarat
Fosforilasi asam amino hidroksi
Reaksi karboksilasi
metilasi gugus R
pengikatan rantai sisi karbohidrat
Penambahan gugus prostetik
pembentukan jembatan disulfida 32
 SINTESIS PROTEIN DIHAMBAT OLEH BERBAGAI ANTIBIOTIKA

1. PUROMISIN
Dibuat dari jamur streptomycesalboniger
mempunyai struktur tang mirip dengan ujung 3aminoasil-tRNA
Senyawa ini bekerja dg menganggu proses perpanjangan rantai
polipeptida karena sifatnya mampu menggantikan aminoasil-tRNA yang
masuk, sehingga menyebabkan pembentukan suatu peptidil-puromisin

FIGURE :Disruption of peptide bond

formation by puromycin. 33
2. Tetracyclines
menghambat sintesisi protein
dengan menutup tempat A pada
ribosom, yg menyebabkan ribosom
tidak mampu mengikat aminoasil-
tRNAS

3. Chloramphenicol
suatu antibiotik yg bekerja
dengan mengganggu aktivitas
enzim peptidil transferase dari
sub unit 50S ribosom

34
 Cycloheximide
Menghambat sintesis oleh ribosom mitokondria atau
ribosom prokariot 70S

Streptomycin, a basic trisaccharide,

menyebabkan kesalahan dalam
membaca sandi genetik

35