Protein & Asam amino

Oleh

Nursal Asbiran

Staf Pengajar
Fakultas Kedokteran Unbrah
Protein
Protein mempunyai peran ganda penting
Sitoskeleton : bentuk dan integritas sel

Kontraktil : aktin , miosin

Transpor oksigen: hemoglobin, mioglobin

Mengusir benda asing : Antibodi

Katalisis reaksi , hasilkan energi ,memecah

dan membentuk biomolekul: Enzim

Replikasi dan transcrip gene , berbagai proses

: mRNA mRNA.
 Reseptor berbagai hormon
Molekular medik, identifikasi protein
(yang ada,yang tidak ada, atau defisiensi
dan kaitannya dengan keadaan fisiologi
spesifik atau penyakit)
Sequensing asam amino pada suatu
protein
Komponen protein
Pemecahan atau hidrolisis protein
menghasil ratusan sampai ribuan
asam amino.
Namun hanya terdapat 20 macam
asam amino.
 Asam amino
Sebagai unit monomer menbangun rantai poliptida
protein

Sbgn besar protein mgdg 20 macam asam amino

tetapi dalam proporsi beragam

Bbrp protein khusus mgdg asam amino yg

diturunkan dari 20 asam amino utama
AA turunan ini memberikan fungsi yg sangat
spesfik kpd protein, sehingga meningkatkan
keragaman biologinya.
 Jenis, Urutan dan hubungan ruang
dari asam amino turut menentukan
struktur dan fungsi protein kompleks
Protein kompleks selain terditi dari
Asam amino juga mengandung heme,
karbohidrat, lipid, asam nukleat dll
 Sifat asam amino

Kode genetik menetukan kespesifikan AA

Dari 300 macam AA hanya 20 monomer
utk membentuk polipeptida (protein)
Kode genetik 3 huruf yg jumlahnya terbatas
dpt mengakomodir 20 AA
Semua protein mengandung 20 AA dalam
proporsi beragam
 AA tambahan terdapat
dalam protein khusus
Hasil modifikasi suatu AA yang
sebelumnya sudah menyatu dg
peptida/protein
Modifikasi postranslasi mencakup
Derivatisasi terminal N, terminal C
Derivatisasi rantai samping AA yg terikat
peptida internal .
Terbentuk berbagai macam protein. ( dipelajari
dalam bidang proteomik)
Contoh
Hidroksilasi

Prolin 4 OH prolin
Lisin 5 OH lisin
Metilasi, formilasi, asetilasi,fosforilasi
gugus fungsi memperluas
keragaman biologis protein
Hanya AA asam L amino
terdapat di alam
AA mengandung gugus fungsional:
amino dan karboksil
AA dalam protein bisa dextrorotasinal dan
levoratasional pada pH = 7, namun tetap
punya konfigurasi absolut sama
Dalam tubuh terdapat 2 macam AA bebas
D- serin pada bgn otak depan forebrain
D-aspartat dalam otak dan saraf perifer
Muatan asam amino
R-COOH dan R-NH3+ adalah pasangan
bersifat asam, keduanya asam lemah, tapi
R-COOH lebih dominan
Pada plasma pH 7.4 dan intrasel pH 7.1
hampir semua R-COOH dalam bentuk
R-COO~
R-COO~ dan R-NH2 merupakan basa
kunjugat
AA adalah zwitter ion
Pada pH isoelektrik (pI) AA tidak bermuatan
netto
Keseimbamgam proton
asam aspartat
pH <1 , MUATAN NET = +1
HOOC CHNH3+ CH2 COOH
. pH ~ 3, muatan net = 0
-OOC CHNH3+ CH2 COOH

. pH 6 8. muatan net = -1
-OOC CHNH3+ CH2 COO-

. pH 11, muatan net= -2

-OOC CHNH2 CH2 COO-
Kelarutan dan titik leleh

AA mempunyai gugus bermuatan, mudah

larut
Larut dalam pelarut polar spt air dan etanol,
tidak larut dalam pelarut nonpolar spt
benzen, heksan, eter
Titik lebur tinggi (besar dari 200 oC),
sehingga perlu energi yg banyak utk
menghancurkan gaya ionik yg menjaga
kestabilannya
Pemisahan AA berdasar
polaritas gugus
Apakah gugus yg melekat pada C alfa
polar atau tidak
AA yg terikat atau btk bebas (bukan
dl bgn protein) punya peranan dl
proses metabolism
ornitin, sitrulin, arginin dl pbtk ureum
tiroksin dl pbtk hormon tiroid
glutamat dl biosintesis
neurotransmitter
Klassifikasi AA berdasar kelarutan

HIDROFOBIK HIDROFILIK
alanin Arginin histidin
isoleusin Asparagin lisin
leusin Aspartan serin
metionin Sistein treonin
fenilalanin Glutamat
prolin Glutamin
triptopan Glisin
Tirosin
valin
Gugus R menentukan
sifat AA
Glisin adalah AA paling kecil, dapat
diakomodasi pada struktur 3 dimensi protein
yg tidak bisa dimasuki AA lain, Ia terdapat
pada regio tempat peptida melipat tajam
Gugus R bermuatan pada AA asam atau
alkalis penting utk menstabilkan protein
spesifik mlli interaksi ionik atau pbtk
garam,contoh: putus atau terbentuknya
kembali ikatan garam terjadi menyertai
oksigenasi atau deoksigenasi
 AA dg R muatan positif atau negatif punya fungsi dl
- pemancaran muatan- charge relay-
mentransmisikan muatan listrik dl jarak cukup jauh
saat katalisis enzimatik,
- transportasi elektron pd mitokondria saat respirasi
Ggs alkohol primer pd serin, -SH pd sistein adalah
nukleofilik, berfungsi saat katalisis. Ggs alkohol
sekunder pada treonin juga nukleofil, tapi tak
diperlihatkan pd katalisis
Gggs OH pd serin, tirosin, treonin berperan dalam
pengaturan aktifitas enzim yg aktifitas katalitiknya
tergantung fosforilasi aminoasil terhidroksilasi
 AA tak menyerap cahaya, jadi tak
berwarna, tak menyerap UV dg pjg gel
diatas 240 nm, kecuali AA aromatik spt
triptopan, fenilalanin, tirosin,histidin
Triptopan menyerap UV 250 290
nm.
Triptopan memberi kontribusi pd
sebagian protein menyerap UV pada
280 nm
Tehnik pemisahan asam
amino
Kromatografi
AA disekat antara fase diam dan fase
mobil. Pemisahan terjadi tergantung
pada kecendrungan molekul dl
campuran utk bergabung lebih pada
salah satu fase
Kromatografi kertas
Kromatografi lapisan tipis(TLC.PTLC,
Reversed phase PTLC,TLC adsorpsi,
HPLC
 Elektroforesa voltase tinggi (HVE)
Pemisahan AA, polipeptida dan
senyawa amfolit-muatan netto tgt pH
media- dengan arus searah
Bahan penyanggah
AA adalah kertas, serbuk selulosa
Polipeptida, protein dgnk gel
polakrilamid
Oligomer nukleotida-agarosa,
 Pemisahan tergantung pada :
kekuatan medan listrik
muatan netto amfolit
berat molekul yang sama, bobot yg ringan
bermigrasi lebih dulu
Utk visualisasi elektroforegram diproses dg larutan
ninhidrin (AA dan Peptida),atau dg etidium
bromida kemudian dilihat dibawah UV(oligomer
nukleotida)
Pilihan pH ditentukan dari nilai pK gugus disosiasi
Gugus fungsionil
menentukan reaksi kimia AA
Setiap gugus fungsionil (karboksilat,
amino dan yg terdapat pada R)
berpartisipasi dl reaksi kimia khas
Ionisasi,pbtk ester amida, serya
anhidrida asam untuk ggs karboksilat
Ionisasi, asilasi, esterifikasi ggs amino
Oksidasi serta alkilasi ggs SH
Esterifikasi ggs OH, dll
Rx AA terpenting adalah
pbtk ikatan peptida
Pada prinsipnya pbtk ik. Peptida
adalah pengeluaran 1 mol air antara
gugus karboksilat AA pertama dg ggs
amino AA berikutnya.
Ggs karboksil diaktifkan oleh ATP
membentuk adenosiladenilat
 ASAM AMINO
H H
I i
R - C - COOH R C - COO-
I i
NH2 NH3 +
 Ikatan peptida
H H
R1 C - COOH + NH2 - C R2
NH2 COOH
H H
R1 C CO - NH C - R2
NH2 COOH