BIOKIMIA
Abdullah (1406605912)
Delfina (1406565745)
Nabila Hana Dhia (1406573394)
Safira Candra Asih (1406579151)
Yasmin Eka Pratiwi (1406533610)
SOAL NO 1
Bagaimana mekanisme biokimia pertumbuhan sel
secara umum? Bagaimana pula fase-fase yang
dialami sel dalam pertumbuhannya?
Pertumbuhan Sel
Pertumbuhan sel dapat didefinisikan sebagai
peningkatan komponen-komponen seluler.
Terdapat 2 macam pertumbuhan sel yaitu
pertumbuhan yang berakibat peningkatan ukuran
sel tetapi tidak jumlah sel.
Dan yang kedua adalah pertumbuhan yang diikuti
dengan peningkatan jumlah sel.
Berbagai faktor kimia maupun fisika dapat
empengaruhi pertumbuhan sel, antara lain pH,
suhu, konsentrasi oksigen, tekanan, radiasi, dan
aktivitas air.
Sumber:http://www.sciencemuseum.org.uk/~/media/rwsc
im/whoami/findoutmore/why%20is%20cell%20growth%2
Waktu Generasi
Sumber:
https://bocahpenggembala.files.word
press.com/2011/03/kurva.jpg
Kurva Pertumbuhan
1. Fase Lag
fase kematian dimana sel menjadi mati lebih cepat daripada terbentuknya sel-sel baru, laju
kematian mengalami percepatan menjadi eksponensial bergantung pada spesiesnya.
Penyebab utama kematian adalah autolisis sel dan penuruann energi seluler.
Siklus Sel
Sumber: http://1.bp.blogspot.com/-
XEsJNFkQq9s/TrvXejPZIQI/AAAAAAAAAmQ/bhXDO3XPrbU/s1600
Siklus Sel
Sumber:
http://www.maph49.galeon.com/mito
sis/prophase.gif
Profase dimana pada tahap ini kromosom mengalami kondensasi dalam inti sel, mikrotubul
terpisah, benang mitosis terbentuk
Siklus Sel
2. Prometafase
Sumber:
http://www.maph49.galeon.com/mito
sis/prometaphase.gif
Prometafase dimana membran inti sel pecah, benang mikrotubul masuk ek daerah inti sel;
kinetokor mengalami pendewasaan pada sentromer dan melekat pada beberapa benang
mikrotubul
Siklus Sel
3. Metafase
Sumber:
http://www.maph49.galeon.com/mito
sis/metaphase.gif
Sumber:
https://upload.wikimedia.org/wikipedi
a/commons/thumb/d/d6/Mitotic_Ana
phase.svg/1280px-
Mitotic_Anaphase.svg.png
Anaphase dimana pasangan kinetokor pada kromsoom terpisah menuju tiap kutub
Siklus Sel
5. Telophase
Sumber:
http://www.edupic.net/Images/Mitosi
s/telophase.png
Sumber:
http://www.clker.com/cliparts/X/a/K/T
/k/p/cytokinesis-hi.png
Sumber:
http://download.fa.itb.ac.id/filenya/H
andout%20Kuliah/Biosintesis%20Seny
awa%20Obat/PERTUMBUHAN%20MIK
ROORGANISME.pdf
Gambar 1. Laju pertumbuhan pada rekombinan plasmid yang berbeda-beda (Sumber: Posten, Clemens H., Charles L C, 1993
1. Pengukuran Jumlah Sel
Pengukuran jumlah sel sangat berguna untuk menentukan laju
pertumbuhan dari mikroba. Namun, perlu diperhatikan pula bahwa kita perlu
mengetahui sel yang terukur adalah sel yang hidup atau tidak. Sel yang hidup
dapat diberi staining agar terlihat perbedaannya.
Perhitungan Plat
Mikroskopis Penghitung
Langsung Sel Hidup
Penghitung Aliran
Coulter Cytometer
I. Perhitungan Mikroskopis Langsung
Metode ini sering digunakan pada pengukuran jumlah sel. Secara umum, metode
yang dilakukan adalah menghitung sel pada slide kaca. Dengan slide Petroff-
Hauser misalnya, terdapat kedalaman yang diketahui dengan tutup yang ditandai
dengan sebuat kotak dengan luas yang diketahui. Massa jenis sel dihitung dari
rata-rata sel per kotak dibagi dengan volume kotak sehingga diperoleh hasil
jumlah sel yang ada. Namun, jumlah sel mati dan hidup tidak terlihat
sehingga diperlukan penambahan zat seperti methylene blue yang dapat
dioksidasi oleh sel yang berespirasi dan menyebabkan timbulnya warna biru pada
sel yang masih berespirasi.
Pada mikroba yang hidup dilingkungan bebas dengan jumlah sedikit, sulit untuk
melakukan dengan metode diatas. Metode yang bisa dilakukan untuk mikroba
jenis ini adalah dengan membrane filtrasi dan epiflouresence mikroskopik.
II. Plat Penghitung Sel Hidup
Teknik yang dilakukan pada metode ini adalah dengan membuat mikroba
bertumbuh pada medium (kloning). Kemudian mikriba yang ada dihitung
pada plat penghitung sel hidup dengan teknik pengukuran koloni yang
terbentuk (CFU). Metode dengan plat penghitung sel dapat juga diaplikasikan
pada mikroba pada lingkungan bebas. Namun, perlu diketahui bahwa
mikroba yang terkandung pasti banyak sehingga pertumbuhan pada medium
tertentu akan berbeda.
III. Penghitung Coulter
Penghitung yang ditemukan oleh Coulter ini menggunakan arus listrik melaui
sebuah lubang. Setiap mikroba yang melewati lubang, tahanan akan
bertambah dan arus menurun. Jumlah arus ini dapat terekam pada suatu
alat dan dapat menunjukkan pengurangan arus sebandung dengan volume
sel. Instrumen ini dapat memberikan banyaknya sel dan distribusi ukuran sel
tetapi tidak memberikan info tentang bentuk sel. Partikel yang dapat dihitung
adalah partikel yang berukuran 0,5-200 m.
IV. Aliran Cytometer
Metode ini dilakukan dengan memanfaatkan sifat optis dari sel. Sampel yang
telah dikultur di encerkan di aliran yang akan memisahkan sel secara
membujur dari sel lain. Aliran melaui laser beam, absorption, flouresence,
atau light diffusionuntuk menyampaikan perhitungan sel. Selektifitas juga
dapat ditingkatkan dengan melabel dengan flouresencent dye. Pengurutan
sel selesai dengan memasukkan muatan pada tetes yang mengandung sel
yang diinginkan. Muatan membuat tetes tersebut terbelokkan ke detektor.
2. Pengukuran Massa Sel
Prinsip pengukuran yang berbeda dari metode-metode ini adalah
berdasarkan perbedaan kualitas dai materi biologis dan menunjukkan hasil
yang tidak proporsional pada bioproses.
Image
Turbiditas
Analysis
Prinsip
Pengukuran
yang Lain
I. Dry Cell Weight (Berat Sel Kering)
Teknik ini dilakukan dengan mengeringkan sampel dengan proses
sentrifugasi atau filtrasi, dicuci dengan air atau buffer, dan dikeringkan pada 80
derajat celcius. DCW sering digunakan pada fermentor. Sampel broth diambil dari
fermentor kemudian ukur volumenya.
Sel dipisahkan dengan sentrifugasi atau filtrasi, namum biasanya masih
terdapat pengotor lain yang bukan merupakan sel sehingga perlu diperlakukan
beberapa metode seperti penambahan buffer untuk menhilangkan asam. Kemudian
sel dikeringkan dan ditimbang. Hasil dari metode ini sekitar 30% atau lebih dari
massa sel pada fermentor. DCW juga menggambarkan sel total yang tebentuk, mati
atau hidup, dan tidak menghitung massa sel yang terbentuk dan yang hilang karena
lisis sel.
II. Packed Cell Volume (PCV)
PCV sering digunakan pada industry plant untuk mengikuti kinerik
fermentasi. PCV tergantung tidak hanya pada massa sel, tetapi juga pada
kecepatan sentrifugal dan waktu, banyaknya padatan non- selular, mofologi
kultur, dan osmolaritas dari medium. Kondisi sentrifugasi biasanya di set
untuk mengurangi efek dari variabel lain. Banyaknya padatan nonselular
akan berkurang seiring dengan pertambahan waktu. Padatan akan
mengendap lebih dulu daripada sel sehingga dapat menghitung berat
padatan yang ada.
III. Turbiditas
Turbiditas adalah teknik yang paling sering digunakan pada pengukuran
pertumbuhan mikroba. Turbiditas yang terukur adalah jumlah dari absorpsi
dan penyebaran cahaya oleh medium, sel, dan partikel lain. Metode
menggunakan spektrofotometer pada panjang gelombang 600-700 nm
dimana penyerapan cahaya oleh sel pada saat itu minimum.
Spektrofotometer linear pada 0,2 sampai 1,0 absorbansi unit. Linearitas
dapat dipastikan dengan kultur yang berbeda. Satu unit absorbansi sama
dengan 0,5 g/L dari berat kering sel. Faktor kesalahan harus dihitung pula
dengan teknik ini.
IV. Image Analysis
Khusus untuk kasus pertumbuhan filamentous dan pembentukan pellet, sulit
untuk mengukur pertumbuhan dari sel atau massa total sel. Analisis ini dapat
menjadi alat berguna untuk mengklasifikasi biomassa. Diambil gambar dari
broth fermentasi dan diproses dengan software komputer.
V. Prinsip Pengukuran yang Lain
Parameter sifat fisik dan kimia dari broth
fermentasi banyak yang terkait dengan
banyaknya biomassa, maka munculah
metode lain yang memperhitungkan
keberadaan biomassa, diantaranya
perhitungan viskositas dan panas
fermentasi.
SOAL NO 3
Bagaimana substrat dan pembentukan produk dalam sel dapat menginhibisi
pertumbuhan sel? Dapatkah anda menjelaskan faktor-faktor lainnya yang
dapat menginhibisi laju pertumbuhan sel?
Soal No 3
Pada konsentrasi yang tinggi substrat atau produk dan keberadaan zat penghambat di
dalam medium, pertumbuhan menjadi terhambat, dan laju pertumbuhan tergantung dari
konsentrasi inhibitor. Pola inhibisi dari mikroba dianalogikan terhadap inhibisi enzim. Jika
pada sebuah laju reaksi enzimatik laju pertumbuhannya terhamabat, maka pada saat itu
konstanta kinetik yang diekspresikan pada laju reaksi memiliki makna biologis. Biasanya,
mekanisme yang terjadi rumit, dan konstanta kinetik tidak bermakna biologis dan didapat
berdasarkan hasil data eksperimen dengan kuva yang tepat.
Inhibisi
Inhibisi Inhibisi
Senyawa
Substrat Produk
Beracun
Inhibisi Substrat
(3)
Catatan pada persamaan (3) berbeda dari (1) dan (2), dan KI pada (2) dan (3)
berbeda. Inhibisi substrat mungkin berkurang secara lambat, berselingan dengan
penambahan substrat terhadap medium pertumbuhan.
Inhibisi Produk
(4)
Inhibisi produk nonkompetitif:
(5)
Cont.
(6)
(7)
Dimana Kp adalah konstanta inhibisi produk
Inhibisi Senyawa Beracun
Persamaan laju dibawah ini digunakan untuk untuk inhibisi kompetitif, nonkompetitif,
dan unkompetitif pada pertumbuhan sel jika dianalogikan terhadap inhibisi enzim.
Inhibisi kompetitif :
(8)
Inhibisi nonkompetitif:
(9)
Inhibisi unkompetitif:
(10)
Cont.
(11)
Sumber: www.yourarticlelibrary.com
SOAL NO 4
Dengan adanya pertumbuhan sel ini, dapatkah anda menjelaskan mekanisme-
mekanisme reaksi yang mungkin dijalani oleh sel dalam masa pertumbuhannya?
Bagaimana anda menentukan laju reaksinya dari masing-masing mekanisme
tersebut?
Secara umum, reaksi mekanismenya adalah sebagai berikut.
substrates + cells extracellular products + more cells
S + X P + nX
Dengan net specific growth rate (1/time) sebagai berikut.
1
=
Merupakan periode adaptasi sel kepada lingkungan baru mereka. Dalam fase ini, enzim baru disintesis dan terjadi peningkatan
yang sedikit pada massa dan volume sel, tetapi tidak terjadi penambahan jumlah sel.
Exponential Phase
sel telah beradaptasi dengan lingkungan baru dan dengan cepat bertambah banyak secara eksponensial. Pada tahap ini terjadi
Balanced Growth dimana seluruh komponen dari sel tumbuh pada saat yang bersamaan . Laju reaksi pada tahapan ini : =
, = = 0 = =
Pada tahapan ini, = = , serta dengan menggandakan waktu dari massa sel, maka waktu yang dibutuhkan untuk
ln 2 0,693
menggandakan sel dapat dicari dengan menggunakan persamaan berikut. = = =
Decelaration Growth Phase
Pada tahap ini terjadi perlambatan laju karena mulai habisnya nutrisi/ salah satu nutrisi serta mulai terakumulasinya pembentukan produk
sampingan yang bersifat racun.
Stationary Phase
Laju pertumbuhan sel akan sama dengan laju kematian sel, dan tidak terdapat pada populasi organisme, dan sel telah mengaktivasi
metabolisme untuk memproduksi metabolit sekunder (misalnya, antibiotik dan pigmen). Laju reaksi yang terjadi pada fase ini :
= dengan merupakan konstanta laju untuk metabolism endogenous.
Death Phase
Pada fase ini, populasi organisme hidup berkurang seiring waktu, karena ketiadaanya nutrisi dan metabolisme racun dari produk. Laju
kematian sel secara umum dapat dituliskan dalam persamaan berikut.
= dengan merupakan konstanta laju untuk kematian sel.
SOAL NO 5
Bagaimana Anda menghitung laju reaksi dari suatu data
konsentrasi menggunakan diferensiasi grafis?
Menentukan Laju Reaksi
Metode Diferensiasi Grafis
Laju reaksi dapat dinyatakan sebagai berkurangnya jumlah
konsentrasi pereaksi per satuan waktu atau bertambahnya jumlah
konsentrasi hasil reaksi per satuan waktu.
aA + bB cC + dD
Menentukan Laju Reaksi
Metode Diferensiasi Grafis
3. Membuat plot CA / t
0.5
- CA / t
0.4
0.3
0.2
0.1
0
1 2 3 4 5 6 7 8
time
A. Metode Average Rate-Equal Area
t Konsentrasi O2; t CA CA / t dCA/dt
(min) CA(ppm)
a A + b B . g G + h H .
Laju reaksi = k [A]m[B]n .
Tetapan laju reaksi = k
Orde/tingkat reaksi terhadap A = m
Orde/tingkat reaksi terhadap B = n
Orde/tingkat reaksi total = m + n + .
Orde Reaksi
d [ A] k dt
Pers. Garis:
[A] = - kt + c
Menentukan k:
k = - slope
Intersep c = [A]o
Reaksi Orde Satu
(First-Order Kinetics)
d [ A]
A k dt
ln [ A] k t C
ln [ A] k t C
[ A2 ] [ A1 ]
ln k (t 2 t1 ) ln k (t 2 t1 )
[ A1 ] [ A2 ]
Reaksi Orde Satu
(First-Order Kinetics)
Orde 1: ln [A] Pers. Garis:
vs t; garis ln [A] = - kt + c
lurus
Menentukan k:
k = - slope
Intersep c = ln [A]o
Kinetika Michaelis-Menten
k1 k2
E S ES E P
k1'
Laju Reaksi Enzimatik
k1 k2
E S ES E P
k1'
d [ P] d [ ES ]
v k 2[ ES ] ; k 1[ E ][ S ] k 1' [ E ][ S ] k 2[ ES ]
dt dt
[E] tidak terkonsumsi, maka persamaan [E] (yang bebas) menjadi:
[ E ]tot [ E ] [ ES ]
[ E ] [ E ]tot [ ES ]
[ S ] [ S ]tot [S] sama saja dengan keseluruhan [S]
dalam suatu reaksi ( [S]tot )
Laju Reaksi Enzimatik
Asumsi Steady-State
Pendekatan Briggs-Haldane
Pendekatan Michaelis Menten
Asumsi bahwa kesetimbangan terjadi begitu cepat antara enzim [E],
substrat [S], dan kompleks enzim-substrat [ES]
k1 k2
E S ES E P
k1'
k1' [ E ][ S ]
Konstanta
Kesetimbangan Km
k1 [ ES ]
Pendekatan Michaelis Menten
[ ES ]
[ E ][ S ] ([ E ]tot [ ES ])
Km [ ES ]
Km
[ E ]tot [ E ] [ ES ]
[ E ] [ E ]tot [ ES ] ([ E ]tot [ ES ])[ S ] [S ]
[ S ] [ S ]tot [ ES ]
Km Km [S ]
1 [ ES ] [ ES ] [ E ]tot
([ E ]tot [ ES ])[ S ] [ S ] [S ] [S ]
[ ES ] x 1
Km [S ]
([ E ]tot [ ES ]) Km
[ ES ] 1[ ES ] [ E ]tot
Km
[S ]
[S ]
Pendekatan Michaelis Menten
[ E ]tot [S ] [ E ]tot [ S ]
[ ES ] x [ ES ]
K m [S ] K m [S ]
1
[S ] sehingga laju pembentukan produk (v) dapat
Persamaan [ES] dalam [S] menjadi, dinyatakan dalam [S],
d [ P] [ E ]tot [ S ]
[ E ]tot [ S ] v k 2 [ ES ] k 2
[ ES ] dt K m [S ]
K m [S ] [ ES ]
[ E ]tot
v vmax k2 [ ES ] k2 [ E ]tot
Km
<< [ S ] 1
v [S ]
v max
K m [S ]
sehingga didapat persamaan Michaelis-Menten,
vmax [ S ]
v
K m [S ]
SOAL NO 7
Bagaimana anda menentukan parameter
kinetika enzim, Vmax dan Km dari suatu data
konsentrasi? Berikan contoh.
Jika pada awal reaksi terdapat 0,1 mol/L urea dan 0,001 g/L urease, dan
reaksi dilakukan pada suhu tetap, tentukan parameter Michaelis Menten
1 2
Urea + urease (urea.urease) 23 + 2 + urease
1 +2
(kmol/m3) 0,2 0,02 0,01 0,005 0,002
menjadi
yang dinamakan Lineweaver Bulk Plot. Plot Lineweaver adalah plot dari
1/ dan 1/ yang menghasilkan garis lurus dengan intercept 1/vmax dan
slope Km/vmax.
1/ 1/
0,20 1,08 5,0 0,93 Lineweaver Bulk Plot
0,02 0,55 50,0 1,82 12
y = 0.0207x + 0.7531
0,01 0,38 100,0 2,63 10
R = 0.9992
0,005 0,20 200,0 5,00
8
0,002 0,09 500,0 11,11
1/-rurea 6
Persamaan garis pada grafik di atas adalah
4
y = 0,0207x + 0,7531
1 2
= a = 0,7531, Maka nilai adalah 1,33
0
= b = 0,0207, maka didapat nilai 0 100 200 300 400 500 600
1/Curea
sebesar 0,027
SOAL NO 8
Bagian yang menurun pada grafik merupakan profil suhu inaktivasi atau suhu
denaturasi. Kinetika suhu denaturasi digambarkan sebagai berikut
(3)
(4)
Dimana [E0] adalah konsentrasi awal enzim dan kd adalah konstanta
denaturasi, kd juga divariasikan dengan melihat temperatur dengan
memasukkannya kedalam persamaan Arrhenius.
(5)
Dimana Ed energi deaktivasi pada reaksi enzimatik (kkal/mol). Sehingga.
(6)
Cont
Yield adalah rasio massa atau mol produk yang dibentuk untuk massa atau mol
reaktan yang dikonsumsi.
Sumber:
https://www.thermofisher.com.au/
ic%5CLaboratory-Plasticware-Glass
Culture-Vessels-Microplates%5CCe
Microplates.jpg
1. Suhu
Setiap spesies bakteri tumbuh pada suatu kisaran tertentu.
Atas dasar itu bakteri dikelompokkan menjadi:
Psikrofil
Bakteri yang tum,buh pada suhu 0-30 derajat celcius
Mesofil
Bakteri yang tumbuh pada suhu 24-40 derajat celcius
Termofil Sumber: http://4.bp.blogspot.com/-
Bakteri yang tumbuh pada suhu 50 derajat celcius atau aed6XJpNKqw/UiSTIHlOPfI/AAAAAAAAP9
4/r2A_8ia9ZgA/s1600/bakteri.jpg
lebih
Kondisi Fisik yang Memengaruhi
2. Atmosfer Gas
Gas-gas utama yang memngaruhi pertumbuhan bakteri ialah oksigen dan karbon dioksida.
Bakteri menunjukkan keragaman yang luas dalam hal respon terhadap oksigen bebas dan
atas dasar ini bakteri dikelompokkan menjadi 4 kelompok yaitu:
Aerobik
Organisme yang memerlukan oksigen
Anaerobik
Organisme yang tumbuh tanpa oksigen
Anaerobik fakultatif
Organisme yang dapat tumbuh dalam keadaan aerobik dan anaerobik
Mikroaerofilik
Tumbuh baik bila terdapat sedikit oksigen
Teknik Kultivasi Mikroba
1. Teknik Penyebaran
Sumber:
http://intranet.tdmu.edu.ua/data/kafedra
/internal/micbio/classes_stud/en/pharm/p
rov_pharm/ptn/Microbiology%20with%20
basis%20immunology/2/Lesson%203.%20
The%20main%20methods,%20principles%
20and%20steps%20of%20isolation%20of
%20bacteria%E2%80%99s%20pure%20cul
tures.files/image006.jpg
Teknik Kultivasi Mikroba
2. Teknik Goresan
Sumber:
http://4.bp.blogspot.com/_cCU1vJAsuTc/T
EuaJNiaPoI/AAAAAAAAAxw/PXhKh8rozRY/
s320/plate+count.gif
Teknik Kultivasi Mikroba
2. Teknik Goresan T
Sumber:
http://fg.cns.utexas.edu/fg/protocol%3A_plate_st
reaking_and_growth_files/droppedImage.jpg
Teknik Kultivasi Mikroba
2. Teknik Goresan (Kuadran)
Sumber:
http://fg.cns.utexas.edu/fg/protocol%3A_plate_st
reaking_and_growth_files/droppedImage.jpg
Teknik Kultivasi Mikroba
2. Teknik Goresan (Radian)
Sumber:
http://images.slideplayer.info/12/3962951/slides/
slide_13.jpg
Teknik Kultivasi Mikroba
2. Teknik Goresan (Sinambung)
Sumber:
http://images.slideplayer.info/12/3962951/slides/
slide_13.jpg
Teknik Kultivasi Mikroba
3. Teknik Pour Plate
Sumber:
http://classes.midlandstech.edu/carterp/courses/
bio225/chap06/06-16_PlateMethods_1.jpg
Kinetika Pertumbuhan Sel
1. Batch Growth
Aiba, Shuichi. & Humphrey, Arthur E. & Millis, Nancy F. (1973). Biochemical engineering. Tokyo [Japan]
: University of Tokyo Press
Chang, Raymond. Physical Chemistry for the Biosciences. Sansalito, CA: University Science, 2005. Page 363-371
Doran, Pauline M. 1995. Bioprocess Engineering Principles. USA: Elsevier Science & Technology Books.
Fogler, H.Scott. 2006. Elements of Chemical Reactions Engineering 4th Editon. New Jersey : Prentice Hall
Shuler, M. L., & Karg, F. (1992). Bioprocess engineering: Basic concepts. Englewood. Cliffs, N.J: Prentice Hall.