Selamat Datang di dunia

Biokimia
****
Pengantar Biokimia

****
Mengajar tidak bertujuan mengisi botol kosong,
tetapi mengajar adalah untuk menyulut api dari suatu obor"
Michel de Montaigne

29 Jan 2006
 Bahan Acuan
LehningersPrinciples of
Biochemistry 4rd Edition (2004) - by
David Nelson & Michael Cox.

2 29 Jan 2006
 Tujuan Perkuliahan
Memperkenalkan bahasa biokimia: Kosakata (istilah
dan struktur), tatabahasa (reaksi-reaksi), struktur
kalimat (jalur-jalur metabolisme), dan pengertian
(hubungan-hubungan metabolisme)
Mengajarkan cara mengambil intisari proses
kehidupan
Menyarikan kesatuan konsep yang mendasari proses
kehidupan
Menularkan hasrat mencari tahu atas hal yang akan
dipelajari dan hal yang perlu diketahui

3 29 Jan 2006
 Cara Belajar
Baca bab yang akan dikuliahkan
sebelum perkuliahan
Belajar 3-5 jam untuk setiap jam
perkuliahan
Latihan pemecahan masalah
Ingat istilah-istilah, struktur, dan
jalur-jalur metabolisme
Belajar berkelompok
4 29 Jan 2006
 Filosofi Pembelajaran
Menjelaskan, bukan mengindoktrinasi
Menunjukkan hal yang perlu diketahui dan
yang tidak perlu diketahui
Menghargai pertanyaan tentang hal yang
belum diketahui
Mempelajari semua hal adalah tidak
mungkin, tetapi yang lebih penting adalah
mengorganisir hal yang kita ketahui agar
dapat digunakan
5 29 Jan 2006
 Tentang Struktur
Struktur biokimia yang rumit tidak akan pernah
dapat ditiru, akan tetapi hal yang perlu dipikirkan
tentang struktur tersebut adalah:

Bagaimana konsentrasinya berubah sebagai tanggapan

atas kondisi metabolisme tertentu
Bagaimana struktur tersebut berperan terhadap aktifitas
biologisnya
Dalam jalur metabolisme mana senyawa dengan struktur
tersebut ditemukan (dari apa/mana asal senyawa
tersebut dan menjadi apa selanjutnya?)

6 29 Jan 2006
 Ciri-Ciri Kehidupan
Keragaman biologis: mikroba, ganggang,
lumut, tanaman, serangga, burung,
monyet, kamu

Kesatuan kimiawi: sistem kehidupan (di

bumi) mengikuti hukum fisika-kimia
organik tidak ada aturan khusus

7 29 Jan 2006
 3 Kebutuhan
Kehidupan:
(1) ENERGI, perlu
diketahui bagaimana:

Memperolehnya
Mengubahnya
Menggunakannya
Fig. 1-28
8 29 Jan 2006
(2) MOLEKUL SEDERHANA,
perlu diketahui bagaimana:
Mengubahnya
Mempolimerasinya
Menghancurkannya

9 29 Jan 2006
 (3) MEKANISME KiMIA,
untuk:
Memperoleh energi
Mengendalikan reaksi kimia yang berurutan
Mensintesis & mendegradasi makromolekul
Mempertahankan kesetimbangan yang dinamis
Swa-susun struktur yang kompleks
Mengganda secara akurat & efisien
Mempertahankan keteraturan proses biokimia
dalam lingkungan yang berubah-ubah

10 29 Jan 2006
Strategi 1: Mahluk hidup menggunakan pasangan
kimia untuk mengendalikan proses kimia yang
normalnya tidak dapat terjadi

11 Fig. 1-26b 29 Jan 2006

Strategi 2: Mahluk hidup menggunakan enzim
untuk memacu reaksi yang biasanya lambat

12 29 Jan 2006
Bagaimana enzim memacu reaksi, penjelasan
termodinamikanya?

13 Fig. 1-11 29 Jan 2006

Bagaimana enzim memacu reaksi, penjelasan
mekanismenya??

14 Fig. 1-22 29 Jan 2006

 Biomolekul - Komposisi
99% dari sel tersusun dari unsur
H, O, N, and C
Elektron tanpa
Unsur Jumlah relatif
pasangan
H 1 2/3
O 2 1/4
N 3 1/70
C 4 1/10
15 29 Jan 2006
Atom Karbon yang Fleksibel adalah *
Tulang Punggung Kehidupan

Fig. 1-14

16 29 Jan 2006
 Isomer Kimia
Rumus kimia sama, bentuk berbeda

17 Fig. 1-18a 29 Jan 2006

 Molekul Khiral
bentuk putaran berbeda dengan bentuk bayangan

18 Fig. 1-19a 29 Jan 2006

 Stereoisomer
Rumus dan bentuk kimia sama fungsi biologis

19 Fig. 1-23a 29 Jan 2006

 *
Perubahan Biokimia
Dapat Dikelompokkan dalam 5 kategori

Reaksi pemindahan gugus

Reaksi oksidasi-reduksi
Penataan kembali (isomerisasi)
Reaksi pemotongan
Reaksi kondensasi

20 29 Jan 2006
 Struktur Biomolekul
Anabolik
Senyawa penyusun Makromolekul
Gula sederhana Polisakarida
Asam amino Protein (peptida)
Nukleotida RNA atau DNA
Asam lemak Lipida

Katabolik

21 29 Jan 2006
 Biosintesis
Membutuhkan
Molekul
Sederhana
untuk Digabung
secara Kovalen
melalui
Berbagai Cara

3eFig. 3-25
22 29 Jan 2006
Kekuatan ikatan kimia tergantung pada
1. Kelektronegativan relatif dari dua atom yang
berikatan
Keelectronegativan tinggi = Afinitas elektron tinggi
O 3.5 P 2.1

Cl 3.0 H 2.1

N 3.0 Na 0.9

C 2.5 K 0.8
From 3eTable 3-4
23 29 Jan 2006
 2. Jumlah elektron pengikat *

24 See Fig. 1-13 29 Jan 2006

 Kekuatan ikatan yang umum

Approx. Avg.

Triple: 820 kJ/mole

Double: 610 kJ/mole

Single: 350 kJ/mole

25 29 Jan 2006
Gugus Fungsional yang Umum *

26 Fig. 1-15 29 Jan 2006

 *
Nukleofil
Biologis yang
Penting:
gugus fungsional
kaya elektron

3eTable 3-4
27 29 Jan 2006
 Ringkasan
Atom karbon tetrahedral memiliki sifat
ikatan yang fleksibel
Senyawa-senyawa beratom banyak dapat
memiliki beberapa bentuk isomerik
Pengubahan bentuk membutuhkan
pemutusan ikatan-ikatan kimia
Molekul-molekul besar disusun dari molekul-
molekul kecil melalui pembentukan ikatan
kimia baru

28 29 Jan 2006
 Staf Pengajar
Drs. Winarto Hariadi, M.Si.
Ir. Sedyo Hartono, M.P., Ph.D.
Dr. Ir. Arman Wijonarko, M.Sc.
Ir. Irfan D. Prijambada, M.Eng., Ph.D.

29 29 Jan 2006
No. Topik Perkuliahan Tanggal Pengajar

1. Pendahuluan 29-08-2006 Ir. Irfan D. Prijambada, M.Eng.,

1. Konsep dasar biokimia Ph.D.
2. Reaksi-reaksi biokimia
2. Air dan Buffer 05-09-2006 Drs. Winarto Hariadi, M.Si.

3. Karbohidrat I 12-09-2006 Dr. Ir. Arman Wijonarko, M.Sc.

Tinjauan umum
Monosakarida
Disakarida
Polisakarida
4. Karbohidrat II 19-09-2006 Dr. Ir. Arman Wijonarko, M.Sc.
Reaksi monosakarida
Ikatan glikosida
Fungsi karbohidrat
5. Asam Amino dan Protein I 26-09-2006 Dr. Ir. Arman Wijonarko, M.Sc.
Tinjauan umum
Asam amino
Biosintesis asam amino
6. Asam Amino dan Protein II 03-10-2006 Dr. Ir. Arman Wijonarko, M.Sc.
Peptida
Struktur protein
Fungsi asam amino dan protein
Biosintesis protein
7. UJIAN SISIPAN 10-10-2006 Semua dosen (topik 1 s/d 6)

30 29 Jan 2006
No. Topik Perkuliahan Tanggal Pengajar
7. Lipida I 07-11-2006 Drs. Winarto Hariadi, M.Si.
1.Tinjauan umum
2.Asam lemak jenuh dan tak jenuh
3.Reaksi asam lemak
8. Lipida II 14-11-2006 Drs. Winarto Hariadi, M.Si.
1.Fungsi asam lemak dan lipida
2.Biosintesis asam lemak
10. Asam nukleat I 21-11-2006 Ir. Sedyo Hartono, M.P., Ph.D.
Tinjauan umum
Nukleosida dan nukleotida
11. Asam nukleat II 28-11-2006 Ir. Sedyo Hartono, M.P., Ph.D.
Struktur DNA dan RNA
Nukleosida dan nukleotida
12. Enzim 05-12-2006 Ir. Irfan D. Prijambada, M.Eng.,
Tinjauan umum Ph.D.
Klasifikasi enzim
Koenzim dan kofaktor
Mekanisme dan kinetika kerja enzim
Penghambatan kerja enzim
14. Metabolisme I 12-12-2006 Ir. Irfan D. Prijambada, M.Eng.,
Tinjauan umum Ph.D.
Jalur metabolisme
15. Metabolisme II 19-12-2006 Ir. Irfan D. Prijambada, M.Eng.,
Bioenergetika Ph.D.
Pengendalian metabolisme
16. UJIAN AKHIR Jadual Fakultas Semua dosen (topik 8 s/d 14)

31 29 Jan 2006
 Tugas

Tuliskan 5 hal yang sebelumnya tidak kamu

ketahui atau lupa dan dipelajari hari ini

29 Jan 2006