REPLIKASI DNA

BAMBANG HERU BUDIANTO

 Replikasi : proses perbanyakan bahan genetik (genom :
DNA dan RNA)
Proses yg mengawali pertumbuhan sel
Replikasi akan diikuti oleh pembentukan sel-sel anakan yg
membawa duplikat bhn genetik hasil replikasi.
Komposisi bahan genetik sel anakan sangat identik dengan
komposisi genetik sel induk. Fungsi replikasi ini merupakan
fungsi genotipik.
Kesalahan dlm replikasi bhn genetik dpt mengakibatkan
perubahan pd sifat sel-sel anakan
Perbedaan struktural molekul bahan genetik (DNA)
menyebabkan perbedaan mekanisme replikasi pada
prokariot dan eukariot
Replikasi pd prokariot dimulai dari satu situs awal replikasi
(ORI) dan berlangsung ke dua arah menuju daerah
terminasi
Replikasi pd eukariot dimulai dari banyak ORI, bergerak ke
dua arah
 Ada 3 hipotesis mengenai replikasi DNA yaitu
semikonservatif, konservatif dan dispersif
Hipotesis semikonservatif : setiap molekul untai ganda DNA
anakan terdiri atas satu untai-tunggal DNA induk dan satu
untai tunggal DNA hasil sintesis baru.
Konservatif : DNA untai ganda induk tetap bergabung
sedangkan kedua untaian DNA anakan terdiri atas molekul
hasil sintesis baru.
Dispersif : molekul DNA induk mengalami fragmentasi
sehingga DNA anakan terdiri atas campuran molekul lama
(induk) dan molekul hasil sintesis baru
Di antara ketiga cara replikasi DNA yang diusulkan tersebut,
hanya cara semikonservatif yang dapat dibuktikan
kebenarannya melalui percobaan yang dikenal dengan
nama sentrifugasi seimbang dalam tingkat kerapatan
atau equilibrium density-gradient centrifugation.
Percobaan ini dilaporkan hasilnya pada tahun 1958 oleh
M.S. Meselson dan F.W. Stahl.
konservatif semikonservatif dispersif
 Model replikasi semikonservatif memberikan gambaran
bahwa untaian DNA induk berperan sbg cetakan
(template) bagi pembentukan untaian DNA baru
Dg dmk., salah satu bagian yg sangat penting dlm
proses replikasi DNA adalah denaturasi awal untaian
DNA yg mrpk proses enzimatis
Denaturasi awal terjadi pd bagian DNA yg disebut ORI.
Untaian DNA membuka membentuk struktur yg disebut
garpu replikasi (replication fork)
Garpu replikasi akan bergerak sehingga molekul DNA
induk membuka secara bertahap
Masing-masing untaian DNA yang sudah terpisah,
berfungsi sebagai cetakan untuk penempelan
nukleotida-nukleotida yg akan menyusun molekul DNA
baru.
Sekuens basa nitrogen DNA baru sesuai dengan
sekuens basa cetakan DNA komplementernya
 Replikasi bahan genetik memerlukan beberapa komponen
utama yaitu :
1. DNA cetakan
2. Molekul deoksi ribonukleotida : dATP, dTTP, dCTP, dan
dGTP
3. Enzim DNA polimerase : enzim utama yg mengkatalisa
polimerisasi nukleotida menjadi untaian DNA
4. Enzim primase : mengkatalisis sintesis primer untuk
memulai replikasi DNA
5. Enzim helikase : pembuka ikatan untaian DNA induk.
Dibantu oleh enzim girase
6. Protein SSB (single strand binding protein) : menstabilkan
untaian DNA yg sudah terbuka
7. Enzim DNA ligase : menyambung fragmen-fragmen DNA
Replikasi DNA berlangsung dlm tahapan : 1) denaturasi
(pemisahan) untaian DNA induk; 2). pengawalan
(inisiasi) sintesis DNA; 3). Pemanjangan untaian DNA; 4).
Ligasi fragmen DNA; 5) pengakhiran (terminasi) sintesis
DNA
 Sintesis untaian DNA yg baru akan dimulai segera setelah
ke dua untaian DNA induk terpisah membentuk garpu
replikasi.
Pemisahan dilakukan oleh enzim DNA helikase.
Kedua untaian DNA induk menjadi cetakan dlm orientasi 5-
P ke arah 3-OH
Jadi, ada dua untaian DNA cetakan yg orientasinya
berlawanan
Garpu replikasi akan membuka secara bertahap
Sintesis untaian DNA baru yang searah dg pembukaan
garpu replikasi akan dpt dilakukan dilakukan tanpa terputus
(kontinyu) : untaian DNA awal (leading strand)
Sebaliknya, tahap demi tahap (diskontinyu) : untaian DNA
lambat (lagging strand)
Mekanisme replikasi DNA berlangsung secara
semidiskontinyu karena ada perbedaan mekanisme dlm
proses sintesis kedua untaian DNA
Fragmen-fragmen DNA hasil replikasi diskontinyu (fragmen
Okazaki) akan disambung (ligasi) dengan enzim DNA
ligase
 Polimerisasi DNA hanya dpt dimulai jika tersedia molekul
primer : molekul yg digunakan untuk mengawali proses
polimerisasi untai DNA
Primer : molekul DNA, RNA atau protein spesifik
Pada transkripsi : tidak diperlukan primer.
Dlm replikasi DNA in vivo, primer berupa molekul RNA
berukuran 10-12 nukleotida
In vitro, misal pada Polymerase Chain Reaction (PCR) :
diperlukan DNA sebagai molekul primer
Fungsi primer : menyediakan ujung 3-OH yg akan digunakan
untuk menempelkan molekul DNA pertama dlm proses
polimerisasi
Sintesis RNA primer dilakukan oleh kompleks protein yg
disebut primosom (primase+bbrp protein lain)
Diperlukan lebih dari 1 primer untuk proses sintesis pada
untaian DNA lambat (lagging strand)
Pd. prokariot, polimerisasi dikatalisis DNA polimerase III
Dissosiasi enzim ini dari DNA cetakan terjadi saat bertemu
dengan ujung 5-P RNA primer yg menempel pd bagian lain
 RNA primer pd fragmen Okazaki, didegradasi oleh
aktivitas eksonuklease yg ada pd enzim DNA polimerase
I.
Bagian RNA yg terdegradasi, diisi oleh molekul DNA,
meskipun antar fragmen masih ada celah (takik = nick)
Celah terbentuk karena belum ada ikatan fosfodiester
antara ujung 3-OH pd nukleotida terakhir yg disintesis
oleh DNA polimerase I dengan ujung 5-P fragmen DNA
yg ada didekatnya
Takik ini akan disambung oleh DNA ligase dengan
menggunakan NAD atau ATP sebagai sumber energi
Pada untai DNA awal (leading strand) : hanya diperlukan
satu molekul primer pd titik awal replikasi
Untaian DNA baru disintesis dengan aktivitas DNA
polimerase III secara kontinyu.
 Replikasi dapat berlangsung ke dua arah yg berlawanan :
replikasi dua arah (bidirectional replication)
Replikasi 2 arah terjadi pada prokariot maupun eukariot
Replikasi pada plasmid colE1 : satu arah
Proses pemisahan untaian DNA dilakukan oleh enzim DNA
helikase
Pd. E. coli : helicase rep., DNA helikase I, DNA helikase II
dan protein DnaB
Selain helikase, enzim lain yg berperan dlm pemisahan
untaian DNA adalah enzim DNA girase.
DNA girase adalah salah satu enzim topoisomerase : suatu
enzim yg dpt mengubah topologi molekul DNA yakni dengan
memutus ikatan hidrogen
Protein SSb menjaga agar bagian DNA yg sudah terpisah
tidak berikatan lagi sehingga dpt digunakan sebagai cetakan
Protein ini mempunyai sifat kooperatif, artinya pengikatan
satu molekul protein pd untai tunggal DNA akan
meningkatkan kekuatan ikat (affinity) molekul yg lain
beberapa ribu kali.
DNA Replication:
OriR OriR

Bidirectional

Mekanisme
replikasi theta () OriR

OriR

unidirectional
 2) Satu tim besar yang terdiri dari enzim dan protein lain
menjadi pelaksana replikasi DNA
Protein-protein yang berperan dalam replikasi DNA

1. Helikase: enzim yang berfungsi membuka heliks ganda di cabang replikasi,

memisahkan untai lama.
2. Protein pengikat untai tunggal: menjaga agar untai-untai tetap terpisah selama
bertindak sebagai cetakan dalam sintesis untai-untai komplementer yang baru.
3. Primase: membentuk primer
 2) Satu tim besar yang terdiri dari enzim dan protein lain
menjadi pelaksana replikasi DNA
Protein-protein yang berperan dalam replikasi DNA

4. DNA polimerase: pemanjangan untai DNA baru

5. Ligase: menggabungkan rantai DNA

 Sistim replikasi DNA pada eukariot berbeda yaitu dlm jenis
DNA polimerase
Pd. E. coli hanya ada 3 macam DNA polimerase, pd eukariot
ada 5 DNA polimerase yaitu : , , , dan
DNA polimerase : mengawali replikasi pada kedua untaian
DNA polimerase : pemanjangan kedua untaian
DNA polimerase dan : reparasi DNA
DNA polimerase : replikasi DNA mitokondria
DNA polimerase mempunyai aktivitas primase yg
berperanan penting dlm sintesis fragmen Okazaki.
Salah satu ciri inisiasi replikasi DNA eukariot adalah ada
banyak titik awal replikasi serta pergerakan garpu replikasi
lebih lambat dibandingkan prokariot
Setelah dilakukan inisiasi dan polimerisasi, akhirnya proses
replikasi DNA akan diakhiri dengan proses terminasi atau
pengakhiran replikasi.
Pada prokariot : replikasi berakhir pd waktu kedua garpu
replikasi bertemu pada satutitik yang disebut sisi terminasi
 Pd. E. coli sisi terminasi dicirikan oleh urutan basa DNA
sepanjang 23 pb yg berikatan pd suatu protein spesifik yg
disebut protein Tus (terminus utilization substance).
Ada 6 sisi terminasi : TerA, TerB, TerC, TerD, TerE dan TerF
Urutan konsensus sisi terminal ini adalah :
AATTAGTATGTTGTAACTAAANT
Urutan basa DNA ini diperlukan untuk menghentikan garpu
replikasi
Sekuens ter berikatan dengan protein Tus sehingga
menghentikan aktivitas enzim helikase
Pada saat menjelang akhir replikasi, kedua untai ganda DNA
hasil replikasi masih saling berlilitan sebagai dua cincin yang
disebut catenane sehingga harus diuraikan (proses
decatenation)
Salah satu ciri genom eukariot adalah strukturnya yang linier,
berbeda dengan prokariot yang berupa DNA lingkar
Pd prokariot : terminasi replikasi terjadi jika kedua garpu
replikasi bertemu pada sisi terminasi
Pd eukariot : terminasi pd ujung kromosom menggunakan
aktivitas enzim telomerase yang me-replikasi telomer