Anda di halaman 1dari 23

MIKROBIOLOGI DASAR

POKOK BAHASAN
1. PENDAHULUAN
2. PENGGOLONGAN MIKROORGANISME
3. STRUKTUR DAN FUNGSI SEL MIKROORGANISME
4. PERTUMBUHAN MIKROORGANISME
5. GENETIKA MIKROORGANISME
6. BIOENERGETIKA MIKROORGANISME
7. PENGENDALIAN PERTUMBUHAN MIKROORGANISME
8. INTERAKSI DAN PENYEBARAN MIKROORGANISME
9. PERANAN MIKROORGANISME
02. PENGGOLONGAN MIKROORGANISME
POKOK BAHASAN

I. PENDAHULUAN
II. EVOLUSI DAN KERAGAMAN MIKROBA
III. TINGKATAN TAKSONOMI
IV. SISTEM KLASIFIKASI
V. KARAKTERISTIK UTAMA YANG DIGUNAKAN DALAM
TAKSONOMI
VI. FILOGENI MIKROBA
VII. DIVISI UTAMA ORGANISME
VIII. BERGEYS MANUAL OF SYSTEMATIC BACTERIOLOGY
IX. GARIS BESAR FILOGENI DAN KERAGAMAN PROKARIOT
02. PENGGOLONGAN MIKROORGANISME

I. PENDAHULUAN
Taksonomi adalah ilmu klasifikasi biologis
Klasifikasi adalah penataan organisme ke dalam kelompok-
kelompok (taksa)
Nomenklatur adalah pemberian nama untuk kelompok-
kelompok taksonomi
Identifikasi adalah penentuan isolat tertentu pada takson
tertentu
Peranan taksonomi mikroba:
Memungkinkan ilmuwan mengorganisasikan sejumlah
besar pengetahuaannya
Memungkinkan ilmuwan membuat prediksi dan kerangka
hipotesis tentang organisme
Menempatkan organisme dalam kelompok-kelompok
bermakna dengan memberi nama secara tepat, jadi akan
mempermudah komunikasi ilmiah.
Penting untuk identifikasi mikroorganisme secara tepat.
Sistematik adalah kajian ilmiah organisme dengan tujuan

akhir untuk mengkarakterisasi dan menempatkan organisme

dengan cara yang teratur

Taksonomi mikroba saat ini sedang memasuki perode

perubahan besar yang disebabkan oleh penggunaan teknik

molekuler
02. PENGGOLONGAN MIKROORGANISME
POKOK BAHASAN

I. PENDAHULUAN
II. EVOLUSI DAN KERAGAMAN MIKROBA
III. TINGKATAN TAKSONOMI
IV. SISTEM KLASIFIKASI
V. KARAKTERISTIK UTAMA YANG DIGUNAKAN DALAM
TAKSONOMI
VI. FILOGENI MIKROBA
VII. DIVISI UTAMA ORGANISME
VIII. BERGEYS MANUAL OF SYSTEMATIC BACTERIOLOGY
IX. GARIS BESAR FILOGENI DAN KERAGAMAN PROKARIOT
02. PENGGOLONGAN MIKROORGANISME

II. EVOLUSI DAN KERAGAMAN MIKROBA

Bumi berumur kira-kira 4,6 milyar tahun dan sisa-sisa fosil

sel prokariotik berumur 3,5-3,8 milyar tahun terdapat dalam

stromatolit dan batuan sedimen

Stromatolit adalah batuan berlapis yang dibentuk dari

penggabungan sedimen mineral menjadi hamparan

mikroba (microbial mats)

Prokariot pertama mungkin bersifat anaerob.

Sianobakteri aerobik mungkin muncul 2,5-3,0 milyar

tahun yang lalu.


Hasil penelitan Carl Woese dan kawan-kawan

menyarankan bahwa organisme dibagi dalam tiga

domain:
1. Eukaria-meliputi seluruh organisme eukariotik

2. Bakteria-terdiri dari organisme prokariotik yang mempunyai

rRNA bakterial and lipid membran terutama berupa diasil

gliserol eter

3. Archaea-terdiri dari organisme prokariotik yang mempunyai

rRNA archaeal dan lipid membran terutama berupada

isoprenoid gliseral dieter atau turunan diglesrol tetraeter.


The Three-Domain System
Sel eukariotik modern yang muncul kurang lebih 1,4

milyar tahun yang lalu berasal dari prokariot


Hipotesis I: perkembangan kloroplast dan mitokondria

merupakan pelipatan (invaginasi) membran plasma dan

kemudian membentuk ruang- ruang (compartmentalization)

dengan fungsi tertentu


Hipotesis II (hipotesis endosimbiotik) menyarankan sebagai
berikut:
Proses pertama pembentukan sel eukariot adalah
pembentuk nukleus (mungkin fusi bakteri dan archaea
purba)
Kloroplast dibentuk ketika bakteri fotosintetik yang hidup
bebas bersimbiosis dengan sel eukariotik primitif
(sianobakteria dan proklron disarankan sebagai kandidat
yang paling kuat)
Mitokondria mungkin terbentuk melalui proses yang sama
(tetua Agrobacterium, Rhizobium, dan riketsia menjadi
kandidatnya)
Hopotesis endosimbiotik mendapat dukungan kuat dari
penemuan sianobakterium yang berendosimbiotik dengan
protista biflagelata (Cyanophora paradoxa); sianobakterium
berfungsi sebagai chloroplast Cyanophora paradoxa;
endosimbiotik ini dikenal sebagai sianel (cyanelle)
02. PENGGOLONGAN MIKROORGANISME
POKOK BAHASAN

I. PENDAHULUAN
II. EVOLUSI DAN KERAGAMAN MIKROBA
III. TINGKATAN TAKSONOMI
IV. SISTEM KLASIFIKASI
V. KARAKTERISTIK UTAMA YANG DIGUNAKAN DALAM
TAKSONOMI
VI. FILOGENI MIKROBA
VII. DIVISI UTAMA ORGANISME
VIII. BERGEYS MANUAL OF SYSTEMATIC BACTERIOLOGY
IX. GARIS BESAR FILOGENI DAN KERAGAMAN PROKARIOT
02. PENGGOLONGAN MIKROORGANISME

III. TINGKATAN TAKSONOMI


Tingkatan taksonomi (dari bawah ke atas) adalah:
spesies,
genus,
famili,
ordo,
klas,
kerajaan (kingdom);
Namun, ahli mikrobiologi seringkali menggunakan nama seksi
(suatu pengelompokan yang kurang formal) yang bersifat
deskriptif untuk kelompok-kelompok organisme tertentu,
seperti metanogen, purple bacteria, bakteri asam laktat, dan
lain-lain.
Galur adalah populasi organisme yang dapat dibedakan dari

sekurang-kurang beberapa pupulasi lain dalam suatu

kategori taksonomik, galur dianggap berasal dari organisme

tunggal atau isolat kultur tunggal.

Biovar berbeda secara biokimiawi atau fisiologis

Morfovar berbeda secara morfologi

Serovar berbeda sifat antigenik

Galur tipe (Type strain) adalah galur suatu spesies yang

dikaji pertama kali (yang paling rinci dikarakterisasi), galur

ini tidak harus anggota yang paling mewakili.

Genus adalah kelompok spesies (satu atau lebih) yang telah

ditentukan dengan sangat baik yang secara jelas terpisah

(berbeda) dari genera lain


Dalam sistem nomenklatur binomial yang diajukan oleh
Carl von Linne (Carolus Linnaeus), huruf pertama nama
genus ditulis dengan huruf besar dan epitet spesifik
ditulis dengan huruf kecil pada huruf pertamanya (e.g.,
Escherichia coli); dalam artikel ilmiah, huruf pertama
genus dapat disingkat setelah ditulis lengkap pada
penulisan sebelumnya, contoh, E. coli
02. PENGGOLONGAN MIKROORGANISME
POKOK BAHASAN

I. PENDAHULUAN
II. EVOLUSI DAN KERAGAMAN MIKROBA
III. TINGKATAN TAKSONOMI
IV. SISTEM KLASIFIKASI
V. KARAKTERISTIK UTAMA YANG DIGUNAKAN DALAM
TAKSONOMI
VI. FILOGENI MIKROBA
VII. DIVISI UTAMA ORGANISME
VIII. BERGEYS MANUAL OF SYSTEMATIC BACTERIOLOGY
IX. GARIS BESAR FILOGENI DAN KERAGAMAN PROKARIOT
02. PENGGOLONGAN MIKROORGANISME

IV. SISTEM KLASIFIKASI

Klasifikasi Alami (Natural classification)


penataan organisme ke dalam kelompok-kelompok yang
anggota-anggotanya mempnyai banyak kesamaan sifat dan
mencerminkan sebanyak mungkin sifat biologis organisme.
Sistem (Phenetic systems) adalah mengelompokkan
organisme didasarkan atas kesamaan secara keseluruhan
Seringkali berupa suatu sistem alami yang didasarkan atas
kesamaan karakter
Tidak tergantung pada analisis filogenetik
Menggunakan unweighted traits
Sistem terbaik jika membandingkan sebanyak mungkin sifat
(attributes)
Taksomi Numerik (Numerical taxonomy)
Informasi sifat suatu organisme dikonversikan ke bentuk
yang sesuai untuk analisis numerk dan dibandingkan
menggunakan komputer.
Ada atau tidaknya sekuran-kurangnya 50 (sebaiknya
beberapa ratus) karakater dibandingkan; karakter tersebut
di antaranya karakter morfologi, biokimiawi, dan fisiologi)
Koefisien asosiasi ditentukan di antara karakter-karakter
yang dimiliki oleh dua organisme
Koefisien kesesuaian sederhana (Simple matching
coefficient) proporsi yang sesuai (match) baik untuk
karakter yang ada maupun tidak ada
Koefisien Jaccard (Jaccard coefficient) mengabaikan
karakter-karakter yang tidak ada pada kedua organisme
Nilai-nilai tersebut diatur untuk membentuk matriks
kesamaan (similarity matrix); organisme dengan kesamaan
tinggi dikelompokkan bersama dalam fenon (phenons)
Perbedaan (significance) fenon tidak selalu jelas terlihat
tetapi fenon dengan kesamaan 80% seringkali dianggap
satu spesies (bakteri)
Sistem (Phenetic systems) adalah mengelompokkan
organisme didasarkan atas kesamaan secara keseluruhan
Seringkali berupa suatu sistem alami yang didasarkan atas
kesamaan karakter
Tidak tergantung pada analisis filogenetik
Menggunakan unweighted traits
Sistem terbaik jika membandingkan sebanyak mungkin sifat
(attributes)
Sistem filogenetik (filetik) {Phylogenetic (phyletic) -
pengelompokan organisme didasarkan pada hubungan
evolusioner
1. Untuk prokariot adalah sulit untuk mengetahui hubungan
evolusi karena kekurangan catatan fosil yang baik
2. Pembandingan langsung materi genetik dan produk gen
seperti rRNA dan protein dapat digunakan untuk mengatasi
kesulitan tersebut di atas