Anda di halaman 1dari 12

TECNOLGICO NACIONAL DE MEXICO

INSTITUTO TECNOLGICO DE LA PAZ


Perfil Global de Expresin de Genes e Interacciones
Protena-Protena de Cassostrea corteziensis
(Hertlein, 1951) expuesto a condiciones oscilantes
de estrs trmico agudo/crnico
Taller de Investigacin II
Hctor Elas Vlez Garca
1
Introduccin
Crassostrea corteziensis es un molusco que
habita en el Pacfico, desde el Golfo de
California hasta Panam. Las comunidades
costeras lo han utilizado como recurso de
consumo local y para la venta en Mxico ya
que en el cultivo de esta especie, su tasa de
mortalidad es relativamente baja.
Crassostrea corteziensis (Sagarpa 2014)

2
Antecedentes

Cassostrea corteziensis posee un amplio potencial de desarrollo,


variabilidad gentica y tolerancia a cambios de temperatura (Castillo
et al., 2010).
Es un organismo poiquilotermo marino, posee un mecanismo de
termorregulacin con compensacin metablica por expresin de
genes (Hill et al., 2012).
Es posible el estudio de los mecanismos de termorregulacin
mediante anlisis de expresin de genes, mediante un control
experimental determinado (Johnston et al., 2008).
3
Problemtica
Actualmente no se conocen los genes, implicados en la
termorregulacin de Crassostrea corteziensis, ni cmo interactan
entre otros procesos biolgicos, informacin sin la cual no se puede
profundizar en las investigaciones de esta especie, por lo que no es
posible determinar sus condiciones ptimas de cultivo y produccin.

4
Justificacin
En Baja California Sur la acuacultura se ha convertido en una alternativa
real e importante para ampliar la oferta alimentaria del estado y crear
fuentes permanentes de empleo, as como un medio para disminuir la
presin sobre los recursos pesqueros, en particular los de las riberas
El ostin es una de las especies cultivadas de mayor importancia y durante
el ao 2015 se ha alcanz una produccin record de 1223 toneladas,
aunque esta seguir aumentando si la tendencia se mantiene.
La reproduccin controlada del ostin de placer Crassostrea corteziensis en
el laboratorio es factible, permitiendo as trabajar con la progenie en su
fase juvenil para evitar que el proceso reproductivo enmascare los efectos
que los regmenes de temperatura pudiesen tener sobre la ecofisiologa, la
bioqumica y la inmunogenmica.
5
Objetivos
General:
Establecer los perfiles de expresin de genes por efecto de la temperatura oscilante sobre
la ecofisiologa y la inmunologa del ostin de placer Crassostrea corteziensis.
Especficos:
Realizar un control de calidad por estadstica N50 utilizando el software ABySS para
verificar la calidad del ensamblaje (Bradnam et al., 2013).
Desarrollar un Mapeo utilizando Basespace NGS y anotacin funcional con el software
Blast2GO para establecer el perfil gentico as como la funcin de los mismos (BioBam
2013; Illumina 2017).
Realizar la bsqueda de dominios y familias de protenas con el software HMMER, la
prediccin de peptidoseales con el software SignalP 4.1 as como de regiones
transmembranales por el programa TMHMM server v.2.0 para una caracterizacin
detallada del proteoma (CBS 2017).
Comparar transcriptoma de referencia (Crassostrea gigas) en Gene Bank utilizando el
programa TransRate para cuantificar los transcritos completos y abundancia gentica
(Omictools 2017).
6
Hiptesis
Si el transcriptoma de Crassostrea corteziensis obtenido tras la
exposicin a distintas condiciones de temperatura muestra una
expresin diferencial de genes, entonces se inferir la funcin de los
mismos en los mecanismos de termorregulacin.

7
Mtodo

8
Introduccin Justificacin Objetivos Metodologa Resultados Conclusiones

Objetivo Especfico 1:
Metodologa
LISIS/ROMPIMIENTO
Buffer de extraccin
Proteinasa K [10ng/mL]
RNAsa [10ng/mL]
.
Se pesaron 0.25 g de
Reduccin de tamao Semilla pulverizada semilla pulverizada
Semilla de Maz

PRECIPITACIN Y
SEPARACIN
PURIFICACIN
Resuspensin en Centrifugar y Con Fenol, Cloroformo,
Etanol
de TE decantar Isoamlico y
centrifugacin
Incubar -20C

Fuentes: (Prez-Urquiza M, et al., 2013). 9


CONTINUACIN METODOLOGA
Objetivo Especfico 2:

Se ajusto el DNA
[500 y 300 ng/mL] Se ajusto [10 ng/mL] 45 minutos a 100 Volts
5 L de DNA + 2 L de SGB,
en gel de agarosa 1%

Desnat. 10 min 95C

Mix: Hibridacin 40 seg 95C


40 seg 55C 35 ciclos
H2O
10 min 72C
2X RedTaq
10 M Primer Foward
10 M Primer Reverse Extensin o 6 min 72C
elongacin
5 L de DNA en gel de
agarosa 1%
1 L de DNA [10 ng/mL]
Objetivo Especfico 3: + 4 L del Mix Termociclador

Mix:
H2O
2X Taqman Universal Desnat. 10 min 95C
10 M Primer Foward p35S Hibridacin 15 seg 95C
10 M Primer Reverse p35S
5 M Sonda p35S (5FAM Y 3TAMRA) Extensin 6 min 60C (40 ciclos)
10 M Primer Foward HmgA 2 L de DNA [100 ng/mL]
10 M Primer Reverse HmgA + 18 L del Mix
5 M Sonda HmgA (5HEX 3TAMRA) 10
Cronograma de actividades semanas
Actividad 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17
1 Verificacin del ensamblaje
2 Mapeo de secuencias
3 Anotacin funcional
4 Bsqueda de homlogos
5 Bsqueda de familias y dominios
6 Prediccin de peptidoseal
7 Prediccin de Regin transmembranal
Evaluacin de transcriptoma de
8
referencia 11
Referencias bibliogrficas
Hill R. w:, Wyse G. A., Anderson M. (2012). Animal Physiology.
Sinauer Associates.
Johnston I. A:, Benne A. F. (2008) Animals and temperatura: Pheotypic
and evolutionary adaptation. Cambridge university press.
Castillo A, Villalba J., Li A., Barraza A. (2010). Crecimiento
comparativo, condicin y supervivencia de juveniles de los ostiones
Cassostrea gigas y C. corteziensis cultivados en verano e invierno.
Ciencia marina vol.36 no.1.
Perez R., Avila S. Ibarra A.M. (2008). Gentica poblacional del ostin
de placer Cassostrea corteziensis en el Golfo de California. Ciencias
marinas vol.34 no.4
12