Oleh:
Dr. drh. Aris Haryanto, M.Si.
Bagian Biokimia
Fakultas Kedokteran Hewan
Universitas Gadjah Mada
Yogyakarta LOGO
Apa itu Enzim?
Kebanyakan enzim adalah Proteins ( struktur tersier
dan quaterner)
Enzim bertindak sebagai Katalis untuk mempercepat
proses reaksi kimia
Pada proses reaksi tidak berubah secara permanen .
Bersifat spesific untuk apa yang akan dikatalisis
Bersifat Reusable
Berakhiran ase
-Sucrase
-Lactase
-Maltase
LOGO
2
Apa itu Enzim
Enzim merupakan makromolekul biologis aktif yang bersifat
katalitik.
Bersifat specifik, efficient, aktive dalam larutan aqueous.
Kebanyakan enzim merupakan protein globular.
Namun beberapa RNA (ribozymes, and ribosomal RNA)
juga dapat mengkatalis suatu reaksi .
Non-peptide Co-Factors (Metals, Vitamins, Coenzymes)
Enzim dapat diklasifikasi berdasarkan fungsinya
LOGO
Definisi
Enzim merupakan biomolekul yang
mempunyai fungsi katalisis .
Komponen Enzim:
Enzim Aktif
or
Protein Inaktif (Apoenzyme) + Cofactor
[called: Holoenzyme]
LOGO
Notasi dan Terminologi
LOGO
Biokatalis
Ribozim:
fragmen RNA yang dapat bertindak sebagai katalis
untuk berbagai reaksi termasuk proses hidrolisis RNA.
Abzim:
Antibodi yang mengikat komplek keadaan transisi proses
reaksi dan dapat mengkatalisis reaksi tersebut.
LOGO
Properti Enzim
LOGO
Bagaimana Enzim Bekerja?
LOGO
8
Enzim
Tanpa Enzim
Dengan Enzim
Produk
Progress reaksi
LOGO
9
LOGO
10
Enzim: Active sites
Active sites: situs aktif
Region yang mengikat substrat .
Hanya merupakan fraksi kecil dari
molekul enzim .
Dibentuk dari Asam amino pada bagian
yang berbeda dari sekuensnya carboxypeptidase
Substrate Joins
Enzyme
LOGO
12
Active Site = situs aktif
Active Site
Substrate
Enzyme
LOGO
Induced Fit
LOGO
14
Induced Fit
Active Site
substrat
Enzyme
induced fit
LOGO
15
Apa yang Mempengaruhi Aktivitas
Enzim?
Tiga factor:
1. Kondisi Lingkungan
2. Co-factor dan ko-enzim
3. Inhibitor Enzim
LOGO
16
1. Kondisi Lingkungan
1. Suhu yang Ekstrem sangat berbahaya buat enzim
- suhu tinggi menyebabkan protein terdenaturasi
2. pH (umumnya pH: 6,0 8,0 mendekati neutral)
3. Konsentrasi Ion (garam ion)
LOGO
17
2. Co-factor dan Co-enzim
LOGO
18
3. Inhibitor Enzim
a. Inhibitor Kompetitif: merupakan substansi kimia yang
strukturnya mirip substrat normal suatu enzim dan
berkompetisi dengan substrat enzim
berebut situs aktif.
Substrate Enzyme
Competitive inhibitor
Reaktan Produk
Hydrogen Katalase
peroxide Oksigen + Air
LOGO
Hipotesis: Lock and Key
Enzim hanya beraksi pada satu jenis substansi atau
substrat oleh karena itu Enzim dikatakan spesifik untuk
satu jenis substratnya.
Bentuk dari situs aktifnya (binding site) harus cocok
dengan bentuk substratnya sehingga memungkinkan 2
molekul berikatan satu sama lain selama proses reaksi
kimia.
Teori ini disebut dengan: lock and key hypothesis
LOGO
Model Enzim
LOGO
Factor-Faktor yang
mempengaruhi Enzim
2. pH
Enzim akan berfungsi pada kisaran pH optimal
pH lambung
pH usus halus
LOGO
Faktor-2 yang mempengaruhi
Enzim
LOGO
Faktor-faktor yang mempengaruhi
enzim
4. Molekul Inhibitor
Molecules yang melekat pada enzim dan
mengurangi kemampuan enzim dalam mengikat
substrat.
There are two types of inhibitors:
a. Inhibitor kompetitif
b. Inhibitor Non-kompetitif
LOGO
Molekul Inhibitor
a. Inhibitor Kompetitif
melekat pada situs aktif suatu enzim
Bentuk mirip dengan substrat
Berkompetisi dengan substrat
Sering merupakan produk akhir suatu reaksi
LOGO
Molekul Inhibitor
b. Inhibitor Non-Competitif
Melekat di sembarang tempat pada enzim terutama
bukan pada daerah situs aktif.
Perlekatan ini merubah bentuk 3-D suatu enzim
Reaksi masih terjadi tetapi tidak dihambat
LOGO
Regulasi Aktifitas Enzim
Feedback Inhibition
Turns the path off
Mencegah akumulasi produks
Produk akhir dari jalur interfere dengan enzim dengan
cara mengikat dengan situs alosterik (regulatory)
situs dan mengubah situs aktif
Precursor Activity
Turns the path on
Substrat berikatan dengan enzim terakhir enzim pada
jalan meningkatnya fit pada komplex E-S
Berikatan dengan sisi allosterik
Meningkatkan formasi produk akhir.
LOGO
Baik Feedback inhibition maupun precursor activity disebut
allosteric activity
Sejarah
1915 Michaelis-Menten (invertase)
E-S complex
1960: W. W. Cleland
Klasifikasi reaksi enzim banyak bermanfaat ny
Untuk pengembangan enzim kinetik
LOGO
History
1915 Kinetika Enzimatis (Michaelis)
Fisik alamiah enzim tidak pernah diketahui secara persis. (ill-
defined colloids)
1928 Urease Kristalisasi enzim .
merupakan langkah esensial : enzim merupakan molekul
homolog yang dapat dipelajari secara kimiawi
1955 Sanger:
Mensekuens pertama kali protein kecil (insuline)
1968 struktur X-ray suatu enzim: Blow (chymotrypsin)
1950-1980 affinitas labeling untuk identifikasi residu active-site
1978 Gene cloning: enzim recombinan dapat diperoleh.
1983 site-directed mutagenesis
LOGO
Enzim di kelompokkan dalam 6 Klas
1. Oxidoreductase (class 1)
Mengkatalisis pemindahan equivalent reducing dr 1 sistem Redoks ke yg lain.
2. Transferase (class 2)
Mengkatalisis pemindahan suatu gugus ke gugus lain dari satu molekul ke
molekul lain.
Enzim klas 1 and 2 biasanya memerlukan co-enzim
3. Hydrolase (class 3)
Juga terlibat dalam proses pemindahan gugus, tetapi aseptornya selalu
merupakan molekul air.
4. Lyase (class 4), sering disebut sebagai Synthase
mengkatalisis reaksi yang melibatkan pemotongan dan pembentukan ikatan
kimia dengan penambahan atau penghilangan ikatan rangkap.
5. Isomerase (class 5)
Memindah suatu gugus dalam molekule, tanpa merubah komposisi utama
substratnya. .
6. Ligase (class 6) sering pula disebut sebagai Synthetase
LOGO
Reaksi ligasi dikatalisis oleh ligase. Ini merupakan energy-dependent oleh karena
itu reaksinya dikaitkan dengan proses hidrolisis nucleosid triphosphates.
Klas Enzim (EC number)
LOGO
Enzim dan Reaksi Metabolisme
Enzymes
Merupakan protein katalisis yang memungkinkan
reaksi kimia terjadi dalam tubuh tanpa
meningkatkan suhu tubuh.
Berakhiran dengan suffix -ase
Examples: urease, amylase, sucrase
LOGO
Katalis
Mengontrol kecepatan reaksi tanpa mengubah produk yang
terbentuk
- Dengan mengurangi energi aktivasi
- Terowongan vs Mendaki gunung
Tetap tidak berubah dan dapat digunakan berulang-ulang.
Seringkali hanya dibutuhkan dalam jumlah kecil
LOGO
Katalisis
LOGO
Substrate The enzyme- Reaction is complete.
approaches an substrate Enzyme remains
enzyme complex is unchanged.
formed
Products are formed.
LOGO
Kinetika Enzim: Vmax and Km
LOGO
Different substrates, Vmax and Km
LOGO
To linearize Michaelis-Menten
Lineweaver-Burk plots
1/[S]
LOGO
Can also do Eadie-Hofstee (V vs. V/[S]) or Haynes ([S]/V vs. [S]) plots.
Enzymatic equations
E+S ES EP E+P
There are at least three steps.
LOGO
Enzymatic equations II
E+S ES EP E+P
k1 kcat
E+S ES E+P
k2
LOGO
Michaelis-Menten reaction
k1 k2
E + S ------ ES ----- E + P
k-1
Vmax [S]
v = ----------------
Km + [S]
LOGO
Lineweaver-Burke Eadie-Hofstee
1 Km 1 1 v Vmax v
---- = ------ x ------ + ------ ---- = ------- - ------
v [S] Vmax Vmax [S] Km Km
LOGO
Methods for purification of enzymes
1. Centrifugation
2. Ion exchange,
3. Gel permeation chromatography,
4. Electrophoresis
5. Affinity chromatography,
6. Immunochemical techniques,
LOGO
LOGO
LOGO