Anda di halaman 1dari 50

Enzimologi

Oleh:
Dr. drh. Aris Haryanto, M.Si.
Bagian Biokimia
Fakultas Kedokteran Hewan
Universitas Gadjah Mada
Yogyakarta LOGO
Apa itu Enzim?
Kebanyakan enzim adalah Proteins ( struktur tersier
dan quaterner)
Enzim bertindak sebagai Katalis untuk mempercepat
proses reaksi kimia
Pada proses reaksi tidak berubah secara permanen .
Bersifat spesific untuk apa yang akan dikatalisis
Bersifat Reusable
Berakhiran ase
-Sucrase
-Lactase
-Maltase

LOGO
2
Apa itu Enzim
Enzim merupakan makromolekul biologis aktif yang bersifat
katalitik.
Bersifat specifik, efficient, aktive dalam larutan aqueous.
Kebanyakan enzim merupakan protein globular.
Namun beberapa RNA (ribozymes, and ribosomal RNA)
juga dapat mengkatalis suatu reaksi .
Non-peptide Co-Factors (Metals, Vitamins, Coenzymes)
Enzim dapat diklasifikasi berdasarkan fungsinya

LOGO
Definisi
Enzim merupakan biomolekul yang
mempunyai fungsi katalisis .

Komponen Enzim:
Enzim Aktif
or
Protein Inaktif (Apoenzyme) + Cofactor
[called: Holoenzyme]

Cofactor: Coenzyme (Organic molecule)


Or Metal

LOGO
Notasi dan Terminologi

Reactant -----> Substrate [S]

Catalyst -----> Enzyme [E]

Product -----> Product [P]

Enzyme-substrate complex [ES]

Maximum velocity Vmax


Michaelis constant Km

LOGO
Biokatalis

Enzim: proteins dengan aktivitas katalitik

Ribozim:
fragmen RNA yang dapat bertindak sebagai katalis
untuk berbagai reaksi termasuk proses hidrolisis RNA.

Abzim:
Antibodi yang mengikat komplek keadaan transisi proses
reaksi dan dapat mengkatalisis reaksi tersebut.

LOGO
Properti Enzim

Enzim mempunyai tingkat efisiensi tinggi dan


mengkatalisis substrat secara spesifik.

Enzim mengubah laju reaksi, bukan kesetimbangan

Enzim menstabilkan keadaan transisi

Laju reaksi tergantung pada consentrasi enzim, substrat


dan effisiensi enzim.

LOGO
Bagaimana Enzim Bekerja?

Enzim bekerja dengan melemahkan ikatan yang


menurunkan energi aktivasi

LOGO
8
Enzim

Tanpa Enzim
Dengan Enzim

Energi Free energy of activation


bebas
Reaktan

Produk

Progress reaksi
LOGO
9
LOGO
10
Enzim: Active sites
Active sites: situs aktif
Region yang mengikat substrat .
Hanya merupakan fraksi kecil dari
molekul enzim .
Dibentuk dari Asam amino pada bagian
yang berbeda dari sekuensnya carboxypeptidase

Active sites: situs aktif


Biasanya berbentuk celah atau
kantong .
Substrat terikat oleh interaksi
lemah yang multiple.
LOGO
Enzyme-Substrate Complex

Substansi (reaktan) enzim yang bekerja adalah substrat

Substrate Joins
Enzyme

LOGO
12
Active Site = situs aktif

Adalah suatu region restricted dari molekul


enzim yang mengikat substrat.

Active Site

Substrate
Enzyme

LOGO
Induced Fit

Adalah perubahan dalam bentuk situs aktif suatu enzim


yang diinduksi oleh substrat

LOGO
14
Induced Fit

Perubahan konfigurasi situs aktif enzim ini (H+ dan ikatan


ionik yang terlibat).
Diinduksi oleh substrat

Active Site
substrat
Enzyme

induced fit
LOGO
15
Apa yang Mempengaruhi Aktivitas
Enzim?
Tiga factor:

1. Kondisi Lingkungan
2. Co-factor dan ko-enzim
3. Inhibitor Enzim

LOGO
16
1. Kondisi Lingkungan
1. Suhu yang Ekstrem sangat berbahaya buat enzim
- suhu tinggi menyebabkan protein terdenaturasi
2. pH (umumnya pH: 6,0 8,0 mendekati neutral)
3. Konsentrasi Ion (garam ion)

LOGO
17
2. Co-factor dan Co-enzim

Substansi Anorganik (zinc, iron) and vitamins


(respectively) kadang kadang dibutuhkan untuk
aktivitas enzim yang tepat.
Contoh: Besi harus ada dlam struktur kuartener
hemoglobin agar dapat mengikat oksigen.

LOGO
18
3. Inhibitor Enzim
a. Inhibitor Kompetitif: merupakan substansi kimia yang
strukturnya mirip substrat normal suatu enzim dan
berkompetisi dengan substrat enzim
berebut situs aktif.
Substrate Enzyme
Competitive inhibitor

b. Inhibitor Non Kompetitif


Inhibitor yang tidak memasuki situs aktif, tetapi mengikat ke
bagian lain dari enzim menyebabkan 19 enzim mengubah

bentuknya, yang pada gilirannya mengubah situs aktif.


.
Substrate Noncompetitive
active site altered Enzyme Inhibitor
LOGO
19
Katalis Biologi
Katalis Biologis yang berada dalam sitoplasma sel tumbuhan
dan hewan yang mempercepat proses pemecahan hidrogen
peroksida disebut katalase
Hydrogen katalase Oksigen + Air
peroxide enzyme

Reaktan Produk

Hydrogen Katalase
peroxide Oksigen + Air

Enzim katalase tidak dapat mempercepat reaksi lainnya.


Enzim ini khusus hanya untuk reaksi ini.
LOGO
Satu Enzim Satu Reaksi
Terdapat ribuan enzim yang berbeda pada setiap hewan.

Kenapa terdapat banyak sekali enzim yang berbeda?

Setiap enzim memiliki struktur protein dan bentuk


tersendiri yang unik, yang didesain untuk cocok dan pas
atau merupakan komplemen yang sesuai dengan substrat
nya.

LOGO
Hipotesis: Lock and Key
Enzim hanya beraksi pada satu jenis substansi atau
substrat oleh karena itu Enzim dikatakan spesifik untuk
satu jenis substratnya.
Bentuk dari situs aktifnya (binding site) harus cocok
dengan bentuk substratnya sehingga memungkinkan 2
molekul berikatan satu sama lain selama proses reaksi
kimia.
Teori ini disebut dengan: lock and key hypothesis

LOGO
Model Enzim

Tempat dimana substrat berikatan


dengan enzim disebut Situs Aktif (active
site).
Lock and Key Model
The active site suatu enzim cocok dan
pas dengan substrat specifiknya.
Model Induced-Fit
Active site sedikit berubah
bentuk ketika kompleks E-
S bergabung.
Sehingga membuatnya
sangat cocok.
LOGO
Faktor-faktor yang mempengaruhi
enzim
1. Temperatur
Laju reaksi meningkat seiring
dengan meningkatnya
temperatur.
Puncaknya pada ~ 37 - 40C
kemudian turun dengana
cepat.
Mengapa?
What happens at cooler
E.g. egg frying
temperatures?

LOGO
Factor-Faktor yang
mempengaruhi Enzim
2. pH
Enzim akan berfungsi pada kisaran pH optimal
pH lambung
pH usus halus

LOGO
Faktor-2 yang mempengaruhi
Enzim

3. konsentration Molekul Substrat


Laju reaksi meningkat seiring meningkatnya
konsentrasi substrat sampai pada titik tertentu.
Faktor pembatas dalam reaksi kemungkinan adalah
jumlah substrat atau jumlah enzim yang tersedia

LOGO
Faktor-faktor yang mempengaruhi
enzim

4. Molekul Inhibitor
Molecules yang melekat pada enzim dan
mengurangi kemampuan enzim dalam mengikat
substrat.
There are two types of inhibitors:
a. Inhibitor kompetitif
b. Inhibitor Non-kompetitif

LOGO
Molekul Inhibitor
a. Inhibitor Kompetitif
melekat pada situs aktif suatu enzim
Bentuk mirip dengan substrat
Berkompetisi dengan substrat
Sering merupakan produk akhir suatu reaksi

LOGO
Molekul Inhibitor
b. Inhibitor Non-Competitif
Melekat di sembarang tempat pada enzim terutama
bukan pada daerah situs aktif.
Perlekatan ini merubah bentuk 3-D suatu enzim
Reaksi masih terjadi tetapi tidak dihambat

LOGO
Regulasi Aktifitas Enzim
Feedback Inhibition
Turns the path off
Mencegah akumulasi produks
Produk akhir dari jalur interfere dengan enzim dengan
cara mengikat dengan situs alosterik (regulatory)
situs dan mengubah situs aktif
Precursor Activity
Turns the path on
Substrat berikatan dengan enzim terakhir enzim pada
jalan meningkatnya fit pada komplex E-S
Berikatan dengan sisi allosterik
Meningkatkan formasi produk akhir.
LOGO
Baik Feedback inhibition maupun precursor activity disebut
allosteric activity
Sejarah
1915 Michaelis-Menten (invertase)
E-S complex

1925: Briggs et Haldane


stady-state

1960: W. W. Cleland
Klasifikasi reaksi enzim banyak bermanfaat ny
Untuk pengembangan enzim kinetik

LOGO
History
1915 Kinetika Enzimatis (Michaelis)
Fisik alamiah enzim tidak pernah diketahui secara persis. (ill-
defined colloids)
1928 Urease Kristalisasi enzim .
merupakan langkah esensial : enzim merupakan molekul
homolog yang dapat dipelajari secara kimiawi
1955 Sanger:
Mensekuens pertama kali protein kecil (insuline)
1968 struktur X-ray suatu enzim: Blow (chymotrypsin)
1950-1980 affinitas labeling untuk identifikasi residu active-site
1978 Gene cloning: enzim recombinan dapat diperoleh.
1983 site-directed mutagenesis

LOGO
Enzim di kelompokkan dalam 6 Klas
1. Oxidoreductase (class 1)
Mengkatalisis pemindahan equivalent reducing dr 1 sistem Redoks ke yg lain.
2. Transferase (class 2)
Mengkatalisis pemindahan suatu gugus ke gugus lain dari satu molekul ke
molekul lain.
Enzim klas 1 and 2 biasanya memerlukan co-enzim
3. Hydrolase (class 3)
Juga terlibat dalam proses pemindahan gugus, tetapi aseptornya selalu
merupakan molekul air.
4. Lyase (class 4), sering disebut sebagai Synthase
mengkatalisis reaksi yang melibatkan pemotongan dan pembentukan ikatan
kimia dengan penambahan atau penghilangan ikatan rangkap.
5. Isomerase (class 5)
Memindah suatu gugus dalam molekule, tanpa merubah komposisi utama
substratnya. .
6. Ligase (class 6) sering pula disebut sebagai Synthetase
LOGO
Reaksi ligasi dikatalisis oleh ligase. Ini merupakan energy-dependent oleh karena
itu reaksinya dikaitkan dengan proses hidrolisis nucleosid triphosphates.
Klas Enzim (EC number)

LOGO
Enzim dan Reaksi Metabolisme

Bagaimana reaksi terjadi didalam sel?


Molecules dalam gerakan yang konstan
Tabrakan antar molekul memungkinkan reaksi
terjadi

Enzymes
Merupakan protein katalisis yang memungkinkan
reaksi kimia terjadi dalam tubuh tanpa
meningkatkan suhu tubuh.
Berakhiran dengan suffix -ase
Examples: urease, amylase, sucrase
LOGO
Katalis
Mengontrol kecepatan reaksi tanpa mengubah produk yang
terbentuk
- Dengan mengurangi energi aktivasi
- Terowongan vs Mendaki gunung
Tetap tidak berubah dan dapat digunakan berulang-ulang.
Seringkali hanya dibutuhkan dalam jumlah kecil

LOGO
Katalisis

LOGO
Substrate The enzyme- Reaction is complete.
approaches an substrate Enzyme remains
enzyme complex is unchanged.
formed
Products are formed.

LOGO
Kinetika Enzim: Vmax and Km

Reaction rate (V) varies with substrate concentration.


Vmax = the maximum reaction rate.
Km = substrate concentration where V = Vmax/2
Measures affinity of enzyme for substrate.
V = Vmax
[S]
The Michaelis-Menten equation
LOGO
[S] + Km
Vmax and Km

Vmax depends on the amt. of enzyme.

LOGO
Different substrates, Vmax and Km

Km is a property of both enzyme and substrate.

LOGO
To linearize Michaelis-Menten

Lineweaver-Burk plots

1/V V and [S] can be


slope = Km/Vmax
determined
experimentally.
1/Vmax
-1/Km

1/[S]

LOGO
Can also do Eadie-Hofstee (V vs. V/[S]) or Haynes ([S]/V vs. [S]) plots.
Enzymatic equations

E+S ES EP E+P
There are at least three steps.

LOGO
Enzymatic equations II

E+S ES EP E+P

k1 kcat
E+S ES E+P
k2

Km = (k2+ kcat )/k1

usually kcat <<< k2, so Km = k2/k1 = Kd


LOGO
Catalytic efficiency and proficiency
Catalytic efficiency = kcat / Km

Catalytic proficiency = kcat / Km


knon

kcat = # substrate molecules converted per second


Km = affinity of enzyme for substrate

Catalytic (kinetic) perfection: Efficiency = diffusion rate (~108 M-1S-1)

LOGO
Michaelis-Menten reaction

k1 k2
E + S ------ ES ----- E + P
k-1

Vmax [S]
v = ----------------
Km + [S]

LOGO
Lineweaver-Burke Eadie-Hofstee
1 Km 1 1 v Vmax v
---- = ------ x ------ + ------ ---- = ------- - ------
v [S] Vmax Vmax [S] Km Km

LOGO
Methods for purification of enzymes
1. Centrifugation
2. Ion exchange,
3. Gel permeation chromatography,
4. Electrophoresis
5. Affinity chromatography,
6. Immunochemical techniques,

LOGO
LOGO
LOGO

Anda mungkin juga menyukai