O que a bioinformtica?
H 10 anos o termo
nem existia.
Para que serve a bioinformtica?
Gerao de
hipteses a partir Criao de bancos
dos dados Bioinformtica de dados.
Colossus
Contexto Histrico
- Ele se chama digital, pois os dados so armazenados
com um alfabeto binrio
- Foi preciso esperar at fins da dcada de 1980 para que aparecesse uma
lente de aumento suficientemente boa que permitisse a leitura dessas
letrinhas em grande quantidade
* A preferncia por sistemas baseados em Unix deve-se ao fato de que tais sistemas, so:
- mais confiveis;
-gerenciam melhor o trabalho com grandes quantidades de dados e que algumas
de suas variantes, como o Linux;
- possuem cdigo aberto e distribudos gratuitamente.
Linguagens de programao
* O PERL uma linguagem rica, simples, disponvel gratuitamente, possui uma srie de
mdulos enriquecedores (bioperl e biographics) e faz interface com bancos de dados;
Banco de dados
- MySQLhttp://www.mysql.org
Acesso livre para download do gerenciador MySQL, como tambm a vrias
Ferramentas de conexo, como: DBI, Java, ODBC e etc. Apresenta
documentao completa.
- PostgreSQLhttp://www.pgsql.com/
Acesso livre para download do gerenciador PostgreSQL, como tambm algumas
ferramentas. Apresenta documentao completa.
- ORACLEhttp://www.oracle.com
Informaes comerciais sobre o banco de dados.
- Microsoft SQL Serverhttp://www.microsoft.com/sql/
Informaes comerciais sobre o banco de dados.
(2017):
Surgimento da bioinformtica
Com o surgimento dos sequenciadores capilares de DNA em larga escala
gerou-se uma enorme quantidade de informao biolgica, de modo que
seria impossvel de se analisar manualmente.
Crescimento do GenBank.
Crescimento exponencial do
nmero de sequncias
contidas nesse banco de dados
ao longo de duas dcadas.
Fonte: GenBank
Surgimento da bioinformtica
1988
fundada a Human Genome Oganization (HUGO), uma organizao
internacional de cientistas para sequenciar e anotar o genoma humano.
Surgimento da bioinformtica
1988
Foi criado o National Center for Biotechnology Information (NCBI), como
um repositrio de diversas bases de dados biolgicas (como o GenBank).
Surgimento da bioinformtica
1993
O primeiro mapa de genoma bacteriano completo publicado
(Haemophilus influenzae) e termina a primeira fase do Projeto Genoma
Humano, com o mapeamento gentico pela Genethon
Surgimento da bioinformtica
2003
Depois de uma dcada o genoma humano finalmente publicado
Objetivos da bioinformtica
Reconhecimento de padres
Criao de algoritmos
Descoberta de genes
Descoberta de novos frmacos
Alinhamento de estruturas de
protenas
Agrupar protenas homlogas
Predio de estruturas de protenas
Previso de expresso gnica e
interaes de protenas
Identificar inibidores de enzimas
Estudos de associao ampla de
genoma e modelagem da evoluo
Biologia computadorizada e a Bioinformtica
Biologia
computadorizada
x Bioinformtica
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Principal preocupao
Algumas Tcnicas
Reconhecimento de genes
Reconstruo de rvores filogenticas
Anlise de dados de expresso gnica
Previso de estruturas de protenas
Anlise de interao entre genes
Montagem de fragmentos
Alinhamento de sequncias
rea estratgica de pesquisa
Tarefa do bioinformata
Ser criativo e produtivo ao mesmo tempo
No perde o tempo da produo do dado
Economiza 50% do esforo cientfico
Bioinformtica e suas aplicaes
Cincia bsica
- Construo de rvores filogenticas;
- Montagem e caracterizao de genomas;
Na medicina
- Diagnstico e tratamento;
- Analisar uma Mutao nova de uma doena e comparar com
outras mutaes em bancos de dados;
- Farmacogentica;
- Alvos proteicos com potencial de serem modificados com
frmacos minimizando as causas da doena;
- Terapia gnica
Rede da via glutamatrgica: genes responsveis pela produo de 14
protenas presentes na rede (ns em verde) foram identificados pela
ferramenta como associados a esquizofrenia
Bioinformtica e suas aplicaes
Coppe/UFRJ desenvolve sistema inovador para o tratamento do HIV