DNA mrp

Asam nukleat
Apa yg dimaksud dg as. nukleat
Mrp st polinukleotida (n-nukleotida)
Polinukleotida tss dr n nuleotida
Nukleotida td nukleosida + pospat organik
Nukleosida tss basa + gula
Gula = pentosa (ribosa atau deoksiribosa)
Basa = purin ( adenin atau guanin)
= pirimidin ( sitoson, timin atau urasil)
 GULA PENTOSA

RNA DNA

5' 5'
1' 1'
4' 4'

3' 2' 3' 2'

RIBOSA deoksi-RIBOSA
 BASA NITROGEN
PIRIMIDIN PURIN

RNA

DNA
AS. NUKLEAT GUGUS FOSFAT GULA PENTOSA BASA NITROGEN

RIBOSA PURIN PIRIMIDIN

5'

4' 1'

3' 2'

deoksi-RIBOSA

5'
1'
4'

2'
3'
IKATAN GLIKOSIDIK
 C3'

C5'
IKATAN
FOSFODIESTER
C3'

C5'
Model struktur fisik molekul DNA

Watson dan Crick (1953)

DASAR PEMODELAN STRUKTUR DNA
1. Hasil analisis kimia terhadap kandungan basa nitrogen
molekul DNA dari berbagai organisme (E. Chargaff,
1950)
guanin = sitosin adenin = timin
nisbah konsentrasi adenin + timin terhadap konsentrasi
guanin + sitosin sangat bervariasi dari spesies ke spesies.

2. Hasil pemotretan pola difraksi molekul DNA menggunakan

sinar X (M.H.F. Wilkins dan R. Franklin, 1950-an)

basa-basa nitrogen tersusun vertikal di sepanjang sumbu molekul

dengan interval 3,4 Å.
Model struktur fisik molekul DNA
Watson dan Crick (1953)
sumbu
Model tangga berpilin (double helix): kedua
untai polinukleotida saling memilin di
sepanjang sumbu yang sama

Di dalam satu kali pilinan (360°) terdapat 10

34 Å pasangan basa yang berjarak 34 Å (3,4 nm) .
(3,4 nm)

Setiap pasangan basa berjarak 3,4 Å dengan

pasangan basa berikutnya
3,4 Å
(0,34 nm)
Antara basa A dan T yang berpasangan
terdapat ikatan hidrogen rangkap dua,
sedangkan antara basa G dan C yang
berpasangan terdapat ikatan hidrogen
rangkap tiga.
 Model struktur fisik molekul DNA
Watson dan Crick (1953)
Ujung 5′ Ujung 3′
sumbu
Gugus fosfat dan gula terletak di
5′ fosfat
sebelah luar sumbu.

Basa-basa nitrogen
menghadap ke arah dalam
5′
sumbu
3′ 3′

5′
5′ Ikatan fosfodiester meng-
hubungkan atom C nomor 3’
3′ 3′
dengan atom C nomor 5’ pada
5′ gula deoksiribosa.
5′
5′

3′ 3′
Kedua untai polinukleotida
5′ hidroksil 5′ sejajar tetapi berlawanan
arah (antiparalel)
Ujung 3′ sumbu Ujung 5′
ANALOG: MODEL TANGGA BERPILIN (DOUBLE HELIX)

GULA - FOSFAT

BASA NITROGEN

TANGGA SPIRAL
 Fungsi DNA gen dlm sel
 Jml kromosom akan menentukan spesies
 Dlm kromosom tdp gen sbg pembawa sf yg
akan membedakan antar individu
 Gen mrp nukleoprotein yg tdr dr DNA sbg
pembawa sifat
Peran gen :
 Mengkontrol pembentukan DNA baru yg
sama persis dg yg asli
 Mengkontrol pembentukan protein
 Pembentukan DNA baru
 Pembentukan DNA baru terj
bersamaan dg terjd-nya proses
penggandaan kromosom & pembelahan
sel
 Pd waktu pembelahan sel, akan terj
pula penggandaan kromosom & di dlm-
nya terj penggandaan molekul2 DNA
 Proses tsb disebut replikasi DNA
 Dogma central

DNA RNA Sint protein

transkripsi translasi
replikasi

 Replikasi = penggandaan bhn inf genitik.

 Transkripsi = sint RNA, menggunakan sf spesifik DNA sbg
‘blue print’.
 Translasi = penterjemahan kode genetik yg ada pd RNA
menj urutan as. Amino dlm sint protein
 TIGA HIPOTESIS REPLIKASI DNA
konservatif semikonservatif dispersif

UNTAI DNA LAMA UNTAI DNA BARU

• Konservatif = double helix yg lama tetap
tdk berubah, disampingnya terbentuk
double helix baru.
• Semikonservatif = 2 pita double helix
memisahkan diri, pita yg lama berlaku sbg
unt mbtk pita pasangan yg baru.
• Dispersif = double helix putus memanjang
menj bbr potongan kecil
 Macam RNA
• mRNA = messenger RNA
berisi kodon-kodon asam amino yang akan
dirangkai
• tRNA = transfer RNA
Berbentuk seperti daun semanggi
Mempunyai bagian yang disebut antikodon
yang berpasangan dengan kodon asam amino
yang dibawa
Bertugas membawa a.a yang akan dirangkai
• rRNA = ribosomal RNA
Komponen ribosom
rRNA (ribosome-Ribonucleic Acid)
ribosomal adalah molekul utama
penyusun ribosom.
rRNA dan protein secara bersama
membangun subunit-subunit ribosom yang
terdiri dari subunit kecil dan subunit besar
untuk kemudian bergabung membentuk
ribosom fungsional ketika dua subunit terikat
pada mRNA saat translasi.
Pada prokariot, subunit kecil mempunyai
koefisien sedimentasi sebesar 30S (unit
Svedberg) sedangkan subunit besar berukuran
50S, akan tetapi saat bergabung koefisien
sedimentasinya adalah 70S (terdiri dari RNA
16S, 5S dan 23S).
Pada eukariot subunit kecil berukuran 40S
sedangkan subunit besar berukuran 60S, akan
tetapi sebagai suatu kesatuan, ribosom
eukaryot memiliki koefisien sedimentasi
sebesar 80S (terdiri dari 18S, 5S, 5,8S, dan
28S).
Transfer RNA (tRNA)
mRNA mRNA mengandung urutan
basa yang akan
diterjemahkan menjadi
protein (asam amino).
Kode genetik, yang dibawa
di dalamnya (kodon)
dibaca dalam urutan tiga
basa (triplet) menjadi
protein. Proses
penerjemahan
kodon menjadi protein
atau yang disebut dengan
translasi.
 Peranan DNA & RNA dlm sint
protein
Pd proses trankripsi
 Pd proses ini m-RNA dicetak oleh salah
satu pita DNA atas pengaruh enzim
RNA pilomerase. M-RNA cetakan tsb
disebut RNA templet. Stl m-RNA
selesai menerima informasi genetik dr
DNA, kmd m-RNA menembus inti
menempatkan diri pd ribosom
 TAHAPAN TRANSKRIPSI

1. PENGIKATAN RNA POLIMERASE DAN INISIASI TRANSKRIPSI

RNA polimerase mengikat dan mengawali transkripsi transkripsi
pada daerah DNA yang disebut PROMOTOR
Pada prokariot, RNA polimerase mengikat langsung PROMOTOR
Pada eukariot, RNA polimerase bersama faktor transkripsi
membentuk kompleks inisiasi transkripsi

2. ELONGASI UNTAI RNA

Setelah mengikat promotor, RNA polimerase membuka pilinan

DNA dan mengawali sintesis RNA pada titik awal (start)

3. TERMINASI TRANSKRIPSI

Transkripsi berlangsung sampai RNA polimerase mentranskripsi

urutan DNA yang disebut TERMINATOR
Sintesis protein terdiri dari 2 tahap :
1. Transkripsi: pencetakan oleh mRNA
oleh DNA template/rantai sense DNA
terjadi di dalam nukleus
• Pada tahap ini informasi genetika dari
DNA pencetak ditransfer ke mRNA
(berupa kode genetik/kodon) untuk
dibawa menuju ribosom sbg tempat
sintesis protein)
Pada tahap ini terjadi di dalam nukleus.
DNA double heliks yang terdiri dari 2 sisi, misal
yang sisi bawah adalah DNA sense
(pencetak/cetakan) sedangkan sisi atas adalah DNA
non sense (bukan cetakan).
Pertama, enzim polimerase akan masuk diantara
double heliks dan menempel pada sisi DNA sense.
Enzim polimerase akan mencetak/ mengkopi kode
genetik DNA seperti yang ada pada DNA non sense
dengan jalan DNA sense sebagai cetakan. Proses
pencetakan ini dimulai dari start kodon pada mRNA
yaitu AUG lalu proses pengkopian ini berakhir pada
stop kodon yaitu UAG, UAA,atau UGA.
Proses transkripsi selesai lalu mRNA keluar dari
nukleus.
• Kekuatan RNA polimerase dalam
mengikat promoter berbeda sangat
bervariasi dan ini mengakibatkan
perbedaan kekuatan ekspresi gen
• Setalah RNA polimerase mengikat daerah
promoter. Nukleosida tripospat pertama
akan diletakkan ditempat ini, dan sintesis
RNA segera dimulai (Inisiasi)
• Selama sintesis RNA berlangsung RNA
polimerasi bergerak sepanjang molekul
DNA cetakan sambil menambahkan
nukleotida-nukleotida pada untai RNA
yang sedang diperpanjang (elongasi)
• Molekul RNA yang baru selesai disintesis,
juga enzim RNA polimerase segera
terlepas apabila mencapai urutan basa
pengakhir (kodon stop) (terminasi).
Transkripsi terdiri dari 3 tahap
yaitu: inisiasi (permulaan), elongasi (pemanjangan), terminasi
(pengakhiran) rantai mRNA.

a. Inisiasi
Daerah DNA di mana RNA polimerase melekat dan mengawali
transkripsi disebut sebagai promoter. Suatu promoter menentukan
di mana transkripsi dimulai, juga menentukan yang mana dari kedua
untai heliks DNA yang digunakan sebagai cetakan.

b. Elongasi
Saat RNA bergerak di sepanjang DNA, RNA membuka pilinan heliks
ganda DNA, sehingga terbentuklah molekul RNA yang akan lepas
dari cetakan DNA-nya.
c. Terminasi

Transkripsi berlangsung sampai RNA polimerase mentranskripsi urutan

DNA yang disebut terminator.
Terminator yang ditranskripsi merupakan suatu urutan RNA yang berfungsi
sebagai sinyal terminasi yang sesungguhnya.

Pada sel prokariotik, transkripsi biasanya berhenti tepat pada akhir

sinyal terminasi; yaitu, polimerase mencapai titik terminasi sambil melepas
RNA dan DNA.
Sebaliknya, pada sel eukariotik polimerase terus melewati sinyal
terminasi, suatu urutan AAUAAA di dalam mRNA.
Pada titik yang lebih jauh kira-kira 10 hingga 35 nukleotida,
mRNA ini dipotong hingga terlepas
dari enzim tersebut.
2. Translasi :
Proses penerjemahan kode genetika yg
dibawa oleh mRNA didalam ribosom oleh
tRNA dg jenis asam amino pd sitoplasma
yg sesuai dg kode triplet pd mRNA, shg
terbentuk rantai polipeptida/protein
Pd proses translasi
 Pd proses ini t-RNA berfs mengikat as
amino, yg sebelumnya diberi ATP, yg akan
dibawa ke ribosom. Di ujung t-RNA tdp 3
basa yg disebut antikodon. Basa antikodon
ini akan mencari ps yg tdp pd m-RNA. Jd
‘seolah-oleh’ sbg komputer penterjemah
urutan nukleotida DNA ke protein.
Dalam proses translasi, sel menginterpretasikan suatu pesan genetik
dan membentuk protein yang sesuai. Pesan tersebut berupa
serangkaian kodon di sepanjang molekul mRNA, interpreternya
adalah RNA transfer.
Setiap tipe molekul tRNA menghubungkan kodon tRNA tertentu
dengan asam amino tertentu.
Ketika tiba di ribosom, molekul tRNA membawa asam amino spesifik pada
salah satu ujungnya.
Pada ujung lainnya terdapat triplet nukleotida yang disebut antikodon,
yang berdasarkan aturan pemasangan basa,
mengikatkan diri pada kodon komplementer di mRNA. tRNA mentransfer
asam amino-asam amino dari sitoplasma ke ribosom.

Asosiasi kodon dan antikodon harus didahului oleh

pelekatan
yang benar antara tRNA dengan asam amino. tRNA yang
mengikatkan diri pada kodon mRNA yang menentukan
asam amino tertentu, harus membawa hanya asam
amino tersebut ke ribosom.
Tiap asam amino digabungkan dengan tRNA yang sesuai
oleh suatu enzim spesifik yang disebut
aminoasil-ARNt sintetase (aminoacyl-tRNA synthetase).
Ribosom memudahkan pelekatan yang spesifik antara antikodon
tRNA dengan kodon mRNA selama sintesis protein. Sub unit
ribosom dibangun oleh protein-protein dan molekul-molekul
RNA yang disebut RNAribosomal

Translasi menjadi tiga tahap (sama seperti pada

transkripsi) yaitu inisiasi, elongasi, dan terminasi.
Semua tahapan ini memerlukan faktor-faktor protein
yang membantu mRNA, tRNA, dan ribosom selama
proses translasi. Inisiasi dan elongasi rantai
polipeptida juga membutuhkan sejumlah energi.
Energi ini disediakan oleh GTP (guanosin triphosphat),
suatu molekul yang mirip dengan ATP.
a. Inisiasi
Tahap inisiasi dari translasi terjadi dengan adanya mRNA,
sebuah tRNA yang memuat asam amino pertama dari polipeptida,
dan dua sub unit ribosom. Pertama, sub unit ribosom kecil mengikatkan
diri pada mRNA dan tRNA inisiator khusus (lihat gambar). Sub unit
ribosom kecil melekat pada tempat tertentu di ujung 5` dari mRNA.
Pada arah ke bawah dari tempat pelekatan ribosom sub unit kecil pada
mRNA terdapat kodon inisiasi AUG, yang membawa asam amino
metionin,
melekat pada kodon inisiasi.
b. Elongasi
Pada tahap elongasi dari translasi, asam amino – asam amino
ditambahkan satu per satu pada asam amino pertama (metionin).
Lihat Gambar.
Kodon mRNA pada ribosom membentuk ikatan hidrogen
dengan antikodon molekul tRNA yang baru masuk yang membawa asam
amino yang tepat.
Molekul rRNA dari sub unit ribosom besar berfungsi
sebagai enzim, yaitu mengkatalisis pembentukan ikatan peptida yang
menggabungkan polipeptida yang memanjang
ke asam amino yang baru tiba.
3. Terminasi
Tahap akhir translasi adalah terminasi.
Elongasi berlanjut hingga kodon stop mencapai
ribosom.
Triplet basa kodon stop adalah UAA, UAG, dan
UGA.
Kodon stop tidak mengkode suatu asam amino
melainkan bertindak sebagai sinyal untuk
menghentikan translasi.
Dalam proses translasi, sel
menginterpretasikan suatu pesan
genetik dan membentuk protein yang
sesuai.
Pesan tersebut berupa serangkaian
kodon di sepanjang molekul mRNA,
interpreternya adalah RNA transfer.
Setiap tipe molekul tRNA
menghubungkan kodon tRNA tertentu
dengan asam amino tertentu. Ketika
tiba di ribosom, molekul tRNA
membawa asam amino spesifik pada
salah satu ujungnya. Pada ujung lainnya
terdapat triplet nukleotida yang
disebut antikodon, yang berdasarkan
aturan pemasangan basa, mengikatkan
diri pada kodon komplementer di
mRNA. tRNA mentransfer asam
amino-asam amino dari sitoplasma ke
ribosom.
 Concept 14: Polysomes
Several ribosomes can translate an mRNA at the same time, forming what
is called a polysome

More than one ribosome can translate an mRNA at one time, making it
possible to produce many polypeptides simultaneously from a single mRNA
Concept 6: Translation in a Eukaryotic Cell
In a eukaryotic cell, mRNA is synthesized in the nucleus
and translated on ribosomes in the cytoplasm.

A protein-coding gene is
transcribed into a pre-mRNA.

Pre-mRNA is processed into a

mature mRNA.

mRNA exits the nucleus.

mRNA is translated on ribosomes

to produce the polypeptide chain.
Pada prokariota
 The minimal linear sequence of genomic nucleic acids that
encode proteins and structural RNA is termed a gene (Figure 8.2).
 Gene sequences are written from 5' (5 prime) to 3′. Eukaryotic
genes are composed of coding exons, noncoding introns, and
noncoding consensus sequences.
 Intron’s (and exon?) number, size, location, and sequence differ
from gene to gene.
 Noncoding regions at the 5′ end to the first exon are referred to as
upstream sequences and those at the 3′ end are called
downstream sequences.
 Gene transcription produces an
RNA that is larger than the mRNA
found in the cytoplasm for
translation.
 This larger RNA, called the primary
transcript or heterogeneous
nuclear RNA (hnRNA), contains
segments of transcribed introns.
 The intron segments are removed
and the exons are joined at specific
sites, called donor and acceptor
sequences, to form the mature
mRNA by a mechanism of RNA
processing (Figure 8.7).
A. Addition of a 5′ cap
 Almost immediately after the initiation of RNA synthesis, the
5′ end of RNA is capped by a methyl guanosine residue,
which protects it from degradation (by 5′ exonucleases)
during elongation of the RNA chain.
 The cap also helps the transcript bind to the ribosome
during protein synthesis.
B. Addition of a poly(A) tail
 The primary transcripts contain a highly
conserved AAUAAA consensus sequence,
known as a polyadenylation signal, near
their 3′ end.
 The polyadenylation site is recognized by a
specific endonuclease that cleaves the RNA
approximately 20 nucleotides downstream.
 Transcription may proceed for several
hundred nucleotides beyond the
polyadenylation site, but the 3′ end of the
transcript is discarded.
 The newly created 3′ terminus, however,
serves as a primer for enzymatic addition by
poly(A) polymerase of up to 250 adenine
nucleotides (Figure 8.8).
C. Intron removal
 Splice sites are present within
the gene and delineate the
introns.
 Splice site sequences, which
indicate the beginning (GU)
and ending (AG) of each
intron, are found within the
primary RNA transcript.
 Introns are removed and
exons are spliced (joined)
together to form the mature
mRNA (Figure 8.9).
KODE GENETIK
Protein yang terbentuk dalam sintesis protein
mengikuti kode genetik berdasarkan kode
genetik mRNA(kodon). Kode genetik itu
berbentuk triplet sehingga terjadi kelimpahan
kode untuk protein. 1 protein bisa mempunyai
lebih dari 1 triplet genetik. Yang perlu diingat
adalah triplet untuk kodon start(awal) untuk
sintesis protesin dan stop untuk menghentikan
proses sintesis protein.
Kodon start: AUG, proteinnya methionine
Kodon stop : UAA,UAG, UGA
• .