Anda di halaman 1dari 43

BIOLOGI MOLEKULER

(2 sks)

PURNOMO SURYOHUDOYO
INDRI SAFITRI MUKONO

DEPARTEMEN BIOKIMIA KEDOKTERAN


FAKULTAS KEDOKTERAN
UNIVERSITAS AIRLANGGA
1.Konsep dasar biologi molekuler
2.Gen dan ekspresi gen
3.Replikasi dan mekanisme ekspresi gen (1) : transkripsi
4.Mekanisme ekspresi gen (2) : translasi
5.Pengendalian ekspresi gen
6.Mutasi
7.Mutagenesis
8.Perbaikan DNA
9.Komunikasi sel
10.Karsinogenesis
11.Apoptosis
12.ROS
REFERENSI
 The world of the cell, 6th edition, 2006.
Becker WM, Reesee JB, Poenie MF. Menlo
Park, California : The Benyamin / Cummings
Publising Company
 Molecular biology of the cell, 5th edition,
2008. Alberts B, Johnson A, Lewis J, Raff M,
Roberts K. Walter Garland Science, New
York : Taylor dan Francis group.
KONSEP DASAR
BIOLOGI MOLEKULER
BIOLOGI
Cabang Ilmu yang mempelajari Organisma

Biologi Organisma keseluruhan

Biologi Sel Sel : Unit terkecil organisma

Biologi Molekuler Biomolekul : senyawa-senyawa


pembentuk sel
Ciri Organisma :

Fungsi – fungsi kehidupan


1. Reproduksi
2. Tumbuh – kembang
3. Metabolisme
4. Homeostasis
SEL 1. Adalah unit terkecil dari organisma yang masih
menunjukkan kehidupan
2. Dua jenis sel :
– Prokariota
– Eukariota
3. Berdasar jenis sel yang membentuknya organisma
dapat dibagi menjadi :
A. Organisma Prokariota
• Semuanya satu sel ( “uni cellular” )
• Bakteri
• Ganggang biru ( cyanophyceae)

B. Organisma eukariota
• Dapat :
• satu sel (unicellular  tetrahymena, algae dll
• banyak sel (multicellular)
• Semua organisma,
• kecuali bakteri & Cyanophyceae
SEL PROKARIOTA
INTI : TAK TERLIHAT JELAS
TAK DIBATASI MEMBRAN
ORGANEL SEL : TAK ADA
KROMOSOM : TUNGGAL, SIRKULER
DNA : TELANJANG
DNA EKSTRA – KROMOSOM : PLASMID, SIRKULER
GRAM STAINING
 The first step in bacterial identification
 Hans Christian Gram (1884)  bacteriologist
 Gram-positive bacteria  remain coloured after the staining procedure,
 Gram-negative bacteria  do not retain dye and need to be counter-
stained.
 Can be applied to pure cultures of bacteria or to clinical specimens

 Pure culture of E. coli (Gram-negative rods)

 Neisseria gonorrhoeae in a smear of urethral pus


(Gram-negative cocci, with pus cells )
The Gram Stain

Gram's
Crystal iodine
violet

Decolorise with
acetone

Gram-positives
appear purple

Counterstain with
Gram-negatives
e.g. methyl red / safranin appear pink
 Bacteria stained purple are Gram + :
 their cell walls have thick petidoglycan and
teichoic acid.

 Bacteria stained pink are Gram – :


 their cell walls have have thin peptidoglycan
and lipopolysaccharides with no teichoic acid.
In Gram-positive bacteria, the purple crystal violet stain
is trapped by the layer of peptidoglycan which forms the
outer layer of the cell.

In Gram-negative bacteria, the outer membrane of


lipopolysaccharides prevents the stain from reaching the
peptidoglycan layer. The outer membrane is then
permeabilized by acetone treatment, and the pink safranin
counterstain is trapped by the peptidoglycan layer.
STRUKTUR SEL PROKARIOTA
(GRAM POSITIF)

CW : Dinding sel (cell Wall)


CM : Membran Sel (cell Membrane)
(PEPTIDOGLYCAN)
N : Nukleoid (DNA)
R : Ribosom
(LIPID BILAYER) P : Plasmid
STRUKTUR SEL PROKARIOTA
(GRAM NEGATIF)

OM : Membran Luar (Outer Membran)


CM : Membran Sel (cell membrane)
(Lipid bilayer) PG : Peptidoglycan
PS : Ruang periplasmik (Periplasmic space)
P : Plasmid
N : Nukleoid
(Lipid bilayer)
R : Ribosom
Gram-positive cocci Gram-positive rods

Gram-negative cocci Gram-negative rods


Anaerobic Anaerobic
Gram-positive cocci Gram-positive rods
Gram-positive
cocci

Anaerobic Anaerobic
Gram-negative cocci Gram-negative rods
SEL EUKARIOTA

INTI : TERLIHAT JELAS, DIBATASI MEMBRAN INTI


ORGANEL SEL : ADA
KROMOSOM : JAMAK ( > 2), LINIER
DNA INTI : TERLIHAT PROTEIN (HISTON)

DNA EKSTRA-KROMOSOM :
• DNA MITOKONDRIA
• DNA KLOROPLAST SIRKULER & TELANJANG
(SEPERTI DNA PROKARIOTA)

B.M.03 94
STRUKTUR UMUM SEL EUKARIOTA
(HEWAN)
STRUKTUR UMUM SEL EUKARIOTA
(TUMBUHAN)

Tidak ada lisosom


Ada :
* kloroplast
* Dinding sel
* Vokuola yang besar
FUNGSI ORGANEL SEL

1. Nukleus (Inti) 4. Lisosom


Perangkat genetik sel (DNA) Hidrolisis berbagai senyawa
Sintesis RNA (As. nukleat, protein, karbohidrat,
Pembentukan Ribosom lemak)
5. Peroksisom
2. Retikulum Endoplasma
Oksidasi berbagai senyawa
Sintesis Protein (R.E.K.)
6. Mitokondrion
Sintesis Lipid (R.E.H)
Fosforilasi oksidatif
3. Perangkat Golgi Pengadaan ATP
Pengolahan Protein 7. Kloroplast
Pemilahan (Sorting) Protein Fotosintesis
 Organel sel, membran sel Pengadaan ATP
atau disekresi 8. Polisom
Sintesis Protein
PARADIGMA BIOLOGI MOLEKULER

1. Sel : Unit terkecil organisma yang masih mampu hidup


mandiri apabila dipisahkan

2. Sel masih menunjukkan semua fungsi-fungsi kehidupan

3. Sel terdiri dari Biomolekul

Apa hubungan antara biomolekul dengan pelaksanaan


berbagai fungsi kehidupan sel ?

Semua peristiwa yang mencerminkan kehidupan sel


pada hakekatnya merupakan hasil interaksi molekul
PERAN BIOLOGI MOLEKULER DALAM ILMU KEDOKTERAN
(1)
Ilmu kedokteran bertujuan menyembuhkan penderita
Ilmu kedokteran  ilmu klinis
Ilmu klinis (clinical sciences)
Mempelajari : Penyebab (causa)
Patogenesis
Terapi

Peran biologi molekuler dalam ilmu kedokteran adalah


berusaha mengetahui
DASAR MOLEKULER PATOGENESIS

TERAPI
YANG LEBIH RASIONAL
& TERARAH
PERAN BIOLOGI MOLEKULER
DALAM ILMU KEDOKTERAN (2)

ILMU KEDOKTERAN MOLEKULER


Cabang ilmu kedokteran yang mempelajari
dasar molekuler (patogenesis) penyakit

(The molecular basis of diseases)

(Bradley et.al 1995)


INTERAKSI ANTAR MOLEKUL
• Interaksi Kuat
Melibatkan ikatan kovalen reaksi kimia

• Interaksi lemah
Melibatkan ikatan non kovalen :
- Ionik
- Hidrogen
- Van der waals
- Hidrofobik

Interaksi molekuler yang reversibel

merupakan jantung kehidupan


Ikatan lemah / interaksi lemah
 Heliks ganda DNA
 Ketepatan replikasi DNA
 Folding protein dalam bentuk struktur 3 demensi
 Pengenalan spesifik antara enzim – substrat
 Deteksi signal molekul  ikatan hormon reseptor
 Ikatan antara antigen antibodi
 Membran sel
STRUKTUR ELEKTRON
ATOM C, H, O, N

IKATAN KOVALEN

CH4

IKATAN IONIK

IKATAN HIDROGEN
IKATAN NON KOVALEN
 Ikatan elektrostatik (ionik)
 Ikatan hidrogen

 Van der Waals

 Ikatan hidrofobik
IKATAN ELEKTROSTATIK
 Disebut juga ikatan ionik
 Muatan suatu gugus dari suatu senyawa
dapat menarik muatan berlawanan dari
gugus senyawa lain
IKATAN HIDROGEN
Pemakaian atom H bersama oleh 2 atom lain
Ikatan V.D. Waals terjadi karena adanya gaya V.D. Waals apabila dua atom saling
mendekat
Gaya V.D. Waals mencapai maksimum apabila jarak 2 atom = jumlah jari-jari atom (=
jarak V.D. Waals )
Ikatan V.D. Waals besarnya hanya bermakna (significant) apabila sejumlah
besar atom yang merupakan bagian dari 2 molekul dapat saling mendekat
Contoh : ikatan antara Enzim & Substrat
Antigen & Antibodi
Diperlukan struktur permukaan yang komplementer
Terjadi karena ada kecenderungan
gugus-gugus hidrofobik untuk
berkumpul
Contoh : Minyak + Air bila dikocok
akan membentuk emulsi yg tdk stabil,
Ikatan ini terjadi apabila pada
permukaan 2 molekul terdapat gugus-
gugus yang bersifat hidrofobik
Misal : Antigen-Antibodi,
Enzim-Substrat
KOMPOSISI KIMIAWI SEL BIOMOLEKUL
Struktur :
- Senyawa sederhana
- Makromolekul
Polimer : Polisakarida
Polipeptida
Polinukleotida

Peran :
Struktural
Fungsional
Cadangan Energi

Sifat Kelarutan :
Hidrofilik
Hidrofobik
Ampifilik
BIOMOLEKUL KELARUTAN (1)
HIDROFILIK :
• Larut dalam air
• Larut dalam cairan ekstrasel maupun intrasel (sitosel)
• Tak dapat menembus membran sel
• Agar dapat menembus membran sel memerlukan
sarana khusus :
- Protein saluran
- Protein pembawa (carrier protein)

HIDROFOBIK :
• Tak larut dalam air
• Agar dapat larut dalam cairan ekstra & intra sel memerlukan
sarana khusus : protein pembawa atau :
membentuk partikel khusus
BIOMOLEKUL KELARUTAN (2)

AMPIFILIK :
1. Sebagian molekul bersifat hidrofilik, bagian lain bersifat hidrofobik
2. Komponen utama membran sel
3. Membentuk lapis luar lipoprotein (VLDL, LDL, HDL, Kilomikron)

Contoh : Fosfolipid
Glikolipid
Kolesterol
MEMBRANE FORMING LIPIDS

CHOLESTEROL

GLYCEROLIPIDS SPHINGOLIPIDS

PHOSPHOLIPIDS :
GLYCEROLIPIDS

Phosphatidyl Phosphatidyl-
ethamolamine Phosphatidyl-
choline
Serine
Sphingomyelin

GLYCOLIPIDS :
R2 : Monosaccharide
Oligosaccharide
MEMBRAN SEL
LIPID LAPIS GANDA (LIPID BILAYER)

Lipid pembentuk membran bersifat ampifilik

Membran lipid lapis ganda terbentuk karena adanya


ikatan (interaksi) hidrofobik
LIPOPROTEIN

STRUKTUR UMUM
LIPOPROTEIN

FOSFOLIPID
KOLESTEROL
Ekor hidrofobik lipid
pembentuk membran

PROTEIN TRANSMEMBRAN
Ikatan hidrofobik terjadi karena adanya interaksi antara ekor
hidrofobik lipid pembentuk membran dengan asam amino
hidrofobik yang membentuk rantai polipeptida menembus membran
(asam amino : val, leu, trp, ile, phe, typ, leu, trp, leu)