Genética y Biología Molecular

en Bioquímica
Primera parte: DNA

Ricardo Fujita, Ph.D.

Centro de Genética y Biología Molecular
Instituto de Investigación
Facultad de Medicina USMP
 Seres vivos

Moléculas: carbohidratos, lípidos, ácidos nucleicos, proteínas

Procesos: replicación, transcripción, traducción, regulación
Información Genética
 Información Genética
Fertilización

2 X 1014 células adulto

2X1023 60 años

Células madre
En 1944:
¿Qué molécula pasa información genética?
Tiene que ser compleja, hereditaria:

• Carbohidratos: azúcares, polisacáridos X

• Lípidos: ácidos grasos, ceras X

• Acidos nucleicos: 4 nucleótidos, 1 azúcar, fósforo X

• Proteínas: 20 aminoácidos…mas complejo… ✔

candidato
 Avery, McLeod, McCarthy, 1944

Es DNA
Alfred Hershey y Marta Chase 32P (rojo) 35S (rojo)
(1952).Virus bacteriofago (proteína
y DNA)

- Marcación con radioactividad =

32P : DNA, 35S : proteínas

- Infección a bacterias: introducción

de material genético

-Análisis de interior bacteriano: 35S

si proteínas. 32P si DNA.

- Solo se encuentran bacterias con

interior marcado en P

CONCLUSION: corrobora DNA es material genético

Funciones celulares de los nucleótidos

DNA, RNA

: Proteínas G
: Lípidos, c. Krebs
 La formación de desoxinucleótidos de DNA

fosfato + desoxirribosa + base nitrogenada = Deoxinucleótido

5’
1’

3’

desoxinucleósido desoxinucleótido
 Carbonos' de la oxi/desoxiribosa

• 1’ Base nitrogenada
• 2’ H (ADN) / OH (ARN)
• 3’ OH-Interaccion con P (5’)
de otro nucleótido
• 4’
• 5’ – PPP- interaccion con
OH (3’) de otro nucleótido
 Bases Nitrogenadas

6 6
1 7 1 5 7
5
4 8 4 8
2 3 9 2 3 9

4 5 4 5 4 5
3 3 3
2 6 6 6
2 2
1 1 1
 Metabolismo de nucleótidos
• Síntesis de novo: (de cero): a partir de aa.,
CO2, PRPP. Muy caro a la célula, purina al
menos 7 ATPs
• Rescate (salvamento): nutrición (absorción
intestinal), reciclaje celular: bases (purinas,
pirimidinas) nucleósidos
• Regulación: necesidad celular (replicación,
transcripción, energía, AMPc, equilibrio A<>G
• Catabolismo y Excreción
Ribosa 5’ P con pirofosfato (PP) en 1’ lista
para reacciones de novo o salvataje
 Síntesis de novo de pirimidinas I
(a intermediario orotato)
bicarbonato

4
3 1 3 5
6

2 2 6
5 1
4

4
5 5
3
3 4 5 3 4
2 16 2 1 6 2 1
6

pirimidina
Síntesis de novo de pirimidinas II (a U,C, / dC,dT) y
catabolismo
(Orotato)

Excreción
Regulación pirimidinas

• Inducida por ATP

(UTP) y GTP (CTP)
• Inhibida por CTP y
UTP
Insoluble
(gota)
 Regulación Purinas
• Cantidad de PRPP, AMP y GMP:
– Mucho PRPP estimula amidotransferasa
(1er paso). Regulada por AMP y GMP.
– Suficiente AMP y GMP inhibe producción
de PRPP. Regulada por AMP y GMP.
• Punto IMP: precursor de AMP y GMP,
dependiendo de necesidad y equilibrio
Regulación inhibitoria
purinas

Mucho producto
inhibe producción
de precursores
Importancia del folato en la síntesis de nucleótidos
 Salvamento purinas

Litiasis renal SCID

Lesch-Nyhan

SCID (severe combined immunodeficiency)

 Enfermedades Purinas
Lesch Nyhan

• Gota: Precipitación uratos en líquido

sinovial – respuesta inflamatoria

Gota SCID
 Vía Salvamento

https://themedicalbiochemistrypage.org/es/nucleotide-metabolism-
sp.php

http://sebbm.es/BioROM/contenido/av_bma/apuntes/T2/metab_re
cup.htm
R. Franklin y M. Wilkins, 1953
Estudios de Difraccion de rayos X

- Hélice
- bases perpendiculares al eje
- 0.34 nanometros (nm)/base-peldaño
- 1 vuelta completa ~ 3.4 nm => 10 bases / vuelta
- 2 nm (20 Amstrong) de ancho

FOTO 51
• Química del ADN
• Distancias (rayos X)
• Helice (1, 2, 3?)
• Esqueleto ribosa-
fosfato
• Bases perpendiculares
• Chargaff [A]=[T],
[C]=[G]

Modelos moleculares
(Rompecabezas con
fierros y cartulinas)
doble cadena
Para tener 2 nm de
ancho solo se puede
arreglar de una
forma: antiparalela

A frente a T (2
enlaces de
Hidrógeno)
G frente a C (3
enlaces de
hidrógeno)

DOBLE CADENA
ANTIPARALELA
Las 2 bases complementarias son
coplanares: pares de bases

Los esqueletos azucar-fosfato estan

al exterior-”barandas”- (ácido) y
las bases al interior-”peldaños”.

Las cadenas complementarias,

antiparalelas forman la
doble hélice

Cada cromosoma cientos de

millones de pares de bases.
“Barandas” repeticiones idénticas,
secuencia de bases: información
genética
El DNA es doble cadena antiparalela
Si se conoce una hebra se conoce la otra
Toda la información genética se escribe en
una secuencia 4 letras de DNA:

• Inicio de replicación
• Estructura del cromosoma: telómero,
centrómero
• Gen:
– Exones/intrones
– Inicio y final de trascripción
– Regiones promotoras
– Regiones reguladoras
Secuencia Parcial del Gen de la Insulina
 Qué somos…depende cómo
estamos escritos…

…ATTTGCAGTTCCAGTCATTGCAATTGCCATTGCCAAC…
 Propiedades fisicoquímicas
del DNA
• Doble cadena complementaria antiparalela
• A:T 2 enlaces de hidrógeno, G:C 3 (mas
fuerte)
• Denaturación: apertura de doble cadena
• Renaturación: cierre de doble cadena
• Hibridación: una hebra se aparea con otra
complementaria
 Denaturación
`3’ 5

5’ 3’

Se rompen los enlaces de hidrógeno

y se separan las cadenas
Agentes químicos (hidróxidos), alta temperatura (> 90°C),
baja salinidad

Secuencias ricas en AT (doble enlace) más fáciles de

denaturar que las ricas en GC (triple enlace)
 RENATURACIÓN

Renaturación

Dos cadenas se aparean por reconocimiento

de bases y vuelven a formar enlaces de
hidrógeno
 Hibridación
renaturación o apareamiento con otras moléculas externas
complementarias de DNA

competencia con hebra complementaria

 Apareamiento 1 vs. ?

5’ ACCCTAATTTAACAAAC 3’

1 5’ GGCCACCACGGCCC 3’

2 5’ GTTTGTTAAATTAGGGT 3’

3 5’ TGGGATTAAATTGTTTG 3’
Apareamientos perfectos e imperfectos

3’CAAACAATTTAATCCCA 5’

5’ GTTTGTTACATTAGGGT 3’

5’ GTTTGTTAAATTAGGGT 3’

5’ GTTTGTTAAATTACAGC 3’
Diagnóstico genético glaucoma familia Andahuaylas
CSGE familiaG
CSGE-Conformational
Sensitive Gel
106
electroforesis
detecta mutaciones
105 102 101 204 203 107 103 104
apareamiento
imperfecto
A
C

Normal (perfecto)

Afectado (imperfecto/heterocigoto)
El patrÑn CSGE de los miembros de la familia muestra una sola banda para
Guevara-Fujita,los Perez-Grosman,
no afectados y muestraEstrada, Pawar,
control ( ctD), mientrasVargas, Richards
los afectados muestan &
doble banda,
Fujita (2008). Journal ofasÕcomo
Glaucomatambi?n17:1
el paciente
67-72203 portador asintomàtico de la
mutaciÑn
 Replicación
• Principio Universal
• Reproducción individuo, preservación especie
• Objetivo: 2 copias exactas para 2 células hijas. De cigoto a
indivíduo (1014) vida (1023).
• Alta fidelidad, verificación y reparación: estabilidad genética
individuo y especie
• Fase S ciclo celular Semiconservativa, bidireccional
• Varias DNA polimerasas (varias: replicación, reparación, ambas)
• Otras proteínas reconocen DNA, estructura, mutaciones, proteínas
entorno celular, etc.)
• Una cadena continua y la otra discontinua (Okazaki en eucariotes
cada tira tiene distinta polimerasas y proteínas)
• Fallas en replicación: enfermedades degenerativas, cáncer
• http://www.ucm.es/info/genetica/grupod/Replicacion/Replicacion.
htm
 Replicación necesita:
• Deoxinucleótidos trifosfato (dNTPs): dATP, dCTP, dGTP,
dTTP
• Origen de replicación (secuencia específica). Reconocimiento
 200-300 bp una cadena rica en A yTs.
• DNA polimerasa: siempre sintetiza 5’ -> 3’ varias
replicación, reparación. Procariota/eucariota.
Mitocondrial/nuclear.
• Primer (iniciador): necesita 3’OH para iniciar. RNA cebador,
DNA (virus), telomerasa, proteínas (virus).
• Complejo con otras proteínas: ligasas, helicasa, SSB,
primasa, topoisomerasa, etc.
Origen de Replicación
 Esquema de las burbujas de
replicación en eucariotas
(E. coli) 1 sola horquilla de replicación 30’ Genoma
4.5 millones bp (4.5 Mb)
Genoma humano (3, 200 millones de pares de bases),
cuanto tiempo? 500 horas (20 días?). Linfocitos en
cultivo 20 horas => varios puntos a la vez,  20,000
puntos,  150 kb c/u
Incorporación de BrdU en distintos momentos
 Esquema general de la replicación

Dirección del
desenrrollamiento

topoisomerasas
helicasas
SSB (RP-A) primer RNA

(cadena discontínua)
(cadena contínua)
 Antibióticos y replicación
• Actúan en precursores o maquinaria
• Sulfonamidas: inhibe ácido fólico bacteriano.
Metotrexato inhibe ácido fólico eucariota
• Arabinósidos: imita ribosa (no tiene 3’OH) en
nucleótido. Citarabina (antileucémicos), ara A
(antiviral). Primasa y DNA Polimerasa afectados
• Modificación: agentes alquilantes (ciclofosfamidas,
mitomicina), rayos X
• Inhibición topoisomerasas: quinolonas bacterianas,
ciprofloxacina, norfloxacina. Irinotecán eucariotas.
• Mitosis: Taxol, vinblastina, vincristina.
Irinotecan
Topoisomerasa