Anda di halaman 1dari 23

Pengantar

BIOKIMIA

Subtitle
2 2/22/18 Add a footer
BIOKIMIA

CIRI ORGANISME HIDUP:


• kemampuan untuk mengekstrak energi dari nutrisi,
• kekuatan untuk merespons perubahan lingkungan mereka,
• kemampuan untuk tumbuh,
• untuk membedakan, dan
• untuk bereproduksi.

APA YANG DIMAKSUD DENGAN BIOKIMIA ???

STUDI KEHIDUPAN DI TINGKAT


MOLEKULER
(Garrett dan Grisham, 1999; Mathews and van Holde, 1996; Voet and
Voet, 1995; Stryer, 1995; Zubay, 1998).

3 2/22/18 Kuliah Pertama


Apa yang dipelajari dalam biokimia ???

Menyelidiki fenomena kehidupan dengan


menggunakan metode fisika dan kimia yang
berhubungan dengan:
(a)struktur senyawa biologis (biomolekul),
(b)transformasi dan fungsi biomolekuler,
(c) perubahan yang menyertai transformasi ini,
(d)mekanisme kontrolnya, dan
(e)dampak yang timbul dari kegiatan ini.
4 2/22/18 Add a footer
• Ciri unik dari biokimia adalah bahwa ia menggunakan prinsip dan bahasa
kimia, untuk menjelaskan peristiwa biologi pada tingkat molekuler.
Biokimia dapat dibagi menjadi tiga bidang utama:
1. Biokimia struktural berfokus pada kimia struktural komponen benda hidup
dan hubungan antara struktur kimia dan fungsi biologis.
2. Dinamika kimia dinamis berkaitan dengan totalitas reaksi kimia yang
diketahui sebagai proses metabolisme yang terjadi pada sistem kehidupan
dan peraturan mereka.
3. Informasi biokimia berkaitan dengan kimia proses dan zat yang menyimpan
dan mentransmisikan informasi biologis
Wilayah ketiga juga merupakan provinsi genetika molekuler, bidang yang
berusaha memahami faktor keturunan dan ekspresi informasi genetik dalam
genetika molekuler.

5 2/22/18 Add a footer


6 2/22/18 Add a footer
Unsur yang ditemukan berada pada organisme
hidup

7 2/22/18 Add a footer


The Human Body – 75% Water

Percentage
of water that
What is the makes up
quality of each organ,
your 75%? bodily fluid
or body part.
• Di antara biomolekul, air adalah senyawa yang paling umum dalam
organisme hidup, terhitung paling sedikit 70% dari berat sebagian besar
sel, karena air merupakan pelarut utama organisme dan reagen dalam
banyak rekasi biokimia. Biolekul yang paling kompleks hanya terdiri
dari beberapa unsur kimia.
• Faktanya, lebih dari 97% berat sebagian besar organisme disebabkan
oleh enam unsur (5 dalam manusia):
1. oksigen (62,81%),
2. karbon (19,37%),
3. hidrogen (931%),
4. nitrogen (5 , 41%),
5. phosporus (0,63%), dan
6. belerang (0,64%).

9 2/22/18 Add a footer


Ikatan kimia dalam tubuh makhluk hidup

• Selain ikatan kovalen (3000 ± 150 kJ / mol untuk ikatan tunggal) yang
menahan molekul bersama-sama, sejumlah kekuatan kimia lemah (berkisar
antara 4 sampai 30 kJ / mol) yang bekerja di antara molekul bertanggung
jawab atas banyak sifat penting biomolekul.
• Di antara interaksi nonkovalen ini adalah
1. gaya van der Waals,
2. ikatan hidrogen,
3. ikatan ionik / interaksi elektrostatik, dan
4. interaksi hidrofobik

10 2/22/18 Add a footer


Molekul dalam organisme hidup
• Semua biomolekul berasal dari prekursor dengan berat molekul rendah yang
sangat sederhana (M.W. = 30 ± 15), seperti CO2, H2O, dan NH3, yang diperoleh
dari lingkungan.
• Prekursor ini dikonversi oleh zat hidup melalui serangkaian intermediet metabolik
(MW 150 ± 100), seperti asetat, asam α-keto, fosfat karbamid dll,
• ke biomolekul blok bangunan (MW 300 ± 150), seperti glukosa, asam amino, asam
lemak dan mononukleotida.
• Mereka kemudian dihubungkan satu sama lain secara kovalen dengan cara
tertentu dari bio macromolekul (M.W 107-104) atau biopolimer. Kimia unik dari
sistem kehidupan menghasilkan sebagian besar dari sifat biomakromolekul yang
luar biasa dan beragam.
• Macromolekul dari masing-masing kelas utama (misalnya polisakarida, lipid
bilayer, protein, asam nukleat) dapat bertindak secara individual dalam proses
seluler tertentu, sedangkan yang lainnya saling berasosiasi membentuk struktur
supramolekuler (berat partikel ˃106) seperti proteasom, ribosom , dan kromosom.

11 2/22/18 Add a footer


12 2/22/18 Add a footer
sel
• Sel adalah unit dasar kehidupan dan merupakan
setting bagi sebagian besar fenomena biokimia.
Dua kelas sel:
• eukariotik dan
• Prokariotik.
Keduanya berbeda dalam beberapa hal, namun pada
dasarnya sebagian besar sel eukariotik memiliki
nukleus dan sel prokariotik tidak memiliki nukleus.

13 2/22/18 Add a footer


Sianobakteri

14 2/22/18 Add a footer


Sel prokariyot Sel Eukariyot

15 2/22/18 Add a footer


Dua kelompok prokariotik adalah
1. eubakteria dan
2. archaebacteria (archaea).
Archaea, yang meliputi :
thermoacidophiles (bakteri tahan panas dan asam),
halophiles (bakteri toleran garam),
methanogen (bakteri yang menghasilkan dari metana), hanya ditemukan di
lingkungan yang tidak biasa dimana sel-sel lain tidak dapat bertahan.
Sel prokariotik hanya memiliki satu membran (membran plasma atau
membran sel), meskipun mereka memiliki area nuklir yang berbeda dimana
DNA melingkar tunggal dilokalisasi.

16 2/22/18 Add a footer


17 2/22/18 Add a footer
Sel eukariotik umumnya lebih besar daripada sel prokariotik dan
lebih kompleks dalam struktur dan fungsinya. Mereka memiliki
nukleus membran yang terpisah dan diskrit (penyimpanan bahan
genetik sel) yang didistribusikan di antara beberapa atau banyak
kromosom. Selain itu, sel eukariotik kaya akan membran internal
yang berdiferensiasi menjadi struktur khusus seperti retikulum
endoplasma dan aparatus Golgi. Membran internal juga mengelilingi
organel tertentu seperti mitokondria, kloroplas (pada tanaman),
vakuola, lisosom, dan peroksiom. Tujuan umum dari partisi
membran ini adalah pembentukan kompartemen seluler yang
memiliki fungsi metabolik spesifik dan terorganisir. Semua
organisme multiselular kompleks, termasuk hewan (Metazoa) dan
tumbuhan (Metaphyta), adalah eukariota.
18 2/22/18 Add a footer
Pohon dasar evolusi sel makhluk hidup

19 2/22/18 Add a footer


Reaksi pada biokimia

Sebagian besar reaksi biokimia tidak serumit yang pada mulanya


muncul saat dipertimbangkan secara individual. Reaksi biokimia
dikatalisis enzim, dan termasuk dalam satu dari enam kategori umum:
(1) oksidasi dan reduksi,
(2) transfer kelompok fungsional,
(3) hidrolisis,
(4) reaksi yang membentuk atau memutus ikatan karbon-karbon,
(5) reaksi yang mengatur kembali struktur ikatan sekitar satu atau lebih
karbon, dan
(6) reaksi dimana dua molekul mengembun dengan penghilangan air.

20 2/22/18 Add a footer


Reaksi Enzimatis
Reaksi enzimatik ini dikenal sebagai jalur metabolisme, yang bersama-
sama merupakan metabolisme sel. Jalur metabolik dapat dianggap
sebagai rangkaian reaksi yang disusun untuk mencapai tujuan kimia
tertentu. Untuk mempertahankan kondisi homeostatik (lingkungan
internal yang konstan) sel, enzim-katalis reaksi metabolisme diatur
secara rumit. Regulasi metabolik dicapai melalui kontrol terhada:
1. kuantitas enzim (sintesis dan degradasi),
2. ketersediaan (kelarutan dan kompartemen), dan
3. aktivitas (modifikasi, asosiasi / disosiasi, efektor alosterik, inhibitor,
dan aktivator) sehingga tingkat reaksi seluler dan fluks metabolik
sesuai dengan kebutuhan seluler.

21 2/22/18 Add a footer


Biokimia molekular
Penyelidikan terhadap kontinuitas dan evolusi organisme hidup telah
memberikan dorongan besar bagi kemajuan biokimia informasi. Molekul DNA
beruntai ganda diduplikasi semi konservatif dengan kesetiaan tinggi. Kata-kata
informasi kode tiga triplet yang dikodekan dalam urutan DNA ditranskripsi
menjadi kodon RNA messenger (mRNA) yang selanjutnya diterjemahkan ke
dalam rangkaian asam amino rantai polipeptida. Sakelar semantik dari nukleotida
ke asam amino dibantu oleh keluarga beranggota 74 RNA transfer (tRNA). Proses
melipat rantai polipeptida selanjutnya menghasilkan molekul protein fungsional.
Proses transmisi informasi melibatkan tindakan terkoordinasi dari banyak enzim,
faktor, dan elemen pengatur. Salah satu bidang studi biokimia informasi yang
menarik adalah pengembangan teknologi DNA rekombinan (Watson et al., 1992),
yang memungkinkan kloning molekul protein yang dibuat sesuai selera.
Dampaknya terhadap kehidupan dan masyarakat modern sangat dramatis.

22 2/22/18 Add a footer


TUGAS
• Tugas kelompok : Membuat kalender meja dari
kosep biokimia
• Tugas Individu: Setiap mahasiswa membuat 4
soal multiple choice tentang pengantar
biokimia . Soal yang dikembangkan sudah
memenuhi unsur Higher Order Thinking Skills

23 2/22/18 Add a footer