Kuliah II

DASAR REKAYASA BIOPROSES

Dosen :
Prof. Dr. Ir. Khaswar Syamsu, M.Sc
Dr.Ir. Liesbetini Hartoto, MS
Prof. Dr. Ir. Ani Suryani

JURUSAN TEKNOLOGI INDUSTRI PERTANIAN

FAKULTAS TEKNOLOGI PERTANIAN
INSTITUT PERTANIAN BOGOR
2012
 Kuliah I dan II

I. STRUKTUR SEL MIKROBA

I. SUSUNAN KIMIAWI SEL MIKROBA

2012
I. STRUKTUR SEL MIKROBA

Teori Sel : semua makhluk hidup terdiri dari sel-sel

Sel : satuan kehidupan terkecil yang menyusun tubuh

makhluk hidup  tempat terselenggaranya fungsi
kehidupan

Jenis Sel : berdasarkan organisasi struktur selnya

(organisasi bahan selulernya)
- Prokariot (tanpa membran inti sel )
- Eukariot (mempunyai membran inti sel)
Prokariotik

-terdapat pada mikroorganisme sel tunggal . Contoh :

bakteri & sianobakteri (organisme akuatik & yg
mendapatkan makanan/ energi sendiri melalui
fotosintesis)

- Ciri-ciri sel prokariotik adalah tidak mempunyai inti sel

(nukleus) sejati (Prokariot berarti “pra inti)

- bahan genetik (DNA) tidak terstruktur dalam bentuk

nukleus (DNA terdapat pada nukleoid yang tidak
diselubungi oleh membran)  tidak mempunyai
membran yang memisahkan nukleus dengan sitoplasma

-pembagian nukleus dengan cara pembelahan (aseksual

sederhana)
http://micro.magnet.fsu.edu/cells/bacteriacell.html
Sel prokariotik biasanya berukuran sel lebih kecil dan lebih
sederhana dibandingkan sel eukariotik .

Lebih kecil sel, maka nisbah permukaan sel terhadap

volumenya lebih besar .

Contoh :
sel bulat berdiameter 2 µm mempunyai nisbah permukaan
thd volume sekitar 3:1. Sedangkan sel berdiamater 20 µm
mempunyai nisbah permukaan thd volume 0.3:1.

Lebih besar nisbah permukaan sel thd volumenya (sel

prokariotik ), berarti nutrien lebih mudah dan cepat berdifusi
mencapai setiap bagian di dalam sel, dibandingkan sel
eukariotik  metabolisme dan pertumbuhan sel lebih cepat
Eukariotik
Contoh : alga, fungi, protozoa, tumbuhan dan hewan
- mempunyai inti sel sejati dan sistem membran internal

- memiliki inti sel yang amat kompleks dan dikelilingi oleh

selubung inti (membran)

- pembagian nukleus lebih rumit (mitosis)

- Sel eukariotik membutuhkan organel internal sel yang lebih

bervariasi untuk melangsungkan metabolisme, menghasilkan
energi dan mentrasportasikan nutrien ke seluruh bagian
selnya
http://people.eku.edu/ritchisong/301notes1.htm
 PENGGOLONGAN ORGANISME
 Sistem 5 Dunia (Kingdom)
(1969 oleh Robert Whitaker ) :

1. Kingdom Prokariota (Monera) : bakteri

- Diketahui merupakan sel tertua
- Tak memiliki inti sel dan membran pada organelnya

Kingdom lain adalah : Eukarota yg memiliki inti sel dan

membran, terdiri dari :

2. Kingdom Protista: kebanyakan uniseluler, tak memiliki

struktur jaringan dan kebanyakan memiliki flagela
Contoh : protozoa, alga bersel tunggal
Sistem 5 Dunia (Kingdom) (lanj.)

3. Kingdom Fungi : dapat uniselular (khamir) atau

multiselular (kapang). Banyak yang “saprotrophs”.

4. Kingdom Plantae : multiselular, fotosintetik  alga

multiseluler, tumbuhan

5. Kingdom Animalia : Multiseluler, heterotrof

 hewan
KARAKTERISTIK MIKROBA
 Berguna untuk mengatur metabolisme/pertumbuhan
mikroba & identifikasi/klasifikasi mikroba)
1. Karakteristik Kultural
- media pertumbuhan (bentuk cair/padat, komponen
media dll)
- suhu (psikrofilik, mesofilik, thermofilik)
- ketersediaan oksigen (aerob/anaerob/fakultatif)
- pH (asam, netral, basa)

2. Karakteristik Morfologis
- Visual  pengamatan dgn mata telanjang
- Bentuk (panjang, lebar, diameter)  mikroskopis
(Pengamatan ukuran, bentuk dan susunan sel, flagela,
kapsul atau spora dengan bantuan mikroskop, baik
dengan pewarnaan maupun tidak)
3. Karakteristik Metabolisme
- Metabolisme (sumber karbohidrat, (gula/pati/hidrokarbon
dll), nitrogen (organik, anorganik )
- Produk Metabolisme (metabolit primer/sekunder/campuran)

4. Karakteristik Antigen
- Komposisi antigen
- Jenis antigen–antibodi

5. Karakteristik Genetik :
- Komposisi basa DNA (guanin dan sitosin)
- Hibridisasi DNA
 BAKTERI

Morfologi (Bentuk) Bakteri :

- a. cocci (spherical/bulat)  Streptococcus

- b. bacilli (rod-like/batang)  E. coli
- c. spirilla (spiral)  Leptospira

Bentuk bakteri  merupakan karakteristik bakteri

tertentu

Bentuk sel bervariasi tergantung kondisi pertumbuhan

Variasi bentuk & ukuran sel mikroba mempengaruhi

proses hilir (pemisahan sel)
- Reproduksi Bakteri : umumnya dgn membelah diri
(pembelahan biner)

- Bakteri lain mampu memproduksi spora reproduktif

(e.g. Myxococcus, Streptomyces)

Sel mulai
membelah diri

(Sumber :
www.helenhudspith.com/
resources/food/rachel_yo
ung/bfhPpt2.ppt)
Struktur Sel Bakteri dan Fungsi Organel :
Sel bakteri terdiri dari berbagai organel dengan fungsi
sesuai kebutuhan dan perkembang-biakannya.

(Bahan Inti Sel)

 Fungsi dan Komposisi Kimiawi Organella :
Bagian Ukuran Komposisi

1. Lendir (Slime) :
a. Mikrokapsul 5-10µ -Protein, polisakarida,
lipida kompleks.
-Bertanggungjawab u/
antigen spesifik.
b. Kapsul 0.5-2µ -Polisakarida, kadang-
kadang lipid.
-Pelindung sel dari
suhu tinggi.
c. Lendir tak tentu -Polisakarida
-Pelindung sel dan
pertahanan.
 Ukuran Komposisi
2. Dinding Sel

a. Gram (+) 10-20µ - Membentuk sel,

pelindung plasma,
kekakuan sel.
- Makromolekul camp.
N-acetyl muramic-
peptide-teichoic acid
dan polisakarida.

b. Gram (-) 10-20µ - Fungsi idem Gram (+)

- Kompleks protein-
polisakarida-lipida
dan sedikit polimer
3. Plasma Membran 5-10µ -Tempat lewatnya nutrien
-Metabolisme (respirasi)
-Semipermeabel
-protein, lipida, air

4. Flagela 4-12µ- Protein -

Untuk motilitas

5. Pili 0.5-2µ - Protein

- Untuk bergerak

6. Bahan Inti Sel ½ sel -DNA

- Untuk reproduksi dan
pertumbuhan

7. Ribosom 10-30mµ - RNA & protein.

- Untuk sintesis protein/enzim
Membran Sitoplasma

- Sel prokariota (bakteri) mempunyai membran sel yg disebut

membran sitoplasma  membentuk struktur luar sel dan
memisahkan struktur internal sel dg lingkungan.

- Membran ini merupakan penghalang selektif, sehingga

hanya senyawa/bahan tertentu dapat masuk & keluar sel

- Terdiri dari 2 lapisan (bilayer) fosfolipida yang mempunyai

bagian polar dan non-polar

Bagian polar mempunyai kepala yg mengandung fosfat

(hidrofilik) di bag luar dan bagian non-polar mempunyai
dua ekor yg terdiri dari asam lemak yg hidrofobik di
bagian tengah  barier yang relatif impermeabel
Metode penyimpanan nutrien oleh bakteri saat lingkungan
buruk :

- Penyimpanan karbon dalam bentuk polihidroksi alkanoat

(PHA : dapat untuk bahan bioplastik) atau glikogen

- Penyimpanan nutrien yang dapat larut seperti nitrat dalam

vakuola

- Granula sulfur disimpan sebagai deposit secara intra/

ekstraseluler (pada bakteri yang menggunakan H2S
sebagai sumber elektron pada metabolismenya)
Endospora :

Digunakan untuk adaptasi bakteri terhadap lingkungan

yang buruk

Tahan terhadap senyawa kimia dan lingkungan ekstrim

(suhu tinggi, konsentrasi garam tinggi dll)

Diproduksi hanya 1 endopsora/sel

 Genus bakteri : bakteri Gram-positif Bacillus &

Clostridium.

Lokasi endospora di dalam sel spesifik untuk tiap

spesies, sehingga digunakan untuk identifikasi bakteri .
Endospora Bacillus subtilis
Endospora
 FUNGI (Kapang & Khamir)

Karakteristik Fungi

• Mikroorganisme Eukariotik
• Uniseluler dan multiseluler (hifa)  lihat foto
• Saprofit, parasit dan mutualistis
• Distribusi suhu – 20 s.d 30oC
• Lebih menyukai pH asam  mencegah kontaminasi
bakteri
• Kebanyakan aerob atau fakultatif (sedikit)
• Khamir kebanyakan osmotoleran (tahan terhadap kadar
gula tinggi)
• organisme heterotrofik, tak memiliki khlorofil
Khamir Uniseluler
 Kapang Berfilamen

Pemanenan sel dengan filtrasi

 KAPANG
- Lebih tahan kekeringan dibanding khamir atau bakteri,
mesofilik & lebih menyukai kondisi asam
- Umumnya hanya dapat hidup dengan adanya oksigen
(obligat aerob)  perlu aerasi; tebal hamparan terbatas
pada kultivasi substrat padat (fermentasi tempe, kecap,
asam sitrat dll)

- Cara reproduksi : pembelahan sel, pertunasan atau

pembentukan spora aseksual (lebih banyak) dan
seksual (lebih sedikit & pd waktu tertentu)

- Struktur hifa berseptat atau non-septat

 perhatikan agitasi pada bioreaktor, sebaiknya
pengadukan dg udara (non mekanis)

- Multiseluler, pertumbuhan pd ujung hifa  membentuk

miselium  pemisahan sel dg filtrasi membran
 KHAMIR
• Uniseluler, beberapa spesies multiseluler dengan adanya
pseudo hifa/miselium
• Bentuk sel : bulat, oval (seperti lemon/pir) atau silindris
• Ukuran sangat bervariasi, lebih besar dari bakteri
• Reproduksi aseksual dgn “budding” (pertunasan),
pembelahan biner atau sporulasi (askospora)

S. cerevisiae  pertunasan
Schizosaccharomyces pombe  pembelahan biner
pseudo miselium

S. cerevisiae Candida albicans

Morfologi Koloni Khamir

Pertunasan
Pembelahan Biner (Budding)
Sumber : Kanya Preechasuth, Course : CMB 508301June 9, 2005
Division of Clinical Microbiology
Faculty of Associated Medical Science, CMU
- Khamir termasuk kemoorganotrof, menggunakan
senyawa organik sbg sumber energi.

- Sumber karbon utama gula heksosa (glukosa,

fruktosa), disakarida (sukrosa, maltosa). Beberapa
spesies dapat menggunakan gula pentosa (ribosa),
alkohol dan asam organik  bisa untuk identifikasi

- Biasanya membutuhkan sumber N berupa protein

hidrolisat (pepton, yeast extract dll)

- Aerobik obligat, anaerob fakultatif (S. cerevisiae 

ada O2 respirasi  biomassa & bila tdk ada O2
fermentasi  etanol)

- Tumbuh baik pada pH netral atau sedikit asam

KOMPOSISI SEL MIKROBA & FUNGSINYA
Ditentukan oleh laju pertumbuhan dan komposisi media
tumbuh.
1). Air 80-90 % b.k sel,
sisanya : C (50 %), O2 (20 %), N2 (14 %), H (8 %), P (3 %),
S (1 %) dan sekitar 18 unsur (K, Na, Ca, Mg, Cl) dan vitamin
(contoh sel bakteri)

 Membentuk komponen seluler utama : protein, asam

nukleat, polisakarida dan lemak

2). Asam Amino & Protein (40-70 % b.k),

- Protein tersusun dari asam amino bentuk L (bentuk D
sangat jarang dijumpai di alam; banyak terdapat di
dinding sel)
Fungsi Biologis Protein :

1). Bagian stuktural struktur sel, contoh glikoprotein

(dinding sel)

2). Katalis biologis (enzim)

3). Transport/carrier senyawa agar masuk ke dalam sel

4). Hormon : insulin, hormon pertumbuhan, hormon

reproduksi dll

5). Toksin (botulinum dari Clostridium botulinum), difteri

6). Antibodi
 3). Lemak (10-15 % d.b) & Steroid

Fungsi lemak dalam sel :

a. Komponen struktural membran  menentukan
permebilitas sel
b. Simpanan energi
c. Supply energi yg dpt ditranportasikan
d. Pelindung dinding sel
Steroid
Terbuat dari sterol ;variasi steroid ditentukan berdasarkan
gugus fungsionalnya
 Steroid ditemukan pada a.l sel fungi
 Sintesis steroid : dg transformasi mikrobial
(stereoselektivitas tinggi & lokasi reaksi enzim
selektif) yg dikombinasikan dgn reaksi kimia
Contoh :
- Cortisone untuk anti-inflamatory (rematik dan penyakit
kulit)
4). Karbohidrat

Sebagai bahan bakar bagi sel, terdapat sbg struktur

sel (e.g. dinding sel) & senyawa simpanan glukosa 
karbohidrat)

Glikogen (contohnya murein)

merupakan peptidoglikan dalam dinding sel
bakteri, terdiri dari N-acetyl-D-glucosamine +
N-acetyl-muramic acid.
5). Asam Nukleat (13-34 % d.b)

- berperan utama dlm mekanisme reproduksi

- Terbuat dari nukleotida yang juga sbg molekul untuk
menyimpan energi, koenzim & agen pereduksi

Nukleotida penting :
- ATP, GTP (adenosine(guanine)-5-triphosphate)
 pembawa energi (ADP, AMP, cAMP)
- UDP  pembawa residu gula pada sintesis polisakarida
- Coenzyme A  bergab dg acetyl membentuk acetyl CoA
(awal Siklus Krebs)
- NAD, NADP &d FMN (nicotine-amid-adenine-
dinucleotide(phosphate) dan flavin-mononucleotide)
 pembawa “reducing power”
TRANSPORTASI MELEWATI MEMBRAN SEL

- Pengontrolan transportasi ion dan molekul antara sel

dan lingkungannya sangat penting untuk menjalankan
fungsi normal sel

- Membran sel mengatur permeabilitas selektif thd

beragam komponen media dan konstituen sel

- Pengaturan proses transpor berguna untuk :

a. mempertahankan komposisi intraseluler dan selang
pH yg sesuai untuk aktivitas enzim
b. mengatur volume sel, mengatur
konsentrasi nutrien dan mensekresikan senyawa
toksik
 Cara Pengambilan Nutrien oleh Mikroba
(Uptake of nutrients)

1. Phagocytosis – Protozoa
2. Absorpsi Permeabilitas – kebanyakan m.o

• Transport Pasif Difusi sederhana

• Difusi Terfasilitas (Facilitated diffusion)
• Transpor Aktif
• Translokasi Group

Sumber : 210.36.18.48/gxujingpin/dwwswx/ppt/6.ppt
 Difusi Pasif
Merupakan proses dimana molekul berpindah
melalui membran dari daerah berkonsentrasi tinggi
ke konsentrasi lebih rendah.
Laju difusi sebanding dg gaya penggerak perbedaan
konsentrasi melewati membran
 Beberapa senyawa seperti O2, CO2 & gliserol
dapat melalui membran plasma dengan cara difusi
pasif
Membran sel Bg dlm sel
Bg luar sel
S S S
S S S
S S
SS
 Difusi Terfasilitas

Menggunakan carrier protein  laju difusi melalui

membran permeabel selektif dapat ditingkatkan oleh
penggunaan “carrier protein” (kadang disebut permease),
yang tertanam dalam membran
Karena proses ini ditolong oleh “carrier”, maka disebut
Difusi Terfasilitas  unt molekul>
Laju difusi terfasilitas meningkat oleh gradien konsentrasi
Sumber : 210.36.18.48/gxujingpin/dwwswx/ppt/6.ppt
Model Difusi Terfasilitas

Carrier membran dapat berubah

konformasinya setelah mengikat
molekul dari luar sel dan selanjutnya
melepaskan molekul pada bagian
dalam sel.
Carrier selanjutnya kembali ke
bentuk semula dan siap mengikat
molekul solut lainnya

Karena tidak perlu input energi, maka

molekul akan terus masuk ke dalam sel
selama konsentrasi di bagian luar sel
lebih besar
Sumber : 210.36.18.48/gxujingpin/dwwswx/ppt/6.ppt
 Transpor Aktif

ions, glucose, and amino acids

Transpor aktif merupakan proses transportasi

molekul solut ke daerah berkonsentrasi lebih tinggi
atau melawan gradien konsentrasi dengan
menggunakan input energi metabolik
glukosa, asam amino, laktosa, galaktosa, Na+, K+
 Translokasi Group

Contoh translokasi group  phosphoenolpyruvate:

sugar phosphotransferase system (PTS), yang
mentrasportasi berbagai gula ke dalam sel prokariotik
dan secara simultan memfosforilasi menggunakan
phosphoenolpyruvate (PEP) sebagai donor fosfat

PEP + sugar (outside) pyruvate + sugar-P

(inside)
contoh : transportasi gula & turunannya
 glukosa, fruktosa, manitol
The phosphoenolpyruvate (PEP) :
 sugar phosphotransferase system of E. coli.

Komponen yang terlibat pada sistem :

PEP : phosphoenolpyruvate
E I : enzyme 1
HPr : low molecular weight heat-stable protein
E II : enzyme II & E III : enzyme III.
Sumber : 210.36.18.48/gxujingpin/dwwswx/ppt/6.ppt
 Perbandingan Sistem Transpor

Aspek Difusi Difusi Transport Translokasi

Pasif Terfasilitas Aktif Group

carrier Tidak Ya Ya Ya
proteins
transport Lambat Cepat Cepat Cepat
speed

Melawant Tidak Tidak Ya Ya

gradien kons.

No specificity Specificity Specificity Specificity

transport
molecules

metabolic Tak perlu Perlu Perlu Perlu

energy

Molekul solut Tak berubah Berubah Berubah Berubah

Sumber : 210.36.18.48/gxujingpin/dwwswx/ppt/6.ppt
 Senyawa Bakteri Fungi
Asam amino Transpor aktif Transpor aktif
Glukosa Transpor aktif (PTS & Difusi aktif &
permease) terfasilitas
Laktosa Transpor aktif (PTS & Difusi aktif &
permease) terfasilitas
Gliserol Difusi pasif & Difusi pasif &
terfasilitas terfasilita
Etanol Difusi pasif Difusi pasif
Asam laktat Difusi pasif & aktif Difusi pasif
Asam asetat Difusi pasif Difusi pasif
CO2 Difusi pasif Difusi pasif
O2 Difusi pasif Difusi pasif
Air Difusi pasif Difusi pasif

•PTS : phosphotransferase system

Sumber : Nielsen et al., 1994