Asam nukleat &

reparasi-replikasi DNA
0leh :
Muh. Fitrah S.Si., M.Farm., M.Si., Apt

Muh. Fitrah 1 8/31/2016

 Nukleotida

Muh. Fitrah 8/31/2016 2

O Merupakan prekursor / dasar untuk asam nukleat, RNA
dan DNA

O Struktur terdiri dari

O Basa
O Gula
O phosphat

8/31/2016 Muh. Fitrah 3

O Nukleotida berbeda dengan nukleosida  karena
nukleosida tdk mempunyai gugus fosfat

O Sehingga kita sering menuliskan nukleotida sebagai


O Nukleosida monofosfat
O Nukleosida difosfat
O Nukleosida trifosfat
Tergantung pada jumlah fosfat yg dimiliki

O Deoksiribonukleotida ditulis dng tambahan “d” 

menunjukkan adanya gugus hidroksil pd atom C
nomer 2
Muh. Fitrah 8/31/2016 4
O Terdiri dari 2 golongan :
O Ribonukleotida
O Deoksiribonukleotida
O Jenis nukleotida :
O Nama tergantung pada basanya
O Jumlah fosfat yang dimiliki

Adenin AMP, ADP, ATP, dAMP, dADP, dATP

Guanin GMP, GDP, GTP, dGMP, dGDP, dGTP
Sitosin CMP, CDP, CTP, dCTP, dCDP, dCTP
Timin TMP, TDP, TTP, -
Urasil
Muh. Fitrah
UMP, UDP, UTP, dUMP, dUDP, dUTP 8/31/2016 5
Muh. Fitrah 8/31/2016 6
Muh. Fitrah 8/31/2016 7
Muh. Fitrah 8/31/2016 8
O Nukleotida mengikat basa nitrogennya pada atom C
no. 1, dgn ikatan glikosida
O Gugus fosfat terikat pada gugus hidroksil atom C
no. 5
O Kedua kondisi diatas, menyebabkan nukleotida
mempunyai sifat sifat:
O Gugus phosphat  bertindak sbg asam kuat (pKa= 1)
O Gugus amina dr basa purin dan pirimidine, dpt di protonasi
O Nukleotida mampu menyerap sinar uv  dapat diukur
konsentrasinya

Muh. Fitrah 8/31/2016 9

 Asam nukleat
O Merupakan bagian organisme hidup yg sangat
penting
O Membawa informasi genetika yang akan diturunkan
/ ditransfer dr generasi ke generasi. Semua
informasi yg ada dlm sel  DNA
O Ada 2 macam:
O Asam deoksiribonukleat : AND / DNA
O Asam ribonukleat : ARN / RNA
O Asam nukleat mrpk polimer nukleotida yg
dihubungkan dgn ikatan fosfodiester
Muh. Fitrah 8/31/2016 10
Muh. Fitrah 8/31/2016 11
 DNA (DeoxyriboNucleic Acid )
O Dikenal sebagai materi genetik
O Merupakan komponen kromosom
O Merupakan polimer deoksiribonukleotida yg dihubungkan
dengan ikatan fosfodiester
O Backbone (rangka) terdiri dr: gugus fosfat dan gula yg saling
berseling
O Memiliki orientasi 5’  3’ jk gugus fosfat dr C5 berikatan
dgn OH C3

Muh. Fitrah 8/31/2016 12

O Didalam sel  dalam jalin
ganda (double helix)
O Dimana gugus fosfat
berada di luar dan basa
nitrogennya di dalam
O Jalin ganda yg terbentuk
bersifat anti parallel  ?

8/31/2016 Muh. Fitrah 13

Muh. Fitrah 8/31/2016 14
OSusunan basa nitrogen pada jalin
ganda DNA  tidak random

Guanin (G) – Sitosin (C)

Adenin (A) - Timin (T)

Antara basa nitrogen satu dengan

yang lain dihubungkan dengan
ikatan hidrogen

OWatson and Crick : replikasi 

sangat mungkin untuk suatu DNA
diperbanyak dg informasi yg sama

8/31/2016 Muh. Fitrah 15

O DNA di dalam sel
ditemukan  3 bntk
utama
O Bentuk B
O Bentuk A
O Bentuk Z

Perbedaanya ?

8/31/2016 Muh. Fitrah 16

Muh. Fitrah 8/31/2016 17
O seperti halnya protein, asam nukleat juga
mempunyai struktur primer, sekunder dan tersier
O asam nukleat mempunyai arah sense
- Mempunyai individualitas  ditentukan dari urutan basa
nitrogennya  disebut sebagai struktur primer
- Informasi genetik ada pada struktur primer

A C G T C

3’ 3’ 3’ 3’ ACGTC
3’
P P
P P P P OH
Muh. Fitrah 8/31/2016 18
5’ 5’ 5’ 5’ 5’
 Struktur sekunder
O Double helix
O Watson n Crick  menjawab struktur 3D DNA dgn X-ray
diffraction pattern : hsl penelitian Rosalind Franklin
O Mampu menyimpulkan bahwa :
O mempunyai struktur double helix
O dengan 10 basa setiap putaran
O putaran 360,
O basa Nitrogen A-T , G – C
O cekukan mayor and minor
O double helix memutar ke kanan
O self replication
Muh. Fitrah 8/31/2016 19
 Semikonservatif pd Replikasi
Mekanisme pengkopianDNA
DNA
 melibatkan pembukaan
double helix
Setiap rantai menjadi pola /
templat untuk pita baru
Semi konservatif  apa beda
dengan konservatif dan
dispersive?
Muh. Fitrah 8/31/2016 20
 O X-ray diffraction : ada 2 macam
O Yg telah diterjemahkan struktur 3 D nya : B
form
O Bentuk yang umum adalah B form
O A form  RNA double helix
O Gugus OH pd RNA  tidak memungkinkan
melipat lebih dekat  membentuk A form
yang lebih lebar

Muh. Fitrah 8/31/2016 21

Dalam kondisi normal (kondisi fisiologis)  DNA relatif stabil
Kadang menjadi tidak stabil  krn proses2 replikasi, transkripsi
Muh. Fitrah 8/31/2016 22
O Disosiasi double helix DNA  denaturasi
O apabila DNA dipanaskan diatas melting temperaturnya (Tm)
maka double helix akan terbuka
O Tm  tergantung pada rasio (G+C)/(A+T)
O G/C content dapat dihitung dengan (G+C) / (Total Basa N) x
100%

Muh. Fitrah 8/31/2016 23

 RNA
Ada 4 mcm

O Hn RNA
O mRNA
O rRNA
O tRNA
O snRNA

8/31/2016 Muh. Fitrah 24

Muh. Fitrah 8/31/2016 25
O hnRNA  heterogeonous nuclear RNA  merupakan hasil
transkripsi langsung dr DNA
O mRNA 
O telah mengalami proses posttranskripsi  menghilangkan intron
 informasi genetik  dlm btk codon
(urutan 3 nukleotida)
O rRNA 
O Komponen ribosom dimana translasi berlangsung
O tRNA 
O Menerjemahkan kode genetik
O Menghubungkan antara asam nukleat dengan asam amino 
protein
O snRNA 
O Small nuclear RNA  membantu proses splicing dalam post
transkripsi proses
Muh. Fitrah 8/31/2016 26
Transfer RNA (tRNA)

composed of 
a nucleic acid and
a specific amino acid

 provide the link between

the nucleic acid sequence
of mRNA and the amino
acid sequence it codes
for.

An anticodon  a
sequence of 3 nucleotides
in a tRNA that is
complementary to a
Structure of tRNAs
8/31/2016 Muh. Fitrah
codon of mRNA 27
Muh. Fitrah 8/31/2016 28
 Fungsi biologis
O DNA sebagai pembawa
informasi genetik
O DNA  komponen dr
kromosom
O Fungsi yang lain:
O Nukleotida sbg
pembawa energi
O Nukleotida sebagi
koensim
O enzim

8/31/2016 Muh. Fitrah 29

Muh. Fitrah 8/31/2016 30
 PERBAIKAN DNA
(DNA REPAIRING)

8/31/2016 Muh. Fitrah 31

 PERBAIKAN DNA

DNA bukanlah substansi yang lemah,

telah dilengkapi dengan mekanisme tertentu
yang mampu menetralisasi “gangguan-
gangguan” yang terjadi sehingga tidak
membawa efek negatif. Mekanisme yang
dimiliki DNA tersebut adalah mekanisme
DNA repair (perbaikan DNA) yang terjadi
pada fase tertentu dalam siklus sel.
8/31/2016 Muh. Fitrah 32
 Pada fase G1 (Gap 1) terdapat check
point yaitu suatu tempat dimana susunan
DNA akan dikoreksi dengan seteliti-
telitinya. Apabila ada kesalahan, sel
mempunyai dua pilihan :
Pertama, kesalahan tersebut diperbaiki
dengan cara mengaktifkan DNA repair.

8/31/2016 Muh. Fitrah 33

 Namun, apabila kesalahan yang ada
sudah tidak mampu lagi ditanggulangi, sel
memutuskan untuk mengambil pilihan
kedua yaitu “dimatikan” daripada hidup
membawa pengaruh buruk bagi
lingkungan sekelilingnya. Saat itulah
keputusan untuk berapoptosis diambil.
Sel dengan DNA normal akan
meneruskan perjalanan untuk melengkapi
siklus yang tersisa yaitu S (Sintesis), G2
(Gap 2) dan M (Mitosis).
8/31/2016 Muh. Fitrah 34
 MEKANISME PERBAIKAN DNA
Ada 3 mekanisme utama: 1.Base excision,
2. Nucleotide excision
3. Mismatch repair.

8/31/2016 Muh. Fitrah 35

 Base excision
(Pemotongan Basa)
Basa-basa DNA dapat dirusak melalui
deamination atau alkylation. Tempat
kerusakan basa tersebut disebut dengan
"abasic site" atau "AP site". Pada E.coli,
enzim DNA glycosylase dapat mengenal AP
site dan membuang basanya. Kemudian
AP endonuclease membuang AP site dan
nucleotida sekitarnya. Kekosongan akan
diisi dengan bantuan DNA polymerase I dan
DNA
8/31/2016
ligase. Muh. Fitrah 36
8/31/2016 Muh. Fitrah 37
 Nucleotide excision
(Pemotongan nukleotida)

Pada E. coli, protein UvrA, UvrB, dan UvrC

berperan dalam membuang nukleotida
( dimer akibat UV light). Kemudian
kekosongan akan diisi dengan bantuan
enzim DNA polymerase I dan DNA
ligase. Pada yeast, proteins Uvr's dikenal
dengan nama RADxx ("RAD" kependekan
dari "radiation"), seperti RAD3, RAD10 dll
8/31/2016 Muh. Fitrah 38
8/31/2016 Muh. Fitrah 39
 Mismatch repair
(Perbaikan yang tidak berpasangan)

Untuk memperbaiki basa yang tidak berpasangan

harus diketahui pasangan basa mana yang salah.
Pada E. coli, ini dapat diketahui oleh methylase
yang disebut dengan "Dam methylase", dimana
dapat memetilasi adenines yang terdapat pada
urutan (5')GATC . Segera sesudah replikasi
DNA, template strand dimetilasi, tetapi strand
yang baru disintesa belum dimetilasi. Jadi antara
template strand dan new strand akan berbeda. .
8/31/2016 Muh. Fitrah 40
8/31/2016 Muh. Fitrah 41
 Dimulai dengan berikatannya protein MutS
pada mismatched base pairs. Kemudian
MutL mengaktifkan MutH untuk bergabung
bersama pada urutan GATC. MutH akan
membelah strand yang tidak dimetilasi
pada tempat GATC . Selanjutnya,
segment dari tempat pembelahan akan
dibuang oleh enzim exonuclease (dengan
bantuan enzim helicase II dan SSB
proteins).
8/31/2016 Muh. Fitrah 42
Bila pembelahannya pada bagian 3' dari
kerusakan, akan dipotong oleh enzim
exonuclease I dan bila pada bagian 5' oleh
enzim exonuclease VII atau RecJ untuk
mendegradasi single tranded
DNA. Kekosongannya akan diisi dengan
bantuan enzim DNA polymerase III dan DNA
ligase.
Jarak antara tempat GATC dengan kerusakan
bisa mencapai sepanjang 1,000 base pairs
Bagaimanapun juga perbaikan sistem ini mahal
dan tidak efisien.
8/31/2016 Muh. Fitrah 43
 Perbanyakan asam nukleat dilakukan dengan 2
cara:
1. Replikasi
2. Transkripsi

 Kedua proses tersebut digunakan satu utasan

asam nukleat sebagai modelnya.

 Dalam proses replikasi perbanyakan satu molekul

asam nukleat dilakukan dengan menggunakan
dirinya sebagai model cetakan

Muh. Fitrah 8/31/2016 44

 Proses replikasi dan transkripsi balik
digunakan untuk memperbanyak bahan
genetik, atau genom.

 Transkripsi digunakan dalam proses ekspresi

gen
 Contoh: Virus RNA
 Menggunakan replikasi RNA dan transkripsi balik
dalam memperbanyak genomnya

Muh. Fitrah 8/31/2016 45

1. Semikonservatif

2. Konservatif

3. Dispersif

Muh. Fitrah 8/31/2016 46

 Dua pita spiral dari double helix memisahkan
diri
 Tiap pita tunggal dari double helix parental
ini berlaku sebagai cetakan (template) untuk
membentuk pita pasangan yang baru

Muh. Fitrah 8/31/2016 47

 Double helix parental tetap utuh,
disampingnya dicetak molekul DNA baru

Muh. Fitrah 8/31/2016 48

Muh. Fitrah 8/31/2016 49
Muh. Fitrah 8/31/2016 50
 Generasi 15 N (Generasi 0): DNA nya
mempunyai kerapatan tinggi
 Generasi 14 N (Generasi 1): DNA nya
merupakan hibrid antara DNA dengan
kerapatan tinggi dan rendah.
 Generasi 2: DNA hibridnya masih ada,tetapi
muncul pula DNA baru dengan kerapatan
rendah.

Muh. Fitrah 8/31/2016 51

 Kedua pita dari double helix parental putus
dibeberapa tempat
 Kemudian dibent uk segmen-segmen DNA
baru
 Selanjutny potongan-potongan DNA parental
dan DNA baru bersambungan dan
menghasilkan dua double helix baru

Muh. Fitrah 8/31/2016 52

 1. Titik awal replikasi
 Proses replikasi selalu dimulai pada wilayah tertentu
yaitu titik awal replikasi (ori)

 Molekul DNA yang dapat bereplikasi atau

mengandung titik ori disebut replikon

Kromosom E.coli : Satu titik ori (Ori C)

Plasmid F : dua titik ori (Ori V, ori T)
 Kromosom Eukariot : Lebih dari satu titik ori
 Kromosom mitokondria : dua titik ori

Muh. Fitrah 8/31/2016 53

 Untuk berlangsungnya proses replikasi
diperlukan adanya asam nukleat berutas
ganda (double helix)

 Adanya dua utas polinukleotida serta

perpasangan antiparalel antara basa-
basanya, memungkinkan satu utasan dari
DNA tersebut menjadi model untuk utasan
yang lainnya.

Muh. Fitrah 8/31/2016 54

 Proses sintesis DNA dua nukleotida
digabungkan satu dengan lain dengan cara
merangkaikan karbon gula kelima (C5) yang
mengandung fosfat dari satu nukleotida
kepada karbon gula ketiga (C3) yang
mengandung OH dari nukleotida lain.

Muh. Fitrah 8/31/2016 55

 Proses replikasi berlangsung dua kejadian:

1. Penguraian helix ganda menjadi utasan

tunggal
2. Sintesis rantai baru dengan menggunakan
utasan tunggal tersebut sebagai model yang
sekaligus menjadikan helix ganda yang
utuh.

Muh. Fitrah 8/31/2016 56

 Ujung 3 OH (cabang “Leading”)
 Ujung 5 P (cabang “Lagging”)

 Pada utas “leading”

Arah sintesis berjalan dari ujung menuju
pangkal percabangan, maka sintesis berjalan
secara kontinu sejalan dengan proses
penguraian pilinan heliks ganda

Muh. Fitrah 8/31/2016 57

 Sintesis dimulai pada pangkal percabangan
dan bergerak ke ujung cabang, maka setiap
saat pergerakan penguraian helix ganda akan
muncul titik awal baru yang diikuti oleh
sintesis dengan arah ke bagian luar cabang

 Pada utas “lagging” sintesis berjalan secara

diskontinu, dan akan ditemukan fragmen,
Fragmen Okazaki (Reiji Okazaki, 1969)

Muh. Fitrah 8/31/2016 58

 Proses replikasi genom dapat dibagi kedalam
tahapan:

a. Pengenalan titik ORI (titik awal replikasi)

b. Penguraian pilinan heliks ganda
c. Sintesis rantai polinukleotida baru
d. Penyambungan berbagai fragmen okazaki
menjadi satu rantai polinukleotida utuh.

Muh. Fitrah 8/31/2016 59

 Protein/Enzim Fungsi
• Dna A • Mengenali ruas ori
• Girase DNA • Menguraikan superheliks
• Helikase • Menguraikan pilinan heliks ganda
• SSB • Menstabilkan utasan tunggal
• Polimerase DNA III • Sintesis perpanjangan rantai
polinukletida
• Polimerase DNA I • Mengisi celah pada rantai
polinukleotida
• Ligase • Penyambungan dua fragmen DNA

Muh. Fitrah 8/31/2016 60

 Titik awal replikasi dinamakan Ori C, dapat
dikenali oleh enzim Dna A yang dihasilkan
oleh gen dnaA (pada E.coli)

 Terdapat berbagai jenis DnaA dan jenis Ori

pada berbagai organisme, sehingga
Satu jenis DNA dari satu organisme belum
tentu dapat bereplikasi pada organisme lain,
karena tidak cocok Ori dengan Dna A.

Muh. Fitrah 8/31/2016 61

 Memutuskan ikatan hidrogen antara basa-
basa dari utasan yang berpasangan
 Memisahkan kedua utasan pada heliks ganda
 Mencegah utasan tunggal yang terbentuk
berpasangan kembali membentuk heliks
ganda
 Melindungi dari kerusakan akibat enzim
nuklease yang banyak terdapat dalam sel.
 Semua pekerjaan ini dilakukan oleh enzim
helikase, girase DNA, dan protein SSB (single
strand Binding protein)

Muh. Fitrah 8/31/2016 62

 Kelompok protein yang berfungsi
menghilangkan ikatan hidrogen heliks ganda
dan memisahkan menjadi utas tunggal

 E.coli, helikase (protein Rep hasil gen rep)

Rep akan menempel pada utas tunggal
kemudian bergerak arah 3-5 menuju utas
ganda selanjutnya utasan tunggal yang telah
lepas akan ditempeli protein SSB

Muh. Fitrah 8/31/2016 63

 Helikase I (hasil gen tra I pada plasmid F)
berperan dalam replikasi plasmid
 Helikase II, III.

 Girase menghilangkan tegangan superheliks

 Enzim ini merupakan topoisomerase tipe II
berfungsi untuk menghilangkan tegangan
pada superheliks positif dengan cara
membuka pilinan kearah negatif.

Muh. Fitrah 8/31/2016 64

 Sub unit A oleh gen gyr A
 Sub unit B oleh gen gyr B

Muh. Fitrah 8/31/2016 65

 Kelompok protein khusus menempel dan
berasosiasi dengan DNA utas tunggal

 Melindungi DNA dari serangan nuklease, yang

dapat menghalangi transkripsi

 Peran utamanya: Menstabilkan dan

melindungi utas tunggal yang terbentuk
selama replikasi DNA, perbaikan DNA dan
rekombinasi

Muh. Fitrah 8/31/2016 66

 Proses penggabungan mononukleotida
menjadi rantai

 Enzim yang berperan:

 Polimerase RNA
 Polimerase DNA
 Ligase

Muh. Fitrah 8/31/2016 67

 Proses replikasi semua fragmen okazaki
diawali oleh RNA primer

 Selanjutnya polimerase DNA memperpanjang

rantai yang sudah ada

 RNA primer dibentuk oleh primase (dihasilkan

oleh gen dnaG atau oleh polimerase RNA
(hasil gen rpo)

Muh. Fitrah 8/31/2016 68

 Bertanggung jawab atas proses sintesis DNA
baru dengan cara membentuk ikatan
fosfodiester yang merangkaikan C ke 5 satu
nukleotida terhadap C ke 3 dari nukleotida
lain.

Muh. Fitrah 8/31/2016 69

 Enzim ligase yang berperan untuk
menyambung dua ujung rantai polinukleotida
menjadi rantai yang lebih panjang
 Ligase terdapat dimana-mana didalam sel
dan bentuk berbeda-beda sesuai sumber
energi yang dimanfaatkan
 E.coli : ligase menggunakan Nikotin-
Adiemin-dinukleotida (NAD) sebagai sumber
energinya.

Muh. Fitrah 8/31/2016 70

Muh. Fitrah 8/31/2016 71
Muh. Fitrah 8/31/2016 72
Muh. Fitrah 8/31/2016 73
Muh. Fitrah 8/31/2016 74
Muh. Fitrah 8/31/2016 75
Muh. Fitrah 8/31/2016 76