ASAM NUKLEAT

HERY WINARSI
 SUB BAHASAN
1. komponen2 pembentuk nukleotida, ikatan2 yg
berperan dlm 1 mol nukleotida; nukleotida
dalam DNA & RNA
2. struktur DNA menurut Watson & Crig
3. Tiga jenis RNA dan fungsinya
4. tahap inisiasi rantai polipeptida saat translasi
5. Enzim yg berperan dlm pemanjangan rantai
DNA saat replikasi.
KOMPONEN PENYUSUN
NUKLEOTIDA
 Pengertian nukleotida
NUKLEOTIDA merupakan monomer asam
nukleat yang terdiri dari gula pentosa, basa
nitrogen dan gugus posfat.
• Nukleotida terdiri dari:
• Basa nitrogen
• Gula pentosa
• Gugus fosfat
 BASA NITROGEN
• Basa nitrogen berikatan dengan ikatan-β pada atom
karbon nomor1' dari gula ribosa atau deoksiribosa.
• Pirimidin berikatan ke gula ribosa pada atom N-1 dari
struktur cincinnya.
• Purin berikatan ke gula ribosa pada atom N-9 dari
struktur cincinnya.
JENIS BASA NITROGEN
BASA PIRIMIDIN DAN PURIN
 GULA PENTOSA
• Ribosa  penyusun RNA
• Deoksiribosa penyusun DNA
GUGUS FOSFAT
 ANALOG NUKLEOTIDA SINTETIK
• Analog (senyawa yg mirip) nukleotida disintesis
untuk obat antikanker
• Menghambat sintesis asam nukleat,pembentukan
pasang basa, akhirnya menghambat pembelahan sel
kanker
 REFERENSI
Murray, Robert K.,dkk. 2006. BIOKIMIA HARPER EDISI 27. Jakarta : EGC

Murray, R.K., D.K. Granner, P.A. Mayes and V.W. Rodwell. 2000. Biokimia
Harper. Edisi 25. Buku Kedokteran. EGC. Jakarta.

Campbell, Neil A. and Reece, Jane B. 2010. BIOLOGI JILID 1 EDISI 8. Jakarta :
Erlangga

Lehninger, A.L. 1991. Dasar-dasar Biokimia. Jilid 2. Erlangga. Jakarta

Montgomery, R., R.L. Dryer, T.W. Conway and A.A. Spector. 1983. Biokimia. Jilid
1. Gadjah Mada University Press. Yogyakarta.
Poedjiadi, A. 1994. Dasar-dasar Biokimia. UI Press. Jakarta.

http://fpk.unair.ac.id/webo/kuliah-pdf/ASAM%20NUKLEAT-
6%20%5BCompatibility%20Mode%5D.pdf
 Struktur DNA menurut
.
Watson-Crick
 DNA (Deoxyribonucleic Acid) atau Asam
deoksiribonukleat terdiri atas dua
utas benang polinukleotida yang saling berpilin
membentuk heliks ganda (double helix). Model
struktur DNA itu pertama kali dikemukakan
oleh James Watson dan Francis Crick pada
.tahun 1953 di Inggris. Struktur tersebut mereka
buat berdasarkan hasil analisis foto difraksi
sinar X pada DNA yang dibuat oleh Rosalind
Franklin. Karena yang difoto itu tingkat
molekul, maka yang tampak hanyalah
bayangan gelap dan terang saja.
 Foto difraksi sinar X pada DNA (yang di sebelah
kanan merupakan hasil foto difraksi Rosalind
Franklin)

.
 Seutas polinukleotida pada molekul DNA tersusun atas
rangkaian nukleotida. Setiap nukleotida tersusun atas :
Gugusan gula deoksiribosa
Gugusan fosfat yang terikat pada atom C nomor 5 dari gula
Gugusan basa nitrogen yang terikat pada atom C nomor 1
dari gula
.Ketiga gugus tersebut saling terkait dan membentuk “tulang
punggung” yang sangat panjang bagi heliks ganda.
Strukturnya dapat diibaratkan sebagai tangga, dimana ibu
tangganya adalah gula deoksiribosa dan anak tangganya
adalah susunan basa nitrogen. Fosfat menghubungkan gula
pada satu nukleotida ke gula pada nukleotida berikutnya
untuk membentuk polinukleotida.
Basa nitrogen penyusun DNA terdiri dari basa purin, yaitu
adenin
. (A) dan guanin (G), serta basa pirimidin yaitu sitosin (C)
dan timin (T). Ikatan antara gula pentosa dan basa nitrogen
disebut nukleosida. Ada 4 macam basa nukleosida yaitu :
Ikatan A-gula disebut adenosin deoksiribonukleosida
(deoksiadenosin)
Ikatan G-gula disebut guanosin deoksiribonukleosida
(deoksiguanosin)
Ikatan C-gula disebut sitidin deoksiribonukleosida
(deoksisitidin)
Ikatan T-gula disebut timidin deoksiribonukleosida
(deoksitimidin)
 • Ikatan basa-gula-fosfat disebut sebagai
deoksiribonukleotida atau sering disebut nukleotida.
• Ada 4 macam deoksiribonukleotida, yaitu adenosin
deoksiribonukleotida, timidin deoksiribonukleotida,
sitidin deoksiribonukleotida, dan timidin
. deoksiribonukleotida.
• Nukleotida-nukleotida itu membentuk rangkaian
yang disebut polinukleotida.
• DNA terbentuk dari dua utas polinukleotida yang
saling berpilin dan arahnya berlawanan.
 Menurut James
Watson & Francis
Crick

 Ukuran jarak antara

pasangan basa
.  0,34 nm (3,4 oA)
 Setiap putaran
untaian td 10 ps basa
dan jarak satu putar
heliks  3,4 nm
 Diameter untaian
DNA  2,0 nm
 • 1 Molekul DNA : 108 nukleotida
• Adalah senyawa pembawa pesan genetik yang dikode
oleh urutan nukleotida
• Terdapat di inti sel

.
 Basa-basa nitrogen pada utas yang satu
memiliki pasangan yang tetap dengan basa-
basa nitrogen pada utas yang lain.
Adenin berpasangan dengan timin dan guanin
. berpasangan dengan sitosin.
Pasangan basa nitrogen A dan T dihubungkan
oleh dua atom hidrogen (A=T). Adapun
pasangan basa nitrogen C dan G dihubungkan
oleh tiga atom hidrogen (C≡G).
TIGA JENIS RNA dan
FUNGSINYA
RNA ( Ribonucleic Acid )

RNA ( ribonucleic acid ) atau asam

ribonukleat merupakan makromolekul yang
berfungsi sebagai penyimpan dan penyalur
informasi genetik. RNA ditemukan dalam
nukleus maupun sitoplasma sel.
 Fungsi RNA
Fungsi RNA secara umum :

RNA sebagai penyimpan informasi genetik

misalnya pada materi genetik virus, terutama
golongan retrovirus.
RNA sebagai penyalur informasi genetik
misalnya pada proses translasi untuk sintesis
protein.
RNA juga dapat berfungsi sebagai enzim
(ribozim) yang dapat mengkalis formasi rna-
nya sendiri atau molekul RNA lain.
 Komponen Penyusun RNA

Komponen Penyusun RNA diantaranya :

• Gula ribosa
• Fosfat
• Basa nitrogen : Adenin, Guanin, Sitosin, Urasil
 GULA
PENTOSA

RIBOSA
 BASA
NITROGEN

PIRIMIDIN PURIN
 ADENIN

Adenin adalah nucleobase turunan purin dengan

berbagai peran dalam biokimia termasuk respirasi
seluler , dalam bentuk baik adenosine triphosphate
kaya energi ( ATP ) dan kofaktor dinukleotida
nicotinamide adenin ( NAD ) dan flavin adenin
dinukleotida ( FAD ) , dan sintesis protein , sebagai
komponen kimia dari DNA dan RNA . Bentuk adenin
melengkapi baik timin pada DNA atau RNA dalam urasil
.
 SITOSIN
Sitosin adalah salah satu dari empat basa utama
yang ditemukan dalam DNA dan RNA , bersama
dengan adenin , guanin , dan timin (urasil pada RNA).
Ini adalah turunan pirimidin , dengan cincin aromatik
heterosiklik dan dua substituen yang melekat (
sebuah gugus amina pada posisi 4 dan kelompok
keto pada posisi 2 ) . The nukleosida sitosin adalah
cytidine .
 GUANIN
Guanin adalah salah satu dari empat nukleobasa
utama yang ditemukan dalam asam nukleat DNA
dan RNA , yang lainnya adalah adenin , sitosin , dan
timin ( urasil pada RNA ) . Dengan rumus C5H5N5O ,
guanin merupakan turunan dari purin , yang terdiri
dari sistem cincin pirimidin - imidazole menyatu
dengan ikatan rangkap terkonjugasi .
 URASIL

Urasil menggantikan timin pada

RNA. Kedua basa ini identik
terkecuali bahwa urasil kekurangan
gugus 5' metil
 Jenis – Jenis RNA
1. mRNA (messenger RNA)
• Merupakan RNA yang urutan basanya
komplementer dengan salah satu urutan basa
rantai DNA.
• mRNA membawa pesan atau kode genetik
(kodon) dari kromosom (di dalam inti sel) ke
ribosom (di sitoplasma).
• Kode genetik mRNA tersebut kemudian
menjadi cetakan untuk menetukan spesifitas
urutan asam amino pada rantai polipeptida.
• mRNA berupa rantai tunggal yang relatif
panjang.
 2. tRNA
• tRNA merupakan RNA yang membawa
asam amino satu per satu ke ribosom.
• Pada salah satu ujung tRNA terdapat tiga
rangkaian basa pendek (disebut
antikodon).
• Suatu asam amino akan melekat pada
ujung tRNA yang berseberangan dengan
ujung antikodon.
• Pelekatan ini merupakan cara berfungsinya
tRNA, yaitu membawa asam amino spesifik
yang nantinya berguna dalam sintesis
protein yaitu pengurutan asam amino
sesuai urutan kodonnya pada RNAd.
3. rRNA (Ribosomal RNA)

• rRNA merupakan
komponen struktural yang
utama di dalam ribosom.
• Setiap sub-unit ribosom
terdiri dari 30 – 46%
molekul RNAr dan 70 –
80% protein.
 Referensi
http://www.rsc.org/Education/Teachers/Resources/cfb/nu
cleicacids.htm (diakses pada tanggal 22 Maret 2014)
POLIPEPTIDA

Polipeptida merupakan polimer yang tersusun dari beberapa

peptida hasil pengikatan gugus karboksil (COOH) dengan gugus
amino. Polipeptida dibentuk melalui tahapan replikasi DNA.
Replikasi DNA

Replikasi DNA dibagi menjadi 2 tahap :

1. Transkripsi
adalah pembuatan RNA dengan menyalin sebagian berkas DNA.

2. Translasi
adalah proses penerjemahan urutan nukleotida yang ada pada
molekul RNA menjadi rangkaian asam amino yang menyusun
suatu polipeptida atau protein.
Tahap-Tahap Translasi
• Inisiasi: Tahap pengikatan subunit kecil
ribosom dan faktor inisiasi pada situs
pengikatan ribosom.
• Elongasi: Proses pemanjangan rantai
polipeptida.
• Terminasi: penghentian sintesis pada saat
muncul kodon stop pada mRna.
 Inisiasi Translasi Pada Prokariot
1. Penggabungan mRNA, subunit 30S dan
formilmetionil tRNA membentuk
kompleks inisiasi 30S. Pembentukan
kompleks ini memerlukan GTP (guanosin
trifosfat) dan beberapa protein yang
disebut faktor inisiasi (IF). IF-3 dapat
berikatan dengan 30S. Tetapi ikatan
tersebut distabilkan oleh IF-1 dan IF-2.
Setelah ketiga faktor inisiasi berikatan
dengan subunit 30S, mRNA dan amino
asil tRNA yang pertama bergabung
dengan rangkaian tersebut secara acak.
Asam amino yang digabungkan pertama
adalah N-formil metionin (fMet). IF-2
berperan dalam mengikatkan fMet-
tRNAMet pada kompleks inisiasi 30S,
dalam pengikatan tersebut diperlukan
molekul GTP.
 Inisiasi Translasi Pada Prokariot...........
2. Setelah kompleks inisiasi 30S
terbentuk selanjutnya subunit 50S
bergabung membentuk kompleks inisiasi
70S. Pada pembentukan kompleks inisiasi
ini IF-1 dan IF-3 terlepas dari kompleks.
Pembentukan kompleks ini dilakukan
dengan menggunakan hasil hidrolisis GTP
yang terjadi waktu IF-2 terlepas dari
kompleks. Hidrolisis GTP mendorong
pelepasan IF-2 dan dapat menghambat
pembentukan kompleks inisiasi 70S, IF-2
yang terlepas dapat digunakan kembali
dalam pembentukan kompleks inisiasi
30S yang lain. Setelah tahapan ini
terbentuk kompleks inisiasi 70S siap
melakukan proses pemanjangan
(elongasi) polipeptida
 Inisiasi Translasi Pada Prokariot
Proses Inisiasi pada Prokariot membutuhkan:
1. Subunit ribosom 30S dan 50S
2. Kode mRNA yang akan dibuat polipeptida
3. 3 buah protein yang disebut faktor inisiasi
(IF-1, IF-2, dan IF-3)
4. GTP
5. Mg2+
 Inisiasi Translasi Pada Prokariot....
1. Step 1 :
Subunit ribosom 30s berikatan dengan dua buah
faktor inisiasi, IF1 dan IF3.
 IF-3 mencegah subunit 30S dan 50S bergabung secara
prematur
 mRNA kemudian mengikat 30S subunit
 Inisiasi (5) AUG ditunjukkan tempat yang tepat oleh
Shine- Dalgarno sequence di mRNA
 Inisiasi Translasi Pada Prokariot....
2. Step 2, mengandung ketiga hal ini :

 Subunit ribosom 30S

 IF-3

 mRNA

Digabungkan oleh

 GTP yang mengikat IF-2

 Dan start kodon fMet-tRNAfMet

 Inisiasi Translasi Pada Prokariot....

• Step 3:

Komplek besar bergabung dengan subunit

ribosom 50S

Ikatan GTP ke IF-2 terhidrolisis menjadi GDP

dan Pi, yang terlepas dari kompleks
 Inisiasi Translasi Pada Eukariot
• Pada eukaryot, kodon inisiasi
adalah metionin molekul tRNA
inisiator disebut tRNAiMet .
• Ribosom bersama tRNAiMet dapat
menemukan kodon awal
berikatan dengan ujung 5’
(tudung), kemudian melakukan
pelarikan (scanning) transkrip
kearah hilir (dengan arah 5’ ke 3’)
sampai menemukan kodon awal.
• Pada eukariotik, faktor inisiasi translasi
yang diperlukan adalah eIF-1, -2, -3, -4,
-5, dan -6 (huruf e adalah singkatan
dari eukariotik).
• Faktor eIF-3 mengubah sub unit kecil
ribosom eukariotik (40S) menjadi suatu
bentuk yang siap untuk menerima
aminoasil-tRNA pertama.
• Setelah aminoasil-tRNA yang pertama
melekat dengan bantuan eIF-2,
terbentuklah kompleks 43S.
• Selanjutnya, dengan bantuan eIF-4,
mRNA melekat ke kompleks 43S
membentuk kompleks 48S. Akhirnya,
faktor eIF-5 membantu sub unit besar
(60S) untuk melekat pada kompleks
48S sehingga dihasilkan kompleks 80S
yang siap untuk melakukan translasi
mRNA.
• Faktor eIF-6 adalah suatu faktor
anti asosiasi yang mencegah sub
unit 60S untuk berasosiasi
dengan subunit 40S sebelum
terbentuk kompleks inisiasi.
• Faktor eIF-4F adalah suatu faktor
yang melekat pada struktur
tudung pada ujung 5’.
• Faktor ini terdiri atas 3 bagian,
yaitu eIF-4E, eIF-3, dan poly[A]-
binding protein, faktor eIF-4G
menarik sub unit 40S ke mRNA
sehingga menstimulasi inisiasi
translasi.
Enzim yang Berperan Dalam Proses
Pemanjangan DNA Saat Replikasi
 REPLIKASI DNA
• Setiap sel dapat memperbanyak diri dengan cara membelah.
• Sebuah sel membelah menjadi 2 sel, 2 sel membelah
menjadi 4 sel, 4 sel membelah menjadi 8 sel dan seterusnya.
• Sebelum sel membelah, terjadi perbanyakan komponen-
komponen di dalam sel termasuk DNA.
• Perbanyakan DNA dilakukan dengan cara replikasi. Dengan
demikian, replikasi adalah proses pembuatan (sintesis) DNA
baru atau penggandaan DNA di dalam nukleus.
• Pada saat replikasi berlangsung, DNA induk membentuk
kopian DNA anak yang sama persis sehingga DNA induk
berfungsi sebagai cetakan untuk pembentukan DNA baru.
 REPLIKASI DNA lanjutan ...

Beberapa tahapan dan enzim yang berperan dalam sintesis

protein, antara lain:
a) DNA helikase, berfungsi untuk membuka rantai ganda DNA
induk.
b) Enzim primase, membentuk primer yang merupakan segmen
pendek dari RNA sebagai pemula untuk terjadinya sintesis
protein.
 REPLIKASI DNA.............
c) Dari ujung 3´ RNA primer, DNA polimerase menambahkan pasangan
basa nitrogen (dari nukleotida-nukleotida) pada rantai tunggal DNA induk
dan terbentuk rantai DNA yang bersambungan secara kontinyu (tanpa
terpisah-pisah) yang disebut leading strand.

d) Pada rantai tunggal DNA induk yang lain, DNA polimerase membentuk
lagging strand dengan memperpanjang RNA primer-RNA primer di
beberapa tempat sehingga membentuk segmen-segmen DNA baru yang
saling terpisah. Segmen-segmen itulah yang disebut fragmen Okazaki.

e) DNA polimerase yang lainnya, menggantikan RNA primer dengan DNA

dan enzim ligase menghubungkan segmen-segmen okazaki, sehingga
terbentuk salinan DNA baru. DNA baru yang telah terbentuk (identik
dengan DNA induk) akan melanjutkan tahapan untuk mensintesis protein
yaitu tahapan transkripsi dan translasi.
 REPLIKASI DNA..........
Enzim yang berperan dalam proses replikasi DNA :
1. Enzim Helicase
Enzim ini berfungsi untuk memotong untaian DNA yang doble heliks
pada proses replikasi DNA menggunakan enegi kimia.
2. Enzim topoisomerase
Berfungsi untuk membantu helicase untuk memotong untaian DNA
dengan mengurangi tegangan untaian DNA.
3. Enzim DNA polimerase
Berfungsi untuk memperpanjang untaian DNA baru.
4. Enzim Ligase
Berfungsi untuk melekatkan fragmen-fragmen okazaki.
5. Enzim Primerase
Enzim yang memungkinkan akses pembentukan RNA primer
 TRANSKRIPSI
• Transkripsi terjadi di dalam sitoplasma dan diawali
dengan membukanya rantai ganda DNA melalui kerja
enzim RNA polimerase. Sebuah rantai tunggal berfungsi
sebagai rantai cetakan atau rantai sense, rantai yang lain
dari pasangan DNA ini disebut rantai anti sense. Tidak
seperti halnya pada replikasi yang terjadi pada semua
DNA, transkripsi ini hanya terjadi pada segmen DNA
yang mengandung kelompok gen tertentu saja. Oleh
karena itu, nukleotida-nukleotida pada rantai sense
yang akan ditranskripsi menjadi molekul RNA dikenal
sebagai unit transkripsi.
 TRANSKRIPSI.............
Transkripsi meliputi 3 tahapan, yaitu:

1) Inisiasi (Permulaan)
Kumpulan antara promoter, RNA polimerase, dan faktor
transkripsi ini disebut kompleks inisiasi transkripsi.
Selanjutnya, RNA polimerase membuka rantai ganda DNA.
 TRANSKRIPSI.....................
2) Elongasi (Pemanjangan)
• RNA polimerase ini kemudian menyusun
untaian nukleotida-nukleotida RNA dengan
arah 5´ ke 3´.
• RNA mengalami pertumbuhan memanjang
seiring dengan pembentukan pasangan
basa nitrogen DNA. Pada RNA tidak
terdapat basa pirimidin timin (T),
melainkan urasil (U). Oleh karena itu, RNA
akan membentuk pasangan basa urasil
dengan adenin pada rantai DNA.
• Tiga macam basa yang lain, yaitu adenin,
guanin, dan sitosin dari DNA akan
berpasangan dengan basa komplemennya
masing-masing sesuai dengan pengaturan
pemasangan basa.
 TRANSKRIPSI...........

3) Terminasi (Pengakhiran)
Penyusunan untaian nukleotida RNA yang telah dimulai dari
daerah promoter berakhir di daerah terminator. Setelah
transkripsi selesai, rantai DNA menyatu kembali seperti
semula dan RNA polimerase segera terlepas dari DNA.
Akhirnya, RNA terlepas dan terbentuklah mRNA yang baru.
 TRANSLASI
Translasi merupakan proses
penerjemahan beberapa triplet atau
kodon dari mRNA menjadi asam amino-
asam amino yang akhirnya membentuk
protein. Urutan basa nitrogen yang
berbeda pada setiap triplet akan
diterjemahkan menjadi asam amino
yang berbeda.
Sebanyak 20 macam asam amino yang
diperlukan untuk pembentukan protein
merupakan hasil terjemahan triplet dari
mRNA.
Selanjutnya, dari beberapa asam amino
tersebut dihasilkan rantai polipeptida
spesifik dan akan membentuk protein
spesifik pula.
 TRANSLASI............
1) Inisiasi Translasi
Ribosom sub unit kecil mengikatkan diri
pada mRNA yang telah membawa sandi
bagi asam amino yang akan dibuat, serta
mengikat pada bagian inisiator tRNA.
Selanjutnya, molekul besar ribosom juga
ikut terikat bersama ketiga molekul
tersebut membentuk kompleks inisiasi.
Molekul-molekul tRNA mengikat dan
memindahkan asam amino dari
sitoplasma menuju ribosom dengan
menggunakan energi GTP dan enzim.
Kemudian, asam amino tertentu tersebut
diaktifkan oleh tRNA tertentu pula
dengan menghubungkan antikodon dan
kodon (pengkode asam amino) pada
mRNA.
 TRANSLASI.......
2. ELONGASI
Tahap pengaktifan asam amino
terjadi kodon demi kodon
sehingga dihasilkan asam amino
satu demi satu. Asam-asam
amino yang telah diaktifkan oleh
kerja tRNA sebelumnya,
dihubungkan melalui ikatan
peptida membentuk polipeptida
pada ujung tRNA pembawa asam
amino
 TRANSLASI.......
3) Terminasi
Proses translasi berhenti
setelah antikodon yang
dibawa tRNA bertemu
dengan kodon UAA, UAG,
atau UGA. Dengan demikian,
rantai polipeptida yang telah
terbentuk akan dilepaskan
dari ribosom dan diolah
membentuk protein
fungsional.
Thank you