Anda di halaman 1dari 17

SOUTHERN BLOT

Kelompok 7 :
Zulaikha Permata Swardini 152210101024
Azharia Mirza N. 152210101030
Dana Febri Nuriyanto 162210101028
Salsabila Ayundifa Putri 162210101035
Afriza Amalia 162210101038
Pengertian Blot
Southern blot

teknik memindahkan bagian


protein yang telah dipisahkan, Northern Blot
RNA atau DNA dari gel ke
lembaran tipis atau matriks
BLOT
Eastern Blot
membran agar bagian protein
tersebut mengalami imobilisasi

Western Blot
Southern Blot

Komponen- Keuntungan
Sejarah dan komponen dan kerugian
Perbedaan dan
pengertian
Mekanisme pengaplikasian
kegunaan
kerja
Southern Blot
ditemukan oleh seorang ahli biologi dari Inggris yang Edward M.
Southern
Sejarah bernama Edward M. Southern, yang mengembangkan
prosedur ini pada tahun 1975 di Universitas Edinburgh.

Merupakan proses perpindahan fragmen DNA yang


terpisah secara elektroforesis dari gel ke membran.
Prinsipnya adalah kapilaritas, dimana bufer yang
merupakan fase gerak diasumsikan akan membawa
Pengertian
fragmen DNA dari gel kemembran. Karena muatan DNA
negatif sedangkan muatan membran positif maka fragmen
DNA akan menempel (blot) pada membran
Kegunaan Southern blot
• Southern blot digunakan penemuan gen dan • Southern blot digunakan juga untuk memindahkan
pemetaan, evolusi dan studi pengembangan, DNA.
forensik dan diagnostic
• Southern blot berkombinasi gel agarose
• Dalam tingkat genetik untuk memodifikasi pada electrophoresis untuk separasi ukuran DNA dengan
organisme, Southern blot digunakan sebagai test
metoda untuk memindahkan DNA ke suatu membran
untuk memastikan bahwa bagian DNA tertentu
filter untuk pemeriksaan hybridisasi.
mengenal urutan gen
• Southern Blot digunakan untuk menganalisis
• Southern blot analysis untuk menandai karakter
keberadaan mutan yang ada pada suatu organisme
transforman
• Southern Blot digunakan untuk menentukan bobot
• Southern blot analysis bermanfaat untuk
molekular suatu restriksi fragmen dan untuk mengukur
mengidentifikasi bentuk berbeda, menentukan
sejumlah relatif dalam sample berbeda
memasukkan atau menyisipkan jumlah copy dan
untuk mendeteksi gross DNA penyusunan kembali
yang mungkin telah terjadi perubahan.
Komponen – komponen Southern Blot
Membran
Nitroselulosa
Membran digunakan sebagai
Nitroselulosa tempat hasil jiplakan
fragmen DNA dari
gel agarosa

• Merupakan suatu
fragmen DNA yang
berfungsi sebagai
DNA
probe
pelacak target gen
• Harus bersifat spesifik
dan komplemen
terhadap DNA target
Larutan buffer berfungsi untuk
membawa DNA dari gel dan
Larutan Buffer mengimobilisasi DNA pada membran
(Larutan akan bergerak dari konsentrasi
tinggi ke konsentrasi rendah

Merupakan materi atau molekul yang


DNA akan diidentifikasi pada teknik Southern
Blotting

Berfungsi untuk memotong DNA menjadi


Enzim Retriksi suatu fragmen tertentu
Mekanisme Kerja

Isolasi DNA dan Pemotongan DNA

Fragmentasi DNA dengan Elektroforesis

Transfer DNA ke Membran Nitroselulosa

Hibridisasi DNA

Deteksi DNA
1. Isolasi DNA dan Pemotongan DNA

Tahap untuk memperoleh DNA yang akan


dideteksi, Pemotongan DNA yang ingin
diperoleh dilakukan dengan menggunakan
Enzim Retriksi (endonuclease retriksi) yang
bersifat spesifik terhadap DNA
2. Fragmentasi DNA dengan
Elektroforesis

• Merupakan tahap dimana Fragmen- fragmen


dari DNA akan terpisah berdasarkan ukuran
berat molekulnya
• Berdasarkan prinsip elektroforesis, Fragmen
DNA yang ukuran berat molekulnya lebih kecil
akan lebih bergerak dari kutub negatif ke
kutub positif dibandingkan dengan fragmen
DNA dengan berat molekul lebih besar Denaturasi DNA

Ikatan hydrogen antar NaOH bersifat basa


Proses denaturasi
untai DNA yang putus sehingga dapat
DNA dilakukan
menyebabkan struktur menyebabkan
dengan merendam
DNA yang semula Double rusaknya ikatan
gel dalam larutan
Heliks menjadi DNA single hydrogen antar
denaturan (NaOH)
strand unatai DNA
3. Transfer DNA ke Membran
Nitroselulosa
DNA yang telah diperoleh kemudian ditransfer ke
membrane nitroselulosa, tahap inilah yang
disebut dengan blotting. Tahap ini dibagi menjadi
2, yaitu : berdasarkan prinsip kapilaritas dan
berdasarkan prinsip elektroforesis
• Merupakan salah atu metode tahapan
transfer DNA ke membrane nitroselulosa
Gel agarose dijiplak yang berdasarkan pada prinsip kapilaritas
pada membrane
nitroselulosa • Kapilaritas adalah peritiwa naiknya zat
cair pada pembuluh, celah atau pori pori
kecil
4. Hibridisasi DNA

• Hibridisasi DNA adalah proses pembentukan


molekul double helix dari single strand DNA probe
dan Single strand DNA target
• Tahap ini terjadi ketika membrane nitroselulosa
direndam dalam larutan yang berisi probe DNA (ss)
(diberi radioisotope)
5. Deteksi DNA

• Merupakan tahap lanjutan dari proses hibridisasi


DNA yang menggunakan pelacak/ probe
• Probe biasanya merupakan DNA yang dimurnikan
dan bisa ditandai dengan aktifitas radionukletida
• Pada tahap deteksi DNA digunakan Autoradiogram
untuk melihat lokasi sinyal DNA
Keuntungan dan kerugian
keuntungan kerugian

Akses yang lebih besar kepada molekul yang


telah terikat ke permukaan lembaran di
bandingkan kepada molekul yang masih
berada di dalam gel atau matriks Mahal

Lebih sedikit reagen yang dibutuhkan


Membutuhkan DNA yang banyak
Waktu untuk melakukan staining DNA,
destaining, inkubasi, mencuci, dll menjadi lebih
singkat
Matriks NC juga memiliki kekurangan yaitu,
beberapa komponen yang memiliki afinitas
Pola yang terbentuk dapat di keringkan dan disimpan
berbulan-bulan sebelum di analisis lemah dapat hilang selama pemrosesan

Dapat dibuat banyak replika pola tersebut untuk


memungkinkan banyak metode analisis yang di pakai
Perbedaan Southern dan Northern blot
Southern Blot Nouthern Blot
Deteksi Molekul DNA (ds) mRNA (ss)

Membran Gel Agarosa Nilon


Elektroforesis Gel Nitroselulosa Gel Agarosa Formaldehid

Perawatan Gel Pemurnian, denaturasi dan Netralisasi -

Metode Blotting Transfer melalui kapiler Transfer melalui kapiler

Probes DNA (radioaktif dan nonradioaktif) cDNA, cRNA (radioaktif dan


nonradioaktif)
Sistem Deteksi Autradiography, Chemiluminescent, Autradiography, Chemiluminescent,
Colorimetric Colorimetric