Anda di halaman 1dari 16

 Southern Blot

Kelompok 3 :
Syafira Nur H. (14-01)
Yuliana Ayu P. (14-07)
Ain Rahmania (14-13)
Hilma Imaniar (14-27)
Catur Nindita A.N. (14-29)
Novita Tansha Putri (14-39)
Feni Puspita Dewi (14-53)
Rizka Illa Chassana (14-65)
Tiara Ismihayati K. (14-99)
Sarah Faradillah S. (14-115)
Definisi
Sebuah prosedur untuk mengidentifikasi dan mengukur
jumlah sekuen DNA spesifik atau gen dalam ekstrak
campuran, sebagai pengujian mutasi atau virus

Contohnya : Untai DNA dari orang atau makhluk hidup


dilakukan penelitian , dipotong dengan enzim retriksi,
dipisahkan dengan dengan gel elektroforesis, ditransfer ke
kertas saring khusus, dan dilakukan hibridisasi
Perbandingan
 Nothern dan Southern Blot
- Sama-sama menggunakan elektroforesis
- Pada Nothern Blot mengindentifikasi sequences pada Rna
dan memisahkan fragmen RNA menggunakan gel
 Western dan Southern Blot
- Juga menggunakan elektroforesis gel
- Western Blot mengindentifikasikan protein dan
menyusunnya berdasarkan ukuran dan bentuk
Tujuan
 Untuk menganalisis keberadaan mutan yang ada pada
suatu organisme dan dapat diketahui ukuran dari gen yang
menjadi mutan pada organisme tersebut
 Untuk mendeteksi sequence DNA yang spesifik
 Dapat membantu menemukan BM dari fragmen retriksi
Metode
Metode
 Pendigestian DNA dengan enzim retriksi endonuklease
sampai terbentuk fragmen2 DNA yang lebih kecil
 DNA lalu dipisah sesuai ukuran dengan elektroforesis
agarosa
 Setelah dna terpisah,dilakukan pemindahan dna ke
membran nitroselulosa yang disebut dengan tahap blotting
 Membran nitroselulosa diletakkan pada bagian atas dari
gel agarosa
 Pada tahap blotting dengan menggunakan vakum ,
membran diletakkan pada bagian bawah gel kemudian
tekanan diberikan secara merata pada gel untuk
memastikan terjadinya kontak antara gel dengan membran
Lanjutan ... Metode
 Proses transfer berlangsung dengan memanfaatkan gaya
kapilaritas
 DNA ditransfer ke gel , membran nitroselulosa
dipanaskan dengan suhu tinggi 60-100 C , lalu membran
diberi radiasi UV agar terbentuk ikatan kovalen dan
permanen antara dna dengan membran
 Membran dicampur dengan PROBE yang telah dilabel
radioaktif , PROBE yang digunakan adalah DNA utas
tunggal yang memiliki sequences yang akan dideteksi
 PROBE diinkubasi dengan membran agar dapat
dihibridisasi dengan DNA yang ada pada membran
Lanjutan ... Metode
 Setelah proses hibridisasi , PROBE yang tidak terikat
dicuci dari membran sehingga yang tinggal hanya PROBE
yang hibrid dengan DNA di membran
 Pola hibridisasi kemudian dideteksi dengan visualisasi pada
film x-ray melalui autoradiografi
Prinsip Kerja
 Prinsip kerja dari Southern Blotting adalah transfer
molekul DNA yang telahdipisahkan oleh gel elektroforesis
ke membran nilon atau berdasarkan dengan kerja
kapilaritas
Contoh data hasil penelitian dari
“Characterization of Mycobacterium
tuberculosis Strains from Vietnamese
Patients by Southern Blot Hybridization”
Data
 Analisis southern blot dari
ikatan M. tubercolusis
setelah digesti dari DNA
kromosomal dengan Alu I
dan hibridisasi dengan
RNA probe secara
langsung terhadap klon
dari pengulangan elemen
pTBN12. Arah di kolom 8
mengindikasikan
perbedaan pita.
Data
 Analisis southern blot dari
ikatan M. tubercolusis
setelah digesti dari DNA
kromosomal dengan Pvu II
dan hibridisasi dengan
DNA probe secara
langsung terhadap
fragmen 123-bp pada
elemen IS6110.
Data
 Analisis southern blot dari
ikatan M. tubercolusis
dengan DNA kormosomal
yang dihibridisasi dengan
probe antigen 65-kDa (A)
dan probe IS6110 (B).
Interpretasi
 Digunakan untuk mengidentifikasi penyakit keturunan
(inherited disease)
 Dapat diaplikasikan pada pemetaan pemotongan dalam
penggandaan gen tunggal
 Digunakan untuk mengindentifikasi agen yang menginfeksi
sampel
 Digunakan untuk menentukan urutan DNA yang dapat
diaplikasikan pada hewan dan manusia
Misal : jika kita ingin mengetahui apakah suatu gen insulin
dari anemon laut kemudian DNA anemon laut tersebut
dipindahkan pada membran dan digunakan untuk
menyelidiki insulin kembali.
Daftar Pustaka
Lily,K.1993. Characterization of Mycobacterium tuberculosis
Strains from Vietnamese Patients by Southern Blot
Hybridization.American Society for Microbiology [Journal]
TERIMA KASIH