Anda di halaman 1dari 23

Pengantar

BIOKIMIA

Subtitle
2 4/25/2018 Add a footer
BIOKIMIA

CIRI ORGANISME HIDUP:


• kemampuan untuk mengekstrak energi dari nutrisi,
• kekuatan untuk merespons perubahan lingkungan mereka,
• kemampuan untuk tumbuh,
• untuk membedakan, dan
• untuk bereproduksi.
APAYANG DIMAKSUD DENGAN BIOKIMIA ???

STUDI KEHIDUPAN DI TINGKAT


MOLEKULER
(Garrett dan Grisham, 1999; Mathews and van Holde, 1996; Voet and
Voet, 1995; Stryer, 1995; Zubay, 1998).

3 4/25/2018 Kuliah Pertama


Apa yang dipelajari dalam biokimia ???

Menyelidiki fenomena kehidupan dengan


menggunakan metode fisika dan kimia yang
berhubungan dengan:
(a)struktur senyawa biologis (biomolekul),
(b)transformasi dan fungsi biomolekuler,
(c)perubahan yang menyertai transformasi ini,
(d)mekanisme kontrolnya, dan
(e)dampak yang timbul dari kegiatan ini.

4 4/25/2018 Add a footer


• Ciri unik dari biokimia adalah bahwa ia menggunakan prinsip dan bahasa
kimia, untuk menjelaskan peristiwa biologi pada tingkat molekuler.
Biokimia dapat dibagi menjadi tiga bidang utama:
1. Biokimia struktural berfokus pada kimia struktural komponen benda hidup
dan hubungan antara struktur kimia dan fungsi biologis.
2. Dinamika kimia dinamis berkaitan dengan totalitas reaksi kimia yang
diketahui sebagai proses metabolisme yang terjadi pada sistem kehidupan
dan peraturan mereka.
3. Informasi biokimia berkaitan dengan kimia proses dan zat yang menyimpan
dan mentransmisikan informasi biologis
Wilayah ketiga juga merupakan provinsi genetika molekuler, bidang yang
berusaha memahami faktor keturunan dan ekspresi informasi genetik dalam
genetika molekuler.

5 4/25/2018 Add a footer


6 4/25/2018 Add a footer
Unsur yang ditemukan berada pada organisme
hidup

7 4/25/2018 Add a footer


The Human Body – 75% Water

Percentage
of water that
What is the makes up
quality of each organ,
your 75%? bodily fluid
or body part.
• Di antara biomolekul, air adalah senyawa yang paling umum dalam
organisme hidup, terhitung paling sedikit 70% dari berat sebagian
besar sel, karena air merupakan pelarut utama organisme dan reagen
dalam banyak rekasi biokimia. Biolekul yang paling kompleks hanya
terdiri dari beberapa unsur kimia.
• Faktanya, lebih dari 97% berat sebagian besar organisme disebabkan
oleh enam unsur (5 dalam manusia):
1. oksigen (62,81%),
2. karbon (19,37%),
3. hidrogen (931%),
4. nitrogen (5 , 41%),
5. phosporus (0,63%), dan
6. belerang (0,64%).

9 4/25/2018 Add a footer


Ikatan kimia dalam tubuh makhluk hidup

• Selain ikatan kovalen (3000 ± 150 kJ / mol untuk ikatan tunggal) yang
menahan molekul bersama-sama, sejumlah kekuatan kimia lemah (berkisar
antara 4 sampai 30 kJ / mol) yang bekerja di antara molekul bertanggung
jawab atas banyak sifat penting biomolekul.
• Di antara interaksi nonkovalen ini adalah
1. gaya van der Waals,
2. ikatan hidrogen,
3. ikatan ionik / interaksi elektrostatik, dan
4. interaksi hidrofobik

10 4/25/2018 Add a footer


Molekul dalam organisme hidup
• Semua biomolekul berasal dari prekursor dengan berat molekul rendah yang
sangat sederhana (M.W. = 30 ± 15), seperti CO2, H2O, dan NH3, yang
diperoleh dari lingkungan.
• Prekursor ini dikonversi oleh zat hidup melalui serangkaian intermediet
metabolik (MW 150 ± 100), seperti asetat, asam α-keto, fosfat karbamid dll,
• ke biomolekul blok bangunan (MW 300 ± 150), seperti glukosa, asam amino,
asam lemak dan mononukleotida.
• Mereka kemudian dihubungkan satu sama lain secara kovalen dengan cara
tertentu dari bio macromolekul (M.W 107-104) atau biopolimer. Kimia unik
dari sistem kehidupan menghasilkan sebagian besar dari sifat
biomakromolekul yang luar biasa dan beragam.
• Macromolekul dari masing-masing kelas utama (misalnya polisakarida, lipid
bilayer, protein, asam nukleat) dapat bertindak secara individual dalam proses
seluler tertentu, sedangkan yang lainnya saling berasosiasi membentuk
struktur supramolekuler (berat partikel ˃106) seperti proteasom, ribosom ,
dan kromosom.

11 4/25/2018 Add a footer


12 4/25/2018 Add a footer
sel
• Sel adalah unit dasar kehidupan dan merupakan
setting bagi sebagian besar fenomena biokimia.
Dua kelas sel:
• eukariotik dan
• Prokariotik.
Keduanya berbeda dalam beberapa hal, namun pada
dasarnya sebagian besar sel eukariotik memiliki
nukleus dan sel prokariotik tidak memiliki nukleus.

13 4/25/2018 Add a footer


Sianobakteri

14 4/25/2018 Add a footer


Sel prokariyot Sel Eukariyot

15 4/25/2018 Add a footer


Dua kelompok prokariotik adalah
1. eubakteria dan
2. archaebacteria (archaea).
Archaea, yang meliputi :
thermoacidophiles (bakteri tahan panas dan asam),
halophiles (bakteri toleran garam),
methanogen (bakteri yang menghasilkan dari metana), hanya
ditemukan di lingkungan yang tidak biasa dimana sel-sel lain tidak dapat
bertahan.
Sel prokariotik hanya memiliki satu membran (membran plasma atau
membran sel), meskipun mereka memiliki area nuklir yang berbeda
dimana DNA melingkar tunggal dilokalisasi.

16 4/25/2018 Add a footer


17 4/25/2018 Add a footer
Sel eukariotik umumnya lebih besar daripada sel prokariotik
dan lebih kompleks dalam struktur dan fungsinya. Mereka
memiliki nukleus membran yang terpisah dan diskrit
(penyimpanan bahan genetik sel) yang didistribusikan di antara
beberapa atau banyak kromosom. Selain itu, sel eukariotik kaya
akan membran internal yang berdiferensiasi menjadi struktur
khusus seperti retikulum endoplasma dan aparatus Golgi.
Membran internal juga mengelilingi organel tertentu seperti
mitokondria, kloroplas (pada tanaman), vakuola, lisosom, dan
peroksiom. Tujuan umum dari partisi membran ini adalah
pembentukan kompartemen seluler yang memiliki fungsi
metabolik spesifik dan terorganisir. Semua organisme
multiselular kompleks, termasuk hewan (Metazoa) dan
tumbuhan (Metaphyta), adalah eukariota.

18 4/25/2018 Add a footer


Pohon dasar evolusi sel makhluk hidup

19 4/25/2018 Add a footer


Reaksi pada biokimia

Sebagian besar reaksi biokimia tidak serumit yang pada mulanya


muncul saat dipertimbangkan secara individual. Reaksi biokimia
dikatalisis enzim, dan termasuk dalam satu dari enam kategori
umum:
(1) oksidasi dan reduksi,
(2) transfer kelompok fungsional,
(3) hidrolisis,
(4) reaksi yang membentuk atau memutus ikatan karbon-karbon,
(5) reaksi yang mengatur kembali struktur ikatan sekitar satu atau
lebih karbon, dan
(6) reaksi dimana dua molekul mengembun dengan penghilangan
air.

20 4/25/2018 Add a footer


Reaksi Enzimatis
Reaksi enzimatik ini dikenal sebagai jalur metabolisme, yang
bersama-sama merupakan metabolisme sel. Jalur metabolik
dapat dianggap sebagai rangkaian reaksi yang disusun untuk
mencapai tujuan kimia tertentu. Untuk mempertahankan kondisi
homeostatik (lingkungan internal yang konstan) sel, enzim-katalis
reaksi metabolisme diatur secara rumit. Regulasi metabolik
dicapai melalui kontrol terhada:
1. kuantitas enzim (sintesis dan degradasi),
2. ketersediaan (kelarutan dan kompartemen), dan
3. aktivitas (modifikasi, asosiasi / disosiasi, efektor alosterik,
inhibitor, dan aktivator) sehingga tingkat reaksi seluler dan
fluks metabolik sesuai dengan kebutuhan seluler.

21 4/25/2018 Add a footer


Biokimia molekular
Penyelidikan terhadap kontinuitas dan evolusi organisme hidup telah
memberikan dorongan besar bagi kemajuan biokimia informasi. Molekul
DNA beruntai ganda diduplikasi semi konservatif dengan kesetiaan tinggi.
Kata-kata informasi kode tiga triplet yang dikodekan dalam urutan DNA
ditranskripsi menjadi kodon RNA messenger (mRNA) yang selanjutnya
diterjemahkan ke dalam rangkaian asam amino rantai polipeptida. Sakelar
semantik dari nukleotida ke asam amino dibantu oleh keluarga
beranggota 74 RNA transfer (tRNA). Proses melipat rantai polipeptida
selanjutnya menghasilkan molekul protein fungsional. Proses transmisi
informasi melibatkan tindakan terkoordinasi dari banyak enzim, faktor,
dan elemen pengatur. Salah satu bidang studi biokimia informasi yang
menarik adalah pengembangan teknologi DNA rekombinan (Watson et
al., 1992), yang memungkinkan kloning molekul protein yang dibuat
sesuai selera. Dampaknya terhadap kehidupan dan masyarakat modern
sangat dramatis.
22 4/25/2018 Add a footer
TUGAS
• Tugas kelompok : Membuat kalender meja dari
kosep biokimia
• Tugas Individu: Setiap mahasiswa membuat 4
soal multiple choice tentang pengantar
biokimia . Soal yang dikembangkan sudah
memenuhi unsur Higher Order Thinking Skills

23 4/25/2018 Add a footer