 El manto envuelve todo el animal, y lo divide en dos cavidades: la atrial y la visceral;

en la cavidad general del cuerpo o cavidad atrial, hay un gran saco faringeo que
posee numerosas hendiduras branquiales (estigmas) bordeadas por cilios (que
contribuyen al desplazamiento del agua hacia el sifón exhalante), y que es empleado
para realizar el intercambio gaseoso y capturar partículas alimenticias
 El aparato digestivo comienza en la boca, situada en la base del sifón inhalante y
rodeada de tentáculos sensoriales, que da entrada al saco faríngeo . A lo largo de la
pared ventral media de la faringe, se encuentra el endostilo (considerado como
precursor de la glándula tiroidea debido a la alta concentración de yodo), constituido
por un surco vertical tapizado de células mucosas y ciliadas, en donde se retienen e
impulsan hacia abajo las partículas alimenticias que contiene el agua entrante.
Desde la base del saco branquial, un corto esófago ciliado, conduce el alimento
hacia el estómago, que se encuentra fuera de la cavidad atrial (en la cavidad
visceral) y que se continúa con un intestino, el que sale de la cavidad visceral y
finaliza en un ano, situado en la base del sifón exhalante.
 El estómago cuenta con paredes glandulares gruesas que segregan enzimas
digestivas. Además cuentan con una glándula digestiva o pilórica, que consiste en
un sistema de túbulos que se ramifican por la pared intestinal, y que desembocan
en el estómago; se desconoce la función de esta glándula, aunque probablemente
sean de tipo digestivo o excretor.
 El sistema circulatorio y el respiratorio se encuentran muy relacionados; el circulatorio es
abierto, e incluye un corazón tubular con forma de “U”situado en la cavidad visceral
(celoma), cerca del estómago. De cada extremo del corazón parte un gran vaso o aorta;
uno de ellos irriga el estómago, la pared de la túnica y un lado del saco faríngeo; el otro
irriga el lado contrario del saco faríngeo. El plasma sanguíneo es incoloro y contiene
células fagocitarias y otras provistas de pigmentos (anaranjados, verdes o azules).
 En las paredes del saco branquial, hay una serie de pequeños vasos que se comunican
entre sí y con el resto de conductos del sistema circulatorio; éstos rodean las hendiduras
branquiales, y constituyen el aparato respiratorio. Los vasos anteriormente citados son
simples espacios existentes entre los tejidos y carecen de revestimiento endotelial.
 Una característica única de los tunicados es que la corriente sanguínea cambia de
sentido a cortos intervalos (2 ó 3 minutos), y que el corazón y los vasos carecen de
válvulas. La inversión del flujo sanguíneo se debe a la existencia de dos nódulos
sinoauriculares situados en los extremos del corazón y capaces de iniciar contracciones
rítmicas.
 Los tunicados carecen de órganos excretores. La función excretora puede ser realizada
de varias formas: bien mediante difusión del amoniaco por la superficie faríngea, o
mediante la acción de la glándula digestiva o pilórica ya descrita, o por los riñones de
acumulación, constituidos por un conjunto de células (nefrocitos) que circulan por el
cuerpo del animal, y que por último quedan fijas constituyendo vesículas (riñones de
acumulación) adosadas a las paredes epiteliales. En las células de los riñones de
acumulación se concentran productos de desecho, principalmente de tipo nitrogenado
(ej. ácido úrico).
 El sistema nervioso está constituido por: un ganglio cerebroideo situado en
el manto, entre los dos sifones; un plexo localizado en el lado dorsal de la
faringe, y una glándula subneural de función desconocida (probablemente
endocrina). El ganglio cerebroideo emite nervios hacia los sifones,
branquias, vísceras y el plexo. El sistema nervioso controla la apertura y
cierre de los sifones, así como los tentáculos orales que rodean la boca
 Son hermafroditas y autoestériles (no se pueden autofecundar). El ovario
está constituido por una vesícula, cuya pared es un epitelio germinativo que
se localiza en la cavidad visceral, cerca del intestino. Un oviducto sale del
ovario y paralelo al intestino alcanza la cavidad atrial, abriéndose cerca del
ano
 Los testículos se encuentran constituidos por numerosos conductos
ramificados, situados en la superficie del ovario y del intestino,
descargando en un conducto eferente, que es paralelo al oviducto.
 En los Ascidiaceos la fecundación suele ser externa, aunque en varias
especies se realiza en la cavidad atrial; si la fecundación se realiza dentro
del animal, los embriones pueden ser liberados rápidamente al medio
marino, o bien conservados dentro de la cavidad atrial durante un cierto
período de tiempo.