Oleh :

Husni Ahmad Sidiq

1 INTRODUCTION TO BIOINFORMATICS DATABASES
2 Sequence Comparsions
3 Pattrens and Profiles
4 Phylogeny
5 Structural Bioinformatics
6 Genomics
7 Proteomics
8 Pathway
Protein DNA & Protein DNA
Gene Pept GENE Gene Bank Primary
TrEMBL KEGG DDB
PDB ENA/EMBG
BIND
RefSeq - Protein RefSeq - Secondary
Genomic
Swiss - Prott -
UniPrott KB
PDB_aa PDB_nt
 GenBank : DNA DataBank Jepang (DDBJ)+Arsip
Nukleotida Eropa (ENA)+GenBank di NCBI.
 PDB : database untuk melihat struktur 3D protein
 Uniprot : Swiss-Prot + TrMBL (DB protein)
 PubMed : terdiri lebih dari 28 juta kutipan untuk
literatur biomedis dari MEDLINE, jurnal sains, dan
buku online. Kutipan dapat menyertakan tautan
ke konten teks lengkap dari situs web PubMed
Central dan penerbit.
 KEGG (Kyoto Encyclopedia of Genes and
Genomes) : PATHWAY berisi info tentang jaringan
metabolik dan pengaturannya.
 GenMania: melihat network diantara gen-gen
 Berbayar
 Data interaksi fisik dan genetik
 Diteliti dari bukti eksperimental yang diterbitkan
 Semua organisme

 Interaksi fisik menjangkau semua jenis molekul:

¢ Protein-Protein
¢ Protein-RNA
¢ Protein-DNA
¢ Molekul Protein-Kecil
¢ Dll
 Fasta

Blast

Dapat banyak Fasta

Clustal X

Bioedit

Aligment fasta

Mega
 Conservative substitution
 Digantikan dengan asam amino yang
memiliki sifat yang sama
 Semi Conservative Substitution

 Non Conservative Substitution

 HOMOLOGY
 Kesamaan karena nenek moyang yang sama

 Bisakah homologi disimpulkan dari

kesamaan?
 Terimakasih
 LOCUS : Nama Lokus_Panjang sekuen_J.Mol_
 DEFINITION
 ACCESSION
 VERSION
 GI
 KEYWORDS
 SOURCEORGANISM
 REFERENCE AUTHORS
 TITLE JOURNAL
 PUBMED