Anda di halaman 1dari 53

ASAM NUKLEAT

Pendahuluan
 Asam nukleat adalah suatu polimer nukleotida (polinukleotida) yg
berperanan dlm penyimpanan serta pemindahan informasi genetik .
 Asam nukleat terdapat dlm 2 bentuk, yi. asam deoksiribosa (DNA)
dan asam ribosa (RNA).

 Keduanya merupakan polimer linier, tidak bercabang dan tersusun


dari subunit-subunit yg disebut nukleotida

 Pada sel eukariot, DNA terdapat di dalam nukleus, mitokondria,


kloroplas sedangkan pada sel prokariot, terdapat dalam sitoplasma
atau nukleoid dan berfungsi sbg molekul hereditas atau
pewarisan sifat. Juga pada bagian plasma yang lain yang disebut
sebagai PLASMID (DNA ekstra kromosomal)

 Molekul RNA disintesis dari DNA dan berperan dalam sintesis


protein di dalam sitoplasma (ribosom)

 Satu nukleotida terdiri atas 3 bagian, yaitu gula berkarbon 5


(pentosa), basa organik heterosiklik (mengandung karbon, nitrogen
dan berbentuk datar) dan gugus fosfat bermuatan negatif, yg
membuat polimer bersifat asam.
KROMOSOM EUKARIOTIK
KONSTRUKSI SOLENOID
KROMATIN DAN KROMOSOM PADA SEL
EUKARIOTIK
SIKLUS SEL PADA EUKARIOT
karyotipe
SEL PROKARIOTIK
BEDA DNA PROKARIOT DAN EUKARIOT
Komponen dalam nukleotida pada
DNA / RNA
• 1. GULA PENTOSA
• Yang termasuk gula pentosa
adalah ribosa dan deoksiribosa
• Turunan penting dari ribosa adalah RNA
DNA
2'-deoksiribosa, sering hanya
disebut deoksiribosa, yang pada
karbon nomor 2‘nya OH digantikan
oleh H.
• Deoksiribosa ditemukan di DNA
(deoxyribonucleic acid)
• Ribosa ditemukan di RNA
(ribonucleic acid).
• Penggantian –OH oleh H di atom
C nomor 2 mempengaruhi struktur!
GULA RIBOSA
• Gula pada asam
nukleat adalah ribosa.

• Ribosa (b-D-furanosa)
adalah gula pentosa
(jumlah karbon 5). 5’
4’ 1’
• Perhatikan penomoran.
3’ 2’
• Dalam penulisan diberi
tanda prime (') untuk
membedakan
penomoran pada basa
nitrogen
PERHATIKAN

• Ikatan gula ribosa dengan basa nitrogen (pada atom


karbon nomor 1).
• Ikatan gula ribosa dengan gugus fosfat (pada atom
karbon nomor 5).
• Gugus hidroksil pada atom karbon nomor 2
2. BASA NITROGEN
• Basa nitrogen berikatan dengan ikatan-b pada
atom karbon nomor 1' dari gula ribosa atau
deoksiribosa.
• Pirimidin berikatan ke gula ribosa pada atom N-1
dari struktur cincinnya.
• Purin berikatan ke gula ribosa pada atom N-9 dari
struktur cincinnya.
BASA PIRIMIDIN DAN PURIN

Perhatikan struktur cincinnya


BASA-BASA DALAM ASAM NUKLEAT
Perhatikan atom N9 (pada purin) dan N1 (pada
pirimidin) yang berikatan dengan atom C nomor
1’ dari ribosa
DEOKSIRIBONUKLEOTIDA UTAMA
KOMPOSISI BASA PENYUSUN ASAM
NUKLEAT

Organisme A G C T
Escherichia coli 24,7 26,0 25,7 23,6
Khamir 31,3 18,7 17,1 32,9
Gandum 27,3 22,7 22,8 27,1
Salmon 29,7 20,8 20,4 29,1
Ayam 28,8 20,5 21,5 29,3
Nukleosida (Gula Ribosa yang berikatan dengan
basa nitrogen) + satu atau lebih gugus fosforil
disebut nukleotida.
• Gula ribosa yang berikatan
dengan basa nitrogen (dalam
contoh di samping adalah suatu
pirimidin, urasil dan sitosin)
pada atom karbon nomor 1‘nya
disebut ribonukleosida (dalam
contoh di samping adalah uridin
dan sitidin).
• Ribonukleosida yang
terfosforilasi pada atom karbon
nomor 5‘nya disebut
ribonukleotida (dalam contoh di
samping adalah uridilat atau
sitidilat)
• Gula 5'-deoksiribosa yang
berikatan dengan basa nitrogen
(dalam contoh di samping
adalah purin - adenin dan guanin)
pada atom karbon nomor 1‘nya
disebut deoksiribonukleosida
(dalam contoh di samping
adalah deoksiadenosin dan
deoksiguanosine).
• Deoksiribonukleosida yang
terfosforilasi pada atom karbon
nomor 5‘nya disebut
Deoksiribonukleotida (dalam
contoh di samping adalah Penyampaian Deoksiribonukleotida
biasanya dalam bentuk singkatan
deoksiadenilat dan
(misalnya) A, atau dA (deoksiA), atau
deoksiguanilat).
dAMP (deoksiadenosin monofosfat)
• Hidrolisis RNA oleh enzim
menghasilkan ribonukleosida 5’-
mono-fosfat atau ribonukleosida
3'-monofosfat.
KERAGAMAN JUMLAH FOSFAT

1
2
3
• Oleh karenanya kerangka dasar polinukleotida atau asam
nukleat tersusun atas residu fosfat dan ribosa yang
berselang-seling.
• Urutan basa dalam polinukleotida ditulis dari ujung yang
memiliki gugus fosfat di atom karbon nomor 5' ke ujung yang
memiliki gugus hidroksil di atom karbon nomor 3‘, atau biasa
disebut ujung 5' ke 3': 5'-ATGCTAGC-3'
• Perhatikan bahwa kerangka dasar polinukleotida memiliki
muatan negatif.
Monomer nukleotida dapat berikatan satu
sama lain melalui ikatan fosfodiester
antara -OH di atom C nomor 3‘nya
dengan gugus fosfat dari nukleotida
berikutnya.
Kedua ujung poli- atau oligonukleotida
yang dihasilkan menyisakan gugus
fosfat di atom karbon nomor 5'
nukleotida pertama dan gugus
hidroksil di atom karbon nomor 3'
nukleotida terakhir.
Sifat asam nukleat
 Sifat-sifat fisika-kimia asam nukleat meliputi stabilitas asam nukleat,
pengaruh asam, pengaruh alkali, denaturasi kimia, viskositas, dan
kerapatan apung.

Stabilitas asam nukleat ditentukan oleh interaksi penempatan (stacking


interactions) antara pasangan-pasangan basa. Artinya, permukaan basa
yang bersifat hidrofobik menyebabkan molekul- molekul air
dikeluarkan dari sela-sela perpasangan basa sehingga perpasangan
tersebut menjadi kuat.
Ex:
Di dalam asam pekat dan suhu tinggi, misalnya HClO4 dengan suhu lebih
dari 100ºC, asam nukleat akan mengalami hidrolisis sempurna menjadi
komponen-komponennya. Namun, di dalam asam mineral yang lebih
encer, hanya ikatan glikosidik antara gula dan basa purin saja yang putus
sehingga asam nukleat dikatakan bersifat apurinik
 Pengaruh alkali terhadap asam nukleat mengakibatkan terjadinya
perubahan status tautomerik basa.
 Sebagai contoh,
 peningkatan pH akan menyebabkan perubahan struktur guanin dari
bentuk keto menjadi bentuk enolat karena molekul tersebut
kehilangan sebuah proton. Selanjutnya, perubahan ini akan
menyebabkan terputusnya sejumlah ikatan hidrogen sehingga pada
akhirnya rantai ganda DNA mengalami denaturasi.

 Sejumlah bahan kimia diketahui dapat menyebabkan denaturasi asam


nukleat pada pH netral. Contoh yang paling dikenal adalah urea
(CO(NH2)2) dan formamid (COHNH2).

 Pada RNA denaturasi berlangsung perlahan dan bersifat acak karena


bagian rantai ganda yang pendek akan terdenaturasi lebih dahulu
daripada bagian rantai ganda yang panjang.
 Pada DNA, denaturasi terjadi sangat cepat dan bersifat koperatif karena
denaturasi pada kedua ujung molekul dan pada daerah kaya AT akan
mendestabilisasi daerah-daerah di sekitarnya.
 Suhu ketika molekul asam nukleat mulai mengalami denaturasi
dinamakan titik leleh atau melting temperature (Tm).
• Turunan penting dari
ribosa adalah 2'-
deoksiribosa, sering
hanya disebut
deoksiribosa, yang pada
karbon nomor 2‘nya OH
digantikan oleh H.
• Deoksiribosa ditemukan di
DNA (deoxyribonucleic
acid) DNA RNA
• Ribosa ditemukan di RNA
(ribonucleic acid).
• Penggantian –OH oleh H
di atom C nomor 2
mempengaruhi struktur!
Bentuk ASAM NUKLEAT
a.RNA
Ribonukleotida adalah
penyusun RNA

RNA
Beda struktur RNA dan DNA
MASALAH RNA: KETIDAKSTABILAN

 DNA, yang memiliki H sebagai pengganti OH di atom C


nomor 2’, lebih stabil
Deoksiribonukleotida adalah
penyusun DNA

Deoksiribonukleotida
DNA
• DNA terdiri atas dua
rangkaian heliks anti-paralel
(paralel berlawanan arah)
yang melilit ke kanan suatu
poros.
• Ukuran lilitan aadalah 36 Å,
yang mengandung 10.5
pasangan basa per putaran.
• Kerangka yang berselang-
seling antara gugus
deoksiribosa dan fosfat
terletak di bagian luar.
• Ikatan hidrogen antara basa
purin dan pirimidin terletak d
bagian dalam.
D
Model model RNA
Watson-Crick base pairing
• Basa penyusun suatu benang DNA
yang antiparallel tidak sama
melainkan bersifat komplemen
terhadap benang pasangannya.

• Basa C berpasangan dengan G,


sedangkan A dengan T. Hal ini
sangat bemanfaat dalam kaitan
untuk penyimpanan dan
pemindahan.
 DNA dobel heliks dapat dikopi secara persis karena
masing-masing untai mengandung sekuen nukleotida
yang persis berkomplemen dengan sekuen untai
pasangannya. Masing-masing untai dapat berperan
sebagai cetakan untuk sintesis dari untai komplemen baru
yang identik dengan pasangan awalnya.
• DNA mengandung gen, informasi yang mengatur
sintesis protein dan RNA.
• DNA mengandung bagian-bagian yang menentukan
pengaturan ekspresi gen (promoter, operator, dll.)
• Ribosomal RNA (rRNA) merupakan komponen dari
ribosom, mesin biologis pembuat protein
• Messenger RNAs (mRNA) merupakan bahan
pembawa informasi genetik dari gen ke ribosom
• Transfer RNAs (tRNAs) merupakan bahan yang
menterjemahkan informasi dalam mRNA menjadi
urutan asam amino
• RNAs memiliki fungsi-fungsi yang lain, di antaranya
fungsi-fungsi katalis
Prosesnya....
Kesimpulan
 Dari uraian di atas dapat disimpulkan beberapa fungsi
dari asam nukleat;

 menyimpan, menstransmisi, dan mentranslasi informasi


genetik; (dapat dilihat pada macam-macam DNA)
 metabolisme antara(intermediary metabolism) ;
(dikarena asam nukleat adalah penyusun utama nukleus
sebagai tempat pusat metabolisme sel terjadi)
 reaksi-reaksi informasi energi;
 koenzim pembawa energi; (ex: ATP adalah salah satu
contoh nukleotida asam nukleat bebas yang berperan
sebagai pembawa energi
 koenzim pemindah asam asetat, zat gula, senyawa
amino dan biomolekul lainnya;
 koenzim reaksi oksidasi reduksi.