DETEKSI DINI PREEKLAMPSIA MENGGUNAKAN

SIRKULASI RNA NON-CODING KECIL

Jurnal olehYoffe L, Gilam A,Yaron O, Polsky A, Farberov L, Syngelaki A, Nicolaides

K, Hod M, Shomron N
Nama : Anjar Arum Siti Masitoh
(P27824416049)
 Preeklampsia adalah salah satu komplikasi kehamilan yang paling berbahaya, dan
penyebab utama kematian dan morbiditas ibu dan perinatal. Meskipun gejala klinis
muncul terlambat, tapi penyakit sudah mulai muncul, dan karenanya deteksi sudah layak
pada trimester pertama. Dalam penelitian ini, peneliti menyelidiki kelimpahan sirkulasi
RNA non-coding kecil di plasma ibu hamil pada trimester pertama mereka, mencari
transkrip yang paling baik memisahkan sampel preeklamsia dari wanita hamil yang
sehat.
 Tes deteksi sudah layak pada minggu 10-14. Dalam penelitian yang baru-
baru ini diterbitkan, ditemukan bahwa pemberian aspirin dari 11 hingga
14 minggu kehamilan menghasilkan insiden PE yang lebih rendah
dibandingkan dengan plasebo. Selanjutnya, Rogerge dkk. menemukan
bahwa efek aspirin dosis rendah untuk pencegahan PE hanya optimal
ketika dimulai sebelum atau pada usia kehamilan 16 minggu. Oleh karena
itu, yang dapat diandalkan yang akan mendeteksi risiko yang lebih tinggi
untuk mengembangkan PE pada tahap awal kehamilan, sebelum kehamilan
minggu 16.
 Untuk tujuan ini, peneliti melakukan sekuens RNA non-coding kecil dari
75 preeklamsia dan sampel kontrol, dan mengidentifikasi 25 transkrip yang
diekspresikan secara berbeda antara preeklamsia dan kelompok kontrol.
Selanjutnya, peneliti menggunakan transkrip tersebut dan membuat jalur
pipa untuk klasifikasi preeklampsia yang diawasi. Saluran pipa kami
menghasilkan model regresi logistik menggunakan validasi silang 5 kali lipat
pada banyak partisi acak ke dalam pelatihan dan set tes buta. Dengan
menggunakan prosedur klasifikasi ini, kami mencapai nilai AUC rata-rata
0,86. Temuan ini menunjukkan nilai prediksi sirkulasi RNA non-coding kecil
pada trimester pertama, menjamin pemeriksaan lebih lanjut, dan
meletakkan dasar untuk memproduksi alat diagnostik awal non-invasif
baru untuk preeklamsia, yang dapat mengurangi risiko yang mengancam
jiwa untuk kedua ibu dan janin.
RNA non-coding kecil (ncRNAs) adalah jenis beragam molekul RNA yang tidak
diterjemahkan (<200 nukleotida) yang merupakan bagian dari output genom
yang terenkripsi, . n nRNA kecil yang paling umum diketahui adalah mikroRNA
(miRNAs), yang ~ 22 nukleotida panjang Molekul RNA yang mengatur ekspresi
gen dengan memfasilitasi degradasi mRNA atau dengan menghambat translasi
protein. N nRNA kecil lainnya meliputi:
• RNA nukleolus kecil (snoRNA), yang memodulasi biogenesis dan aktivitas
ribosom dengan modifikasi pasca-transkripsi RNA ribosom (rRNA) ,;
• RNA nuklir kecil (snRNA), yang memfasilitasi mRNA splicing dan mengatur
inisialisasi transkripsi-tion; dan
• Transfer RNA (tRNA) - ncRNA kecil yang paling melimpah - yang berperan
dalam penerjemahan
MiRNA memiliki peran penting baik dalam proses plasentasi, dan
dalam regulasi uterus dalam respons ammatory . MiRNA juga terkait
dengan banyak mekanisme lain yang terkait dengan patogenesis PE
termasuk angiogenesis, hipoksia, pengaturan tekanan darah dan
diferensiasi sel, apoptosis, dan migrasi / remodelling. Selain itu,
dalam beberapa tahun terakhir, spesies miRNA yang berlimpah dan
diungkap secara berbeda dalam sampel plasenta dari PE dan sampel
kontrol telah dilaporkan , yang membuka kemungkinan untuk
menemukan penanda baru yang efektif untuk diagnosis PE. Selain
itu, miRNAs beredar dalam darah ibu, yang terkait dengan risiko
preeklampsia,
Characteristic Control (n =40) PE (n =35) p-value

Maternal age, years (IQR) 31.3 (25.9–34.6) 29.9 (28.1–34.5) 0.9200

Body Mass Index, kg/m2 (IQR) 24.1 (22.6–28.7) 28.4 (24.4–31.7) 0.0125
Gestational age, weeks (IQR) 12.8 (12.3–13.2) 12.7 (12.2–13.1) 0.3916

Crown-rump length, mm (IQR) 63.9 (57.5–70.2) 62.9 (56.2–67.9) 0.3029

Mean arterial pressure (MAP), mm Hg (IQR) 83.2 (79.4–87.7) 97.1 (90.1–108.7) <0.0001

Uterine artery pulsatility index (UT PI) (IQR) 1.5 (1.3–1.7) 2.5 (2–2.8) <0.0001

Gestational age at delivery, weeks (IQR) 39.8 (39.4–40.7) 31.4 (29.4–33.2) <0.0001

Birth weight, g (IQR) 3,420 (3,198–3,578) 1,222 (951–1,565) <0.0001

Fetal Gender, n(%) 0.65

female 22 (55) 17 (42.5)

male 18 (45) 18 (45)

Ethnicity, n(%) 0.2848

Afro-Caribbean 15 (37.5) 19 (54.3)

South Asian 1 (2.5) 1 (2.9)

Caucasian 24 (60) 15 (42.9)

Cigarette smokers, n(%) 0.11

No smoker 34 (85) 34 (97.1)

Smoker 6 (15) 1 (2.9)

Family history of preeclampsia, n(%) 0.41

Yes 2 (5) 4 (11.4)

No 38 (95) 31 (88.6)

Parity, n(%) 0.0018

Multiparous with no previous PE 15 (37.5) 6 (17.1)

Multiparous with previous PE 0 (0) 8 (22.9)

Nulliparous 25 (62.5) 21 (60)

Chronic hypertension, n(%) 0.001

Yes 0 (0) 8 (22.9)

Karakteristik klinis PE dan kelompok kontrol. Perbandingan
karakteristik ibu dan kehamilan antara kedua kelompok:
wanita hamil yang telah mengembangkan preeklamsia (PE)
dan wanita hamil dengan kehamilan tanpa komplikasi
(kontrol). Nilai-P dihitung menggunakan tes pasti Fisher
untuk variabel kategori, dan menggunakan uji Mann-
Whitney U untuk variabel kontinu.
 Mean Fold Adjusted

Transcript Transcript ID Transcript Biotype Counts Change P-Value p-Value

mitochondrially encoded tRNA proline ENST00000387461 Mitochondrial tRNA 490 4.25 1.65 ×10−16 1.57 ×10−14

mitochondrially encoded tRNA lysine ENST00000387421 Mitochondrial tRNA 433 2.27 3.43 ×10−6 1.63 ×10−4

microRNA 182 ENST00000385255 miRNA 1,325 0.54 5.45 ×10−6 1.73 ×10−4

microRNA 10b ENST00000385011 miRNA 7115 0.50 8.96 ×10−6 2.13 ×10−4

mucin 2, oligomeric mucus/gel−forming ENST00000361558 processed transcript 901 2.34 1.68 ×10−5 3.19 ×10−4

microRNA 25 ENST00000384816 miRNA 5,585 0.61 5.38 ×10−5 6.39 ×10−4

RP11–259O2.3-001 ENST00000514519 lincRNA 409 2.97 4.92 ×10−5 6.39 ×10−4

microRNA 4433b ENST00000581329 miRNA 473 1.71 4.98 ×10−5 6.39 ×10−4

mitochondrially encoded tRNA histidine ENST00000387441 Mitochondrial tRNA 247 1.95 9.21 ×10−5 9.72 ×10−4

HELLP associated long non-coding RNA ENST00000626826 macro lncRNA 729 2.02 1.08 ×10−4 1.03 ×10−3

microRNA 99b ENST00000384819 miRNA 344 0.65 1.57 ×10−4 1.31 ×10−3

microRNA 143 ENST00000385300 miRNA 1,632 0.62 1.66 ×10−4 1.31 ×10−3
mitochondrially encoded tRNA valine ENST00000387342 Mitochondrial tRNA 664 1.99 2.11 ×10−4 1.54 ×10−3

microRNA 151a ENST00000521276 miRNA 10,021 0.75 5.68 ×10−4 3.85 ×10−3

microRNA 191 ENST00000384873 miRNA 31,187 0.75 6.26 ×10−4 3.97 ×10−3

RNA, 5.8 S ribosomal pseudogene 4 ENST00000365096 rRNA 1,652 1.68 1.65 ×10−3 9.21 ×10−3
mitochondrially encoded tRNA serine 2
(AGU/C) ENST00000387449 Mitochondrial tRNA 1,250 1.72 1.61 ×10−3 9.21 ×10−3

microRNA 146b ENST00000365699 miRNA 1,323 0.75 2.67 ×10−3 1.41 ×10−2

microRNA 221 ENST00000385135 miRNA 587 1.44 3.97 ×10−3 1.98 ×10−2

mitochondrially encoded tRNA tyrosine ENST00000387409 Mitochondrial tRNA 173 1.53 4.41 ×10−3 2.09 ×10−2

mitochondrially encoded 16 S RNA ENST00000387347 Mitochondrial tRNA 6,218 1.63 4.82 ×10−3 2.18 ×10−2

microRNA let-7g ENST00000362280 miRNA 1,073 1.27 9.85 ×10−3 4.26 ×10−2

long intergenic non-protein coding RNA 324 ENST00000315707 lincRNA 1,087 1.50 1.03 ×10−2 4.27 ×10−2

AC113133.1-201 (microRNA-486) ENST00000612171 miRNA 17,569 0.70 1.11 ×10−2 4.38 ×10−2

AC020956.3-001 ENST00000614316 lincRNA 902 1.71 1.18 ×10−2 4.47 ×10−2

Diungkapkan secara jelas ncRNA kecil pada PE vs sampel kontrol.
Setiap transkrip paling melimpah di dalam plasma wanita diuji
untuk ekspresi yang berbeda dalam 35 PE vs. 40 sampel kontrol,
dan 25 transkrip ditemukan diekspresikan secara berbeda (FDR
disesuaikan p-value <0,05).
Dengan menggunakan analisis sekuensing RNA kecil, peneliti mengidentifikasi perubahan
yang signifikan dalam kelimpahan ncRNA yang bersirkulasi dalam sampel plasma maternal
kehamilan trimester pertama PE, dibandingkan dengan kehamilan tanpa komplikasi. Tujuh
dari transkrip yang diatur sebelumnya (dan tidak ada yang diatur turun) adalah tRNA dan
rRNAS yang dikodekan dalam mitokondria. Semakin banyak bukti menunjukkan bahwa
disfungsi mitokondria dimanifestasikan oleh stres oksidatif, gangguan diferensiasi, dan
invasi trofoblast, yang telah dikaitkan dengan patho-genesis PE. Apalagi Qiu dkk.
menemukan bahwa kemungkinan PE berkorelasi positif dengan jumlah salinan DNA
mitokondria dalam darah ibu. Hasil kami menunjukkan bahwa selain mitokondria DNA,
mitokond-drial non-coding RNA mungkin juga dikaitkan dengan perkembangan PE. Sejauh
pengetahuan kami, ini adalah bukti pertama dari peningkatan kadar nRNA mitokondria
pada plasma ibu pasien PE. Penelitian prospektif lebih lanjut diperlukan untuk menilai hasil
ini dan untuk menyelidiki mekanisme melalui perubahan RNA mitokondria yang berperan
dalam patogenesis PE.
Kit, dan quanti ed menggunakan spektrofotometer NanoDrop (ND-1000).
Parameter absorbansi spektrofotometri dari sampel adalah: 260 / Ekstraksi
nikNA Kecil dan Sequencing. RNA diekstrak melalui miRNeasy Serum / Plasma
280 nm ~ 1.8 dan 260/230 nm ~ 1.8. Tempat RNA kecil disiapkan untuk
pengurutan mendalam menggunakan kit persiapan sampel RNA kecil TruSeq
Illumina. Selama proses ini, sampel diikat dengan 3 ′ dan 5 ′ adapter, reverse-
ditranskrip dan kemudian diamplifier menggunakan PCR. Tempat cDNA
disiapkan dari 140-160 bp produk PCR (mewakili 20-40 n RNA molekul) dan
diurutkan di jalur terpisah pada instrumen Illumina HiSeq 2500 di Satuan
Sequencing urutan tinggi Technion.
 Sequencing Reads Profiling dan Analisis Ekspresi Diferensial. Pembacaan urutan
dianalisis sebagai berikut:

\ 1. \ alat fastq-mcf digunakan untuk kliping sekuens adaptor, kualitas rendah

mendasarkan pemangkasan dan penyaringan singkat membaca (yaitu, membaca
dengan kurang dari 16 nt).
\ 2. \ Pembacaan dipetakan terhadap ensembl database untuk ncRNAs manusia rilis
8393 menggunakan Burrows – Wheeler transform based alignment tool (BWA) 94.
Hanya dipetakan secara unik membaca hingga 2 ketidaksesuaian dianggap.
SUMBER JURNAL

Early Detection of Preeclampsia Using Circulating Small non-coding RNA. - PubMed –

NCBI

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/29467498