Oleh Dersi Boba Repi Hermina R. Dhane Maria F. K. Hurint Rizal Lian Riki Manekun Genomik Genomik : bidang yang Genom manusia: mempelajari genome a. Genom nukleus (keseluruhan informasi genetik b. Genom mitokondrial yang dimiliki suatu sel atau organisme) untuk memahami bagaimana suatu organisme bekerja, dan apa akibat dari interaksi antar gen serta pengaruh lingkungan terhadapnya. Ukuran genome dinyatakan dalam bp atau base pair, yaitu jumlah pasangan nukleotida dalam DNA. Manusia : ±3 miliar bp 1. Genom Inti • Istilah genom inti (nuclear genome) pada eukariota mengacu pada informasi genetik berupa kromosom, di dalam inti sel • Genom inti pada manusia terdiri dari 3.200.000.000 nukleotida dari DNA • Tersusun dari 24 kromosom yang terdiri dari 22 autosom dan 2 kromosom sex yaitu X dan Y.
2. Genom Mitokondria • Merupakan molekul DNA yang berbentuk sirkuler tertutup dan berada pada matriks mitokondria (organel yang memproduksi energi). • Berukuran 16.569 pasang basa dan ukurannya lebih kecil daripada genom inti • Genom mitokondria (mtDNA) terkemas lebih tertutup daripada genom inti, kecil dan kompak, serta tidak mempunyai intron. • Genom mitokondria mempunyai 37 gen. • 13 gen mengkode protein dalam respirasi kompleks, komponen biokimia penting dari mitokondria penghasil energi. Dua puluh empat (24) gen yang lain mengkode molekul RNA non-coding (22 tRNA dan 2 rRNA) yang dibutuhkan Genom mitokondria Organisasi genom mitokondria • Sebagian besar eukariot mempunyai genom mitokondria. • Setiap genom mitokondria manusia berisi sekitar 10 molekul yang serupa, ada 8000 per sel dan tidak mempunyai intron. • Genom mitokondria berisi gen pengkode rRNA non-coding dan beberapa komponen protein rantai respirasi, yang merupakan biokimia penting mitokondria. • Genom yang lain juga mengkode tRNA, protein ribosomal, dan protein yang terlibat dalam transkripsi, translasi dan transport protein lain ke dalam mitokondria dari sitoplasma. Manfaaat kajian Aplikasi genomik genomik
Mengkatalogkan gen-gen * Toxicity testing
pada makhluk hidup, gen * Cross spesies seperti apa yang dapat extrapolation menimbulkan penyakit * Understanding atau menciptakan bibit mechanism of action unggul, selain itu kita uga * Susceptibility bisa mengklarifikasikan gen. Transkriptomik
Untuk memahami fungsi Dan untuk memahami
dari sebuah sel, kita hal tersebut maka perlu dapat menggunakan studi dipelajari produk dari transkriptomik yang genom yaitu protein (molekul dinamis) serta mengungkap aspek mRNA (penghubung antara transkrip dari gen. kode genetik dg fungsi dari molekul yang membuat sel bekerja). .
* Pada saat ini, teknologi RNAseq memberikan solusi untuk
konstruksi bank cDNA. Teknologi ini menggunakan pendekatan yang sama seperti sekuensing DNA, hanya saja sampel yang digunakan adalah RNA yang kemudian disintesis menjadi Cdna * Teknologi RNAseq tersebut merupakan salah satu pendekatan untuk mengumpulkan data transkriptomik, yg kemudian disimpan dalam sebuah basis data yang berfungsi sebagai transcriptomic resources.
*Untuk menentukan transkriptom dan membuat
perbandingan diantara transkriptom yang berbeda dapat menggunakan microarray dan cDNA chip. *Dalam mempelajari transkriptom peneliti banyak menggunakan Saccharomyces cerevisiae karena hanya mengandung kurang dari 6000 gen yang cocok untuk pembelajaran transkriptom. Manfaaat kajian Aplikasi transkriptomik transkriptomik
• Memahami keterkaitan antara • Aplikasinya dalam
genom dan fungsi dari sebuah penyaringan, pengesahan sel. dan pembangunan produk • Menentukan kapan dan berasaskan herba. dimana sebuah atau set dari • Diaplikasikan pada berbagai gen aktif atau non-aktif pada tanaman untuk berbagai tipe sel dan jaringan. mengidentifikasi satu set • Memperoleh pemahaman famili gen yang berperan yang lebih dalam tentang penting dalam respon bagaimana perubahan terhadap gas etilen. aktivitas transkripsi berpengaruh terhadap respon terhadap penyakit atau stres. Proteomik
Proteomik adalah studi skala besar protein,
khususnya struktur dan fungsi. Protein adalah bagian penting dari organisme hidup, karena mereka adalah komponen utama dari jalur metabolisme fisiologis sel. Proteome adalah komplemen seluruh protein. Sekarang diketahui bahwa mRNA tidak selalu diterjemahkan menjadi protein, dan jumlah protein yang dihasilkan untuk tergantung pada mRNA gen itu ditranskripsi dari dan pada keadaan fisiologis sel saat itu. Menggunakan 2-D elektroforesis
Setelah protein dipisahkan dan dihitung, protein
harus diidentifikasi dengan spektrometri massa.
Analisis 2 hibrid ragi
Protein microarrays Kromatografi imunoafinitas diikuti spektrometri massa Manfaaat kajian Aplikasi proteomik proteomik
• Mengkaji modifikasi pada • Diagnosa kanker
akhir translasi protein • Diagnosa penyakit diabetes • Indentifikasi target protein baru untuk obat • Analisis tumor atau kanker • Membandingkan antara jaringan normal dan jaringan sakit • Membandingkan antara jaringan sakit dan jaringan yang mendapatkan pengobatan Metabolomik Metabolomik: studi yang Ada dua kelas metabolit. mempelajari mengenai • Metabolit primer atau dasar metabolit yang terkandung sumber prekursor sebagai dalam suatu organisme kerangka dasar produksi sebagai salah satu produk metabolit sekunder. Misalnya akhir dari proses sintesis sel karbohidrat, asam amino, dan dan level dari metabolomik lipid. diketahui sebagai hasil akhir dari sistem biologi terhadap • Metabolit sekunder: senyawa perubahan genetik dan yang tidak dibutuhkan untuk lingkungan sekitar dari bertahan hidup dan organisme tersebut. pertumbuhan, tapi dianggap berperan penting dalam Metabolit yang disintesis dari kelangsungan hidup dan adptasi suatu organisme menjelaskan terhadap perubahan kondisi metabolom. lingkungan. o Finger printing (sidik 1. Preparasi sampel jari) 2. Ekstraksi o Metabolomik 3. Analisis metabolit o Profiling metabolite menggunakan pendekatan o Analisis metabolit metabolomik target 4. Analisa data dan interpretasi data Manfaaat kajian Aplikasi metabolomik metabolomik
• Analisis informatif untuk • Evaluasi obat
mengkarakterisasi dan • Toksikologi klinik mengidentifikasi senyawa yang • Nutrigenomic diinginkan. • Genom fungsional • Prediksi berbagai fenotip melalui analisis multivariat dengan menggunakan data metabolom sebagai variabel penjelas. • Untuk menentukan metabolit yang bertanggung jawab untuk klasifikasi sampel menurut jenis atau untuk tujuan diskriminatif. SEKIAN DAN TERIMA KASIH
Dokumen Serupa dengan Genomik, Transkriptomik, Proteomik & Metabolomik
