GENOMIK, TRANSKRIPTOMIK,

PROTEOMIK DAN METABOLOMIK

Oleh
 Dersi Boba Repi
 Hermina R. Dhane
 Maria F. K. Hurint
 Rizal Lian
 Riki Manekun
 Genomik
 Genomik : bidang yang Genom manusia:
mempelajari genome a. Genom nukleus
(keseluruhan informasi genetik b. Genom mitokondrial
yang dimiliki suatu sel atau
organisme) untuk memahami
bagaimana suatu organisme
bekerja, dan apa akibat dari
interaksi antar gen serta
pengaruh lingkungan
terhadapnya.
 Ukuran genome dinyatakan
dalam bp atau base pair,
yaitu jumlah pasangan
nukleotida dalam DNA.
 Manusia : ±3 miliar bp
1. Genom Inti
• Istilah genom inti (nuclear genome) pada eukariota mengacu pada
informasi genetik berupa kromosom, di dalam inti sel
• Genom inti pada manusia terdiri dari 3.200.000.000 nukleotida dari DNA
• Tersusun dari 24 kromosom yang terdiri dari 22 autosom dan 2
kromosom sex yaitu X dan Y.

2. Genom Mitokondria
• Merupakan molekul DNA yang berbentuk sirkuler tertutup dan berada
pada matriks mitokondria (organel yang memproduksi energi).
• Berukuran 16.569 pasang basa dan ukurannya lebih kecil daripada genom
inti
• Genom mitokondria (mtDNA) terkemas lebih tertutup daripada genom
inti, kecil dan kompak, serta tidak mempunyai intron.
• Genom mitokondria mempunyai 37 gen.
• 13 gen mengkode protein dalam respirasi kompleks, komponen biokimia
penting dari mitokondria penghasil energi. Dua puluh empat (24) gen
yang lain mengkode molekul RNA non-coding (22 tRNA dan 2 rRNA)
yang dibutuhkan
 Genom mitokondria
Organisasi genom mitokondria
• Sebagian besar eukariot mempunyai
genom mitokondria.
• Setiap genom mitokondria manusia
berisi sekitar 10 molekul yang serupa,
ada 8000 per sel dan tidak mempunyai
intron.
• Genom mitokondria berisi gen
pengkode rRNA non-coding dan
beberapa komponen protein rantai
respirasi, yang merupakan biokimia
penting mitokondria.
• Genom yang lain juga mengkode tRNA,
protein ribosomal, dan protein yang
terlibat dalam transkripsi, translasi dan
transport protein lain ke dalam
mitokondria dari sitoplasma.
 Manfaaat kajian
Aplikasi genomik
genomik

Mengkatalogkan gen-gen * Toxicity testing

pada makhluk hidup, gen * Cross spesies
seperti apa yang dapat extrapolation
menimbulkan penyakit * Understanding
atau menciptakan bibit mechanism of action
unggul, selain itu kita uga * Susceptibility
bisa mengklarifikasikan
gen.
 Transkriptomik

 Untuk memahami fungsi  Dan untuk memahami

dari sebuah sel, kita hal tersebut maka perlu
dapat menggunakan studi dipelajari produk dari
transkriptomik yang genom yaitu protein
(molekul dinamis) serta
mengungkap aspek mRNA (penghubung antara
transkrip dari gen. kode genetik dg fungsi dari
molekul yang membuat sel
bekerja).
.

* Pada saat ini, teknologi RNAseq memberikan solusi untuk

konstruksi bank cDNA. Teknologi ini menggunakan pendekatan
yang sama seperti sekuensing DNA, hanya saja sampel yang
digunakan adalah RNA yang kemudian disintesis menjadi Cdna
* Teknologi RNAseq tersebut merupakan salah satu pendekatan
untuk mengumpulkan data transkriptomik, yg kemudian disimpan
dalam sebuah basis data yang berfungsi sebagai transcriptomic
resources.

*Untuk menentukan transkriptom dan membuat

perbandingan diantara transkriptom yang berbeda dapat
menggunakan microarray dan cDNA chip.
*Dalam mempelajari transkriptom peneliti banyak
menggunakan Saccharomyces cerevisiae karena hanya
mengandung kurang dari 6000 gen yang cocok untuk
pembelajaran transkriptom.
 Manfaaat kajian
transkriptomik
• Memahami keterkaitan antara
genom dan fungsi dari sebuah
sel.
• Menentukan kapan dan
dimana sebuah atau set dari
gen aktif atau non-aktif pada
berbagai tipe sel dan jaringan.
• Memperoleh pemahaman
yang lebih dalam tentang
bagaimana perubahan
aktivitas transkripsi
berpengaruh terhadap respon
terhadap penyakit atau stres.
Aplikasi
transkriptomik
• Aplikasinya dalam
penyaringan, pengesahan
dan pembangunan produk
berasaskan herba.
• Diaplikasikan pada berbagai
tanaman untuk
mengidentifikasi satu set
famili gen yang berperan
penting dalam respon
terhadap gas etilen.
 Proteomik

 Proteomik adalah studi skala besar protein,

khususnya struktur dan fungsi.
 Protein adalah bagian penting dari organisme
hidup, karena mereka adalah komponen utama
dari jalur metabolisme fisiologis sel.
 Proteome adalah komplemen seluruh protein.
 Sekarang diketahui bahwa mRNA tidak selalu
diterjemahkan menjadi protein, dan jumlah
protein yang dihasilkan untuk tergantung pada
mRNA gen itu ditranskripsi dari dan pada keadaan
fisiologis sel saat itu.
Menggunakan 2-D elektroforesis

Setelah protein dipisahkan dan dihitung, protein

harus diidentifikasi dengan spektrometri massa.

Analisis 2 hibrid ragi

Protein microarrays
Kromatografi
imunoafinitas diikuti
spektrometri massa
 Manfaaat kajian Aplikasi
proteomik proteomik

• Mengkaji modifikasi pada • Diagnosa kanker

akhir translasi protein • Diagnosa penyakit diabetes
• Indentifikasi target protein
baru untuk obat
• Analisis tumor atau kanker
• Membandingkan antara
jaringan normal dan jaringan
sakit
• Membandingkan antara
jaringan sakit dan jaringan
yang mendapatkan
pengobatan
 Metabolomik
 Metabolomik: studi yang
mempelajari mengenai
metabolit yang terkandung
dalam suatu organisme
sebagai salah satu produk
akhir dari proses sintesis sel
dan level dari metabolomik
diketahui sebagai hasil akhir
dari sistem biologi terhadap
perubahan genetik dan
lingkungan sekitar dari
organisme tersebut.
 Metabolit yang disintesis dari
suatu organisme menjelaskan
metabolom.
Ada dua kelas metabolit.
• Metabolit primer atau dasar
sumber prekursor sebagai
kerangka dasar produksi
metabolit sekunder. Misalnya
karbohidrat, asam amino, dan
lipid.
• Metabolit sekunder: senyawa
yang tidak dibutuhkan untuk
bertahan hidup dan
pertumbuhan, tapi dianggap
berperan penting dalam
kelangsungan hidup dan adptasi
terhadap perubahan kondisi
lingkungan.
o Finger printing (sidik 1. Preparasi sampel
jari) 2. Ekstraksi
o Metabolomik 3. Analisis metabolit
o Profiling metabolite menggunakan pendekatan
o Analisis metabolit metabolomik
target 4. Analisa data dan
interpretasi data
 Manfaaat kajian Aplikasi
metabolomik metabolomik

• Analisis informatif untuk • Evaluasi obat

mengkarakterisasi dan • Toksikologi klinik
mengidentifikasi senyawa yang • Nutrigenomic
diinginkan. • Genom fungsional
• Prediksi berbagai fenotip
melalui analisis multivariat
dengan menggunakan data
metabolom sebagai variabel
penjelas.
• Untuk menentukan metabolit
yang bertanggung jawab untuk
klasifikasi sampel menurut jenis
atau untuk tujuan diskriminatif.
 SEKIAN
DAN
TERIMA KASIH