Anda di halaman 1dari 15

GENOMIK, TRANSKRIPTOMIK,

PROTEOMIK DAN METABOLOMIK

Oleh
 Dersi Boba Repi
 Hermina R. Dhane
 Maria F. K. Hurint
 Rizal Lian
 Riki Manekun
Genomik
 Genomik : bidang yang Genom manusia:
mempelajari genome a. Genom nukleus
(keseluruhan informasi genetik b. Genom mitokondrial
yang dimiliki suatu sel atau
organisme) untuk memahami
bagaimana suatu organisme
bekerja, dan apa akibat dari
interaksi antar gen serta
pengaruh lingkungan
terhadapnya.
 Ukuran genome dinyatakan
dalam bp atau base pair,
yaitu jumlah pasangan
nukleotida dalam DNA.
 Manusia : ±3 miliar bp
1. Genom Inti
• Istilah genom inti (nuclear genome) pada eukariota mengacu pada
informasi genetik berupa kromosom, di dalam inti sel
• Genom inti pada manusia terdiri dari 3.200.000.000 nukleotida dari DNA
• Tersusun dari 24 kromosom yang terdiri dari 22 autosom dan 2
kromosom sex yaitu X dan Y.

2. Genom Mitokondria
• Merupakan molekul DNA yang berbentuk sirkuler tertutup dan berada
pada matriks mitokondria (organel yang memproduksi energi).
• Berukuran 16.569 pasang basa dan ukurannya lebih kecil daripada genom
inti
• Genom mitokondria (mtDNA) terkemas lebih tertutup daripada genom
inti, kecil dan kompak, serta tidak mempunyai intron.
• Genom mitokondria mempunyai 37 gen.
• 13 gen mengkode protein dalam respirasi kompleks, komponen biokimia
penting dari mitokondria penghasil energi. Dua puluh empat (24) gen
yang lain mengkode molekul RNA non-coding (22 tRNA dan 2 rRNA)
yang dibutuhkan
Genom mitokondria
Organisasi genom mitokondria
• Sebagian besar eukariot mempunyai
genom mitokondria.
• Setiap genom mitokondria manusia
berisi sekitar 10 molekul yang serupa,
ada 8000 per sel dan tidak mempunyai
intron.
• Genom mitokondria berisi gen
pengkode rRNA non-coding dan
beberapa komponen protein rantai
respirasi, yang merupakan biokimia
penting mitokondria.
• Genom yang lain juga mengkode tRNA,
protein ribosomal, dan protein yang
terlibat dalam transkripsi, translasi dan
transport protein lain ke dalam
mitokondria dari sitoplasma.
Manfaaat kajian
Aplikasi genomik
genomik

Mengkatalogkan gen-gen * Toxicity testing


pada makhluk hidup, gen * Cross spesies
seperti apa yang dapat extrapolation
menimbulkan penyakit * Understanding
atau menciptakan bibit mechanism of action
unggul, selain itu kita uga * Susceptibility
bisa mengklarifikasikan
gen.
Transkriptomik

 Untuk memahami fungsi  Dan untuk memahami


dari sebuah sel, kita hal tersebut maka perlu
dapat menggunakan studi dipelajari produk dari
transkriptomik yang genom yaitu protein
(molekul dinamis) serta
mengungkap aspek mRNA (penghubung antara
transkrip dari gen. kode genetik dg fungsi dari
molekul yang membuat sel
bekerja).
.

* Pada saat ini, teknologi RNAseq memberikan solusi untuk


konstruksi bank cDNA. Teknologi ini menggunakan pendekatan
yang sama seperti sekuensing DNA, hanya saja sampel yang
digunakan adalah RNA yang kemudian disintesis menjadi Cdna
* Teknologi RNAseq tersebut merupakan salah satu pendekatan
untuk mengumpulkan data transkriptomik, yg kemudian disimpan
dalam sebuah basis data yang berfungsi sebagai transcriptomic
resources.

*Untuk menentukan transkriptom dan membuat


perbandingan diantara transkriptom yang berbeda dapat
menggunakan microarray dan cDNA chip.
*Dalam mempelajari transkriptom peneliti banyak
menggunakan Saccharomyces cerevisiae karena hanya
mengandung kurang dari 6000 gen yang cocok untuk
pembelajaran transkriptom.
Manfaaat kajian Aplikasi
transkriptomik transkriptomik

• Memahami keterkaitan antara • Aplikasinya dalam


genom dan fungsi dari sebuah penyaringan, pengesahan
sel. dan pembangunan produk
• Menentukan kapan dan berasaskan herba.
dimana sebuah atau set dari • Diaplikasikan pada berbagai
gen aktif atau non-aktif pada tanaman untuk
berbagai tipe sel dan jaringan. mengidentifikasi satu set
• Memperoleh pemahaman famili gen yang berperan
yang lebih dalam tentang penting dalam respon
bagaimana perubahan terhadap gas etilen.
aktivitas transkripsi
berpengaruh terhadap respon
terhadap penyakit atau stres.
Proteomik

 Proteomik adalah studi skala besar protein,


khususnya struktur dan fungsi.
 Protein adalah bagian penting dari organisme
hidup, karena mereka adalah komponen utama
dari jalur metabolisme fisiologis sel.
 Proteome adalah komplemen seluruh protein.
 Sekarang diketahui bahwa mRNA tidak selalu
diterjemahkan menjadi protein, dan jumlah
protein yang dihasilkan untuk tergantung pada
mRNA gen itu ditranskripsi dari dan pada keadaan
fisiologis sel saat itu.
Menggunakan 2-D elektroforesis

Setelah protein dipisahkan dan dihitung, protein


harus diidentifikasi dengan spektrometri massa.

Analisis 2 hibrid ragi


Protein microarrays
Kromatografi
imunoafinitas diikuti
spektrometri massa
Manfaaat kajian Aplikasi
proteomik proteomik

• Mengkaji modifikasi pada • Diagnosa kanker


akhir translasi protein • Diagnosa penyakit diabetes
• Indentifikasi target protein
baru untuk obat
• Analisis tumor atau kanker
• Membandingkan antara
jaringan normal dan jaringan
sakit
• Membandingkan antara
jaringan sakit dan jaringan
yang mendapatkan
pengobatan
Metabolomik
 Metabolomik: studi yang Ada dua kelas metabolit.
mempelajari mengenai • Metabolit primer atau dasar
metabolit yang terkandung sumber prekursor sebagai
dalam suatu organisme kerangka dasar produksi
sebagai salah satu produk metabolit sekunder. Misalnya
akhir dari proses sintesis sel karbohidrat, asam amino, dan
dan level dari metabolomik lipid.
diketahui sebagai hasil akhir
dari sistem biologi terhadap • Metabolit sekunder: senyawa
perubahan genetik dan yang tidak dibutuhkan untuk
lingkungan sekitar dari bertahan hidup dan
organisme tersebut. pertumbuhan, tapi dianggap
berperan penting dalam
 Metabolit yang disintesis dari kelangsungan hidup dan adptasi
suatu organisme menjelaskan terhadap perubahan kondisi
metabolom. lingkungan.
o Finger printing (sidik 1. Preparasi sampel
jari) 2. Ekstraksi
o Metabolomik 3. Analisis metabolit
o Profiling metabolite menggunakan pendekatan
o Analisis metabolit metabolomik
target 4. Analisa data dan
interpretasi data
Manfaaat kajian Aplikasi
metabolomik metabolomik

• Analisis informatif untuk • Evaluasi obat


mengkarakterisasi dan • Toksikologi klinik
mengidentifikasi senyawa yang • Nutrigenomic
diinginkan. • Genom fungsional
• Prediksi berbagai fenotip
melalui analisis multivariat
dengan menggunakan data
metabolom sebagai variabel
penjelas.
• Untuk menentukan metabolit
yang bertanggung jawab untuk
klasifikasi sampel menurut jenis
atau untuk tujuan diskriminatif.
SEKIAN
DAN
TERIMA KASIH