BIOINFORMATIKA

PRAKTIKUM BIOKIMIA

DEPARTEMEN KIMIA
FAKULTAS SAINS DAN MATEMATIKA
UNIVERSITAS DIPONEGORO
2018
http://bit.ly/SoftwareBioinformatika
 Latar Belakang

Perc 7 PCR Scanning & contig Validasi & verifikasi

01 02 03 04

 Isolasi DNA  elektroforegram  Scaning : SeqScanner  Data gen valid 

 baca satu untai DNA ncbi
 Hasilnya ATGC
 Penggabungan : DNA
Baser
 Data sama gabungkan
jd 1

3
 BIOINFORMATIKA

01 DNA

02 Gen 16s rRNA

What do you think about ... 03 ANALISA FILOGENIK

04 NCBI, BLAST-n, Metode Boostrap

05 MUTASI

4
DNA
 Asam deoksiribonukleat, suatu polimer umumnya terletak
di sel.

 Menyimpan informasi genetik untuk menentukan struktur

semua protein, untuk menentukan aktivitas organisme
sepanjang siklus hidupnya, dan untuk menentukan
kekhususan organisme tertentu.

5
Gen 16s rRNA
 komponen dari 30S subunit kecil ribosom prokariotik

Digunakan untuk identifikasi bakteri karena,

• Tidak terlalu panjang dan tidak terlalu pendek, 900-1500 bp.

• Dimiliki oleh setiap spesifik bakteri.

• Gen ini relative konstan, mutasi lambat.

16s rRNA  gen penyusun utama ribosom, ±60%  letak di DNA

6
 Filogenetik molekuler merupakan teknik yang mengkombinasikan
metode molekuler dan statistik dalam menentukan hubungan
kekerabatan.

Analisa Filogenik Tujuan untuk menganalisis adanya proses evolusi dan

menyajikannya dalam bentuk pohon filogenetik yang secara
grafis menunjukkan kekerabatan antar spesies atau gen terhadap
waktu.

7
 National Centre for Biotechnology Information

Basic Local Alignment SearchTool of Nucleotide.

BLAST adalah alat perangkat lunak yang dimanfaatkan untuk

NCBI menganalisis dua sekuens dalam rangka untuk memutuskan
apakah ada kemiripan urutan antara dua sekuens.
BLAST-n Nucleotide blast (blast-n), membandingkan suatu sekuen

Bootstrap nukleotida yang kita miliki dengan database sekuen nukleotida.

Bootstrap adalah teknik berbasis komputer untuk menilai

keakuratan hampir semua perkiraan statistik. Analisis bootstrap
adalah metode yang menguji seberapa baik set data model.

8
MUTASI
 Mutasi adalah perubahan materi genetik (gen atau kromosom) suatu
sel yang diwariskan kepada keturunannya. Mutasi Gen :

• Penggantian/substitusi pasangan basa, terjadi karena penggantian

satu nukleotida dengan pasangannya di dalam untaian DNA
komplementer dengan pasangan nukleotida lain.

• Insersi dan delesi. Insersi merupakan penyisipan atau penambahan

satu atau lebih nukleotida ke dalam rantai polinukleotida. Delesi adalah
pengurangan satu atau lebih pasangan nukleotida pada suatu gen saat
replikasi DNA.

9
 STEP

BLAST-n
01
ALIGNMENT
02
Kontruksi Pohon Filogeni
03

10
 mencari gen sampel password ilovebiochemistry
1. buka ncbi.nlm.nih.gov
2. Pada search, pilih “Nucleotide”
3. ketik 16s rRNA nama bakteri
4. cari yang 800 bp-1500bp (untuk 16s rRNA, umumnya 1500
bp)
5. buka FASTAnya, copy paste ke Notepad++
6. ganti nama setelah > dengan namamu
 mencari kekerabatan (BLAST-n)

1.buka ncbi.nlm.nih.gov
2.pilih BLAST di menu kanan
3.pilih “Nucleotide BLAST”
4.upload file FASTA di “Enter Query Sequence”, atau copas
5.dari notepad++
6.Pada Choose Search Set, Database, pilih Others (nr etc.),
7.pilih 16S ribosomal RNA sequences (Bacteria and Archaea)
8.Paling bawah, tekan BLAST
9.select all, download .FASTA (complete sequence)
10.file seqdump.txt, buka di notepad++
11.copy-paste sequence dari fasta sampel asli ke seqdump
12.save as file seqdump dengan format .FASTA
 Membandingkan urutan sequence tiap gen 16s rRNA (bioedit)

1.open file seqdump.FASTA

2.seleksi 25 data saja
3.masukkan kembali sampel asli (tanpa mutasi) ke bioedit
4.save as .FASTA
5.File Graphic View
6.threshold 50%  redraw
7.save
 proses Alignment (penjajaran)

1. open file FASTA

2. pilih yg Align
3. Data Export Alignment  MEGA format
4. Protein coding, pilih NO
5. Alignment pilih Clustal W/Muscle
6. OK
 filogenetik

1.masing-masing Alignment dicoba 3

jenis filogeni (NJ, Parsimony, Max
Likelihood)
2.buka MEGA awal
3.Phylogeny, pilih Satu
 LAPORAN

1. Bakteri
Semua tentang bakteri sampel

3. Filogeni 2. Alignment
Metode yg digunakan, perbandingan Metode yg digunakan, perbandingan
metode, cara/mekanisme penjajarannya metode, cara/mekanisme penjajarannya

5. Kekerabatan 4. Boostrap

16
Thank you!
Any questions?