Anda di halaman 1dari 18

APLIKASI PCR dalam FORENSIK

Oleh
Wenti DF, M.Si
Konsep dasar PCR
Teknik PCR dikembangkan oleh Kary B. Mulis th 1985
Konsep asli teknologi PCR mensyaratkan bahwa bagian
tertentu sekuen DNA yang akan dilipatgandakan harus
diketahui lebih dahulu sebelum proses pelipatgandaan
Sekuen yang diketahui tersebut penting untuk menyediakan
primer, yaitu sekuens oligonukleotioda pendek yang berfungsi
mengawali sintesis rantai DNA dalam reaksi berantai polimerasi
Komponen PCR
1. DNA cetakan : DNA yang akan dilipatgandakan.
Fungsi DNA templat di dalam proses PCR adalah sebagai
cetakan untuk pembentukan molekul DNA baru yang sama.
Templat DNA ini dapat berupa DNA kromosom, DNA plasmid
ataupun fragmen DNA apapun asal di dalam DNA templat
tersebut mengandung fragmen DNA target yang dituju
Komponen PCR
2. Oligonukleotida primer
yaitu suatu sekuen oligonukleotida pendek (15 – 25 basa nukleotida) digunakan
untuk mengawali sintesis rantai DNA. Primer yang digunakan dalam PCR ada dua
yaitu oligonukleotida yang mempunyai sekuen yang identik dengan salah satu rantai
DNA cetakan pada ujung 5’-fosfat, dan oligonukleotida yang kedua identik dengan
sekuen pada ujung 3’OH rantai DNA cetakan yang lain.
Komponen PCR
3. Deoksiribonukleotida trifosfat (dNTP Shanghai
ShineGene Molecular Biotech,Inc. (2009) menyatakan bahwa
campuran dNTP adalah larutan air pada pH 7,0 yang
mengandung dATP, dCTP, dGTP dan dTTP, masing-masing
pada konsentrasi akhir baik 10mm atau 25mm
Komponen PCR
4. DNA Polimerase
DNA polymerase yang digunakan dalam PCR adalah fragmen
Klenow DNA polymerase I yang berasal dari Escherichia coli
(Mullis dan Fallona, 1989). Fragmen Klenow adalah DNA
polymerase yang telah dihilangkan aktivitas eksonuklease (5’ →
3’)-nya
Beberapa kelemahan fragmen Klenow antara lain adalah bahwa
enzim ini tidak tahan panas, laju polemerase untuk
menggabungkan nukleotida dengan suatu primer secara terus-
menerus tanpa terdisosiasi dari komplek primer-DNA cetakan
Macam DNA Polimerase
1. Taq DNA Polimerase
2. Tth DNA Polimerase
3. Pwo DNA Polimerase
4. Pfu DNA Polimerase dan Tli DNA Polimerase
5. PCR Buffer dan konsentrasi Mg2+
Tahapan Proses PCR
 DENATURASI, proses memisahkan DNA menjadi utas
tunggal yang dapat mengakibatkan hilangnya aktivitas enzim
polimerase
 ANNEALING, proses penempelan primer
 ELONGASI, proses pemanjangan DNA
APLIKASI PCR
Untuk aplikasi PCR dibidang klinis tersebut, telah
dikembangkan berbagai macam teknis berbasis PCR, antara
lain:
1. RFLP-PCR (restriction fragment lenght polymorphisms),
dimanfaatkan untuk deteksi polimorfisme
2. AFLP-PCR (amplification fragment lenght polymorphisme) ,
digunakan untuk membedakan isolat atau spesies yang
berbeda berdasarkan daerah enzim restriksi (polimorfisme
daerah restriksi)
APLIKASI PCR
3. VNTR-PCR (variable number of tandem repeat sequence), dan
STR-PCR (short tandem repeats). Teknik ini sering digunakan
untuk tujuan forensi
4. Skreening / deteksi mutasi berbasis PCR
Macam sampel yang digunakan dalam
PCR
 fragmen DNA kuno dari gajah purba (mammoth) berbulu
yang telah membeku selama 40.000 tahun;
 DNA dari sedikit darah;,
 jaringan, atau air mani yang ditemukan di tempat kejadian
perkara kriminal;
 DNA dari sel embrionik tunggal untuk diagnosis kelainan
genetik sebelum kelahiran dan
 DNA gen virus dari sel yang diinfeksi oleh virus yang sulit
terdeteksi seperti HIV
TEKNIK DAN APLIKASI PCR
 Teknik dan aplikasi PCR dapat disebutkan sebagai berikut:
kloning hasil PCR; sekuensing hasil PCR; kajian evolusi
molekular; deteksi mutasi ( penyakit genetik; determinasi
seks pada sel prenatal; kajian forensik (tersangka kriminal,
tersangka ayah pada kasus paternal); dan masih banyak
lainnya.
Penggunaan PCR dalam berbagai
kebutuhan
1. Isolasi Gen
Berkat teknologi rekayasa genetik, kini mereka dapat mengisolasi gen
penghasil insulin dari DNA genome manusia, lalu menyisipkannya ke
sel bakteri (dalam hal ini E. coli) agar bakteri dapat memproduksi
insulin juga. Hasilnya insulin yang sama persis dengan yang dihasilkan
dalam tubuh manusia, dan sekarang insulin tinggal diekstrak dari
bakteri, lebih cepat, mudah, dan tentunya lebih murah ketimbang
cara konvensional yang harus ‘mengorbankan’ sapi atau babi. Untuk
mengisolasi gen, diperlukan DNA pencari atau dikenal dengan nama
‘probe’ yang memiliki urutan basa nukleotida sama dengan gen yang
kita inginkan. Probe ini bisa dibuat dengan teknik PCR menggunakan
primer yang sesuai dengan gen tersebut.
2. DNA Sequencing, Urutan basa suatu DNA dapat ditentukan
dengan teknik DNA Sequencing
3. Forensik,
4. Diagnosa penyakit
MANFAAT PCR
 Memperkuat gen spesifik sebelum diklon.
 Membuat fragmen gen DNA secara berlimpah
 Dapat mendeteksi DNA gen virus yang sulit untuk dideteksi
 Dapat mendeteksi/ mendiagnosis DNA sel embrionik yang
mengalami kelainan sebelum dilahirkan.
 Bidang kedokteran forensik. Contohnya mendeteksi penyakit
yang dapat menginfeksi, variasi dan mutasi dari gen.
 Mengetahui hubungan kekerabatan antar spesies atau untuk
mengetahui dari mana spesies tersebut berasal.
 Melacak asal usul seseorang dengan membandingkan “finger
print”
KELEBIHAN PCR
 Memiliki spesifisitas tinggi Sangat cepat,
 dapat memberikan hasil yang sama pada hari yang sama
 Dapat membedakan varian mikroorganisme Mikroorganisme
yang dideteksi tidak harus hidup Mudah di set up
KELEMAHAN PCR
 Sangat mudah terkontaminasi
 Biaya peralatan dan reagen mahal
 Interpretasi hasil PCR yang positif belum tervalidasi untuk
semua penyakit infeksi (misalnya infeksi pasif atau laten)
 Teknik prosedur yang kompleks dan bertahap membutuhkan
keahlian khusus untuk melakukannya
TERIMAKASIH