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Instituto Politécnico Nacional

Escuela Nacional de Medicina y


Homeopatía
Sección de Estudios de Posgrado e
Investigación
Maestría en Ciencias en Biomedicina Molecular
Bioinformática
D. en C. Absalom Zamorano Carrillo

Working with RNA


Bioinformatics for Dummies

Beatriz Lucero Alcántara Vega


Medico Cirujano y Homeópata
Promoción agosto 2018
• En este capitulo aprenderemos a:
• Buscar bases de datos de moléculas de ARN
• Predecir la estructura secundaria de una molécula de ARN.
• Buscar de ARN no codificantes en Internet
Bioinformatics for Dummies: Working with RNA
Trabajando con ARN
• Analisis computacional del ARN
• ARN
• Transporta y transmite información genética (como el ADN)
• Funciones catalíticas (al igual que las proteínas).
• ARN es mucho más predecible que el ADN o proteínas
• Se presta bien para el análisis informático.
Bioinformatics for Dummies: Working with RNA

Búsqueda de bases de
datos y genomas de
secuencias de ARN
Bioinformatics for Dummies: Working with RNA
Bioinformatics for Dummies: Working with RNA

Búsqueda de ARNt en un
genoma
Búsqueda de ARNt en un genoma
Búsqueda de ARNt en un genoma
Búsqueda de ARNt en un genoma
Búsqueda de ARNt en un genoma
Búsqueda de ARNt en un genoma
Búsqueda de ARNt en un genoma
Búsqueda de ARNt en un genoma
Búsqueda de ARNt en un genoma
Búsqueda de ARNt en un genoma
BIOINFORMATICS FOR DUMMIES: WORKING WITH RNA

Predicción, modelado y diseño de


estructuras secundarias de ARN
• 1970  ARN con estructura 2D y 3D
• Obedecen leyes que parecen mucho más simples y mucho más predecibles
que las leyes que reinan en el mundo de las proteínas.
• Muchas de las estructuras secundarias de corto y largo alcance del ARN se
basan en el emparejamiento de bases estándar de Watson y Crick, tal como
lo hace el ADN.
Usando Mfold
Usando Mfold
BIOINFORMATICS FOR DUMMIES: WORKING WITH RNA

Usando Mfold
• Implementa el algoritmo de Zuker
• Permite predecir la estructura secundaria energéticamente óptima de una
molécula de ARN.
• Toma en cuenta parámetros físicos realistas que afectan el plegamiento del
ARN
• pH
• Temperatura
• Sesgo de composición local de su ARN.
Usando Mfold
Usando Mfold
Usando Mfold
Usando Mfold
Usando Mfold
Usando Mfold
Usando Mfold
Usando Mfold
Usando Mfold
Interpretación de los resultados de
Mfold
• Buscar la estructura secundaria que produce la menor energía
• Mientras más estable sea la conformación que predice el
pliegue, más probable será que esta interacción sea correcta
Usando Mfold
• Dot Plot
• Muestra los tallos que forman parte del pliegue óptimo
de tu secuencia.
• Un tallo se muestra como una diagonal negra,
perpendicular a la principal diagonal.
• Interacción distal (es decir, pares que involucran
nucleótidos muy lejos) entre sí) aparece como
diagonales cerca de la parte superior derecha (o
esquina izquierda inferior.
• Las diagonales de colores indican estructuras
secundarias subóptimas. El color varía de rojo (el
mejor) a amarillo (el peor).
Usando Mfold
• Seccion “Estructuras individuales”
• Contiene datos relativos a las diversas estructuras que mfold ha computado. La
estructura optima es la de hasta arriba.
• También indica la energía libre de su estructura. (debe ser lo más bajo posible)
• Para una molécula que tiene alrededor de 200 bases de largo, debe esperar una energía libre
inferior a –50 Kcal para considerarla
Usando Mfold
• Sección de comparaciones de plegado de la gráfica de puntos
• Permite comparar el pliegue de varias soluciones subóptimas.
Usando Mfold
Forzando una interacción en Mfold

Interacción de nucleótidos
10, 11 y 12 con 20, 21 y
22: F, 10, 22, 3
Bioinformatics for Dummies: Working with RNA

Búsqueda de miRNAs y
siRNAs
Búsqueda de miRNAs y siRNAs
Búsqueda de miRNAs y siRNAs
Bioinformatics for Dummies: Working with RNA

Análisis del ARN


Gratis, por todo el internet
Bioinformatics for Dummies: Working with RNA
Estudio de la evolución a través del
ARN ribosomal
Estudio de la evolución a través del ARN ribosomal
Bioinformatics for Dummies: Working with RNA
Búsqueda de pequeños ARN no codificantes
Bioinformatics for Dummies: Working with RNA

Fuentes de ARN Genericos


Búsqueda de ARN en un genoma