ASAM NUKLEAT DAN SINTESIS

PROTEIN

BIOSEL 2010 1
STRUKTUR ASAM NUKLEAT

• Asam nukleat terdiri atas: Gula 5 karbon

(pentosa): Deoksiribosa (DNA) atau
ribosa (RNA); Basa nitrogen; dan osfat

BIOSEL 2010 2
 STRUKTUR ASAM NUKLEAT
Gula pentosa
5’

OH CH2 OH
O

4’
H H 1’
H
H

3’ 2’
OH H
Deoksiribosa
BIOSEL 2010 3
 5’

OH CH2 OH
O

4’
H H 1’
H
H

3’ 2’
OH OH

Ribosa

BIOSEL 2010 4
 Basa nitrogen

NH2
O
H
6 N 6 N
N N
1 5 7 1 5 7
8 8
2 4 2 4 9
9
3 N NH2 3 N
N N
H H

Adenin Purin Guanin

BIOSEL 2010 5
 NH2 O

H
4 4 CH3
N N
3 5 3 5

2 2 6
6
1 1
O O
N N

H
H

Sitosin Pirimidin Thymin

BIOSEL 2010 6
 O

H
4 H
N
3 5

2 6
1
O
N

Urasil

BIOSEL 2010 7
• Nukleosida adalah struktur yang terbentuk
oleh adanya ikatan antara gula pentosa dan
basa nitrogen dengan ikatan glikosidik
• Basa akan selalu terikat pada posisi 1’ dari
pentosa
• Titik ikatan pada basa adalah
posisi-1 (N-1) pada Pirimidin
dan posisi-9 (N9) pada Purin

BIOSEL 2010 8
BIOSEL 2006 9
 • DNA: adalah sebuah polinukleotida
• Terbentuk ketika 5’ fosfat dari satu
nukleotida berikatan dengan 3’ -OH dari
nukleotida yang lain, dengan cara
menghilangkan gugus -OH dari posisi 3’
• Ikatan 3’ - 5’ disebut ikatan posphodiester

BIOSEL 2010 10
 NH2

4
5 N
3
-
O 2
6
5’ 1
-
O P
O
O CH2 N
O NH2
O 4’
H H
H
H N 6
N
3’ 7 5 1
2’
O H 8
5’ 2
9 4
-
O P O CH2 N 3
O N
O
4’
H H
H
H

3’ 2’
OH H
11
• Pada umumnya DNA adalah double helix
• Kedua rantai yang terpisah saling memilin,
searah jarum jam (right-handed), dan
terdapat 10 bp/putaran
• Ikatan gula dan fosfat berada diluar dan
basa-basa bertumpuk satu dengan lainnya di
bagian tengah
• Dua pita dalam double helix membentuk
major dan minor grooves

BIOSEL 2010 12
• Kedua pita DNA dihubungkan secara non-
kovalen oleh ikatan hidrogen antara dua basa
dari dua pita yang berlawanana
• Kedua pita tersusun antiparallel
• Kedua pita bersifat komplimen
• Ikatan hidrogen bersifat khusus/unik

BIOSEL 2010 13
 3
CH
5

6
O

4
H

1
NH

H
3

2
N
N 6

H
N
7 5

O
1
8
4 2
9
N 3
N

BIOSEL 2010 14
 H
N
H

4
5
O N 3
6
H 2
N 6 1
N N
7 5 1
O
8 H
9 2 H
4
N 3 N
N
H H

15
16
• Sekuen basa pada DNA mengkode
informasi genetik

BIOSEL 2010 17
 SINTESIS PROTEIN

Gen adalah segmen DNA yang mengkode

sebuah protein tertentu / segmen DNA yang
dapat ditranskripsi

BIOSEL 2010 18
 DNA

3’ Template/antisense/noncoding strand 5’

5’ Nontemplate/sense/coding strand 3’

BIOSEL 2010 19
 • Sekuen DNA selalu ditulis 5’ - 3’
• Sekuen DNA biasanya adalah dari
Nontemplate/coding/sense strand

BIOSEL 2010 20
 mRNA protein Sifat

translasi ekspresi

transkripsi

BIOSEL 2010 21
 • Kode genetika: 43 = 64 kodons
• Hanya 20 asam amino, sehingga 1 asam
dikodekan oleh lebih dari satu kodon; dikenal
dengan Degenerasi/redundansi
• Kodon berbeda yang mengkode Asam
amino yang sama disebut sinonim
• Variasi kodon tersebut terjadi pada basa
ketiga. Gejala ini disebut Wobble position
• Valin: GUU, GUC, GUA, GUG

BIOSEL 2010 22
• Dari ke 64 kodon tsb, hanya 61 yang
mengkode AA.
• 1 start kodon = Metionin (AUG)
• 3 termination kodon UAG, UGA, UAA

BIOSEL 2010 23
• ORF (Open Reading Frame) adalah satu set
kodon yang berjalan berturutan, yang
dimulai dengan start kodon dan diakhiri
dengan stop kodon

BIOSEL 2010 24
Promoter coding Termination
sequence sequence

Promoter initiates transcription; affects

when, where, and how much gene product
is produced.
Termination sequence marks end of gene

BIOSEL 2010 25
 TRANSKRIPSI

• Adalah proses sintesis RNA dari sekuen

DNA sebuah gen oleh ensim RNA polymerase
• RNA diproduksi dengan menggunakan
template/anti-sense/non-coding strand
• RNA merupakan copy dari non-
template/sense/coding strand

BIOSEL 2010 26
 mRNA PROCESSING
• Hasil proses transkripsi sebuah gen
yang mengkode protein adalah sebuah
pre-mRNA
• Pre-mRNA (pada eukariotik) terdiri
dari intron dan exon

27
 mRNA PROCESSING
1. Langkah pertama: Splicing, yaitu
menghilangkan sekuen non-coding
(intron), sehingga menghasilkan mRNA
tanpa intron
2. Langkah kedua: 5’Capping, yaitu
menambahkan 7-methylguanosin (GTP
+ CH3), pada ujung 5’ untuk
menghindari degradasi exonuklease
pada ujung 5’

28
 mRNA PROCESSING
3. Langkah ketiga: 3’ Polyadenilatin,
yaitu menambahkan ± 250 Adenin
pada ujung 3’, sehingga membentuk
ekor poli-A, untuk menghindari
degradasi exonuklease pada ujung 3’
Setiap mRNA pasti mengandung ekor
poli-A.

BIOSEL 2010 29
BIOSEL 2010 30
 tRNA PROCESSING
• Sebanyak 74 – 95 nukleotida RNA
membentuk struktur berbentuk daun
cengkih (cloverleaf structure)

BIOSEL 20010 31
 tRNA
3’
A
C
Acceptor arm
C
5’

TC arm
dHU arm
Optional arm

Anticodon arm

32
• Acceptor arm: memiliki ujung CCA3’,
yang tidak berpasangan, dan
merupakan titik pengikatan tRNA
dengan Asam Amino
• Anticodon arm: berperan untuk
mengenali dan melekatkan diri pada
codon dalam mRNA

BIOSEL 2010 33
 rRNA PROCESSING
• rRNA terbentuk dari asosiasi antara
ribosom dengan RNA
• Ribosom Prokariotik 70S
• Ribosom Eukariotik 80S

BIOSEL 2010 34
 TRANSLASI

• Adalah proses sintesis protein dalam sel

• mRNA akan menentukan sekuen AA
dalam sebuah protein
• Peran tRNA sangat penting karena akan
mengantarkan AA ke dalam ribosom

BIOSEL 2010 35
 • terdapat 31 – 40 tRNA
• Sehingga 1 AA kemungkinan akan
dibawa oleh > 1 tRNA
• tRNA berbeda yang membawa AA yang
sama disebut Isoacceptors

BIOSEL 2010 36
 PROSES TRANSLASI

1. AA akan berikatan dengan tRNA pada

proses yang disebut
Aminoacylation/charging, yang
kemudian akan mengenali kodon pada
mRNA
2. Pengenalan antikodon (tRNA) dengan
kodon (mRNA) dengan prinsip
komplementaritas pasangan basa

BIOSEL 2010 37
3. Tahapan translasi:
a. Inisiasi (Initiation): adalah pengikatan
ssRibosom dengan mRNA membentuk
sebuah “inisiation complex”
• Proses ini dimulai dari AUG (met)
sehingga kodon ini disebut ‘translation
initiation codon”

BIOSEL 2010 38
b. Pemanjangan/elongation:
• Dimulai dengan penggabungan
lsRibosom pada inisiation complex
• Sehingga terbentuk 2 buah ruangan
pada kompleks, dimana satu ruangan
telah diisi oleh tRNA Met, dan ruangan
yang kedua diisi oleh tRNA yang
ditentukan oleh kodon kedua dari
mRNA.

BIOSEL 2010 39
• Kompleks ini kemudian akan bergeser
kearah 3’ (downstream) sehingga
ruangan pertama akan disi oleh tRNA
kedua, dan ruangan kedua akan diisi
oleh tRNA ketiga yang ditentukan oleh
kodon ketiga dst.

BIOSEL 2010 40
c. Terminasi (termination):
• tRNA tidak akan mampu berikatan
dengan termination codon
• Terdapat beberapa protein yang
disebut “Release Factors” yang akan
mengenali kodon stop (UAA, UAG,
UGA), dan akan menambahkan air
pada polipeptida, sehingga terjadi
pelepasan polipeptida.

BIOSEL 2010 41
BIOSEL 2010 42
• Dilanjutkan dengan pelepasan ribosom
dari mRNA.

Biosel 2010 43