ISOLATION, IDENTIFICATION &

PRESERVATION OF INDUSRTIAL
MICRO-ORGANISMS.
 Microbial
preservation

POINTS TO BE DISCUSS Identification of

microbes

Isolation of microbes

Why microbes are

important industrially ?
 INTRODUCTION
• The microbe will have the last word.
—Louis Pasteur
• Industrial microbiology associates with the commercial
exploitation of microbes for the benefit of mankind.
• These microbial products may have direct or indirect impact
on the economics, environment and social parameters of the
society.
• Microorganisms are used to create a wide variety of products
and to assist in maintaining and improving the environment
Microbes have wide scope in different areas. Some of them
are,
• starter cultures in commercial food and beverage
production.
• Products of alcoholic fermentation.
• Production of Enzymes and other industrial products.
• Production of Alternative fuels.
• Production of Pharmaceuticals, like antimicrobials, recombinant hormones, and other cell
regulators.
• Pesticides and agricultural products
• Biosensors and bioreporters.
INDUSTRIAL STRATEGY FOR USAGE OF
Isolation of microbes from natural source.
MICROBES

Identification of desired microbes.

Characterisation of microbes

Screening of desired microbes.

Inoculum preparation

Srain Improvement

Fermentation
II. MIKROORGANISME DAN KULTUR FERMENTASI

1. Kriteria Mikroorganisme Industri Fermentasi

 Ciri-Ciri Strain Mikroorganisme Unggul :

1. Strain unggul
2. Secara genetik, strain stabil
3. Strain dapat memproduksi sel vegetatif, spora atau
unit-unit reproduksi lainnya
4. Strain mampu tumbuh cepat dan kuat saat diinokulasi
5. Strain dapat menghasilkan produk yang diinginkan
dalam jangka waktu yang pendek dan tidak
menghasilkan produk lain yang beracun
6. Strain mampu melindungi diri dari kontaminasi
7. Strain mampu disimpan dalam jangka waktu lama
8. Strain dapat menerima perubahan oleh bahan-bahan
mutagenik lainnya.
SUMBER MIKROORGANISME INDUSTRI
FERMENTASI

1. Diisolasi dari alam (tanah, air, tanaman, dll)

2. Koleksi kultur   Kultur siap dipakai
 Dikelola oleh badan penelitian
fermentasi/swasta
 Hasilnya merupakan hasil isolasi
secara terus-menerus
3. Isolasi dan Identifikasi mikroorganisme

 Cara-cara isolasi :
1. Isolasi pada agar cawan :
 Metode Gores

1
4

3 2

Goresan Langsung Goresan Kuadran

 Metode agar tuang

2. Isolasi dalam medium cair
3. Isolasi sel tunggal
4. Isolasi pada media seleksi-kultur yang diperkaya :

ISOLASI
 Kultur campuran Isolat

IDENTIFIKASI
 TAHAP – TAHAP ISOLASI BAKTERI

Sampel dari produk fermentasi ikan

cakalang

Pengenceran dilakukan
sampai 10 -6

Medium umum
NA + garam GPA + garam

NIVEN'S + garam
SM A + garam
Inkubasi, 2 hari pada suhu 30-32oC,
keadaan terbalik
Amati : pertumbuhan koloni yg tumbuh pada
medium ditambahkan garam
konsentrasi 5, 10 dan 15 persen

Diisolasi pada agar miring

STOK KULTUR
 KUNCI IDENTIFIKASI JENIS BAKTERI MENURUT SHEWAN ET AL. (1970)
REAKSI GRAM

+ -

bulat batang batang

katalase + katalase - katalase - katalase + Uji O/F

Hugh & Liefsons

Uji O/F Streptococcus

Baird-Parker Pediococcus oksidase + F O
mikrofilik anaerobik oksidase -
Leuconostok tanpa spora membentuk spora (20-80%) tanpa spora
membentuk
spora

O F
Leuconostok Clostridium Bacillus Corynebacterium
Lacrobacillus
Brochothrix
Micrococcus Staphylococcus oksidase + oksidase -

Aeromonas
Enterobacteriaceae
Vibrio
Koagulase + Koagulase -

motil
non-motil
oksidase +
S aureus Staphylococcus
spesies lain tdk warna
Flagela polar Flagela Periterikat
berwarna kuning

Alcaligenes oksidase + oksidase -

Oksidat (H&L) Agrobacterium

Flavobacterium
berwarna fluoresencens tidak Moraxella
alkalin (H&L) Cytophaga
hijau berfluoresencens

Acinetobacter
Pseudomonas (Gp.I) Pseudomonas (Gp.II) Pseudomonas (Gp.III)
 IDENTIFIKASI BAKTERI

1. Kultur dimurnikan
2. Ditetapkan apakah organisme bersifat fototropik, aerobik atau anaerobik.
3. Diamati sifat morfologinya dan ada tidaknya endospora
4. Pengamatan gram
5. Pengamatan motilitas
6. Pengamatan pigmen
7. Pengujian kebutuhan akan oksigen
8. Jika organisme bersifat kimoheterotrof, dilakukan pengujian disimilasi glukosa/gula
sederhana lainnya
9. Diidentifikasi dengan “Bergey’s Manual”  isolat dalam grup
10. Pengujian lanjutan untuk membedakan di antara jenis
11. Pengujian lengkap untuk membedakan di antara spesies
  Identifikasi Bakteri
Agar IDENTIFIKASI
1. cawan   KAPANG
Metode goresan
1. Kultur dimurnikan
 Metode tuang
2. “ Slide Culture” 2. Ditetapkan apakah organisme bersifat
 Letakkan selembar kertas filter berukuran 7x7 cm2 di fototropik, aerobik atau anaerobik.
dasar cawan patri
 Tuangkan 5-10 ml gliserol 10 % keatas kertas tersebut
3. Diamati sifat morfologinya dan ada tidaknya
 Letakkan batang gelas berbentuk huruf U
endospora
 Di atas batang gelas dudukkan gelas obyek dan 4. Pengamatan gram
disampingnya gelas
penutup steril 5. Pengamatan motilitas
 Secara aseptis tuangkan cairan PDA keatas gelas
obyek 6. Pengamatan pigmen
 Inokulasikan spora kapang diatas obyek gelas 7. Pengujian kebutuhan akan oksigen
 Inkubasikan pada suhu kamar (32oC selama 3-7 hari) 8. Jika organisme bersifat kimoheterotrof,
 Amati menggunakan mikroskop dilakukan pengujian disimilasi glukosa/gula
sederhana lainnya
9. Diidentifikasi dengan “Bergey’s Manual” 
isolat dalam grup
10. Pengujian lanjutan untuk membedakan di
antara jenis
11. Pengujian lengkap untuk membedakan di
antara spesies
 CARA IDENTIFIKASI KAPANG

 Secara mikroskopik, preparat kapang diamati morfologinya yaitu :

1. Hifa septat atau nonseptat
2. Miselium terang/keruh
3. Miselium berwarna/tidak berwarna
4. Memproduksi/tidak memproduksi spora seksual
5. Ciri-ciri kepala pembawa spora
7. Penampakan sporangiofora / konidiofora
8. Adanya struktur/spora spesifik (stolon, rhizoid atau “foot sel”)
 Contoh Kunci Identifikasi Kapang

 Ordo Mucorales
 Sifat umum : - hifa nonseptat
- spora aseksual adalah sporangiospora
I. Mempunyai sporangiola -------------------------------- Thamnidium
II. Tidak membentuk sporangiola
A. Membentuk Rhizoid dan stolon,
sporangiofora muncul pada noda ---------- Rhizopus
B. Tidak memiliki Rhizoid/stolon,
Suspensor zigospora besar --------- -------- Mucor

Sporangiofora

Kolumela

Sporangium

Sporangiofora Rhizoid
(non septat)

Mucor Rhizopus
 IDENTIFIKASI KHAMIR
1. Sifat morfologi :
 Reproduksi vegetatif Caranya :
 Bentuk sel vegetatif 1. “slide culture”
2. Metode Gores
2. Sifat kultur :
3. Pewarnaan
 Karakteristik pertumbuhan dlm medium cair
4. Mikroskop
 Karakteristik pertumbuhan dlm medium padat
3. Sifat fisiologi :
 Penggunaan senyawa karbon Caranya :
 Penggunaan Nitrogen
Medium cair
+
 Pertumbuhan dlm medium tanpa vitamin
Glukosa, dll
 Pertumbuhan dlm medium dg tekanan osmotik +
 Pertumbuhan pada suhu Tabung Durham
 Produksi asam
 Produksi senyawa ekstraseluler
 Hidrolisis urea Pos
 Pemecah lemak - ada gas
 Pembentuk pigmen - warna berubah
4. Reproduksi seksual :
 Karakteristik askus dan askospora
 Infertilitas pada khamir Ascomycetes

Contoh : Kunci Identifikasi

1. Reprod. veg. dg pembentukan septat & pembelahan --- Shizosaccharomyces
2. Reproduksi dg pertunasan ------------------------------------ Endomycopsis
3. Membentuk Askospora bulat --------------------------------- Saccharomycetes
 4. PEMELIHARAAN DAN PELESTARIAN KULTUR
 Tujuan : 1. Mencegah terjadinya perubahan genetik akibat seleksi dan mutasi alam
2. Mencegah kontaminasi
3. Mempertahankan viabilitas sel
 Cara-Cara Penyimpanan Kultur
1. Penyimpanan pada suhu rendah :
a. Penyimpanan pada agar miring
b. Penyimpanan spora dalam air
c.. Penyimpanan dengan nitrogen cair
2. Penyimpanan dalam bentuk kering :
a. Kultur tanah
b. Lyophilisasi
 Prinsip Lyophilisasi  1. Penurunan suhu dibawah titik beku untuk menurunkan
aktivitas enzim
2. Penghilangan air sel dengan cara pengeringan vakum
untuk menghambat metabolisme
 Cara Lyophilisasi  1. Sel-sel dalam fase stasioner (jumlah sel, 1010-1011 sel/ml dibuat
suspensi dalam medium pelindung ( susu, serum atau natrium
glutamat)
2. Beberapa tetes suspensi dimasukkan ke dalam ampul  bekukan
 vakum sampai sublimasi selesai
3. Ampul ditutup dan disimpan dalam refrigerator

 PELESTARIAN KULTUR

Kultur m.o berguna

LESTARIKAN
Untuk dikembangkan

 Menghasilkan antibiotik
 Menghasilkan asam amino
 LEMBAGA PENGUMPUL KULTUR

Nama Lembaga Metode Kultur

1. ATCC Kering beku Mycoplasmatoles fasa L

Nitrogen cair Alga dan Protozoa
2. CBS Nitrogen cair Fungi
3. CMI Nitriogen cair Fungi
4. IFO Kering vakum Bakteri
5. FERM Agar Bakteri
6. NRRL Liofilisasi Bakteri dan kapang

Ket  ATCC : The American Type Culture Collection (USA)

CBS : Centralbureau Voor Schimmel Culturen (Belanda)
CMI : Cemmeonweath Mycological Institute (Inggris)
IFO : Institute for Fermentation (Jepang)
FERM : Fermentation Research Institute (Jepang)
NRRL : Northem Regional Research Center (USA)