CARA DAN PENERAPAN

SEQUENCING DNA
 APLIKASI DALAM PENELITIAN TANAMAN

• Penggunaan dalam program penelitian dan pengembangan tanaman bergantung

pada pencocokan platform Sanger, NGS atau Third Generation terbaik untuk
aplikasi spesifik. Salah satu kesalahpahaman umum tentang sistem berbasis
Sanger adalah bahwa mereka memiliki, atau akan segera menjadi usang.
Sebaliknya, sistem kapiler Sanger masih merupakan sequencer yang paling
banyak digunakan dalam aplikasi biologi molekuler rutin dan tidak mungkin
hilang dalam waktu dekat. Meskipun jumlah aplikasi optimalnya menurun,
pengencer Sanger tetap penting di banyak kalangan. Karakteristik sistem Sanger
kapiler membuat mereka lebih cocok untuk sekuens konfirmatori dalam
teknologi DNA rekombinan, ketika kebutuhan untuk menentukan target
spesifik pada throughput rendah menjadikannya hemat biaya.
 METAGENOMIK

• Studi metagenomik dari komunitas mikroba dapat memanfaatkan tersedianya

teknik amplifikasi DNA dan sequelers New-Generation Sequencing yang sangat
paralel dan bebas kloning untuk mengurutkan bagian genom mereka. Ada dua
peran utama yang dapat dilakukan teknologi sequencing throughput tinggi
dalam metagenom yang diterapkan pada pertanian. Peran yang paling umum
adalah sekuensing massa sampel lingkungan (misalnya tanah, air) untuk
memberikan pandangan biologi sistem mikrobiota yang sedang dipelajari. Jenis
penelitian ini berfokus pada keragaman genetik dan interaksi antara sejumlah
besar rekan kerja dan tanaman.
 KARAKTERISASI RNA KECIL

• RNA Kecil (sRNA) adalah molekul RNA kecil protein non-protein berkisar antara
20 sampai 30 nt yang memiliki peran dalam pengembangan, pemeliharaan genom
dan respon tanaman terhadap tekanan lingkungan. Sebagian besar sRNA dimiliki
oleh dua kelompok utama: 1) microRNA (miRNA) sekitar 21 nt dan biasanya
memiliki peran peraturan post-transcriptional dengan mengarahkan pembelahan
transkrip tertentu, 2) RNA interfering pendek (siRNA) biasanya 24 nt-long dan
mempengaruhi de novo methylation atau modifikasi lainnya untuk membungkam
gen. Temuan prevalensi mereka pada fraksi berat molekul rendah RNA total pada
hewan dan tumbuhan mendahului pengembangan NGS. Namun, penggunaan resolusi
MPSS sangat diperluas dan kemudian menjadi jelas bahwa teknologi NGS yang
dibaca pendek seperti Illumina atau SOLiD memiliki karakteristik optimal dalam
analisis sRNA. Urutan Roche 454 juga telah digunakan dalam analisis sRNA.
 KEUNTUNGAN PRAKTIS PEMULIAAN
HEWAN OLEH TEKNOLOGI SEKUENSING
DNA

• Baru-baru ini, kemajuan teknik genetika molekuler, khususnya sekuensing DNA,

telah menyebabkan penemuan daerah genom yang mempengaruhi sifat pada ternak.
Namun memanfaatkan kedua sumber data dalam skema evaluasi genetik, seperti
BREEDPLAN, telah menjadi tantangan karena heterogenitas sumber data, sifat
multi-sifat dari evaluasi, dan efek yang tidak diketahui dari informasi penanda pada
semua sifat dalam evaluasi. Proyek SmartGene for Beef mengidentifikasi efek
signifikan dari penanda kelembutan genetika Catapult Genetics GeneSTAR pada
kelembutan daging seperti yang dicatat oleh ukuran obyektif gaya geser. Hasil ini
telah digunakan untuk mengembangkan lebih lanjut metode untuk menggabungkan
data EBV (yaitu data fenotipik dan silsilah) dan informasi tanda gen ke EBV penanda
tunggal yang disebut EBVM. Waktu penerbangan adalah ukuran obyektif dari
temperamen hewan yang telah terbukti dapat diwariskan dan secara moderat
berkorelasi genetik dengan SF, sehingga mewakili sifat indikator genetik potensial
untuk kelembutan daging.
 PEMBANGUNAN SISTEM SKRINING
ACAK

• Skrining acak mengacu pada metodologi untuk mendapatkan molekul yang

melakukan aktivitas yang diinginkan, seperti katalisis dan pengikatan khusus,
dengan menampilkan massa molekul beragam yang disebut perpustakaan dan
memilih daripadanya. Metode ini melibatkan tampilan fag dan campuran
campuran combichem dan juga seleksi in vitro, yaitu metode penyaringan acak
untuk asam nukleat fungsional.