Anda di halaman 1dari 165

Pengantar

Kromosom
DR. SOEGIANTO ALI, MSC
Kromosom

Genom manusia kl 3.2 X 109 terbagi ke dalam 24


kromosom (kromosom X dan Y dianggap
berbeda).
Setiap kromosom terdiri dari molekul DNA yang
linier dan panjang terikat dengan protein yang
memadatkan dan melipat DNA tadi ke dalam
struktur yang lebih kompak. Kompleks DNA dan
protein ini disebut sebagai kromatin
Kromosom

Selain terikat dengan protein yang memadatkan


dan melipat DNA tadi, kromosom juga berikatan
dengan protein yang dibutuhkan untuk
replikasi, perbaikan, dan proses dari ekspresi
gen.
Dengan perkecualian pada sel darah merah, dan
sel kelamin, setiap sel manusia mengandung
dua kopi dari tiap kromosom. Satu diwarisi dari
ayahnya dan satu dari ibunya.
Kromosom

Kromosom maternal dan paternal yang


berpasangan disebut sebagai kromosom
homolog. Hanya ada satu pasang kromosm
non-homolog, yaitu kromosom seks pada pria,
XY).
Pada manusia terdapat 22 pasang kromosom
homolog yang disebut sebagai autosom dan 1
pasang kromosom seks (XY pada pria dan XX
pada wanita)
Kromosom

Teknik hibridisasi DNA dapat dipakai untuk


membedakan jenis kromosom pada manusia
dengan mengecat kromosom-kromosom ini
ke dalam warna yang berbeda-beda.
Pengecatan ini dialkukan pada stadium
dimana kromosom dipadatkan dan mudah
untuk dilihat (mitosis)
Cara lainnya adalah dengan mengecat
memakai zat warna yang memproduksi pola
pita yang jelas pada kromosom yang sedang
membelah diri. Pola pita ini cukup unik
sehingga kromosom dapat dikenali dan
dinomeri
Kromosom

Tampakan dari 46 kromosom manusia pada saat


mitosis disebut sebagai karyotype.
Bila ada bagian kromosom yang hilang atau
berpindah, dapat dikenali dengan pola pita atau
dari pewarnaan kromosom. Ahli sitogenetika
memakai perubahan ini untuk mendeteksi
kelainan kromosom yang berasosiasi dengan
kelainan bawaan atau dengan penyakit kanker
tertentu.
Kromosom

Fungsi terpenting dari kromosom adalah untuk


membawa gen-Unit pembawa sifat.
Terdapat korelasi antara kompleksitas organisme
dengan jumlah gen dalam genomnya. Untuk
bakteri sederhana, jumlah gen kurang dari 500
untuk manusia, jumlah gen sekitar 30.000
Bakteri dan beberapa eukariota mempunyai
genom yang kompak. Kromosom pada manusia
dan eukariota lainnya mempunyai DNA berlebih
yang tersebar di seluruh genom. Banyak dari
DNA ini belum diketahui fungsinya, tapi diduga
sebagai spasi dan berperan dalam proses
evolusi dan ekspresi dari gen
Kromosom

Secara umum, semakin kompleks suatu organisme


semakin besar genom yang dipunyainya.
Genom manusia misalnya 200 kali lebih besar dari
kapang, tapi lebih kecil 30 kali dari beberapa
tumbuhan. Pada sejenis ikan (bony fish), variasi
genom bisa mencapai beberapa ratus kali
walaupun total gen yang dimilikinya sama.
Kromosom

Jumlah kromosom juga berbeda antar spesies dan


tidak sama dengan kompleksitasnya. Sel
somatik manusia mempunyai 46 kromosom.
Rusa hanya mempunyai 6 kromosom,
sementara spesies dari ikan mengandung lebih
100 kromosom. Tidak ada hubungan antara
genom, jumlah kromosom dan kompleksitas
dari suatu organisme.
Kromosom

Dengan publikasi pertama dari Human Genome


project, banyak hal yang dapat dipelajari
mengenai gen manusia.
Kromosom 22 merupakan salah satu kromosom
terkecil pada manusia, mengandung kurang
lebih 48X106 bp. Jumlah gen yang dikoding
dalam kromosom 22 kl 700 dengan rata-rata
ukuran gen 19.000 bp.
Kromosom

Rata-rata ukuran gen pada manusia adalah 27.000


bp.
Rata-rata protein pada manusia terdiri dari 430
asam amino (kl 1300 bp). Kebanyakan DNA
pada gen manusia adalah non-coding DNA yang
terdapat di sela-sela DNA yang mengkode.
Bagian DNA yang mengkode suatu protein
disebut sebagai ekson, sedangkan bagian yang
tidak mengkode disebut sebagai intron
Kromosom

Sebagian besar gen manusia adalah rantai


panjang antara ekson dan intron (bagian intron
lebih banyak dibandingkan ekson).
Bagian dari genom yang bila bermutasi akan
menimbulkan kelainan fatal sehingga tidak
memungkinkan individu tsb bertahan hidup
disebut sebagai conserved region. Bagian yang
non-conserved dipakai untuk studi
perbandingan genom dari berbagai organisme
Kromosom

DNA molekul juga harus mampu bereplikasi dan


setiap rantai hasil replikasi harus terpisah dan
terbagi di antara sel anak. Pemisahan ini
melalui suatu proses yang teratur dan disebut
sebagai siklus sel.
Selama interfase, kromosom akan bereplikasi dan
selama mitosis, mereka akan menjadi pekat
dan terpisah serta terbagi menjadi dua untuk
sel anak
Kromosom

Selama sel tidak terbagi, kromosom akan


memanjang dan kebanyakan dari kromatin
akan berbentuk benang yang tipis dan
kusut di dalam nukleus sehingga kromosom
individual tidak dapat dibedakan.
Kromosom pada fase ini disebut sebagai
kromosom interfase.
Pada setiap kromosom terdapat sekuens DNA
minimal yang merupakan tempat asal
dimulainya replikasi. Pada eukariotik,
tempat asal replikasi ini ada beberapa,
sehingga proses replikasi dapat berjalan
dengan cepat.
Kromosom

Setelah bereplikasi, kedua kromosom anak akan


tetap berikatan satu dengan yang lainnya,
kemudian akan dipadatkan untuk membentuk
kromosom mitotik. Kehadiran dari sentromer
(sekuens DNA spesifik kurang lebih di bagian
tengah dari kromosom) memungkinkan
kromosom yang dipadatkan ini ditarik dan
dipisahkan ke dalam tiap sel anak.
Kromosom

Kompleks protein yang disebut kinetokor akan


terbentuk di sentromer dan mengikat
kromosom hasil duplikasi dengan mitotik
spindle, sehingga mereka dapat dipisahkan.
Bagian sekuens DNA lainnya yang spesifik
adalah telomer. Merupakan ujung dari
kromosom. Telomer mengandung sekuens
nukleotida berulang yang menyebabkan DNA
mudah untuk bereplikasi. Struktur telomer
bersama dengan bagian lainnya mencegah
dikenalinya kromosom sebagai DNA yang
rusak sehingga membutuhkan perbaikan
Kromosom

Kromosom 22 manusia mengandung kl 48 juta bp,


yang bila direntangkan akan mempunyai
panjang 1.5 cm. Walau demikian ukuran
kromosom 22 hanya 2 um. Proses ini
disebabkan adanya protein yang memintal dan
melipat DNA. Pada saat fase mitotik, kromosom
kl dilipat sebanyak 10.000 kali, sedangkan pada
interfase, kromosom kurang lebih terlipat
sebanyak 1000 kali.
Kromosom

Protein yang mengikat DNA sehingga berbentuk


kromosom dibagi menjadi 2 kelas, histon dan
non-histon.
Kompleks dari kedua protein dengan DNA nuklear
dari sel eukariotik disebut sebagai kromatin.
Histon hadir dalam jumlah besar di dalam sel dan
massa histon di dalam kromatin kl sama
dengan massa DNA
Kromosom

DNA “harus” dibelokan 2 kali disekitar oktamer


histon. Sekuens yang kaya basa AT lebih
mudah untuk dikompres dibandingkan
sekuens kaya GC (AT mempunyai 2 ikatan H,
GC 3 ikatan H)
Hal ini menyebabkan penempatan nukleosom
pada posisi tertentu. Selain itu posisi
nukleosom juga ditentukan oleh protein
lainnya yang terikat pada DNA. Sebagian
protein mempermudah pembentukan
nukleosom sebagian merupakan hambatan
bagi terbentuknya nukleosom.
Kromosom

Nukleosom pada kromosom DNA lebih sering


dijumpai dalam keadaan bertumpuk satu
dengan lainnya, sehingga DNA menjadi
lebih kompak. Hal ini menyebabkan ukuran
kromatin di bawah mikroskop elektron kl
30 nm. Salah satu keterangan
terbentuknya struktur yang tebal ini
adalah model zigzag. Kenyataannya
struktur kromosom merupakan mosaik dari
zigzag tsb, dengan DNA linker nukleosom
berperan dalam pembentukan struktur
tersebut.
Kromosom

Ada beberapa hal yang membantu pembentukan


struktur tebal dari kromatin:
 Adanya protein Histon H1 yang lebih besar dari
histon inti. H1 ini akan menarik dan mengkiat
beberapa nukleosom.
 Ekor dari histon inti keluar dari nukleosom dan
akan berikatan satu dengan yang lain.
Kromosom

Struktur nukleosom ternyata tidak permanen. Ada


protein yang disebut sebagai chromatin
remodeling complexes yang menggunakan ATP
sebagai sumber energi yang mampy merubah
struktur nukleosom sementara sehingga DNA
agak longgar ikatannya dengan inti histon. Hal
ini menyebabkan dimer H2A dan H2B bergerak
dari inti nukleosom.
Kromosom

Proses remodeling ini mempunyai 2 konsekuensi:


 Menyediakan ruang bagai DNA nukleosom
untuk terikat dengan protein lain di dalam sel,
terutama yang berhubungan dengan proses
ekspresi gen, perbaikan gen dan replikasi
 Remodeling ini memungkinkan perubahan
posisi dari nukleosom.
Kromosom

Walau sudah dibentuk menjadi struktur


dengan ketebalan 30 nm, struktur
kromosom masih kurang kompak.
Kromosom pada interfase biasanya
sangat halus dan sangat sulit untuk
dipelajari, walau demikian pada
keadaan tertentu, mis pada fase
meiotik dari oosit, mereka terlihat
membentuk struktur kaku dan berlipat
yang hebat. Struktur ini disebut sebagai
struktur sikat lampu (lampbrush
chromosomes) dan dapat tampak di
bawah mikroskop cahaya
Kromosom

DNA pada lekukan mempunyai sekuens


yang sama, dan kebanyakan gen di dalam
lekukan tadi diekspresikan secara aktif.
Walau demikian sebagian besar DNA
ternyata tidak berada di dalam lekukan
melainkan berada dalam aksis kromomer.
Kromosom interfase pada mamalia terlalu
kecil dan rapuh untuk dilihat dengan
mudah, walau demikian dengan
menyuntikan DNA tadi ke dalam oosit
amfibi akan terbentuk struktur lampbrush
sehingga lebih mudah untuk dipelajari
Kromosom

Pada sebagian serangga, terutama pada fase


larvanya, sering dijumpai sel menjadi besar
akibat sintesa DNA secara cepat sehingga
menjadi sel poliploid. Pada beberapa sel,
kromosom tadi tersusun berdampingan seperti
sedotan di dalam kotak dan disebut sebagai
polytene chromosome. Bila polytene dilihat
dibawah mikroskop cahaya, ia akan tampak
sebagai struktur terang dan gelap. Bagian
yang terang disebut sebagai interbands.
Kromatin pada interband lebih terang karena
kurang padat dibandingkan kromatin pada
pita. Baik struktur pita (band) maupun
interband pada drosophila mengandung gen.
Kromosom

Pola band-interband ini dianggap mewakili level


dari ekspresi gen dan struktur kromatin pada
kromosom. Gen yang kurang padat dianggap
lebih aktif.
Selain pola khusus lampbrush dan polytene, ada 2
pola kromosom yang paling umum dijumpai
pada eukariota tingkat tinggi, heterokromatin
dan eukromatin
Kromosom

Heterokromatin merupakan bentuk kromosom


yang lebih padat, eukromatin adalah bentuk
yang kurang padat.
Heterokromatin mempunyai protein tambahan
selain struktur lekukan dan 30 nm di atas.
Pada sel mamalia dalam keadaan normal,
hanya 10% genom yang mempunyai
struktur heterokromatin. Walau berada pada
banyak tempat, struktur ini terutama berada
pada daerah spesifik yaitu sentromer dan
telomer.
Kromosom

Kebanyakan DNA yang terdapat di dalam


heterokromatin tidak akan diekspresikan. Kalau
ada gen yang terdapat dalam struktur ini,
biasanya juga sulit untuk dieksresikan karena
strukturnya yang sangat kompak.
Bila gen yang berada dalam posisi eukromatin
ditempatkan dalam heterokromatin, gen tadi
berhenti diekspresikan dan disebut sebagai
silenced.
Kromosom

Struktur heterokromatin pada telomer mencegah


kromosom dikenali sebagai kromosom yang
rusak oleh proses perbaikan sel, mengatur
panjang telomer dan membantu pemasangan
dan pemisahan dari kromosom selama proses
mitosis
Struktur heterokromatin pada kromosom dapat
meliputi alpha-satellite DNA yang merupakan
sentromer dari DNA yang terlibat dalam proses
penggabungan.
Struktur alpha-satellite DNA ini menyebabkan
terbentuknya sentromer baru pada kromosom
dimana pembelahan tidak terjadi dengan
sempurna.
Kromosom

Struktur kromosom pada fase mitosis merupakan


kromatin dalam keadaan yang paling padat.
Dua molekul DNA yang merupakan hasil replikasi
selama interfase dilipat secara terpisah
membentuk dua kromosom saudara yang
disebut sebagai kromatid, diikat bersama oleh
sentromer.
Kromosom

Pemadatan dari kromosom selama mitosis adalah


proses dinamik dengan 2 tujuan, yaitu untuk
memudahkan mesin mitosis menarik dan
memisahkan kromatid dan untuk melindungi
molekul DNA yang rapuh dari kerusakan pada
saat penarikan tadi.
Kondensasi terjadi pada fase yang disebut sebagai
fase M dan membutuhkan protein yang disebut
sebagai kondensin yang menggunakan ATP
sebagai sumber energi
Kromosom

Pada saat mitosis, kromosom dapat diwarnai dan


disebut sebagai karyotip. Pada pewarnaan
giemsa, akan tampak struktur pita yang
berbeda dengan struktur politen pada
serangga. Pada struktur politen, gambaran
terang gelap merupakan pola aktif dan tidak
aktif dari interfase, sedangkan pada karyotip
susunan tadi timbul akibat ikatan dengan zat
warna.
Kromosom

Struktur terang gelap ini diduga akibat


kandungan GC yang berbeda pada
sekuens DNA. Kandungan GC yang tinggi
menyebabkan pewarnaan yang lebih
terang dibandingkan dengan kandungan
GC yang rendah.
Secara umum bagian dengan GC yang
tinggi mempunyai gen yang lebih padat,
terutama gen-gen yang berperan sebagai
‘house-keeping’, yaitu gen-gen yang
diekspresikan oleh hampir seluruh sel.
Kromosom

Kromosom pada eukariota terdapat di dalam


nukleus, walau demikian terdapat zat-zat lain di
dalam nukleus dan bersama dengan kromosom,
terorganisasi dengan baik.
Sebelum pembelahan sel, kromosom akan ditarik
oleh kutub spindle oleh mikrotubulus yang
terkait dengan sentromer. Pada saat itu
sentromer akan ditarik lebih dahulu dan lengan
kromosom akan tertinggal
Kromosom

Kromosom pada nukleus tertentu cenderung


untuk mempertahankan posisi seperti ini, yaitu
sentromer menghadap satu kutub sedangkan
telomer menghadap kutub lainnya. Posisi
seperti ini disebut sebagai orientasi Rabl.
Kromosom pada kebanyakan sel selama interfase
tidak mengikuti orientasi Rabl tetapi sentromer
tersebar merata di dalam nukleus
Kromosom

Kebanyakan sel mempunyai interfase yang


panjang sehingga terdapat banyak waktu bagi
kromosom untuk membentuk konformasi yang
berbeda, walau demikian, kromosom selama
interfase cenderung hanya menempati posisi
kecil tertentu di dalam nukleus, sehingga
kromosom yang berbeda tidak kusut menjadi
satu.
Kromosom

Satu cara untuk mengatur kromosom adalah


lekatan bagian tertentu dari kromosom ke
selubung nukleus, biasanya telomer.
Beberapa ahli biologi sel berpendapat
bahwa di dalam nukleus juga terdapat
jaringan intranukleus seperti sitoskeleton,
sehingga kromosom dan komponen lain
dalam nukleus terorganisasi.
Matriks nukleus adalah zat tidak terlarut
yang tertinggal setelah perlakuan
biokimiawi pada nukelus
Mempertahankan
sekuens DNA
Walau pada beberapa spesies kadang terjadi
perubahan genetik, kebanyakan
mempertahankan sekuens genetik yang ada.
Kadang-kadang timbul perubahan permanen pada
DNA yang disebut sebagai mutasi.
Bila mutasi terjadi pada posisi penting dalam
sekuens DNA, kadang-kadang dapat bersifat
letal dan menyebabkan kematian dari
organisme yang bersangkutan
Mutasi

Laju mutasi dalam sel sebenarnya sangat


lamban.
Banyak mutasi juga bersifat sunyi sehingga
sulit untuk dideteksi.
Pada percobaan dengan E.coli, kecepatan
mutasi kurang lebih satu nukleotida per 10 9
nukleotida per generasi sel.
Tidak seluruh mutasi akan diekspresikan
dalam bentuk perubahan protein : Ada
beberapa kodon yang mengkode untuk
asam amino yang sama !!
Mutasi

Pada organisme yang berasal dari nenek moyang


yang sama, diperkirakan laju mutasi
digambarkan dalam “unit evolutionary time”
yaitu waktu yang dibutuhkan untuk perubahan
satu asam amino pada sekuens yang memuat
residu 100 asam amino.
Rendahnya laju mutasi ini dibutuhkan untuk
mempertahankan kehidupan.
Replikasi DNA

Setiap organisme harus menduplikasi DNA dengan


akurasi yang tinggi pada setiap pembelahan
sel.
Hal yang utama dalam proses replikasi dan
perbaikan DNA ada pasangan basa yang tetap.
A selalu berpasangan dengan T, G selalu
berpasangan dengan C.
Pada setiap rantai DNA selalu dijumpai pasangan
basa komplementer pada rantai satunya.
Replikasi DNA

Setiap basa dari DNA berfungsi sebagai


cetakan untuk mengikat nukleotida bebas
yang berkomplementer. Proses pengikatan
ini dibantu oleh enzim yang disebut sebagai
DNA polymerase. Proses polimerisasi ini
membutuhkan cetakan DNA untai tunggal.
Proses replikasi DNA terjadi secara
semikonservatif, artinya setiap rantai DNA
cetakan asal akan membentuk rantai
komplementer dan akan menghasilkan dua
untai ganda DNA yang masing-masing terdiri
dari 1 untai DNA lama dan 1 untai DNA baru
Replikasi DNA

Walau demikian proses replikasi DNA tidak


berjalan semudah itu. Proses ini mensyaratkan
adanya 2 jenis DNA polymerase, 1 yang bekerja
dari 5’-3’ dan satunya lagi yang bekerja dari 3’-
5’.
Pada kenyataannya, di luar laboratorium, tidak
dijumpai DNA polymerase yang bekerja dari 3’-
5’.
Replikasi DNA

Percobaan dengan 3H-timidin pada bakteria


DNA yang sedang membelah diri
menunjukan adanya potongan DNA yang
muncul sementara yang disebut sebagai
fragmen Okazaki dengan panjang 1000-
2000 nukleotida. Fragmen yang serupa
walau lebih pendek (100-200) nukleotida
kemudian juga dijumpai pada eukariota.
Fragmen Okazaki ini hanya memanjang
dari 5’-3’ dan kemudian bersatu untuk
membuat rantai DNA panjang.
Replikasi DNA

Jadi replikasi DNA tidak terjadi secara


simetris. Pada rantai yang satu terjadi
sintesa yang terus-menerus dan disebut
sebagai ‘leading strand’. Sedangkan rantai
yang satu disintesa secara diskontinu
disebut sebagai ‘lagging strand’.
Sintesa dari lagging strand berjalan dari arah
kebalikan pertumbuhan rantai DNA.
Potongan-potongan tersebut baru disintesa
setelah untai ganda DNA dipisah oleh
pembentukan leading strand.
Replikasi DNA

Ketelitian pada saat replikasi sangat tinggi


membutuhkan mekanisme lain selain
pasangan komplementer dari basa DNA.
Beberapa hal yang mengganggu proses
pemasangan DNA komplementer:
1. Dengan perubahan struktur geometri helix,
dapat terbentuk dua ikatan H antara G
dan T
2. Kadang terdapat struktur tautomer yang
jarang, sehingga C dapat berikatan dengan
A tanpa perubahan struktur geometri helix
Replikasi DNA

Ketelitian dalam replikasi DNA juga disebabkan


oleh mekanisme “proof reading” yang
mengoreksi segera bila terjadi kesalahan
pemasangan basa di tahap paling awal.
Mekanisme proof reading yang pertama dilakukan
oleh DNA polymerase dan berlangsung pada
saat awal beberapa basa ditambahkan ke rantai
yang sedang tumbuh
Replikasi DNA

Mekanisme kedua adalah exonucleolytic


proofreading, terjadi bila basa sudah terikat
secara kovalen pada rantai yang sedang
tumbuh. DNA polymerase tidak dapat
memperpanjang rantai polinukleotida hanya
dengan menghubungkan dua dNTP, tetapi
membutuhkan basa yang dipasangkan pada
posisi 3’-OH dari rantai primer untuk
menambahkan nukleotida. Molekul DNA
yang mismatch tidak akan efektif berfungsi
sebagai cetakan karena polymerase tidak
dapat memperpanjang rantai tsb.
Replikasi DNA

Molekul DNA polymerase mengatasinya


dengan cara mempunyai tempat katalitik
baik sebagai subunit terpisah atau tempat
terpisah dari molekul polymerase tersebut.
Eksonuklease ini (3’-5’ proofreading
exonuclease) akan memotong residu basa
yang tidak dapat dipasangkan sampai
mencapai terminus 3’-OH yang dapat
mensintesa DNA.
Mekanisme proofreading ini tidak dijumpai
pada RNA polymerase karena kesalahan
pada RNA ini tidak akan diteruskan kepada
generasi berikutnya.
Replikasi DNA

Kesalahan pada sintesa RNA sekitar 100.000


kali lebih sering dibandingkan dengan
kesalahan pada replikasi DNA
Mekanisme proof reading ini hanya terjadi bila
replikasi DNA berjalan dari arah 5’-3’. Bila
berjalan sebaliknya, ujung 5’ akan
mengaktivasi triphosphate sehingga
kesalahan tidak dapat dihidrolisa.
Walau dengan mekanisme diatas, kadang
replikasi DNA juga masih mengalami
kesalahan. Untuk itu terdapat proses yang
disebut sebagai strand-directed mismatch
repair.
Replikasi DNA

Pada saat replikasi, leading strand hanya


membutuhkan primer awal pada saat
dimulainya proses replikasi, DNA polymerase
selanjutnya dapat melaksanakan fungsinya
secara kontinu.
Pada lagging strand, sebaliknya selalu dibutuhkan
primer baru setiap DNA polymerase
menyelesaikan satu fragmen Okazaki.
Replikasi DNA

Untuk itu DNA polymerase membutuhkan


mekanisme khusus yang memakai enzim DNA
primase. DNA primase ini memakai rNTP untuk
mensintesa rantai pendek RNA primer pada
lagging strand. Pada eukariota primer ini kurang
lebih panjangnya 10 nukleotida dan dibuat pada
interval 100-200 nukleotida pada lagging strand
Replikasi DNA

Primer RNA mempunyai basa nukleotida yang


dipasangkan secara baik dan mempunyai
gugus 3’-OH pada ujungnya sehingga dapat
diperpanjang oleh DNA polymerase untuk
membentuk fragmen Okazaki.
Proses pembentukan fragmen Okazaki akan
berhenti bila untai fragmen bertemu dengan
primer RNA dari fragmen ujung 5’. Pada saat
itu terdapat proses yang membuang primer
RNA dan menggantinya dengan DNA.
Selanjutnya kedua potongan DNA tadi
disatukan dengan enzim DNA ligase
Replikasi DNA

Untuk memulai proses sintesa DNA, untai ganda


DNA double helix harus dibuka agar dNTP dapat
dipasangkan ke untai cetakan.
Struktur double helix DNA sangat kuat dan stabil
sehingga dibutuhkan suhu mendekati titik didih
untuk memisahkan kedua untai DNA pada
tabung reaksi (proses denaturating PCR!!).
Untuk itu diperlukan dua protein, yaitu DNA
helicase dan ‘single-strand DNA-binding protein’
Replikasi DNA

DNA helicase pertama kali diisolasi sebagai


protein yang menghidrolisa ATP bila
berikatan dengan DNA untai tunggal.
Hidrolisa dari ATP akan merubah bentuk
molekul protein sehingga memungkinkan
protein melakukan proses mekanik.
Helicase menggunakan prinsip ini pada
DNA untai tunggal. Bila helicase dalam
proses menemukan struktur double helix,
proses mekanik ini akan berlanjut dan
memecah struktur helix tersebut dengan
laju sampai 1000 nukleotida per detik
Replikasi DNA

Proses merombak struktur helix ini membutuhkan


dua helicase yang bekerja sama (karena kedua
untai DNA mempunyai polaritas yang berbeda,
helicase yang bekerja juga harus berbeda).
Pada sel eukariota dijumpai ternyata helicase
yang bekerja pada lagging strand mempunyai
peran yang dominan.
Replikasi DNA

Single-strand DNA-binding protein (SSB) kadang


disebut juga sebagai helix-destabilizing
protein, akan mengikat dan memaparkan untai
tunggal DNA tanpa menutup basanya sehingga
DNA tadi dapat tetap berfungsi sebagai
cetakan. Protein ini tidak dapat membuka
struktur helix, tetapi berfungsi untuk
menstabilkan struktur untai tunggal hasil kerja
helicase. Protein ini juga berfungsi untuk
menstabilkan dan meluruskan regio dari DNA
untai tunggal pada lagging strand sehingga
bisa dicegah terbentuknya struktur jepit
rambut (hair-pin)
Replikasi DNA

DNA polymerase hanya mampu mensintesa


untai pendek nukleotida sebelum lepas dari
cetakan DNA. Proses ini berguna untuk
mensintesa fragmen Okazaki yang
memang pendek, tetapi akan menyulitkan
untuk mensintesa rantai panjang DNA.
Untuk itu terdapat protein asesoris yang
berfungsi sebagai jepit pengatur. Protein ini
membantu agar polymerase tetap berada
pada DNA ketika dia bergerak, tetapi
segera dilepas bila polymerase berada
pada struktur untai ganda.
Replikasi DNA

Protein ini berbentuk seperti cincin disekitar helix


DNA, satu ujung terikat pada bagian belakang
DNA polymerase dan seluruh cincin ini meluncur
secara bebas pada rantai DNA seiring dengan
pergerakan polymerase. Pembentukan jepit
protein ini membutuhkan hidrolisa ATP oleh
kompleks protein khusus. Pada leading strand
ikatan antara protein-polymerase ini kuat dan
terikat untuk jangka waktu yang lama. Pada
lagging-strand, ikatan ini berakhir setiap
polymerase menjumpai ujung 5’ dari fragmen
Okazaki sebelumnya, polymerase dilepaskan dan
selanjutnya akan diikat oleh protein baru yang
terbentuk di sekitar primer RNA fragmen Okazaki
berikutnya.
Replikasi DNA

Dalam kenyataannya, berbagai protein/enzim tadi


bekerja secara bersama-sama dalam bentuk
kompleks multi-enzim.
Efisiensi dari proses replikasi sangat tergantung
dari asosiasi seluruh komponen protein ini.
Protein ini berikatan dan membentuk molekul
besar dengan berat molekul total >106 dalton.
Replikasi DNA

Mekanisme lainnya untuk mengatasi mutasi


adalah strand-directed mismatch repair.
Sistem ini mendeteksi kemungkinan distorsi
pada helix DNA yang diakibatkan oleh
ketidakcocokan basa yang berpasangan.
Sistem ini mampu mengenali dan
membuang bagian nukleotida yang salah
(mismatch) hanya pada rantai yang baru
dibentuk.
Pada E.coli pengenalan ini bergantung pada
metilasi dari Residu A di sekuens GATC yang
terjadi segera setelah A diinkorporasikan ke
rantai DNA yang baru dibentuk.
Replikasi DNA

Sebagai akibatnya, hanya sekuens GATC pada


rantai baru yang bebas dari metilasi. Ini yang
membedakan rantai baru dari yang lama.
Langkah perbaikan itu meliputi pengenalan dari
mismatch, pengguntingan segmen DNA yang
mengandung mismatch tadi dan sintesa
ulang dari segmen yang digunting tadi
dengan menggunakan rantai lama sebagai
cetakan.
Sistem ini mengurangi kesalahan pada replikasi
DNA dengan faktor 102.
Replikasi DNA

Mekanisme hampir serupa juga dijumpai pada sel


manusia. Orang dengan gangguan pada
mismatch repair gen mempunyai
kecenderungan untuk menderita kanker
tertentu, misalnya hereditary nonpolyposis
colon cancer (HNPCC).
Kebanyakan sel kanker timbul akibat akumulasi
mutasi multipel dan sel tidak mempunyai
kemampuan mismatch proofreading.
Replikasi DNA

Walau demikian pada sel eukariota, penanda


rantai yang baru dibentuk bukanlah metilasi
dari DNA, tetapi mengalami proses yang
disebut sebagai “nicked”. Nick (single-strand
breaks/patahan pada untai tunggal) merupakan
sinyal untuk sistem mismatch proofreading agar
mengenali rantai yang benar.
Replikasi DNA

Karena struktur DNA yang double helix, setiap 10


pasang basa yang direplikasi, posisi harus
memutar satu kali pada aksisnya.
Dibutuhkan banyak energi untuk memutar DNA
pada rantai yang panjang sehingga alternatif
lain adalah perubahan pada DNA helix oleh
protein yang disebut sebagai DNA
topoisomerase.
Replikasi DNA

DNA topoisomerase adalah suatu nuklease


yang reversibel dan ditambahkan pada
punggung fosfat dari DNA, sehingga
memecah ikatan fosfodiester pada rantai
DNA. Reaksi ini bersifat reversibel dan
ikatan fosfodiester kembali terbentuk
setelah protein lepas.
Topoisomerase I, memproduksi nick
sementara yang membuat dua seksi dari
DNA helix pada kedua sisi mampu berotasi
relatif secara bebas dengan menggunakan
ikatan fosfodiester rantai lawan sebagai
titik perputaran.
Replikasi DNA

Sebagai hasil replikasi DNA dapat terjadi hanya


dengan perputaran DNA helix yang cukup
pendek.
Kesulitan pada proses transkripsi DNA juga
dilakukan dengan mekanisme yang sama.
Topoisomerase II membentuk ikatan kovalen pada
kedua rantai DNA helix pada saat yang sama,
membuat patahan pada untai ganda di helix.
Replikasi DNA

Enzim ini diaktivasi oleh tempat di kromosom


dimana dua helix ganda bersilangan satu
dengan yang lainnya. Bila berikatan
dengan topoisomerase II, akan terjadi
hal2 sbb:
1. Double helix akan dipecah untuk
membuat pintu DNA
2. Double helix kedua yang berdekatan akan
melalui pintu DNA ini
3. Pintu DNA ditutup kembali dan protein
lepas dari DNA.
Replikasi DNA

Replikasi DNA awalnya dipelajari pada bakteri dan


bakteriofaga. Walau demikian sistem replikasi
pada eukariota ternyata mirip.
Ada sedikit perbedaan pada proses replikasi,
misalnya protein SSB pada bakteri terdiri dari 1
subunit sedangkan pada eukariota terdiri dari 3
subunit.
DNA primase pada eukariota juga tergabung
dalam enzim multisubunit yang disebut sebagai
DNA polymerase α yang memulai fragmen
Okazaki pada lagging strand dengan RNA dan
memperpanjang RNA primer dengan rantai
pendek DNA, sebelum meneruskan primer ini ke
enzim polymerase δ.
Replikasi DNA
Polymerase δ ini yang meneruskan proses sintesa dari
fragmen Okazaki dengan bantuan jepit protein.
Karena pada DNA eukariota terdapat nukleosom pada
interval sekitar 200 nukleotida, maka fragmen Okazaki
pada eukariota juga disintesa pada interval 100-200
nukleotida. Nukleosom juga memperlambat laju
polymerase sehingga kecepatan replikasi DNA pada
eukariotik hanya sepersepuluh pada bakteri.
Replikasi DNA

DNA double helix sangat stabil karena ikatan


hidrogen antar basanya. Untuk memulai proses
replikasi, kedua rantai DNA tadi harus dipisah
oleh protein inisiator yang memecah ikatan
hidrogen antar basa kedua rantai.
Posisi dimana DNA helix mulai membuka disebut
sebagai asal replikasi (replication origin).
Replikasi DNA

Pada sel sederhana, tempat ini ditandai


dengan sekuens DNA sepanjang beberapa
ratus nukleotida yang dapat menarik protein
inisiator, juga bagian DNA yang mudah
untuk membuka. DNA dengan banyak AT
lebih mudah dibuka dibandingkan dengan
banyak GC.
Bakteri mempunyai satu asal replikasi saja.
Karena DNA pada bakteri berupa lingkaran,
maka proses replikasi hanya berhenti bila
kedua segmen bertemu kurang-lebih di
pertengahan.
Replikasi DNA

Proses inisiasi pada replikasi DNA bakteri sangat


penting dan sangat teratur. Proses tsb dimulai
saat protein inisiator terikat pada tempat
spesifik di asal replikasi dan membungkus DNA
disekitar protein membentuk kompleks besar
protein-DNA. Kompleks ini kemudian akan
terikat pada DNA helicase dan menaruhnya
pada DNA untai tunggal yang timbul akibat
proses pembentukan kompleks protein-DNA
tadi.
Replikasi DNA

DNA primase akan bersatu dengan helicase


dan membentuk primosom yang akan
bergerak menjauh dari tempat asal
terbentuknya dan membuat primer RNA
untuk memulai pembentukan rantai DNA.
Hal ini segera diikuti oleh protein lainnya
untuk membentuk dua reaksi replikasi
dengan kompleks protein juga bergerak
dari tempat asal ke arah yang berlawanan.
Sintesa ini berhenti bila seluruh DNA telah
direplikasi
Replikasi DNA

Pada eukariota, proses replikasi dengan satu


asal ini tidak memadai karena kompleks.
Dengan memakai 3H-timidin dapat diketahui
kecepatan dan arah dari replikasi pada DNA
manusia. Diperkirakan kecepatan replikasi
hanya sebanyak 50 nukleotida per detik.
DNA manusia pada kromosom dengan ukuran
rata-rata mengandung sekitar 150 juta
pasang basa sehingga diperlukan waktu
sekitar 800 jam untuk replikasi seluruh DNA
Replikasi DNA

Karena itu dapat disimpulkan bahwa


proses replikasi ini terjadi pada
beberapa titik secara serentak pada
setiap kromosom.
Percobaan selanjutnya menunjukan
bahwa
1. Asal replikasi teraktivasi secara
berkelompok dan disebut sebagai unit-
unit replikasi (kurang lebih 20-80 titik).
2. Unit replikasi baru diaktivasi pada saat
yang berbeda-beda sepanjang siklus
sel sampai seluruh DNA direplikasi.
Replikasi DNA

3. Dalam unit replikasi, setiap titik berjarak


30.000-300.000 nukleotida
4. Seperti juga pada bakteri, replikasi juga terjadi
secara berpasangan dan membentuk
gelembung replikasi ketika meeka bergerak ke
arah yang berlawanan dari titik awal bersama.
Proses ini hanya berhenti bila mereka bertemu
garpu replikasi yang bergerak dari arah
berlawanan atau mencapai ujung kromosom.
Dengan cara ini replikasi dapat terjadi secara
serentak dan terpisah dalam setiap kromosom
tapi tetap membentuk dua anak helix DNA
yang lengkap
Replikasi DNA

Pada bakteri replikasi DNA terjadi secara terus-


menerus dan siklus baru dapat dimulai sebelum
siklus sebelumnya berakhir.
Pada eukariota, replikasi DNA hanya terjadi pada
fase tertentu dari pembelahan sel yang disebut
sebagai fase sintesis DNA atau fase S. Pada sel
mamalia, fase S berlangsung kl selama 8 jam.
Pada sel ragi fase S bisa lebih pendek menjadi
sekitar 40 menit.
Replikasi DNA

Pada akhir fase S, setiap kromosom akan


menghasilkan 2 kromosom anak yang
lengkap yang tetap bersatu pada
sentromernya, sampai timbul fase
berikutnya yang disebut sebagai fase M
(mitosis).
Diantara kedua fase tadi terdapat gap, antara
fase M dan S disebut sebagai fase G1,
sedangkan antara fase S dan M disebut
sebagai G2. Selama fase G1, S dan G2, sel
bertumbuh, tetapi selama fase M, sel
berhenti bertumbuh dan akan mengalami
pembelahan inti
Replikasi DNA

Dengan memperhitungkan jarak antar titik asal


replikasi dan kecepatan garpu replikasi
menjalar, diperkirakan fase S membutuhkan
waktu 1 jam, kenyataannya fase S berlangsung
selama 8 jam  asal replikasi tidak diaktivasi
secara serentak dan setiap unit replikasi hanya
berlangsung pada sebagian kecil dari fase S.
Replikasi DNA

Untuk menjelaskan hal ini, dipakai analog timidin,


yaitu bromodeoksiuridin (BrdU) untuk melabel
DNA hasil sintesa pada sekelompok sel dan
ditambahkan pada periode2 tertentu sepanjang
fase S. Pada fase M, regio2 yang mengandung
BrdU dapat dikenali dengan pewarnaan antibodi
terhadap BrdU. Hasilnya menunjukan bahwa
proses replikasi kromosom terjadi tidak secara
random selama fase S.
Replikasi DNA

Bagian heterokromatin yang mempunyai


kepadatan tinggi direplikasi lebih lambat dalam
fase S, sedangkan kromatin yang sangat aktif
ditranskripsi dan mempunyai kepadatan yang
rendah direplikasi lebih dahulu.
Pada kromosom X mamalia betina, hanya satu
yang aktif dalam transkripsi DNA dan lainnya
tidak. Hampir seluruh kromosom X yang inaktif
akan dipadatkan menjadi heterokromatin dan
proses replikasinya terjadai pada fase S akhir.
Homolognya lebih aktif dan proses replikasinya
terjadi pada seluruh fase S
Replikasi DNA

Demikian juga untuk gen “housekeeping” yang


aktif pada semua sel, proses replikasi pada
semua sel terjadi awal dari fase S, sementara
gen-gen yang hanya aktif pada sel tertentu
mengalami proses replikasi yang berbeda pada
setiap sel tergantung aktif tidaknya gen tsb di
dalam sel tadi.
Replikasi DNA

Pada bakteri, ada waktu tertentu sebagai awal


mulainya replikasi. Hal ini dimulai dengan
dimulainya pembentukan gelembung replikasi
pada sekuens DNA yang spesifik.
Pada sel ragi, suatu eukariota sederhana, dicari
juga sekuens yang spesifik sebagai titik awal
replikasi.
Hal ini dilakukan dengan memakai mutan sel ragi
yang mempunyai kelainan atau defektif pada
beberapa gen yang esensial.
Replikasi DNA

Sel-sel ragi ini hanya dapat bertahan dalam


medium selektif hanya bila mereka diberi
DNA yang membawa kopi dari gen yang
hilang melalui plasmid. Walau demikian bila
plasmid diberikan secara langsung, tidak
akan ada replikasi sebab tidak adanya titik
asal yang original. Sebaliknya bila potongan
ragi diselipkan ke dalam plasmid, hanya
beberapa molekul DNA plasmid yang
mengandung asal replikasi ragi yang dapat
bereplikasi. Sel ragi ini dapat bereplikasi
sebab mereka mempunyai gen penting yang
didapat dan dapat diteruskan kepada sel
keturunannya.
Replikasi DNA

Sekuens DNA yang diidentifikasi dengan


kehadirannya dalam plasmid yang diisolasi
dari sel ragi yang bertahan hidup disebut
sebagai autonomously replicating sequence
(ARS). Kebanyakan ARS telah dibuktikan
merupakan titik asal replikasi kromosom.
Pada kromosom III ragi S. cerevisiae jarak
antar titik tersebut rata-rata 30.000
nukleotida. Jarak ini memungkinkan
kromosom ragi dapat direplikasi dalam
waktu 8 menit
Replikasi DNA

Eksperimen selanjutnya pada sel ragi tadi


juga menunjukan bahwa menghilangkan
beberapa titik asal replikasi hanya
mempunyai sedikit efek, karena garpu
replikasi yang mulai pada titik asal
sekitarnya akan berlanjug ke daerah yang
titik asalnya hilang. Walau demikian
semakin banyak titik asal replikasi yang
dihilangkan, kromosom akan perlahan-
lahan hilang seiring dengan pembelahan
sel karena replikasi kromosom terlalu
lambat.
Replikasi DNA

Sekuens DNA minimal yang dibutuhkan


untuk memulai replikasi DNA di dalam
ragi ditentukan dengan cara memakai
fragmen DNA yang semakin kecil. Setiap
titik asal replikasi ragi mengandung
tempat pengikatan untuk protein inisiator
yang besar dan multisubunit disebut
sebagai ORC (Origin recognition complex)
dan beberapa tempat pengikatan
tambahan untuk protein yang membantu
menarik ORC kepada DNA asal
Replikasi DNA

Replikasi DNA pada eukariota berlangsung


selama fase S.
Interaksi antara ORC dan titik asal adalah awal
tanda mulainya replikasi dalam seluruh siklus
sel. Sebuah kompleks protein pre-replikatif
akan tersusun pada setiap ORC selama fase
G1, yang terdiri dari DNA helicase hexamer
dan sebuah helicase loading factor (Mcm dan
Cdc6). Fase S dimulai ketika sebuah protein
kinase diaktivasi dan menyusun sisa dari
mesin replikasi, menyebabkan helicase Mcm
untuk mulai bergerak ke arah 2 garpu
replikasi yang terbentuk pada setiap titik asal.
Replikasi DNA

Secara serentak, protein kinase yang memulai


fase S mencegah pembentukan lebih lanjut
dari protein Mcm menjadi kompleks
prereplikatif sampai kinase ini diinaktivasi
pada fase M berikutnyanya untuk mereset
seluruh siklus.
Walau diyakini ada, sekuens awal yang
memulai replikasi sulit ditentukan. Pada
manusia sekuens DNA yang diperlukan untuk
fungsi awal dapat mencapai jarak yang
sangat jauh di sepanjang DNA dibandingkan
dengan DNA yang akan direplikasi
Replikasi DNA

Walau demikian saat ini telah berhasil


diidentifikasi beberapa sekuens DNA manusian
spesifik yang berfungsi sebagai titik awal
tersebut, masing2 sepanjang ribuan nukleotida.
Titik asal ini tetap berfungsi walaupun dipindahkan
ke bagian kromosom lainnya dengan teknik
rekombinasi DNA, selama tempat barunya
berupa kromatin yang tidak terlampau padat.
Replikasi DNA

ORC pada manusia homolog dengan pada


sel ragi dan diperlukan untuk memulai
replikasi dan protein Cdc6 dan Mcm pada
manusia juga memegang peranan penting
dalam proses inisiasi. Walau demikian
tempat pengikatan untuk protein ORC di
manusia kurang spesifik dibandingkan
dengan pada ragi. Hal ini menerangkan
mengapa asal replikasi pada manusia
lebih panjang dan tidak dibatasi dengan
jelas dibandingkan pada ragi
Replikasi DNA

Kromosom eukariota merupakan


campuran antara DNA dan protein.
Pada proses replikasi, protein baru juga
harus disusun. Jumlah protein histon
misalnya harus kl sama dengan jumlah
DNA yang baru dibentuk. Untuk itulah
pada sel vertebra, terdapat banyak kopi
dari setiap protein histon, kl 20 gen set
yang berulang. Kebanyakan set
mengkode untuk kelima protein histon
secara lengkap (H1, H2A, H2B, H3 dan
H4)
Replikasi DNA

Histon terutama disusun pada fase S, ketika


level dari histon mRNA meningkat lebih dari
50 kali sebagai hasil meningkatnya transkripsi
dan menurunnya degradasi mRNA. Karena
adanya properti khusus, mRNA histon akan
menjadi tidak stabil dan segera didegradasi
pada akhir fase S, ketika sintesa DNA terhenti.
Sebaliknya protein histon mempunyai sifat
sangat stabil dan dapat bertahan sepanjang
kehidupan sel. Terdapat mekanisme umpan
balik yang mengatur agar jumlah histon kl
sama dengan jumlah DNA baru
Replikasi DNA

Ketika DNA bereplikasi, kedua anak DNA awalnya


menggunakan histon lama, tetapi sejumlah
histon baru juga dibutuhkan untuk
menyempurnakan pemaketan DNA menjadi
kromatin. Penambahan histon baru ke dalam
DNA yang baru dibentuk dibantu oleh CAF
(Chromatin assembly factors), yang terdiri dari
protein yang berasosiasi dengan garpu replikasi
dan memaket DNA baru segera setelah dia
dihasilkan oleh mesin replikasi
Replikasi DNA

Pada pola replikasi dengan teori garpu replikasi,


terdapat masalah bila replikasi mencapai ujung
dari kromosom yang linear dimana tidak ada
tempat lagi untuk memproduksi primer RNA
untuk memulai fragmen Okazaki pada ujung
dari molekul DNA linear.
Pada bakteri hal ini tidak masalah, karena
mempunyai DNA yang sirkuler
Replikasi DNA

Pada eukariota, hal ini diatasi dengan sekuens


nukleotida khusus yang terdapat pada ujung
kromosom dan termasuk dalam telomer,
serta menarik enzim yang disebut sebagai
telomerase.
Sekuens DNA telomer pada eukariota sangat
mirip pada berbagai organisme. Biasanya
mereka terdiri dari ulangan (tandem repeat)
sekuens pendek yang mengandung blok
nukleotida G. Pada manusia sekuens
tersebut adalah GGGTTA dan memanjang
sekitar 10.000 nukleotida
Replikasi DNA

Telomerase mengenali ujung yang kaya basa G


ini dan memperpanjangnya ke arah 5’-3’.
Telomerase kemudian akan membentuk kopi
baru dari ulangan tersebut, menggunakan
cetakan RNA yang merupakan komponen dari
enzim itu sendiri. (kalau tidak telomerase
mempunyai sifat mirip reverse transcriptase).
Setelah perpanjangan beberapa kali, replikasi
pada lagging strand pada ujung kromosom
dapat diakhiri dengan menggunakan
perpanjangan ini sebagai cetakan untuk
mensintesa rantai komplementer
menggunakan molekul DNA polymerase
Replikasi DNA

Mekanisme ini menyebabkan ujung 3’ dari


DNA telomer sedikit lebih panjang daripada
ujung 5’, sehingga ada rantai tunggal yang
menonjol. Dengan protein khusus, ujung
yang menonjol ini dapat dibelokan dan
membentuk lekukan yang berikatan dengan
ujung untai tunggalnya sendiri dan menjadi
DNA duplex dari sekuens berulang telomer.
Jadi ujung kromosom normal mempunyai
struktur yang unik dan membedakannya
dari ujung molekul DNA yang rusak yang
akan segera diperbaiki oleh sel.
Replikasi DNA
Telomer akan bertambah panjang atau pendek dalam
batas-batas tertentu. Pada sel somatik manusia,
ulangan pada telomer diduga membatasi proliferasi sel
sehingga pembelahan sel dapat dikendalikan. Menurut
teori ini sel terlahir dengan ulangan telomer yang
lengkap, walau begitu, pada beberapa sel seperti sel
kulit, telomerase ditiadakan sehingga setiap kali
pembelahan sel, telomer akan kehilangan 50-100
nukleotida.
Replikasi sel

Setelah beberapa kali pembelahan sel, sel


anak akan mewarisi kromosom yang cacat
dan akibatnya akan stop dari siklus sel. Hal
ini disebut sebagai proses penuaan sel yang
disebabkan oleh replikasi (replicative cell
senescene).
Pada kultur sel fibroblast, sel-sel tadi
mengalami pembelahan sel sebanyak 60
kali sebelum masuk ke dalam penuaan
replikasi. Bila gen telomerase ditambahkan,
mak sel-sel tadi akan membelah tanpa
henti.
Replikasi DNA

Sistem telomer ini dianggap sebagai kontrol dari


proliferasi sel dan untuk mempertahankan
struktur bangunan dari suatu jaringan serta
bertanggung jawab atas proses penuaan.
Telomer pada ujung kromosom ini dianggap juga
mampu melindungi kita dari pertumbuhan
kanker, walau hal ini masih dipertanyakan
keabsahannya
Perbaikan DNA

Walau variasi genetik diperlukan untuk proses


evolusi, genetik yang stabil sangat diperlukan
untuk proses bertahannya suatu organisme.
Stabilnya genetik tidak hanya ditentukan pada
saat replikasi, tetapi juga pada mekanisme
perbaikan DNA untuk lesi-lesi yang timbul
selama siklus kehidupan sel.
Perbaikan DNA

Hanya satu dari seribu perubahan basa pada DNA


yang disebabkan berbagai sebab (panas,
radiasi serta berbagai substansi kimia) yang
akan bertahan dan menjadi mutasi, lainnya
dapat diperbaiki oleh mekanisme perbaikan
DNA di dalam sel.
Menurunnya kemampuan perbaikan DNA dari sel
akan menyebabkan insiden berbagai penyakit
seperti kanker usus besar, kanker kulit, leukimia
dll, akan meningkat.
Perbaikan DNA

Pada fluktuasi termal, DNA dapat


mengalami perubahan besar, misalnya
5000 basa purin (A dan G) dapat hilang
setiap harinya dari DNA sel manusia
disebabkan hidrolisa spontan ikatan
glikosil ke deoksiribosa. Proses spontan
ini disebut sebagai depurinisasi.
Demikian juga proses deaminisasi spontan
dari sitosin menjadi urasil juga terjadi
dengan laju sekitar 100 basa per sel per
hari.
Perbaikan DNA

Sinar uv juga dapat membuat ikatan antar dua


pirimidin yang berdekatan, al menjadi dimer
timin.
Bila perubahan2 ini tidak diatasi, maka akan ada
penggantian atau kehilangan satu atau lebih
basa pada DNA sel generasi berikutnya.
Perubahan ini akan menjadi bencana bagi
kelangsungan hidup suatu organisme
Perbaikan DNA

Struktur double helix dari DNA penting untuk


proses perbaikan karena terdapat dua kopi
yang terpisah dari setiap informasi genetik.
Bila rantai yang satu rusak, maka rantai
satunya yang mengandung informasi yang
utuh akan digunakan untuk memperbaiki
sekuens nukleotida yang rusak.
Pentingnya struktur double helix ditunjukan
dengan terdapatnya struktur ini pada semua
sel kecuali beberapa virus yang hanya
mempunyai untai tunggal DNA atau RNA
sebagai materi genetik
Perbaikan DNA

Pada genom untai tunggal, banyak proses


perbaikan tidak dapat terjadi dan perubahan
nukleotida terjadi sangat sering.
Setiap sel mengandung beberapa sistem
perbaikan DNA, dan setiap sistem
mempunyai enzim dan preferensi tipe
kerusakan yang dapat dikenali.
Perbaikan DNA yang umum adalah
pengguntingan DNA yang rusak,
pengembalian sekuens original berdasarkan
rantai yang utuh oleh enzim polymerase dan
pengikatan perbaikan tadi oleh enzim ligase
Perbaikan DNA
Mekanisme perbaikan ini ada 2 jenis. Yang pertama adalah
base excision repair meliputi berbagai enzim glikosilase
yang masing-masing mengenali tipe spesifik perubahan
basa pada DNA dan mengkatalisa hidrolisa untuk
pembuangannya.
Mekanisme kedua adalah nucleotide excision repair.
Mekanisme ini dapat memperbaiki hampir semua
perubahan besar pada struktur DNA double helix
Perbaikan DNA

Keadaan yang lebih sulit timbul kalau kedua rantai


DNA rusak sehingga tidak ada cetakan untuk
memperbaiki. Kerusakan dapat diakibatkan oleh
radiasi pengion, oksidator, atau kesalahan
waktu replikasi.
Bila kerusakan ini dibiarkan, kromosom akan
terpecah menjadi fragmen2 kecil.
Walau demikian terdapat 2 hal yang
mengendalikan kemungkinan kerusakan ini.
Perbaikan DNA

Mekanisme pertama adalah nonhomologous


end-joining. Pada mekanisme ini ujung yang
patah diposisikan dan diikat kembali oleh DNA
ligase, biasanya terdapat kehilangan satu atau
lebih nukleotida pada tempat sambungan dan
mekanisme ini dianggap sebagai mekanisme
darurat untuk memperbaiki kerusakan pada
untai ganda. Walau hilangnya nukleotida ini
dapat menyebabkan mutasi, proporsi genom
mamalia yang mengkode protein sangat
sedikit sehingga mekanisme ini dapat diterima
dan jarang menimbulkan kelainan.
Perbaikan DNA

Mekanisme perbaikan lainnya adalah menggunakan


kopi dari kromosom lainnya (sel mamalia adalah
sel diploid dan mempunyai dua kopi double helix).
Mekanisme ini disebut homologous end-joining.
Terdapat mekanisme rekombinasi DNA umum yang
mentransfer informasi sekuens nukleotida dari
DNA double helix yang utuh ke tempat kerusakan.
Perbaikan ini membutuhkan protein khusus untuk
mengenali sekuens yang cocok antar kedua
kromosom dan mendekatkan mereka.
Pada sel yang telah mereplikasi DNA tetapi belum
membelah diri, mekanisme perbaikan ini sudah
terjadi antar kedua anak kromosom.
Perbaikan DNA

Dalam keadaan tertentu sel mempunyai


mekanisme lain untuk tetap bertahan.
Seringkali dalam keadaan berbahaya,
ekspresi beberapa gen yang dapat
melindungi sel diaktifkan, mekanisme ini
antara lain terdapat pada heat-shock
response yang timbul bila sel
dipaparkan pada temperatur tinggi.
Sel juga mempunyai mekanisme untuk
memacu tingkat enzim untuk perbaikan
DNA pada kerusakan DNA yang berat.
Perbaikan DNA

Sel manusia mempunyai lebih dari 10 macam DNA


polymerase minor yang sering dipakai sebagai
jalan terakhir untuk mengkopi DNA yang rusak
permanen. Enzim ini dapat mengenali
kerusakan DNA tertentu dan menambahkan
nukleotida yang akan mengembalikan ke
sekuens semula. Walau demikian enzim ini
hanya mampu menambahkan satu atau
beberapa nukleotida saja.
Perbaikan DNA

Selain mekanisme perbaikan DNA sendiri, sel juga


mempunyai mekanisme menunda siklus sel
sampai perbaikan DNA selesai.
Pada siklus sel, terdapat beberapa checkpoint
untuk memastikan suatu langkah telah selesai
sebelum langkah berikutnya dimulai. Pada
beberapa check point ini, siklus akan terhenti
bila terdeteksi kerusakan DNA.