GENETIKA MIKROBA

Telaah mengenai pewarisan dan

keragaman ciri ciri suatu
mikroorganisme
Sumbangan genetika mikroba bagi
perkembangan genetika jasad tingkat
tinggi :
• Prokariotik (bakteri);berkromosom
tunggal, perubahan pada bahan
genetisnya diekspresikan dengan segera
dan mudah diamati.
• Mudah menyediakan kondisi terkendali
yang konstan
• Laju pertumbuhan yang cepat dan
populasi yang besar
 GENETIKA MIKROBA
I. SIFAT BAHAN GENETIS, REPLIKASI,
TRANSKRIPSI DAN TRANSLASI

II. KONTROL EKSPRESI GEN

III. KLONING GEN

I. SIFAT BAHAN GENETIS
Kromosom suatu bakteri
• ialah sebuah molekul DNA berutasan-ganda
dengan ukuran sekitar 4000 kb, yang bila
ditarik secara linear dalam bentuk heliks-
ganda, ukurannya akan mencapai kira-kira
1,25 mm, yaitu beberapa ratus kali lebih
panjang daripada sel bakteri yang
memilikinya
 Gen :
• Segmen-segmen yang diskrit
(mempunyai ciri-ciri tersendiri)
pada DNA atau kromosom yang
menyandikan masing-masing protein
 Asam deoksiribonukleat (DNA)

• Substansi kimiawi yang membangun kromosom.

• Substansi yang diwariskan
• Didalam struktur DNA tersandikan informasi
bagi sintesis semua protein sel.
• Sebuah molekul yang panjang menyerupai tali,
terdiri atas dua utas, saling membelit
membentuk heliks ganda.
• Setiap utas terdiri dari nukleotida yang
membentuk polinukleotida
Setiap nukleotida dibentuk
dari tiga bagian :
• Sebuah senyawa cincin yang mengandung
nitrogen (basa bernitrogen), dapat
berupa purin dan pirimidin
• Sebuah gugusan gula berkarbon lima
(pentose)
• Sebuah molekul fosfat

Semua terhubung dalam urutan :basa

bernitrogen-deoksiribose-fosfat
•Nukleosida :
Basa purin/pirimidin
+ gula

•Nukleotida :
nukleosida + fosfat
STRUKTUR DNA
Asam Ribonukleat
(RNA)

• Mengolah informasi yang

disandikan di dalam DNA
bagi sintesis protein
melalui transkripsi dan
translasi
 Perbedaan
DNA RNA
• Gula : • Gula : ribosa
deoksiribosa • Pirimidin :Urasil
• Pirimidin :Timin • Polinukleotida
• Polinukleotida rantai tunggal
rantai ganda • Terdapat dalam
• Terdapat dalam nucleolus dan
nucleolus sitoplasma
 Jenis jenis RNA :
1. mRNA :
• membawa informasi genetik dari DNA
dalam bentuk kodon untuk urutan asam
amino yang akan disintesis
• disintesis dalam inti : sintesis mRNA
dimulai dari ujung 5’ ke 3’ (hanya satu
rantai DNA yang ditranskripsi)
• mRNA sebagai cetakan untuk sintesis
protein di ribosom
2. tRNA
• Merupakan adapter terhadap kode
genetik
• Mengenal informasi yang ada pada
kodon dan dapat mengenal asam amino
yang dimaksud
3. rRNA
• Terdapat dalam ribosom,dan merupakan
bagian dari ribosom
 Asam amino
tRNA
antikodon
kodon
 REPLIKASI
• Proses berlipat gandanya molekul DNA
• Mempertahankan informasi genetik dari satu
generasi kepada generasi berikutnya
• Replikasi dimulai dari titik pangkal pada
kromosom bakteri
• Kedua utas DNA memisah pada situs ini
membentuk struktur berbentuk Y, titik
persimpangannya disebut titik tumbuh.
• Replikasi bergerak berurutan dari titik tumbuh,
baik pada replikasi satu-arah atau dua-arah
• Titik tumbuh terikat pada membran sel dan
disitulah kedua utasan tsb diduplikasi
• Inisiasi (pengawalan) replikasi DNA
membutuhkan suatu pancing atau pemula
(primer) yaitu sepotong RNA pendek yang
disintesis oleh RNA polimerase dan
komplementer terhadap DNA. Dengan
adanya pemula ini, DNA polimerase dapat
mulai mensintesis deoksiribonukleotida.
Sekali pancingan mengena, RNA dicerna oleh
DNA pol dan digantikan dengan DNA
• Setiap molekul berutasan-ganda mengandung
salah satu dari utasan asli dan satu utasan
baru; cara ini disebut semi konservatif
• Bahan dasar : dNTP, primer, DNA template
Enzim-enzim yang terlibat, antara lain
• Topoisomerase :mengendorkan tegangan yang
ada pada lilitan rantai ganda DNA
• Helikase : membuka rantai ganda DNA
• DNA polimerase: menambahkan nukleotida
pada ujung hidroksil 3’ utasan DNA yang
sedang bereplikasi, jadi mensintesis utasan-
utasan DNA dengan arah 5’-3’
• Ligase : menyambung bagian-bagian rantai
tunggal DNA yg baru terbentuk
• SSBP :mencegah rantai tunggal DNA untuk
bergabung kembali
• Primase :mensintesis RNA sebagai primer
 Fragmen Okazaki :
• Replikasi arah 3’-5’ bersifat tidak
sinambung; artinya utasan-
utasannya direplikasi dalam bentuk
segmen-segmen kecil yg disebut
fragmen Okazaki.
• Fragmen fragmen ini kemudian
digabungkan menjadi satu oleh
enzim ligase
 PRINSIP PCR
PCR merupakan salah
satu aplikasi dari
replikasi DNA, yaitu
replikasi DNA in vitro
 TRANSKRIPSI
• Sebelum sintesis protein dapat berlangsung,
pertama-tama sandi-sandi pada DNA harus
dipindahkan ke suatu substansi yang melalukan
informasi dari DNA di daerah inti ke ribosom di
dalam sitoplasma.Substansi ini dikenal dengan
nama mRNA
• Proses disintesisnya mRNA berutasan tunggal dan
komplementer terhadap salah satu utasan DNA
disebut Transkripsi, yang dikatalisis oleh RNA
polimerase dan membutuhkan ribonukleotida
teraktivasi
• Transkripsi adalah langkah
pertama dalam ekspresi genetis.
• Proses ini menyangkut pemisahan
kedua utasan DNA, salah satu
diantaranya berfungsi sebagai
acuan bagi sintesis utasan mRNA
yang komplementer oleh RNA
polimerase yang bergantung pada
DNA
 TRANSLASI
• Translasi (penterjemahan), yaitu langkah
berikutnya di dalam ekspresi gen, adalah
proses pengarahan sintesis protein oleh
informasi genetis yang sekarang ada pada
molekul mRNA.
• Bila keempat basa yang berbeda beda pada
nukleotida nukleotida mRNA itu ditata dalam
suatu deretan, maka setiap deret yang
terdiri dari 3 basa (triplet) disebut kodon,
mampu menetapkan suatu asam amino
tertentu yang dapat dilihat dari tabel kode
genetik (The Genetic Code)
Tabel
Kode
Genetik
• Kodon AUG dan GUG : kodon yang
mengawali rantai polipeptida
• Kodon UAA, UAG, UGA : kodon yang
mengakhiri rantai polipeptida (disebut
kodon nonsens atau kodon tak berarti)
• Asam amino yang sama dapat disandikan
oleh lebih dari satu kodon, artinya
sandi tersebut turun derajat
(degenerate)
A-site : Acceptor site
P-site : Peptide site
 Penyusunan rantai
protein pada ribosom
• Ribosom akan membuat protein yang
macamnya bergantung pada jenis mRNA
yang disediakan
• Ribosom terikat pada salah satu ujung
molekul mRNA pada suatu situs tertentu
(spesifitas disini penting artinya karena
menentukan awal translasi mRNA
menurut urutan pembacaan yang benar
• tRNA bermuatan yang membawa molekul
asam amino yang pertama kemudian terikat
pada kodon yang mengawali rantai pada
mRNA.
• tRNA lain yang membawa asam amino yang
kedua kemudian terikat pada kodon
berikutnya.
• Gugusan amino dari asam amino pada tRNA
yang kedua bereaksi dengan gugusan
karboksil terminal yang aktif pada asam
amino dari tRNA yang pertama untuk
membentuk dipeptida ; tRNA yg pertama lalu
dilepaskan. mRNA digerakkan di sepanjang
ribosom untuk menempatkan kodon
berikutnya supaya siap menerima asam amino
ketiga.
Kontrol Ekspresi Gen
pada Prokariot

• lac Operon
• trp Operon
 REKAYASA GENETIKA DENGAN
MIKROORGANISME
• Adalah manipulasi gen secara kimiawi, yaitu
teknik untuk mengisolasi dan menggabungkan
potongan-potongan DNA sehingga dapat
dihasilkan molekul DNA rekombinan yang aktif
• Molekul ini, sekali dihasilkan, dapat dimasukkan
ke dalam sel bakteri dan diperbanyak (juga
disebut kloning gen)
• Pada teknologi ini, gen dapat bergerak melintasi
garis spesies
Ikan transgenik
 Kloning Gen
• Kata clone diturunkan dari bahasa Yunani klon
yang artinya adalah potongan yang digunakan
untuk memperbanyak tanaman. Klon Gen adalah
sekelompok salinan gen yang bersifat identik,
yang direplikasi dari satu gen yang dimasukkan
ke dalam sel inang.
• Kloning dimulai dari isolasi gen target, yang
dapat diperoleh dengan pendekatan shotgun atau
menggunakan teknik PCR
• Gen target yang diperoleh kemudian diligasi
dengan plasmid dan ditransformasikan ke E.coli
Langkah-langkah kloning gen :

• Ekstraksi DNA Genom

• Isolasi DNA target (DNA insert)
• Isolasi DNA vektor (plasmid)
• Penyambungan vektor dan DNA
target
• Transformasi pada sel inang
• Isolasi DNA rekombinan dari inang
• Analisa DNA rekombinan
 Bahan utama yang diperlukan dalam
DNA rekombinan :
• DNA
- DNA target dari mikroorganisme, hewan atau
tumbuhan
- DNA plasmid : DNA utas ganda sirkuler yang
berukuran kecil yang terdapat dalam bakteri.
• Enzim
- Enzim restriksi : enzim yang dapat memotong
DNA pada situs yang spesifik.
- Enzim ligase : Enzim yang dapat menyambung DNA
ujung 3-OH dari satu potongan dengan ujung 5-P
dari potongan DNA lainnya dengan ikatan kovalen
(fosfodiester)
 Ekstraksi DNA
• Dilakukan untuk memisahkan genom
DNA dari molekul-molekul lain di
dalam suatu jaringan, karena secara
alami, DNA adalah suatu molekul
primer yang keberadaannya selalu
terkait dengan RNA dan protein.
Sedangkan dalam menganalisa DNA,
yang diperlukan adalah DNA dalam
bentuk murni
 M 1 2

(kb)

23.130

9.416

6.557

4.361

2.322
2.027
gbsAB

ectABC

Contoh :
Isolasi gen dengan PCR
 M E L - K - L S Q R Q F I D G E W V E S X N K X T R X I I N P F N Q E V I A T V S E G T X E D A E R Majority
10 20 30 40 50
1 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - I N P F N Q X I T A V V P D X D E S D T K X BADH_BK-05.
1 M - - - - - - S Q T L F I D G E W I S A E K E Q I R S I I N P F N Q E E I A T V S E G G R E D A I K BADH_B.subtil
1 M E L L K H L S Q R Q Y I D G E W V E S T N K N T R D I I N P Y N Q E V I F T V S E G T K E D A E R BADH_S.aureus
1 M E L V K N L S R R Q F I D G E W V E S S N K E T R K I I N P F N Q E V I F E V A E G T A D D S E R BADH_S.xylosu

A I L A A R R A F D X G E W A S E T A E E R G K K V R A I A D L I X R D R E E L A X L E S L D T G K Majority
60 70 80 90 100
23 A I D A A R X A F D N G G W A S T P A T E R G A V V R K I A E L I E R D K E E L A Y L E S L D T G K BADH_BK-05.
45 A I A A A R R A F D K G E W S S L S G L E R G K I V L K I A E L I R R D L E E L A E L E S L D T G K BADH_B.subtil
51 A I L A A R R A F E S G E W S Q E T A E K R G K K V R A I A D K I K E H R E A L A R L E T L D T G K BADH_S.aureus
51 A I L A A R R A F E D G E W A N E T S E N R G K K V R A I S D L I V K H R E E L A K L E T L D T G K BADH_S.xylosu

T L E E S Y A D M D D I A N V F X Y F A G L A D K D G G E I I D S P I P D S E S K V V K E P V G V V Majority
110 120 130 140 150
73 T V E E S R G D M D D I A G V F R Y Y A E I A D K D G G E M I D S P V P N S I S K V V H E P V G V C BADH_BK-05.
95 T L E E S K A D M D D I A N V F Q Y Y A G L A D K D G G E I I S S P I P D S E S K I I R E P I G V C BADH_B.subtil
101 T L E E S Y A D M D D I H N V F M Y F A G L A D K D G G E M I D S P I P D T E S K I V K E P V G V V BADH_S.aureus
101 T L E E S Y A D M D D I A N V F N F F A G L A D K D G G E I I D S P I P N T E S K V I K E P I G V V BADH_S.xylosu

G Q I T P W N Y P L L Q A S W K I A P A L A T G N S L V M K P S E I T P L T T I R V F E L M E E V G Majority
160 170 180 190 200
123 G Q I T P W N Y P L L Q A S W K L A P A L A T G N T L - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - BADH_BK-05.
145 G Q I T P W N Y P L L Q A S W K I A P A L A A G N T I V M K P S E I T P L T T I K V F K L M E E A G BADH_B.subtil
151 T Q I T P W N Y P L L Q A S W K I A P A L A T G C S L V M K P S E I T P L T T I R V F E L M E E V G BADH_S.aureus
151 T Q I T P W N Y P L L Q A S W K I A P A L A S G C S L V M K P S E I T P L T T I R V F E L M E E V G BADH_S.xylosu
Contoh : Alignment parsial asam amino penyusun BADH BK-05
F P K G V I N L V L G X G S E V G D X L S X H K E V D L V S F T G G I E T G K H I M K N A A X N V T Majority
Kemiripan tertinggi pada Bacillus subtilis sebesar 66%
210 220 230 240 250
 Plasmid
• DNA dupleks kecil (DNA ekstrakromosomal)
berbentuk lingkaran yang ditemukan di dalam
sitoplasma hampir semua spesies bakteri
• Berukuran sekitar 2-100 kb, yang baik untuk vektor
kloning berukuran kurang dari 10 kb.
• Yang berukuran kecil dapat mencapai jumlah 20
atau lebih dalam satu sel, sedangkan yang besar
hanya 1 atau 2 salinan saja
• Plasmid bakteri memainkan peranan penting di
dalam bidang rekayasa genetika
• Tiap plasmid mengandung beberapa
atau kadang kadang banyak gen untuk
melakukan replikasi, transkripsi dan
translasi secara terpisah, tetapi
dalam waktu bersamaan dengan gen
kromosom
• Plasmid mudah diisolasi dan
dipisahkan dari kromosom bakteri.
• Plasmid mudah pindah dari satu
spesies bakteri ke spesies lainnya
HASIL
TRANSFORMASI

•Koloni putih
•Koloni biru
VISUALISASI DNA DENGAN ELEKTROFORESIS
PRINSIP ELEKTROFORESIS
Benang DNA hasil isolasi
Hasil elektroforesis DNA dilihat di atas sinar
UV setelah diberi etidium bromida
 M 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11

Hasil dokumentasi DNA dengan Polaroid

 tRNA
• Rantai tunggal yang mengandung 80
nukleotida dan melipat diri sehingga
membentuk susunan seperti daun
semanggi
• Tiga basa yang tidak mempunyai
pasangan membentuk triplet
antikodon yang mengenali kodon yang
komplementer terhadapnya pada
mRNA
• Keempat jenis nukleotida ini dihubungkan
bersama-sama menjadi utasan
polinukleotida DNA.
• Rantai :
pentose….fosfat…pentose….fosfat dan
seterusnya merupakan tulang punggung
molekul DNA dan dihubungkan dengan
ikatan fosfodiester.
• Ikatan-ikatan hidrogen menghubungkan
basa dari satu rantai dengan basa dari
rantai yang lain
 Biosintesis DNA
• Harus tersedia nukleotida seluler (dalam
bentuk jadi atau sintesis dari nutrien
sederhana, yaitu glukosa, amonium sulfat
dan mineral)
• Energi dalam bentuk ATP
• Pada setiap nukleotida teraktivasi terikat
dua gugusan fosfat yang berasal dari
peruraian dua ATP
 Fage lambda sebagai vektor untuk
memasukkan gen asing ke dalam bakteri
• Lambda sangat efisien dalam
menginfeksikan DNA ke dalam sel
inang
• Berukuran lebih besar, sekitar 49 kb
 II. GENETIKA BAKTERI
Meliputi :
•Perubahan Fenotip : Lingkungan
•Perubahan Genotip : Mutasi
•Rekombinasi bakteri
•Rekayasa Genetika

GENOTIP : ciri-ciri potensial total suatu sel yang bersifat menurun

FENOTIP : ciri-ciri yang diekspresikan
•Harapan untuk menaklukkan semua penyakit yang
menurun
•Kemungkinan berubahnya suatu mikroba yang umum
dan tidak bahaya, menjadi bentuk patogenik.
MUTASI: perubahan di dalam rangkaian nukleotida
suatu gen

MUTASI TERJADI JARANG, ACAK DAN SPONTAN

TANPA MEMPERHATIKAN PERSYARATAN LINGKUNGAN
 Terjadinya Mutasi
• Paling umum terjadi dalam replikasi DNA
• Dapat berupa mutasi titik atau
pergeseran kerangka
• Mutasi dapat ditimbulkan oleh sinar
(misal :uv, x) dan mutagen (misal :analog
basa, antara adenin dan 2-aminopurin)
• Sinar x : pecahnya ikatan kimiawi
• Sinar uv : pembentukan dimer timin yang
bersebelahan.
• Beberapa mutan memperlihatkan
perubahan morfologis
 Rekombinasi Bakteri
• Adalah : pembentukan suatu genotipe
baru melalui pemilihan kembali gen-gen
setelah terjadinya pertukaran bahan
genetis antara 2 kromosom yang berbeda
yang mempunyai gen-gen serupa pada
situs-situs ybs.
• Progeni yang dihasilkan, mempunyai
kombinasi gen-gen yang berbeda dari
yang ada pada tetuanya
Tiga tipe pemindahan gen pada
rekombinasi genetis bakteri :
1. Konyugasi : pemindahan gen antara sel-
sel yang kontak satu dengan yang lain
secara fisik
2. Transduksi : pemindahan gen dari satu
sel ke sel yang lain oleh bakteriofage
3. Transformasi : Pemindahan DNA
bebas- sel atau “bugil” dari satu sel ke
sel yang lain
1. KONYUGASI
Donor &
Resipien
Konyugasi
2. TRANSDUKSI
 Terjadinya Transduksi
• Beberapa fage tenang (lisogen), dapat
berperilaku sebagai episom. Bila DNA
virus ini telah terpadu di dalam
kromosom bakteri, maka disebut
profage.
• Bila profage mendapat induksi spontan,
maka menjadi fase litik dan membawa
sebagian dari kromosom bakteri. Bila
fage tsb menginfeksi bakteri lain, maka
kromosom dari bakteri pertama akan
turut diinfeksikan.
3. TRANSFORMASI
Transformasi pneumococcus tipe II menjadi
pneumococcus tipe III
TRANSFORMASI DNA PADA BAKTERI

Hanya galur-galur sekerabat dekat

yang dapat ditransformasikan.
Transformasi
gen secara
kimiawi