KARAKTERISASI STRUKTUR & FUNGSI PROTEIN

RINI KURNIASIH
CENTRAL DOGMA
 Based On Structure LEVEL OF PROTEIN STRUCTURE

Protein Serat Protein Globular

*Kreatin otot *Hemoglobin
Based On Function
Enzyme Hormone
Antibody
Transport Protein
Based On Composition
Single Polipeptide
Conjugated Polipeptide
 Struktur 3D Enzim
1 2
Isolasi & Sekuensing
Molekule DNA/RNA
Invitro
Isolasi & Pemurnian r
Enzim

In silico

3
 Bioinformatic Tools Analysis
1 Database Sekuen DNA/RNA/Protein : NCBI - https://www.ncbi.nlm.nih.gov/

Keterangan :
Ada 37 jenis database di
NCBI. Database yang
paling sering digunakan
adalah :
1. Nucleotide (DNA &
RNA Sequences)
2. Protein (Protein
Sequence)
1 Database Sekuen DNA/RNA/Protein :

Cds = coding sequences

 Bioinformatic Tools Analysis
1 Database Struktur Protein : Protein Data Bank Database - https://www.rcsb.org/

Sekuen protein
Struktur protein
 Bioinformatic Tools Analysis
2 Database Struktur Protein : Protein Data Bank Database - https://www.rcsb.org/

Resolusi adalah jarak terkecil antara bidang kristal protein

dengan pola difraksi yang dihasilkan dalam struktur protein.
Menunjukkan ukuran kualitas struktur yang dihasilkan dari
kristal protein.

• Nilai resolusi rendah (< 3.0 Å), resolusi struktur protein

tinggi (kualitas baik)
• Nilai resolusi tinggi (> 3.0 Å), resolusi struktur protein
rendah (kualitas buruk)

Perhatikan !
 X-Ray Crysyallography Protein
X-ray

Enzim Murni

Kristalisasi Crystal

Kristal Enzim

Phases of diffracted rays

Electron density

Protein model
 Contoh
Tyr myoglobin

Struktur manakah
yang terbaik ?
Tyr myoglobin

Tyr
hemoglobin

Tyr myoglobin
 Ramachandran Plot
sudut phi, X; sudut psi, Y
Struktur 2o berbeda, akan berada pada
kelompok yg berbeda pada diagram

Konformasi yg paling baik pada daerah

berwarna merah (konformasi α-helical
and β-sheet )

Area berwarna kuning masih

diperbolehkan (the left-handed a-helix) jika
lebih pendek dari radii van der walls

Daerah yg tdk diperbolehkan untuk semua

asam amino, kecuali Gly
 Bioinformatic Tools Analysis
3 Analisis Homologi : BLAST - https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi

4 TIPE BLAST

Pilih Jenis BLAST

 Bioinformatic Tools Analysis
3 Analisis Homologi : BLAST - https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi

Pilih Database yang Pilih Optimize for :

Pilih jenis Upload file Klik BLAST
akan dibandingkan Highly similar
BLAST sequence.fasta
dengan sekuen uji sequences (megablast)
 Bioinformatic Tools Analysis
4 Multiple Sequence Allignment: The European Bioinformatic Institute (EBI) https://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/
Terdapat beberapa pilihan tools MSA : Pilih sesuai jumlah sekuen yang akan di sejajarkan
 1. Download sekuen-sekuen enzim yang homolog terhadap enzim uji (rendah – tinggi)

2. Kumpulkan sekuen-sekuen homolog tsb dalam file : Sekuen untuk disejajarkan.word

3. Buka website : https://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/ > Pilih Clustal Omega > Copy paste sekuen-sekuen tsb
 Bioinformatic Tools Analysis
4 Multiple Sequence Allignment: The European Bioinformatic Institute (EBI) https://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/
MSA Lakase : ditemukan motif sekuen
(asam amino sisi aktif)
 Bioinformatic Tools Analysis
5 Analisis Karakterisasi Protein : ExPasy Tools - https://www.expasy.org/tools/
 Bioinformatic Tools Analysis
5 Analisis Karakterisasi Protein : ExPasy Tools - https://www.expasy.org/tools/

• Aliphatic index menunjukkan komposisi asam amino alifatik yang menyusun

enzim.
• Aliphatic index dapat menggambarkan Tingkat Termostabilitas suatu enzim.
• Hal ini dikarenakan :
Sifat asam amino alifatik memiliki tingkat kelarutan yang rendah dan hidrofobisitas
yang tinggi, menyebabkan enzim mampu mempertahankan konformasi
strukturnya pada suhu tinggi.
• Aliphatic index yang besar, Enzim bersifat Termostabil
Adakah yang mau ditanyakan ?
Jika di database PDB tidak ada
struktur enzim uji kita, bagaimana ?

Structure Protein Modelling

 Structure Protein Modelling
Terdapat banyak metode dalam
memprediksi/pemodelan struktur
protein.

Metode yang banyak digunakan

adalah :
Structure Protein Modelling
based on Homology,
menggunakan server SWISS
MODEL.
Sekuen Protein
(Jika sekuen yang kita miliki adalah sekuen DNA, Maka perlu di
translate menjadi sekuen protein)
 Translate Sekuen : DNA to Protein
1
Expasy Translate Tools : https://web.expasy.org/translate/
Cara : copy paste sekuen DNA enzim kita > Klik Translate Sequences

1
EBI Translate Tools : https://www.ebi.ac.uk/Tools/st/
Cara : Klik Launch Transeq > copy paste sekuen DNA enzim kita > Klik Submit
MLPLWTLSLLLGAVAGKEVCYERLGCFSDDSPWSGITERPLHILPWSPKDVNTRFLLYTNENPNNFQEVAADSSSISGSNFK
TNRKTRFIIHGFIDKGEENWLANVCKNLFKVESVNCICVDWKGGSRTGYTQASQNIRIVGAEVAYFVEFLQSAFGYSPSNVHVI
GHSLGAHAAGEAGRRTNGTIGRITGLDPAEPCFQGTPELVRLDPSDAKFVDVIHTDGAPIVPNLGFGMSQVVGHLDFFPNG
GVEMPGCKKNILSQIVDIDGIWEGTRDFAACNHLRSYKYYTDSIVNPDGFAGFPCASYNVFTANKCFPCPSGGCPQMGHY
ADRYPGKTNDVGQKFYLDTGDASNFARWRYKVSVTLSGKKVTGHILVSLFGNKGNSKQYEIFKGTLKPDSTHSNEFDSDVDV
GDLQMVKFIWYNNVINPTLPRVGASKIIVETNVGKQFNFCSPETVREEVLLTLTPCETTVIPMNLLIKSSGDA

Hasil translate Expasy dan EBI sama

Adakah yang mau ditanyakan ?
“Success is steady progress toward one’s personal goals”
~Jim Rohn

Good luck