KIMIA ORGANIK II

PROTEIN
KELAS 01 SH 116
Definisi
• Protein adalah biomolekul yang terdapat pada
setiap organisme hidup
• Protein mempunyai berbagai tipe yang berbeda-
beda, dan mempunyai fungsi biologis yang berbeda
juga.
• Sebagai contoh:
1. Keratin pada rambut dan kuku
2. Fibroin pada sutera dan sarang laba-laba
3. Kolagen pada tendon
1. Struktur Asam Amino
• Asam amino mempunyai dua gugus fungsional,
yaitu:
a. Gugus Amina , dan
b. Gugus Asam Karboksilat
Struktur Asam Amino

• Asam amino membentuk amida atau ikatan peptida

untuk menyusun protein. Dipeptida terbentuk bila ada
ikatan amida antara -NH2 dari sebuah As.Amino
berikatan dengan -COOH dari As.Amino yang kedua.
Struktur Asam Amino
• Tripeptida terbentuk dari 3 asam amino dengan 2
ikatan amida (peptida). Polipeptida tersusun oleh
sekitar 50 As.Amino.
Struktur Asam Amino
• Ada 20 Asam Amino yang ditemukan dalam
protein.
• Semua As. Amino tersebut (20 As.Amino)
merupakan asam α-amino (gugus amina pada
atom C-α). Terdiri dari 19 As. Amino
merupakan Amina Primer, dan terdapat 1
As.Amino dengan amina sekunder (Prolin).
• Asam amino yang ada di alam mempunyai
struktur “S” (Sinister). Struktur ini mirip dengan
L-gliseraldehid.
Struktur Asam Amino
 20 Asam Amino yang ditemukan dalam
protein, sepuluh diantaranya adalah As.Amino
esensial
• Sifat-sifat Asam Amino:
1. Asam Amino Netral
2. Asam Amino Bersifat Asam (terdapat 1 gugus
Amina dan 2 gugus karboksilat)
3. Asam Amino Bersifat Basa (terdapat 2 gugus
Amina dan 1 gugus karboksilat)
 Nama BM Titik 1. Asam Amino Netral
Isoelektrik
Alanine 89 6.0
Asparagine 132 5.4
Cysteine 121 5.0
Glutamine 146 5.7
Glycine 75 6.0
Isoleucine 131 6.0
Leucine 131 6.0
Methionine 149 5.7
Phenylalanine 165 5.5
Proline 115 6.3
Serine 105 5.7
Threonine 119 5.6
Trytophan 204 5.9
Tyrosine 181 5.7
Valine 117 6.0
2. Asam Amino Bersifat Asam

Nama BM Titik Isoelektrik

Aspartic Acid 133 3.0
Glutamic Acid 147 3.2
2. Asam Amino Bersifat Basa

Nama BM Titik Isoelektrik

Arginine 174 10.8
Histidine 155 7.6
Lysine 146 9.7
 Struktur Dipolar Asam Amino
• Karena As.Amino mempunyai 2 gugus (asam dan
basa) pada molekulnya maka dapat terjadi
“intramoleculer acid-base reaction”. Dapat
terbentuk dipolar (zwitterion).
• Pada larutan asam, zwitterion As. Amino dapat
menerima proton untuk menghasilkan kation, dan
pada pelarut basa Zwitterion As. Amino dapat
kehilangan proton untuk membentuk anion.
Pada larutan Asam

Pada larutan Basa

2. Titik Isoelektrik
• Titik Isoelektrik merupakan suatu titik dimana
terjadi keseimbangan antara muatan positif (+) dan
negatif (-).
• Pada pH rendah, As.Amino terprotonasi
membenuk kation, pada pH tinggi As.Amino
terprotonasi membentuk Anion.
Titik Isoelektrik
• Dalam keadaan kesetimbangan As.Amino ada
dalam bentuk Zwitterion. Titik pada tempat
terjadinya kesetimbangan disebut titik isoelektrik.
• Titik isoelektrik As.Amino tergantung pada
strukturnya. Terdapat 15 As.Amino netral, dengan
titik isoelektrik mendekati netral, pH 5,0-6,5. Dua
As.Amino bersifat asam titik isoelektrik pH 3,2-3,5,
sedangkan 3 As.Amino bersifat basa titik isoelektrik
pH 7,6-10,8. Perbedaan ini bermanfaat untuk
pemisahan As.Amino menggunakan paper
elektroforesis.
Contoh Pemisahan

• Pada pH 6, glysine adalah netral, tidak bergerak , Lysine punya

muatan positif kan bergerak ke katoda (titik isoelektrik 9,7).
Aspartic acid bermuatan negatif akan bergerak ke anoda (titik
isoelektrik 3,0).
3. Sintesa Asam α-amino
• Asam α-amino dapat disintesis menggunakan
bahan-bahan kimia. Reaksi dimulai dari reagen
akiral dan menghasilkan campuran rasemi R
dan S.
a. Hell-Volhard-Zelinskii Reaction
b. The Strecker Synthesis
c. Reductive Amination of α-ketoacid
a. Hell-Volhard-Zelinskii Reaction
• Pada reaksi ini terjadi α-brominasi terhadap
asam karboksilat yang dilakukan dengan
penambahan Br2 dan fosfor (P).
Seterusnya dilakukan substitusi Br
dengan NH2 melalui penambahan NH3
berlebih dan dihasilkan asam α-amino.
b. The Strecker Synthesis
• Pertama kali dilakukan oleh Adolph Strecker
di Jerman pada 1850. Proses berlangsung
dalam dua tahap, tahap pertama adalah
penambahan aldehid ke dalam larutan
ammonia dan KCN, menghasilkan
intermediate α-aminonitril, kemudian
dihidrolisis sehingga diperoleh campuran
rasemik asam α-amino.
c. Reductive Amination of α-ketoacid
• Biosintesa reduksi aminasi asam (alfa)-keto.
Dengan melakukan reaksi aminasi terhadap suatu
asam (alfa)-keto, kemudian mereduksinya dengan
NaBH4.
4. Peptida, Ikatan peptida dan Sintesa Peptide
• Peptida adalah polimer asam amino

• Ketetapan Internasional:
a. Ujung Kiri, harus ditulis -NH2
b. Ujung Kanan, harus ditulis -COOH
Sintesis Peptida
• Untuk sintesis ini perlu gugus amino dan gugus karboksil
yang diproteksi terlebih dahulu.

• Ada 5 langkah sintesis ini peptida:

1. Proteksi gugus amino pd as.amino 1 dengan BOC (t-
butoksi karbonil amida) derivatif
2. Proteksi gugus karbonil pd as.amino 2, menjadi metil
ester.
3. Ikat kedua gugus dengan DCC (Disikloheksil karbodiimida)
4. Hilangkan proteksi BOC dengan pemberian asam
5. Hilangkan metil ester dengan hidrolisis asam
Contoh Langkah Sintesis Peptida
H - Leu - Ala - OH
• Langkah Sintesis Peptida:
1. Proteksi gugus amino Leusin (Leu) menjadi BOC derivatif
H-Leu-OH+ (t-Bu-OCO)2-O- BOC-Leu-OH
2. Proteksi gugus karbonil Alanin (Ala) menjadi metil ester
H-Ala-OH + CH3OH H-Ala-OCH3
3. Ikat keduanaya dengan DCC (Disikloheksil karbodiimida)
BOC-Leu-OH + H-Ala-OCH3 BOC-Leu-Ala-OCH3
4. Hilangkan proteksi BOC dengan pemberian asam
BOC-Leu-Ala-OCH3 + Asam H-Leu-ALa-OCH3
5. Hilangkan metil ester dengan hidrolisis asam
H-Leu-ALa-OCH3 H-Leu-Ala-OH
5. Tipe Reaksi
Reaksi dalam lingkup analisa kualitatif adalah sebagai
berikut:
a. Reaksi Hopkins Cole
b. Reaksi Millon
c. Reaksi Natriumnitroprusida
d. Reaksi Biuret
e. Reaksi Xantoprotein
f. Reaksi sakaguchi
a. Reaksi Hopkins Cole
• Reaksi ini terjadi apabila larutan senyawa protein
yang mengandung unsur triptofan bereaksi dengan
pereaksi yang disebut dengan istilah Hopkins cole.
Pereaksi ini mengandung beberapa senyawa antara
lain asam glikosilat.
b. Reaksi Millon
• Jenis reaksi dari uji kualitatif protein ini terjadi
apabila larutan protein ditambahkan dengan
pereaksi berupa larutan merkuri serta merkuri
nitrat yang ada di dalam asam nitrat. Sebagai
hasilnya, akan muncul endapan berwarna putih
yang akan berubah menjadi warna merah apabila
terjadi pemanasan.
c. Reaksi Natriumnitroprusida
• Reaksi ini terjadi apabila pelarutnya adalah larutan
amoniak. Protein yang mengandung senyawa
sistein akan menunjukkan hasil berwarna merah
yang menunjukkan hasil positif.
d. Reaksi Biuret
• Uji biuret ini dilakukan dengan tujuan untuk menentukan adanya
senyawa – senyawa yang mengandung gugus amida asam. Reaksi
biuret merupakan uji yang dilakukan untuk mengetahui ikatan peptida.
Reaksi ini positif (berwarna ungu) untuk zat yang mengandung 2 atau
lebih ikatan peptida. Reaksi biuret merupakan reaksi warna yang umum
untuk gugus peptida (-CO-NH-) dan protein. Reaksi positif ditandai
dengan terbentuknya warna ungu karena terbentuk senyawa kompleks
antara Cu2+dan N dari molekul ikatan peptida.
• Banyaknya asam amino yang terikat pada ikatan peptida mempengaruhi
warna reaksi ini. Senyawa dengan dipeptida memberikan warna biru,
tripeptida ungu dan tetrapeptida serta peptida kompleks memberikan
warna merah. Biuret dihasilkan dengan memanaskan urea kira-kira pada
suhu 180 oC dalam larutan basa. Biuret memberikan warna violet
dengan CuSO4. Reaksi ini disebut dengan reaksi biuret, kemungkinan
terbentuknya Cu2+ dengan gugus CO dan –NH dari rantai peptida dalam
suasana basa. Dipeptida dan asam-asam amino (kecuali histidina, serina
dan treonina) tidak memberikan uji ini. Beberapa protein yang
mempunyai gugus –CS-NH-, -CH-NH- dalam molekulnya juga
memberikan tes warna positif dengan biuret.
e. Reaksi Xantoprotein
• Untuk mendapatkan reaksi ini, perlu penambahan
larutan asam nitrat yang pekat ke dalam larutan
protein. Pada saat dicampur, akan terlihat
pembentukan endapan berwarna putih yang
apabila dipanaskan akan berubah warna menjadi
kekuningan. Reaksi ini terjadi pada protein yang di
dalamnya terkandung senyawa antara lain
fenilalanin, triptofan, dan juga tirosin.
f. Reaksi sakaguchi
• Uji Sakaguchi adalah uji kimia yang digunakan untuk
mendeteksi asam amino arginin. Arginin memiliki kelompok-R
propil (3 metil) dengan gugus guanidin di ujungnya. Gugus
guanidin merupakan atom C yang mengikat N2 dengan ikatan
tunggal dan mengikat N dengan ikatan ganda. Gugus guanidin
akan bereaksi dalam uji sakaguchi. Dalam kondisi basa, alpha
naphtol akan bereaksi dengan gugus guanidin dalam arginin
yang telah teroksidasi sodium hipoklorit, menghasilkan
senyawa berwarna merah.
• Apabila protein yang diuji dengan tes sakaguchi menunjukkan
perubahan warna merah berarti dalam protein tersebut
terdapat arginin.
ASAM AMINO NAMA REAKSI WARNA
Arginin Sakaguchi merah
Histidin, Tirosin Pauly merah
Triptofan Hopkins -Cole ungu
Triptofan Ehrlich biru
Tirosin Millon merah
Tirosin, triptofan, dan Xanthoprotein kuning
fenilalanin
Sistein Nitroprusside merah
Uji Kualitatif Protein Berdasarkan
Warna dan Pengendapan
a. Uji Ninhidrin
b. Uji Biuret
c. Uji Reduksi Sulfur
d. Uji Xantoprotein
a. Uji Ninhidrin
• Merupakan uji kualitatif protein yang paling umum
dilakukan dalam rangka mencari tahu apakan suatu
bahan mengandung protein di dalamnya. Apabila
positif maka hasil reaksi adalah terbentuknya
kecenderungan warna dari ungu sampai biru.
b. Uji Biuret
• Sama seperti reaksi biuret, uji kualitatif protein ini
ditujukan untuk mendeteksi apakah ada atau tidak
ikatan peptida yang merangkai molekul protein.
Apabila positif maka wakan muncul warna dari
merah muda hingga ungu.
c. Uji Reduksi Sulfur
• Uji ini tujuannya untuk mengetahui apakah suatu
protein mengandung unsur asam amini dengan
gugus atom S (contoh Cystein dan juga methionin).
Uji ini akan terjadi rekasi yang pada akhirnya
membentuk gram pbS dengan warna hitam.
d. Uji Xantoprotein
• Uji ini sama dengan reakasi Xantoprotein. Hasil
akhirnya akan dihasilkan endapan yang putih dan
berubah menjadi kuning tua. Apabila ditambahkan
pelarut ammonia pekat maka zat akan berubah
warna menjadi jingga.
6. Klasifikasi Protein
• Protein dapat dibagi dalam dua kelas besar, yaitu:
a. Fibrosus Protein: (protein berbentuk serabut)
yang tidak larut dalam air.
b. Globular Protein: (protein berbentuk bundar)
yang larut dalam air, asam, basa atau garam
Perbedaan kelarutan antara kedua kelas protein
disebabkan bentuk molekulnya.
a. Fibrosus Protein
• Fibrosus Protein: (protein berbentuk serabut) yang
tidak larut dalam air.
• Molekul Fibrous protein biasanya panjang seperti
benang dan merentang satu dengan lainnya
membentuk fiber serat/serabut). Molekul ini
banyak membentuk ikatan hidrogen, sehingga
menghasilkan gaya intermolekuler yang sangat
kuat.
b. Globular Protein
• Globular Protein: (protein berbentuk bundar) yang
larut dalam air, asam, basa atau garam (karena
besarnya ukuran molekul protein, biasanya larutan
protein ber bentuk koloid).
• Molekul protein globular terjadi dari satuan-satuan
ikatan peptida yang sangat kompak dan berlipat
membentuk spheroidal/ bulatan. Lipatannya
sedemikian rupa sehingga bagian yang lipofilik
mengarah ke bagian dalam atau menjauhi air,
sedangkan bagian hidrofilik cenderung menghadap
ke bagian luar ke arah permukaan ata mendekati
air.
Globular Protein...
• Contoh globuler protein adalah keratin yang
terdapat pada kulit, kuku, rambut, wool, tanduk,
bulu.
• Protein globular merupakan pembentuk semua
enzim, hormone seperti insulin, albumin,
hemoglobin dll.
7. Denaturasi Protein
• Denaturasi protein adalah proses dimana protein
kehilangan struktur tersier dan sekundernya karena
perlakuan ekstrim atau senyawa tertentu, misalnya
asam kuat, basa kuat, solven-solven anorganik
pekat (misal: Alkohol, kloroform), dan panas
• Jika protein dalam sel hidup terdenatuasi akan
menyebabkan kehilangan fungsi dan dapat
menyebabkan kematian sel.
Denaturasi Protein...
• Denaturasi ditandai dengan perubahan-perubahan
sifat-sifat fisik dan biologis. Kelarutan biasanya
menurun dan akhirnya terjadi koagulasi menjadi
massa putih yang tak larut.
• Kebanyakan enzim juga kehilangan sifat katalitiknya
ketika terdenaturasi.
• Namun demikian, kebanyakan (tidak semua) proses
denaturasi adalah reversibel. Proses renaturasi
biasanya dkuti kembalinya fungsi-fungsi biologis.
Soal
1. Mengapa endapan putih pada reaksi millon dapat berubah menjadi warna merah bila
dipanaskan?
Jawab: Uji Millon adalah larutan merkuro dan merkuri nitrat dalam asam nitrat. Jika larutan ini
ditambahkan protein yang mengandung asama amino dengan rantai samping gugus fenolik,
maka akan menghasilkan endapan yang berwarna putih yang dapat berubah menjadi merah
ketika di panaskan.
2. Apa fungsi penambahan asam nitrat pekat pada reaksi Xantoprotein?
Jawab: Fungsi penambahan HNO3 adalah agar terjadi nitrasi pada inti benzene yang terdapat
dalam molekul protein sehingga terjad endapan putih yang berubah menjadi kuning bila
dipanaskan
3. Jelaskan proses denaturasi protein!
• Jawab:
• Denaturasi Protein adalah proses perubahan struktur lengkap dan karakteristik bentuk protein
akibat dari gangguan interaksi sekunder, tersier, dan kuaterner struktural. Karena fungsi biokimia
protein tergantung pada tiga dimensi bentuknya atau susunan senyawa yang terdapat pada
asam amino. Hasil denaturasi adalah hilangnya aktivitas biokimia yang terjadi didalam senyawa
protein itu sendiri. Denaturasi protein juga tidak mempengaruhi kandungan struktur utama
protein yaitu C, H, O, dan N. Meskipun beberapa protein mengalami kemungkinan untuk
kehilangan kandungan senyawa mereka karakteristik struktural saat Denaturasi. Namun,
kebanyakan protein tidak akan mengalami hal tersebut, hanya saja tidak menutup kemungkinan
juga protein akan berubah struktur kecil didalamnya saat proses denaturasi terjadi.
Bagaimanapun, untuk perubahan denaturasi secara umum, prosesnya sama dan tidak dapat
diubah. ( Stoker, 2010)
4. Pada pH 6 (netral), prediksikan migrasinya ke arah
anoda atau katoda atau tidak terjadi pergerakan/
tetap jika dilakukan elektroforesis:
a. Alanine :
b. As. Glutamat :
c. Cystein :
d. Tryptophan :
e. Tyrosine :
f. Arginine :
g. Histidine :
h.Lysine :
i. Valine :
j. Methionine :
k. As. Aspartat :
l. Serine :
m.Threonine :
n.Leucine :
o.Isoleucine :