• PCR Convencional
• sequenciamento gênico
DNA –Estrutura e Funções
História:
1940- Que tipo de molécula
seria capaz de passar • 1951 Rosalind Franklin biofísica
informações de uma célula
britânica Melhores registros
para células-filhas milhões
de vezes??? fotográficos da estrutura do DNA,
usando técnicas de raios-x.
• 1953 Watson e Francis Crick
Elaboraram o modelo da dupla
hélice para a molécula de DNA,
artigo publicado na Nature.
DNA –Estrutura e Funções
Nucleotídeos:
• Açúcar
• Fosfato
• Base
nitrogenada
DNA –Estrutura e Funções
Carga do DNA é
negativa ou positiva?
DNA –Estrutura e Funções
• O conjunto completo de
informações do DNA de um
organismo é chamado de
genoma.
Funções do DNA
Replicação
Produzir cópias idênticas
Transmitindo informações das células – mãe para
células filhas
Transcrição
DNA origina RNA
Atua na na síntese de proteínas
Controle da atividade celular
Replicação do DNA
• Dupla Fita: cada fita pode servir como molde para síntese de
uma nova fita.
Ligação fosfodiéster
Replicação do DNA
Replicação do DNA
• Mecanismo de polimerização do DNA
(5’- 3’) é um problema pois a DNA
polimerase adiciona novas unidades
apenas à extremidade 3’ da cadeia.
Diferenças:
DNA: RNA:
• Base nitrogenada • Base nitrogenada
timina uracila
• Dupla fita • Fita simples
• Açúcar • Açúcar
• Mais estável • Menos estável
De DNA a RNA-Transcrição
• Enzima envolvida RNA-
Polimerase, mesma função
da DNA-polimerase, mas não
tem o poder de revisão e
correção, assim não precisam
de fragmento iniciador.
• Sinais no DNA indicam à RNA
polimerase onde iniciar e onde
terminar a síntese de RNA.
RNA polimerases mais
estudadas I, II e III
De DNA a RNA-Transcrição
Tipos de RNAs:
• (RNAm) RNA mensageiro: RNA copiado a partir
do gene (dirige a síntese de proteínas).
• (RNAb) RNA ribossomal: forma o cerne nos
ribossomos, nos quais o mRNA é traduzido em
proteínas.
• (tRNA) RNA transportador: forma os adaptadores
que selecionam os aminoácidos e os colocam no
local adequado em um ribossomo para
incorporação dos mesmos à proteína.
De DNA a RNA-Transcrição
• O molde do DNA extraído pode ser utilizado para diversas práticas na biologia
molecular
Extração de DNA
Pele
Sangue
Saliva
Sêmen
Muco
Músculo
Osso...
Extração de DNA
a) Centrífuga com rotor para vários tipos de tubos (ou para o tipo de tubo empregado
no laboratório). É aconselhável que a centrífuga tenha controle de refrigeração.
b) Capelas de exaustão ou bancadas limpas.
c) Banho-maria com termostato ou com termômetro para aferição da temperatura.
d) Microtubos de polipropileno.
e) Micropipetas automáticas para volumes diversos (com ponteiras).
f) Gelo e nitrogênio líquido, quando necessário.
Extração de DNA
Baixo custo
Materiais manipulados são tóxicos
Extração de DNA
2. 200 uL de fenol +
200 uL de clorofórmio
(agitar e centrifugar)
9.pellet seco,
ressuspender em 30
uL de água milliq
autoclava.
8. centrifugar
1’,14.000 rpm T.A.
5. Desprezar o
7. lavar com 1 mL 6. centrifugar 15’, sobrenadante
de etanol 70 % 14.000 rpm, T.A. Ressuspender o pellet com
etanol abs ou isopropanol
Extração de DNA
Extração de DNA através dos kit’s de extração:
12.000 × g, 30’ a 4 ° C
Extração de RNA
Para quantificar:
A concentração de DNA ou RNA na amostra pode ser obtida pelos seguintes cálculos:
O volume das reações pode ser reduzido, mas concentrações dos componentes
deve ser mantida:
5 µL da amostra de DNA
Tubos da reação mantidos no gelo
PCR
Como escolher o primer, iniciadores ou oligunucleotídeos?
Primers:
15 a 30 bases
Diluição
Conteúdo de C/G – 45 a 55%* Mãe
Filha
Sense e antisense/Foward e reverse neta
Concentração ótima 0,1 a 0,5μM
Tm (Temperature of Melting) metade dos primers anelados a outra metade livre
Programa:35 ciclos
Temperatura e tempo:
Desnaturação: 94°C 30 seg.
Anelamento: 55°C por 1 min.
Extensão: 72°C por 1 min.
Extensão Final: 72ºC por 4min
Final: hold, de 0 a 4ºC Média do número de ciclos 40 especificidade da reação
É possível trabalhar com
a amplificação do RNA??
RT- PCR
• Amostras de RNA
• Nucleotídeos (dNTPs: dATPs, dTTPs, dCTPs e dGTPs) necessários para a
síntese de DNA
• Enzima transcriptase reversa (responsável pela síntese das fitas
complementares)
• Tampão da enzima taq-polimerase
• Cloreto de magnésio
• Um iniciador ou primer inespecífico
• Inibidor de Rnase a RNaseOUT
RT- PCR
Eletroforese é um método simples e muito eficiente para separar, para identificar e para
purificar fragmentos de DNA provenientes da PCR e de proteínas.
Mobilidade
Dificultando
sybr green separação
Eletroforese em gel de agarose
Intensidade de corrente
1. A concentração do gel deve ser escolhida de acordo com o tamanho do produto amplificado
Ex. Gel a 1% → 0,3 g de agarose para 30 mL de gel, que deve ser preparado com
tampão tris−borato−EDTA 1 X. Para isso, aplicar 5 µL de produto de amplificação + 1 µL
de loading buffer (Bromophenol Blue)
brometo de etídio
Eletroforese em gel de agarose