Organisme penyebab infeksi saluran kemih yang paling sering
ditemukan adalah Escherichia coli. E.coli merupakan penghuni normal dari kolon. Organisme-organisme lain yang dapat menimbulkan infeksi adalah golongan Proteus, Klebsiella, Pseudomonas, enterokok, dan Staphylococcus.
Pada kebanyakan kasus, organisme tersebut dapat mencapai
kandung kemih melalui uretra. Infeksi dimulai sebagai sistitis, dapat terbatas di kandung kemih saja atau dapat merambat ke atas melalui ureter sampai ke ginjal. Faktor-faktor predisposisi dalam perkembangan infeksi saluran kemih dan pielonefritis kronik : Obstruksi aliran kemih Jenis kelamin Umur Kehamilan Refluks vesikoureter Peralatan kedokteran (terutama kateter tinggal) Kandung kemih neurogenik Penyalahgunaan analgesik secara kronik Penyakit ginjal Penyakit metabolik (diabetes, dll) Obstruksi aliran kemih proksimal terhadap kandung kemih dapat mengakibatkan penimbunan cairan bertekanan dalam pelvis ginjal dan ureter. Penyebab umum obstruksi adalah jaringan parut ginjal atau uretra, batu, neoplasma, hipertrofi prostat, kelainan kongenital pada leher kandung kemih dan uretra, dan penyempitan uretra.
Anak wanita dan wanita dewasa mempunyai insidens infeksi
saluran kemih dan pielonefritis yang lebih tinggi dibandingkan dengan pria, mungkin karena bentuk uretranya yang lebih pendek dan letaknya yang berdekatan dengan anus sehingga mudah terkontaminasi oleh feses.