MARKERS ASSISTED SELECTION

(MAS)
 TEKNIK PEMULIAAN
TANAMAN
 Teknik merakit kultivar tanaman dengan
keunggulan tertentu
Misalnya: Tanaman tahan penyakit, Tanaman tahan
lingkungan ekstrim (pH, kadar garam, dll), Tanaman
dengan waktu panen pendek dan hasil panen tinggi,
dLL.

 Berdasarkan METODE dikelompokkan:

 Konvensional
 Non-konvensional
 KONVENSIONAL
 Persilangan
 Seleksi
 Mutasi

 NON-KONVENSIONAL
 Kloning
 Transfer gen
 Seleksi
 SELEKSI TANAMAN UNGGUL
 Konvensional  Non-Konvensional
(Penampakkan Luar) (Susunan DNA)
SELEKSI KONVENSIONAL
 Seleksi berdasarkan fenotipe (penampakan luar).
 Lamanya waktu sampai diperoleh galur-galur
harapan yang secara genetik stabil.
 Jumlah genotipa yang harus ditangani, terutama
pada saat awal-awal seleksi sangat besar.
 Membutuhkan investasi yang besar.
SELEKSI KONVENSIONAL
 Seleksi true genotype di lapang untuk karakter-
karakter ketahanan terhadap hama dan penyakit dan
toleransi terhadap cekaman abiotik sering dihadapkan
pada kondisi escape (cekaman yang diharapkan tidak
terjadi).

 Seleksi genotipa untuk karakter fisologis dan

biokimiawi termasuk kandungan protein, kandungan
zat besi dan sejenisnya membutuhkan analisis
laboratorium yang tidak dapat dilakukan secara
instant.
SELEKSI NON-KONVENSIONAL
 Prosesnya relatif lebih cepat dibanding teknik
konvensional.
 Dikenal dengan istilah Marker Assisted Selection
(MAS)
 MAS didasarkan pada keterpautan (linkage) antara
karakter yang sedang menjadi target seleksi (trait of
interest) dengan marka (penanda sifat) tertentu, baik
berupa marka morfologis, fisiologis, biokimiawi, atau
pun molekuler (DNA).
SELEKSI NON-KONVENSIONAL
 Karakter morfologis, fisiologis dan biokimiawi
pada umumnya juga sangat diperngaruhi
lingkungan, sehingga konsistensi fenotipenya
sering diragukan.

 Seleksi berdasarkan marka molekuler tidak

dipengaruhi faktor lingkungan sehingga
menjanjikan akurasi yang lebih tinggi untuk
seleksi true genotype.
 (1) SAMPLING
JARINGAN TANAMAN
(DAUN MUDA)

(2) EKSTRAKSI/ISOLASI DNA

(3) PCR

(4) ELEKTROFORESIS GEL

(5) ANALISIS MARKA

DNA extractions

Mortar and pestles

Porcelain grinding plates

LEAF SAMPLING

High throughput DNA extractions “Geno-Grinder”

EKSTRAKSI DNA
PCR-based DNA markers
 Generated by using Polymerase Chain Reaction
 Preferred markers due to technical simplicity and cost

PCR Buffer +
MgCl2 +
dNTPS + PCR
Taq +
Primers +
DNA template

THERMAL CYCLING

GEL ELECTROPHORESIS
Agarose or Acrylamide gels
Agarose gel electrophoresis

http://arbl.cvmbs.colostate.edu/hbooks/genetics/biotech/gels/agardna.html

UV transilluminator

UV light
Acrylamide gel electrophoresis 1
UV transilluminator

UV light
 APA ITU MARKA MOLEKULER
 Rangkaian nukleotida atau lebih umum dikenal
pasangan basa (DNA) yang karena keunikannya
(urutan basa N-nya) dan keterpautannya dengan
suatu karakter maka dapat dijadikan penanda.

 Marka molekuler hanya bermanfaat untuk seleksi

genotipa bila keunikannya (urutan basa N-nya)
dapat menjadi pembeda (polymorphism) antara
dua genotipa yang digunakan sebagai tetua dalam
perakitan suatu varietas.
 KLASIFIKASI MARKA
MOLEKULER (Gupta, et al. 2002)
 GENERASI PERTAMA (1980)
Berdasarkan fragmen restriksi (Restriction Fragment
Length Polymorphisms-RFLP).

 GENERASI KEDUA (1990)

Meliputi RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA),
mikrosatelit (Simple Sequence Repeats-SSRs) dan AFLPs
(Amplified Fragment Length Polymorphisms)
berbasiskan fingerprinting atau dikenal juga sebagai
metode amplifikasi sekuen DNA menggunakan technologi
PCR (Polymerase Chain Reaction).
 KLASIFIKASI MARKA
MOLEKULER (Gupta, et al. 2002)
 GENERASI KETIGA (Akhir 1990)
Muncul dengan tingkat yang lebih spesifik yaitu
pada sekuen DNA penyandi sifat (sekuen DNA
yang terekspresi) dengan teknik cDNA
(complementary DNA), seperti Expressed Sequence
Tags-ESTs) dan SNPs (Single Nucleotide
Polymorphisms).
MARKA RFLP
 MARKA RAPD
 Digunakan berdasarkan perbedaan amplifikasi
PCR pada sampel DNA dari sekuen
oligonukleotida pendek yang secara genetik
merupakan kelompok marka dominan.

 Primer RAPD bersifat random dengan ukuran

panjang biasanya 10 nukleotida.
 KEUNGGULAN MARKA RAPD
 Kuantitas DNA yang dibutuhkan sedikit
 Hemat biaya
 Mudah dipelajari
 Primer yang diperlukan sudah banyak
dikomersialisasikan sehingga mudah diperoleh
 KELEMAHAN MARKA RAPD
 Tingkat reproduksibilitas pola marka kecil.
 Sangat sensitif terhadap variasi dalam konsentrasi
DNA.
 Memerlukan konsentrasi primer dan kondisi
siklus suhu yang optimal pada saat pengujian.
 Marka RAPD dominan
 Tidak mampu menampilkan perbedaan sekuen
DNA yang homolog, di antara fragmen-fragmen
yang ukurannya hampir sama (Bahagiawati, 2011).
Pola pita DNA marka RAPD. P1 = tetua 1, P2 =
tetua 2, F1 = Hybrid, F7 = generasi ke 7
 MARKA AFLP AFLP (Amplified
Fragment Length Polymorphism)
 Dikembangkan untuk memperbaiki kelemahan
marka RFLP yang prosesnya memakan waktu dan
membutuhkan banyak DNA.
 DNA sampel dipotong oleh sepasang enzim restriksi.
Selanjutnya PCR selektif dilakukan
menggunakan primer yang memiliki adapter yang
bersesuaian dengan lokasi restriksi.
 Hasil amplifikasi ini lalu dideteksi melalui elektroforesis
gel.
 AFLP merupakan teknik yang bekerja atas dasar selektif
PCR amplifikasi dari DNA fragmen yang degenerate
dengan enzim retriksi. Pada dasarnya AFLP merupakan
gabunga dari teknik RLFP dan teknik PCR
 MARKA SSR (MIKROSATELIT)
 Sekuen DNA yang bermotif pendek dan diulang secara
tandem dengan 2 sampai 5 unit nukleotida yang
tersebar dan meliputi seluruh genom, terutama pada
organisme eukariotik.
 Misalnya sekuen: GGC GGC GGC
 Pasangan primer mikrosatelit (forward dan reverse)
diamplifikasi dengan PCR berdasarkan hasil
konservasi daerah yang diapit marka (flanking-region)
untuk suatu gen pada kromosom.
 PERTIMBANGAN PENGGUNAAN
SSR (MIKROSATELIT)
 Terdistribusi melimpah dan merata dalam genom,
variabilitasnya sangat tinggi (banyak alel dalam lokus), sifatnya
kodominan dan lokasi genom dapat diketahui.
 Alat uji yang memiliki reproduksibilitas dan ketepatan yang
sangat tinggi
 Pengujian dengan SSR dapat mendeteksi campurancampuran
yang sangat mirip secara morfologi dan membedakannya secara
jelas dengan hasil elektroforesis. Beberapa tanaman yang
terserang hama penyakit dan berakibat pada perubahan
penampilan
 Alat bantu yang sangat akurat untuk membedakan genotipe,
evaluasi kemurnian benih, pemetaan, dan seleksi genotipe
untuk karakter yang diinginkan
 Studi genetik populasi dan analisis diversitas genetik.
 KELEMAHAN
SSR (MIKROSATELIT)
 Tidak tersedia pada semua spesies tanaman,
sehingga untuk merancang primer baru
membutuhkan waktu yang lama dan biaya yang
cukup mahal (Bahagiawati, 2011)
Pola pita DNA marka mikrosatelit
 MARKA SNP
 Mutasi titik di mana satu nukleotida disubstitusi oleh
nukleotik lain pada lokus tertentu.
 Bersifat kodominan, berdasarkan pada amplifikasi
primer yang berbasis pada informasi sekuen untuk gen
spesifik.
 Memerlukan informasi sekuen untuk suatu gen yang
menjadi target analisis
 Untuk pengadaan alat dan bahan memerlukan biaya
yang sangat tinggi (Bahagiawati, 2011).
 SELEKSI BERBASIS MARKA
(MAS)
 Penggunaan marka molekuler saat ini telah
meluas.
 Dapat membantu introgresi gen mayor ke dalam
kultivar elit dengan metode silang balik (back
cross).
 Sudah banyak digunakan oleh para pemulia
tanaman di negara maju untuk karakterisasi tetua
dalam koleksi plasma nutfah.
 SELEKSI BERBASIS MARKA
(MAS)
 Resistensi penyakit bulai pada tanaman jagung telah
dapat dikarakterisasi secara molekuler pada alel
tertentu dengan marka RFLP dan SSR (George et al.
2003).
 Lokus kuantitatif untuk ketahanan terhadap genangan
pada fase vegetative pada tanaman padi telah berhasil
diindetifikasi pada kromosom 9 menggunakan marka
RFLP, RAPD dan AFLP (Toojinda et al., 2003)
 SELEKSI BERBASIS MARKA
(MAS)
 Lokus kuantititatif untuk sifat pengapuran endosperm
dan kandungan amilosa biji padi juga telah
teridentifikasi (Wang et al., 2007).

 Pada tanaman gandum (Triticum aesticum dan T.

turgidum) penelitian dan penggunaan marka
molekuler untuk program pemuliaan tanaman sudah
sampai pada tahap aplikasi (Suprayogi et al., 2009)
 Berapa Biaya untuk MAS?
*biaya termasuk gaji staf

Institute Country Crop Cost estimate Reference

per sample*
(US$)
Uni. Guelph Canada Bean Yu et al. (2000)
2.74

CIMMYT Mexico Maize Dreher et al. (2003)

1.24–2.26
Uni. Adelaide Australia Wheat Kuchel et al. (2005)
1.46
Uni. Kentucky, Uni. United Wheat and Van Sanford et al.
Minnesota, Uni.
0.50–5.00 (2001)
States barley
Oregon, Michigan
State Uni., USDA-
ARS

Yu et al. 2000 Plant Breed. 119, 411-415; Dreher et al. 2003 Mol. Breed. 11, 221-234; Kuchel et al. 2005 Mol. Breed. 16, 67-
78; and Van Sanford et al. 2001 Crop Sci. 41, 638-644.