Anda di halaman 1dari 29

METODE DAN TEKNIK KULTIVASI MIKROBA

DALAM MENGATASI PENCEMARAN LINGKUNGAN

BIOTEKNOLOGI
LINGKUNGAN

Oleh :
Muhamad Zainal Abidin
Nikmah Maryani Sitompul
Restu Fiangga
TUJUAN KULTIVASI MIKROBA

Mikroba merupakan organisme yang menarik untuk diteliti kehidupannya karena


materi genetiknya yang cukup sederhana dan peranannya yang besar dalam kehidupan
manusia. Oleh karena itu, diciptakanlah suatu metode kultivasi atau metode pembiakan
mikroba secara in vitro di laboratorium. Hal ini bertujuan untuk mengetahui atau
mempelajari pertumbuhan, morfologi, dan sifat fisiologis mikroba.

Metode kultivasi merupakan metode untuk melipatgandakan jumlah mikroba


dengan membiarkan mereka berkembang biak dalam media biakan yang telah disiapkan di
bawah kondisi laboratorium terkendali. Kultur mikroba digunakan untuk menentukan jenis
organisme dengan kelimpahan dalam sampel yang diuji, atau keduanya. Ini adalah salah satu
metode mikrobiologi yang digunakan sebagai metode diagnosis untuk menentukan penyebab
penyakit infeksi dengan membiarkan agen infeksi berkembang biak dalam media yang telah
disiapkan, seperti yang tertuang dalam Postulat Koch.
TUJUAN KULTIVASI MIKROBA

Beberapa indikasi kultivasi atau pembiakan pada laboratorium mikrobiologi meliputi:

• Pengasingan (isolasi) mikroba pada biakan bakteri

• Menunjukkan sifat khas mikroba.

• Untuk menentukan jenis mikroba yang diisolasi dengan cara-cara tertentu.

• Mendapatkan bahan biakan yang cukup untuk membuat antigen dan percobaan serologi

lainnya.

• Menentukan kepekaan mikroba, khususnya yang bersifat patogenik terhadap antibiotik.

• Menghitung jumlah mikroba.

• Mempertahankan biakan mikroba, khususnya biakan murni.


LINGKUNGAN FISIK YANG MEMPENGARUHI
KULTIVASI MIKROBA

Menurut Hogg (2013), ada beberapa lingkungan fisik yang perlu


diperhatikan dalam menumbuhkan mikroba yaitu
temperatur, konsentrasi oksigen, pH, dan tekanan osmosis. Nutrisi dan
ketentuan yang tersedia di laboratorium biasanya merupakan cerminan dari
yang ditemukan di habitat alami mikroba.
METODE KULTIVASI MIKROBA

Sebelum mengkultur suatu mikroba harus dilakukan suatu proses sterilisasi.

1. Sterilisasi

Menurut Madigan (2012), Sterilisasi yang umum dilakukan dalam

bidang mikrobiologi adalah sebagai berikut:

a. Sterilisasi secara fisik

Sterilisasi secara fisik dilakukan dengan menggunakan uap air panas

dan tekanan tinggi, misalnya dengan penggunaan autoklaf pada temperatur

121 0C dan tekanan 1.5 atm selama 15 hingga 20 menit.


METODE KULTIVASI MIKROBA

b. Sterilisasi secara kimia

Larutan kimia yang banyak digunakan dalam proses sterilisasi adalah

larutan CuSO4, AgNO3, HgCl2, ZnO, dan alkohol (kadar 50-75 %) karena dapat

menyebabkan koagulasi protein mikroba. Selain itu, basa kuat dan asam kuat juga

dapat digunakan karena mampu menghidrolisis mikroba. Sterilisasi pada substrat

dapat dilakukan dengan menggunakan larutan garam seperti NaCl (9%), KCl (

11%), KNO3 (10%), KMnO4 (10%), dan HCl (1,1%). Khor dan senyawa khlorin

digunakan sebagai desinfektan, terutama pada tempat penyimpanan air. Larutan

formaldehyda dengan kadar 4 – 20% juga dapat digunakan dalam sterilisasi secara

kimia.
METODE KULTIVASI MIKROBA

c. Sterilisasi secara mekanik

Sterilisasi secara mekanik dilakukan dengan menggunakan filter.


Jenis filter yang digunakan tergantung dari tujuan penyaringan dan bahan
yang akan disaring. Sterilisasi secara mekanik umumnya dilakukan pada
bahan yang tidak tahan pada pemanasan ataupun tekanan yang tinggi.
METODE KULTIVASI MIKROBA

2. Teknik Kultivasi Mikroba

Setelah semua bahan dan alat yang akan digunakan dalam proses
kultivasi disterilkan, maka dimulailah proses isolasi untuk mendapatkan
biakan murni. Bahan yang diinokulasikan pada medium disebut inokulum.
Berikut ini ada beberapa teknik inokulasi yang umum dilakukan di
laboratorium mikrobiologi.
METODE KULTIVASI MIKROBA

a. Teknik Penyebaran (The Spread-Plate Technique)


Teknik penyebaran yang lebih sering disebut dengan Spread-Plate
adalah teknik langsung dan mudah untuk mendapatkan suatu biakan murni.
Di bawah ini adalah gambar saat menginokulasi mikroba dengan
menggunakan teknik Spread-Plate.
Campuran dari beberapa spesies
bakteri disebarkan di permukaan
medium agar, sehingga setiap sel akan
tumbuh menjadi koloni yang terpisah
sempurna dan dapat dilihat secara
makroskopis berupa kumpulan
mikroba di atas medium padat. Setiap
koloni yang terbentuk merupakan
biakan murni.
METODE KULTIVASI MIKROBA

b. Teknik Goresan (The Streak-Plate Technique)


Biakan murni juga dapat diperoleh dengan teknik goresan (Streak-
Plate Technique). Inokulum digoreskan di atas medium dengan memakai
ose menurut pola tertentu, yaitu goresan T, goresan kuadran, goresan radian,
dan goresan sinambung.
Setelah inkubasi, sel-sel mikroba memperbanyak diri dan dalam
waktu 18-24 jam akan terbentuk suatu massa sel yang disebut koloni.
Koloni yang terbentuk ini adalah biakan murni. Di bawah ini adalah hasil
kultivasi berupa biakan murni yang diperoleh dengan teknik goresan.
METODE KULTIVASI MIKROBA

c. Teknik lempeng tuang (Pour Plate Technique)


Teknik pour-plate (lempeng tuang) adalah suatu teknik di dalam
menumbuhkan mikroorganisme di dalam media agar dengan cara
mencampurkan media agar yang masih cair dengan stok kultur bakteri.
Teknik ini biasa digunakan pada uji TPC (Total Plate Count). Kelebihan
teknik ini adalah mikroorganisme yang tumbuh dapat tersebar merata pada
media agar. Kultivasi mikroba dengan teknik ini dimulai dengan
mengencerkan kultur bakteri yang telah ada dengan aquades. Selanjutnya,
diaduk hingga rata dengan cara memutar tabung reaksi dengan telapak
tangan selama beberapa kali. Larutan dilusi tadi sebanyak + 1 ml dituang ke
dalam cawan petri. Cawan petri diputar secara perlahan-lahan di atas meja
horizontal untuk mengaduk campuran media agar dengan dilusi kultur
mikroba. Terakhir, inkubasi kultur ini pada kondisi yang sesuai.
METODE KULTIVASI MIKROBA

Tahapan di atas diilustrasikan pada gambar di bawah ini:


KARAKTERISTIK BIAKAN MIKROBA

Karakteristik pertumbuhan mikroba dalam medium pertumbuhan


menunjukkan morfologi, mekanisme pembelahan, dan aktivitas
metabolismenya. Pertumbuhan antara medium cair dan medium padat
memberikan bentuk dan karakteristik yang berbeda.
Pada biakan di medium cair, karakteristik yang ditimbulkan oleh
pertumbuhan mikroba, yaitu:

1. Terbentuk endapan yang menunjukkan sel mikroba membentuk agregat


sehingga berat dan mengendap, misalnya Staphylococcus aureus.

2. Terbentuk pelikel yang disebabkan karena mikroba memiliki pili atau


glikokaliks yang menyebabkan sel yang satu melekat dengan yang lain,
misalnyaMycobacterium phlei.
KARAKTERISTIK BIAKAN MIKROBA

3. Terlihat keruh yang menunjukkan bahwa mikroba yang tumbuh tersebar


merata dan biasanya mikrobanya bersifat motil.

Pada biakan di medium padat, karakteristik yang ditimbulkan oleh


pertumbuhan mikroba adalah dengan terbentuknya suatu kelompok yang
dinamakan koloni. Bentuk koloni berbeda-beda untuk setiap spesies, dan
bentuk itu merupakan ciri khas bagi suatu spesies tertentu. Pengamatan
mikroba dapat dilakukan secara individual, satu persatu, maupun secara
kelompok dalam bentuk koloni, dan sifat-sifatnya dapat diketahui melalui
koloni yang tumbuh di medium permukaannya. Satu koloni bakteri yang
terpisah dengan koloni lainnya dapat diamati tipe pertumbuhan pada
masing-masing media, diantaranya dilakukan terhadap konsistensi, bentuk
koloni, warna koloni dan permukaan koloni.
BAKTERI PENGURAI MINYAK DAN
TURUNANNYA

Feliatra(2002) menyatakan di Selat Malaka terdapat genus


acinobacter, arthrobacter, brevibacterium, corynebacterium, flavobacterium,
mycobacterium, dan vibrio, serta beberapa jenis jamur. Mereka bisa
dimanfaatkan dalam aktivitas penguraian senyawa hidrokarbon yang
ditumpahkan ke laut secara efisien, jika mikroba yang terlibat dalam genus-
genus itu terlibat dalam hubungan yang sinergis dengan bakteri pengurai
pestisida, senyawa berhalogen, serta pengurai deterjen.
Penemuan Hkabel Nanoh dari mikroba pada tahun 1987, beberapa
spesies bakteri diisolasi oleh Profesor Derek Lovley dari lokasi tanah yang
penuh dengan polutan senyawa hidrokarbon. Bakteri yang biasa hidup di
dalam tanah ini kemudian dinamakan dan diidentifikasikan
sebagai Geobacter, saat ini dua di antaranya sudah terbacanya genomnya
adalah Geobacter sulfurreducens dan Geobacter metallireducens.
BAKTERI PENGURAI MINYAK DAN
TURUNANNYA

Microbial Enhanced Oil Recovery (MEOR) merupakan suatu


metode untuk meningkatkan perolehan minyak bumi dengan menggunakan
aktivitas bakteri hidrokarbonoklastik. Bakteri tersebut bekerja pada minyak
bumi dan batuan dalam formasi reservoir, kemudian dihasilkan beberapa
produk seperti gas, asam-asam organik, biopolimer dan biosurfaktan.
Produk-produk tersebut digunakan untuk merangsang pelepasan minyak
dari batuan reservoir dengan cara mengubah porositas batuan penyusun
reservoir, menurunkan tegangan antarmuka dan viskositas minyak bumi.
Penelitian ini dilakukan untuk mengisolasi bakteri dari reservoir minyak
bumi dan air formasi, dan menguji karakteristik bakteri tersebut yang
berpotensi untuk dimanfaatkan dalam MEOR.
BAKTERI PENGURAI MINYAK DAN
TURUNANNYA

Kemampuan bakteri dalam mengubah sifat fisika-kimia minyak bumi


dilakukan dengan menggunakan uji densitas, tegangan antarmuka,
viskositas, pengembangan volume minyak (Oil Swelling) dan GCMC (Gas
Chromatograph-Mass Spectrophotometry) sebagai kultur tunggal.
Persentase degradasi rantai hidrokarbon yang berbeda untuk setiap bakteri
teramati pada data yang diperoleh dari metode GCMS, yaitu
bakteri Flavimonas oryzihabitans (3-25%), bakteri Amphibacillus xylanus
(2-28%), bakteri Bacillus polymyxa (3-35%), bakteri Bacillus
macerans (0,3-24%), bakteri Bacillus stearothermophillus (0,4-36%) dan
bakteri Clostridium butyricum (5-43%).
BAKTERI PENGURAI MINYAK DAN
TURUNANNYA

Penurunan tegangan antarmuka yang tertinggi terjadi pada


bakteri Flavimonas oryzihabitans danAmphibacillus xylanus, masing-
masing sebesar 16%, Penurunan viskositas tertinggi terjadi pada bakteri
Clostridium butyricum, yaitu sebesar 12,77%. Pengembangan volume
minyak tertinggi terjadi pada bakteri Bacillus polymyxa, yaitu sebesar 6%.
Bakteri-bakteri lainnya mengalami penurunan hanya berkisar 12-16% untuk
tegangan antarmuka, 3,55-12,77% untuk viskositas dan 1,5-6% untuk
pengembangan volume minyak. Berdasarkan hasil yang diperoleh, bakteri
hasil isolasi tersebut memiliki potensi untuk digunakan dalam MEOR.
BIOREMEDIASI

Bioremediasi berasal dari kata bio dan remediasi atau “remediate”


yang artinya menyelesaikan masalah. Secara umum bioremediasi dimaksudkan
sebagai penggunaan mikroba untuk menyelesaikan masalah-masalah
lingkungan atau untuk menghilangkan senyawa yang tidak diinginkan dari
tanah, lumpur, air tanah atau air permukaan sehingga lingkungan tersebut
kembali bersih dan alamiah.

Secara sederhana proses bioremediasi bagi lingkungan dilakukan


dengan mengaktifkan bakteri alami pengurai minyak bumi yang ada di dalam
tanah. Bakteri ini kemudian akan menguraikan limbah minyak bumi yang telah
dikondisikan sedemikian rupa sehingga sesuai dengan kebutuhan hidup bakteri
tersebut. Dalam waktu yang cukup singkat kandungan minyak akan berkurang
dan akhirnya hilang, inilah yang disebut sistem bioremediasi.
BIOREMEDIASI

Beberapa bakteri yang memanfaatkan hidrokarbon sebagai senyawa


pertumbuhan serta secara tidak langsung berperan dalam bioremediasi
adalah :

1. Pseudomonas sp.
Pseudomonas sp. merupakan salah satu bakteri yang memanfaatan
bakteri menjadi biosurfaktan. Dengan demikian, jenis bakteri ini dapat
di,amanfaatkan dengan baik dalam melakukan bioremediasi dengan
hidrokarbon. Tetapi terdapat beberapa faktor, salah satu faktor tersebut
adalah kelarutannya yang rendah, sehingga sulit mencapai sel bakteri.Dalam
produksi biosurfaktan, berkaitan dengan keberadaan enzim regulatori yang
berperan dalam sintesis biosurfaktan. Ada dua macam biosurfaktan yang
dihasilkan bakteri Pseudomonas :
BIOREMEDIASI

1. Surfaktan dengan berat molekul rendah (seperti glikolipid, soforolipid,


trehalosalipid, asam lemak dan fosfolipid) yang terdiri dari molekul
hidrofobik dan hidrofilik. Kelompok ini bersifat aktif permukaan, ditandai
dengan adanya penurunan tegangan permukaan medium cair.

2. Polimer dengan berat molekul besar, yang dikenal dengan


bioemulsifier polisakarida amfifatik. Dalam medium cair, bioemulsifier ini
mempengaruhi pembentukan emulsi serta kestabilannya dan tidak selalu
menunjukkan penurunan tegangan permukaan medium.
BIOREMEDIASI

2. Bakteri Nictobacter
Bakteri ini merupakan bakteri probioaktif yang mampu bekerja
menguraikan bahan organik protein,karbohidrat,dan lemak secara biologis.
Bermanfaat dalam menguraikan NH3 dan NO pada sampah,tinja,dan kotoran
hewan ternak, dan dapat menekan populasi bakteri patogen pada penampung
tinja yang menyebabkan sumber air tanah akan terkontaminasi jika air
remebesan tinja bercampur dengan sumber air tanah.
BIOREMEDIASI

3. Bakteri Endogenous
Tidak hanya mengendalikan senyawa amoniak dan nitrit, teknik
bioremediasi dengan menggunakan bakteri endogenus juga bertujuan untuk
mengendalikan senyawa H2S yang banyak menumpuk di sedimen tambak
(Dwidjosaputro, 1998). Dengan menggunakan bakteri fotosintetik dari jenis
Rhodobakter untuk menghilangkan senyawa H2S. “Hasilnya H2S tidak
terdeteksi sama sekali di tambak, ”Untuk mengatasinya dia menggunakan
bakteri dari jenis Bacillus. “Karena bakteri Bacillus yang di gunakan
merupakan bakteri endogenous, maka efektivitasnya lebih baik jika
dibandingkan dengan produk bioremediasi dengan menggunakan bakteri
dari luar Indonesia,”
BIOREMEDIASI

4. Bakteri Nitrifikasi
Nitirifikasi untuk menjaga keseimbangan senyawa nitrogen anorganik
(amonia, nitrit dan nitrat) di sistem tambak. Pendekatan bioremediasi ini
diharapkan dapat menyeimbangkan kelebihan residu senyawa nitrogen yang
berasal dari pakan, dilepaskan bempa gas N2 1 N20ke atmosfir. Peran bakteri
nitrifikasi adalah mengoksidasi amonia menjadi nitrit atau nitrat, sedangkan
bakteri denitrifikasi akan mereduksi nitrat atau nitrit menjadi dinitrogen
oksida (N20)atau gas nitrogen (Nz).

5. Bakteri Pereduksi Sulfat


Kemampuan BPS dalam menurunkan kandungan sulfat sehingga dapat
meningkatkan pH tanah bekas tambang batubara ini sangat bermanfaat pada
kegiatan rehabilitasi lahan bekas tambang batubara. Peningkatan pH yang
dicapai hampir mendekati netral (6,66) sehingga sangat baik untuk mendukung
pertumbuhan tanaman revegetasi maupun kehidupan biota lainnya.
BIOREMEDIASI

6. Arthrobacter
Pada kultur yang masih muda Arthrobacter berbentuk batang yang
tidak teratur 0,8 – 1,2 x 1 – 8 mikrometer. Pada proses pertumbuhan batang
segmentasinya berbentuk cocus kecil dengan diameter 0,6 – 1 mikrometer.
Gram positif, tidak berspora, tidak suka asam, aerobik, kemoorganotropik.
Memproduksi sedikit atau tidak sama sekali asam dan gas yang berasal dari
glukosa atau karbohidrat lainnya. Katalase positif, temperatur optimum 25 –
30oC (Waluyo, 2005).
BIOREMEDIASI

7.Acinetobacter

Memiliki bentuk seperti batang dengan diameter 0,9 – 1,6 mikrometer


dan panjang 1,5- 2,5 mikrometer. Berbentuk bulat panjang pada fase stasioner
pertumbuhannya. Bakteri ini tidak dapat membentuk spora. Tipe selnya adalah
gram negatif, tetapi sulit untuk diwarnai. Bakteri ini bersifat aerobik, sangat
memerlukan oksigen sebagai terminal elektron pada metabolisme. Semua tipe
bakteri ini tumbuh pada suhu 20-300 C, dan tumbuh optimum pada suhu 33-
350 C. Bersifat oksidasi negatif dan katalase positif. Bakteri ini memiliki
kemampuan untuk menggunakan rantai hidrokarbon sebagai sumber nutrisi,
sehingga mampu meremidiasi tanah yang tercemar oleh minyak.
BIOREMEDIASI

8. Bacillus

Umumnya bakteri ini merupakan mikroorganisme sel tunggal,


berbentuk batang pendek (biasanya rantai panjang). Mempunyai ukuran
lebar 1,0-1,2 m dan panjang 3-5m. Merupakan bakteri gram positif dan
bersifat aerob. Adapun suhu pertumbuhan maksimumnya yaitu 30-50oC dan
minimumnya 5-20oC dengan pH pertumbuhan 4,3-9,3. Bakteri ini
mempunyai kemampuan dalam mendegradasi minyak bumi, dimana bakteri
ini menggunakan minyak bumi sebagai satu-satunya sumber karbon untuk
menghasilkan energi dan pertumbuhannya. Pada konsentrasi yang rendah,
bakteri ini dapat merombak hidrokarbon minyak bumi dengan
cepat. Jenis Bacillus sp. yang umumnya digunakan seperti Bacillus subtilis,
Bacillus cereus, Bacillus laterospor.
BIOREMEDIASI

Contoh penggunaan teknologi bioremediasi yang dilakukan baru-


baru ini adalah pembersihan lingkungan tercemar minyak bumi dengan
penambahan nutrisi serta pengendalian kelembaban dan pengharaan yang
dapat menurunkan 80-90% total pencemar minyak. Di lab mikrobiologi
tanah dan lingkungan Fakultas Pertanian UGM telah ditemukan empat isolat
bakteri pendegradasi minyak bumi yaitu isolat GMY 1 (belum
teridentifikasi), isolat Paenibacillus GMD 1 yang mendegradasi senyawa
hidrokarbon poliaromatik serta Acetobacter calcoaticus dan Pseudomonas
aeruginosayang dapat mendegradasi alkana (C15-C16).
SEKIAN

TERIMAKASIH