Pemeriksaan specimen swab/pus

– S.aureus, MRSA
Hesti RS
Pembimbing: dr. Dean Handimulya SpPK
 PEMILIHAN SPESIMEN
Lokasi Anatomis Spesimen Baik Spesimen Tidak Baik
Sal. Napas Bawah Mukus dan sel inflamasi yang baru diekpektorasi (sputum), Saliva, sekret orofaring, drainase sinus
BAL, aspirat endotrakea dari nasofaring, bilas bronkus
Sinus Sekret yang diambil lewat aspirasi sinus langsung, bilasan, Swab nasal atau nasofaring, sekret
kuretase atau biopsy pada endoskopi nasofaring, sputum, saliva
Sal. Kemih Urin midstream, kateterisasi langsung, aspirasi suprapubic, Urin dari kantong penampung kateter,
urin lewat sistoskopi atau prosedur bedah lain urin dari kantong penampung bayi
Luka superfisial Aspirasi pus, cairan irigasi local, swab materi purulen di Swab material permukaan, specimen
bawah dermis terkontaminasi, irigasi bakteriostatik
Luka Profunda Jaringan subkutan, jaringan nekrotik/purulent Spesimen terkontaminasi permukaan
Saluran Cerna Feces segar, feces diperoleh lewat endoskopi, swab rectal Swab rectal, diare sesudah perawatan di
pada kasus tertentu RS > 3 hari
Darah Vena 2-4 specimen darah dari lokasi pungsi berbeda sebelum Darah beku, darah diambil dalam 24 jam,
mulai antibiotik, volume minimal 20 mL per tabung, volume < 20 mL, antisepsis dengan
antisepsis dengan senyawa iodin atau chlorhexidine alkohol
SWAB
 Baik jika tidak perlu volume sampel besar
 Contoh:
 Permukaan luka (organisme banyak)
 Orofaring (1 koloni S.pyogenes sudah bermakna
klinis)
 Pengambilan harus teliti, tidak menyentuh permukaan
atau mukosa yang tidak relevan
 Pengambilan dengan memoles dan mengelilingi
permukaan terinfeksi  pengambilan maksimal
SWAB
 Flocked swab terbukti lebih baik dalam
mengumpulkan specimen, bahkan bisa
mempertahankan bakteri anaerob
 Harus lembab, kecuali C.diphteriae dan
S.pyogenes
 Tidak disarankan untuk anaerob atau
jamur
 Spesimen actual selalu lebih baik dari
specimen swab
METODE PILIHAN UNTUK
 Abses terbuka (yang tidak bisa diaspirasi)
 Otitis media dengan membrane timpani yang sudah tidak intak
 Otitis eksternal (sampel krusta atau debris di luar kanal telinga)
 Konjungtivitis
 Swab rectal
 Sekret serviks, vagina, uretra (L&P), prostat
 Lesi genital wanita atau lelaki
 Saluran napas atas: hidung, mulut, nasofaring, tenggorok
KOMPONEN SWAB
 Tip :
 Kapas toksik terhadap N.gonorrheae
 Kalsium alginate inaktivasi HSV dan
C.trachomatis
Kontainer steril  Gagang kayu: toksik terhadap
berlabel C.trachomatis dan N.gonorrheae
Plastic shaft

Polyester-tipped
SWAB SALURAN NAPAS
 Saluran napas atas
 Swab nasofaring bukan substitusi aspirat paranasal
dalam menegakkan diagnosis sinusitis
 Swab tenggorok dengan faringitis bacterial hanya
diperiksa S.pyogenes
 Patogen lain: S.dysgalactiae, Arcanobacterium
haemolyticum, N.gonorrhea, C.diphteriae, F.tularensis,
Mycoplasma pneumoniae
 Swab hidung: skrining MRSA
SWAB REKTAL
Spektrum bakteri penyebab patogen yang umum
diperiksa laboratorium: Campylobacter,
Salmonella, Shigella
Jika ada patogen lain yang dicurigai harus info ke
laboratorium
Spesimen swab rektal sebenarnya tidak cukup,
sebaiknya tidak digunakan jika bisa
menggunakan feces
SWAB GENITAL
 Patogen utama infeksi genital adalah N.gonorrheae:
servisitis, salpingitis, urethritis, epididymitis
 Spesimen curiga N.gonorrheae harus segera dikirim
dengan media transport dan tidak didinginkan
 Deteksi Haemophilus ducreyi dan Klebsiella
granulomatis harus dengan info klinis ke laboratorium
SWAB SPECIMEN KULIT, JARINGAN
LUNAK, TULANG
Swab luka / swab abses
Harus berhati-hati karena lesi dengan kontak
mukosa/kulit sering terkontaminasi
Spesimen aspirat abses tertutup, pus, atau
jaringan lebih baik daripada swab
Organisme penyebab infeksi luka dan abses
sangat beragam
KUMAN PADA LUKA DAN ABSES
 Gigitan hewan:  Infeksi pascaoperasi:
 Pasteurella multocida  Pseudomonas
 Capnocytophaga  Acinetobacter
 Infeksi di tangan  Luka bakar:
pascatrauma:  P.aeruginosa, Candida
 S.aureus  Infeksi luka diabetic:
 Mycobacterium marinum  S.aureus, S.pyogenes,
 Sporothrix Schenckii Gram (-), anaerob
PEMERIKSAAN LUKA/PUS
 Harus disertai informasi jenis luka, abses, lokasi,
jaringan asal  berhubungan dengan mikroorganisme
yang mungkin dideteksi
 Eksudat dan pus boleh disampel dengan swab, tapi
aspirat atau biopsy lebih baik
 Swab dapat divorteks dalam < 1 mL salin steril atau
broth, lalu ditekan untuk mengeringkan, suspensi
digunakan untuk inokulasi dan pewarnaan Gram
 Untuk mempermudah: 2 swab standar atau 1 flocked
swab + medium transpor
PENGAMBILAN SPESIMEN SWAB/LUKA/PUS
Spesimen Wadah Persiapan Instruksi
Abses atau luka superfisial Swab aerob, dilembabkan Seka area dengan salin steril Swab di sepanjang tepi luka
dengan Stuart’s atau Amie’s atau alcohol 70%

Abses dalam Transpor anaerob Seka area dengan salin steril Aspirasi materi dari dinding
atau alkohol 70% atau jaringan yang dieksisi

Otitis eksternal Swab aerob, dilembabkan Bersihkan krusta dengan salin Rotasi swab di kanal telinga
dengan Stuart’s atau Amie’s steril luar

Konjungtiva Swab aerob, dilembabkan Sampling kedua mata sebagai

dengan Stuart’s atau Amie’s dasar flora normal, swab
dilembabkan dengan salin
steril
Swab rektal Swab dalam media transport Masukkan swab 2,5 cm
enteric melewati sfingter ani, feces
harus terlihat di swab
 PENGAMBILAN SPESIMEN SWAB/LUKA/PUS
Spesimen Wadah Persiapan Instruksi
Serviks Swab, dilembabkan dengan Bersihkan mukus sebelum Tidak menggunakan lubrikan
Stuart’s atau Amie’s mengambil spesimen di speculum, jika perlu
masukan swab ke dalam kanal
endoserviks
Uretra Swab, dilembabkan dengan Bersihkan eksudat dari luar Ambil sekret dengan cara
Stuart’s atau Amie’s uretra masase uretra terhadap
simfisis pubis atau masukkan
swab fleksibel 2-4 cm ke
dalam uretra, rotasi selama 2
detik, ambil 1 jam sesudah
pasien berkemih
Vagina Swab, dilembabkan dengan Bersihkan eksudat Swab sekret dan membrane
Stuart’s atau Amie’s mukosa vagina
PENGAMBILAN SPESIMEN LUKA
KUALITAS SPESIMEN

Evaluasi berdasarkan jumlah epitel dan PMN

Spesimen luka (suspensi):
Baik, dapat dikultur: < 10 epitel (perbesaran 10x),
bakteri ditemukan 1/20 lapang pandang imersi
Tidak dilanjutkan, minta sampel baru: > 10 epitel
per lapang pandang 10x, tidak ada bakteri dalam
20 lapang pandang imersi
Elastin dari luka operasi Clue cell pada sekret vagina

Hasil swab luka berisi PMN, morfologi

bakteri campuran antara aerob dan
anaerob, intra- dan ekstrasel, abses aerob-
anaerob atau infeksi ruang tertutup
Staphylococcus aureus
BAKTERI KOKUS GRAM POSITIF
 Bentuk sferis
 Reaksi Gram positif
 Tidak memiliki endospore
 Dibagi berdasarkan adanya enzim katalase
(mengubah hydrogen peroksida menjadi air dan
oksigen)
 + Staphylococcus
 - Streptococcus, Enterococcus
Staphylococcus
Gram positif
Tumbuh berkumpul seperti anggur
Spesimen klinis: sel tunggal, berpasangan, atau
rantai pendek
Anaerob fakultatif
Tahan konsentrasi garam tinggi (hingga 10%)
Suhu 18 – 40 oC
S.aureus
 Spesies paling virulen di antara Staphylococcus lain
 Flora normal nares anterior, nasofaring, perineal, kulit
 Membuat toksin dan substansi lain, berperan dalam
infeksi luka
 Penyebaran terjadi melalui:
 Masuk melalui luka di kulit atau luka operasi  lesi
terinfeksi  abses
 Person to person  dari pekerja kesehatan yang
tidak mencuci tangan  menginfeksi
 FAKTOR VIRULENSI S.Aureus
Virulence Factor Keterangan
Kapsul Antifagositik
Peptidoglikan, slime Adherence spesifik ke permukaan mukosa
layer, asam teikoat Kemotaksis sel imun
Antifagositik
Berikatan dengan fibronektin
Protein A Menghambat perlekatan antibodi, anti-komplemen
Enzim Koagulase  mengubah fibrinogen menjadi fibrin
Fibrinolisin  mengurai fibrin
Hyaluronidase  menghidrolisis asam hialuronat di jar.ikat  menyebar
infeksi
Lipase  menghidrolisis lipid
Nuclease  menghidrolisis DNA
 FAKTOR VIRULENSI S.Aureus
Virulence Factor Keterangan

Toksin Exfoliatin/epidermolitik  melonggarkan ikatan interseluler pada

stratum granulosum  staphylococcal scalded skin syndrome
Enterotoksin A, E, G, I merangsang media inflamasi  mual,
muntah, meningkatkan peristalsis usus, fluid loss (diare)
Sitotoksin  Toksik terhadap semua sel hematologis dan jaringan
ikat

Toksin-1 Toxic shock syndrome  superantigen pirogenik  stimulasi

proliferasi limfosit T dan kerusakan sel  menghancurkan sel
endotel
 ISOLASI DARI LESI (ABSES, LUKA,
PUSTULE, ULKUS)
 Lesi Terbuka/Superfisial
 Kontainer: Stuart’s atau Amie’s
 Angkat/bersihkan bagian atas permukaan luka dengan alkohol atau klorheksidin (menghindari
colonizer)  Swab pada dasar tepi luka/lesi
 Transport ke lab
 Ditanam pada <2 jam (tanpa media transport)
 Ditanam pada up to 24 jam dengan media transport
 Pemeriksaan langsung: Gram
ANALITIK PEMERIKSAAN SPESIMEN LUKA
TERBUKA

Spesimen
luka terbuka

Pewarnaan
Gram

Agar darah MacConkey Thioglikolat

Identifikasi Resistensi

Kultur anaerob tidak dikerjakan untuk luka superfisial (terbuka) ataupun

spesimen yang dikirim dengan media yang tidak tepat untuk kuman anaerob
 LESI DALAM

 Lesi Dalam
 Aspirasi material dari dinding lesi atau jaringan eksisi dengan spuit
 Lebih bagus  punch biopsy
 Container: anaerobic transporter
Sebaiknya tidak ditransport dengan spuit
 Transport ke laboratorium: < 2 jam
 Penyimpanan sebelum diproses: 24 jam (suhu kamar)
 Pemeriksaan langsung: Gram
PENGAMBILAN SPESIMEN DENGAN ASPIRASI

Dengan memasukan jarum ke dalam lesi, cairan atau pus dapat diaspirasi.
SPECIMEN PROCESSING FOR CLOSED ABSCESS
(WOUND)

Spesimen luka
tertutup

Pewarnaan
Gram

Agar darah
(Aerob dan Agar Coklat MacConkey Thioglikolat
Anaerob)

Identifikasi Resistensi
ISOLASI SPESIMEN KLINIS
 Spesimen diinokulasi pada agar darah dan media
bakteriologik lain
 Isolasi organisme yang banyak kontaminasi
 Mannitol salt agar (MSA)
 Medium selektif yang baik u/ menilai S.aureus pada
spesimen seperti kultur nasal
 Columbia colistin-nalidixic acid (CNA)
 Phenylethylalcohol (PEA) menghambat pertumbuhan
bakteri Gram negatif
IDENTIFIKASI S. AUREUS
 MORFOLOLOGI KOLONI PADA AGAR DARAH

Diameter 1-3 mm setelah inkubasi 24 jam

Halus, butyrous, low convex profile, tepi rata
Beberapa strain: diameter koloni lebih besar (4–6 mm),
kadang dapat tampak seperti koloni basah/lengket
Membentuk koloni pigmen kuning atau kuning-orange,
strain lain  broken white atau agak kelabu
Beberapa S.aureus  zona kabur beta-hemolysis di
sekitar koloni  muncul setelah inkubasi yang lama
 APUSAN LANGSUNG PEWARNAAN GRAM

Tampak berbentuk bulat dan berwarna ungu 

Kokus Gram +
Diameter 0,5-1,5 µm
Dapat ditemukan dalam bentuk tunggal (single-cell),
berpasangan (pair), rantai pendek, atau
berkelompok seperti buah anggur (grape-like-cluster)
 TES KATALASE

Deteksi enzim katalase

H2O2 30% pada slide kaca segera muncul gelembung
yang jelas  konversi H2O2 menjadi H2O dan gas
oksigen
Idealnya tes katalase dilakukan dari medium yang tidak
berisi darah  RBC dapat menghasilkan tes katalase
positif lemah
Bila dari agar darah ambil bagian atas koloni agar
tidak terjadi carryover darah
 SLIDE COAGULASETEST
S.aureus memiliki koagulase terikat (bound coagulase)/
“clumping factor” pada permukaan dinding selnya
Berikatan dengan fibrinogen  fibrin  aglutinasi sel
Jangan lakukan tes dari media dengan garam tinggi (e.g.
MSA)  beberapa strain S.aureus akan autoaglutinasi
Strain dengan hasil (–) pada slide  konfirmasi dengan tes
koagulase tabung
Strain yg defisien “clumping factor” biasanya
memproduksi koagulase bebas
TES KOAGULASE DALAM TABUNG
 Mendeteksi koagulase yang disekresikan ekstraseluler
 Bereaksi dengan substansi dalam plasma (coagulase-reacting
factor (CRF))  bereaksi dengan fibrinogen  fibrin (clot
formation)
 Tes (-) setelah 4 jam, inkubasi suhu 350 C  inkubasi dalam
suhu kamar  dibaca lagi >24 jam
 Beberapa strain akan memproduksi fibrinolysin  disolusi
bekuan selama periode inkubasi
 Plasma manusia atau Rabbit dengan EDTA
 Koagulase alternatif: Aglutinasi Latex atau Hemaglutinasi Pasif
(dengan darah domba)
 TES KONFIRMASI TAMBAHAN: DNASE
 Beberapa strain S.aureus menghasilkan reaksi koagulase
tabung sangat lemah
 S.aureus  produksi DNase dan thermostable nuclease 
memiliki aktivitas endonucleolytic dan exonucleolytic
 Kedua enzim ini menghidrolisis asam nukleat (DNA)
 Medium tes DNAse
 Berisi metachromatic dye toluidine blue O
 Setelah inkubasi 24 jam pada 350C  medium di bawah dan
sekitar inokulum berubah dari azure blue menjadi pink dan
terdapat clear zone di sekitarnya  hidrolisis DNA
 FERMENTASI MANNITOL

Mannitol salt agar (MSA)

 Komposisi
 Mannitol 1%
 NaCl 7,5%
 Phenol red
 Pepton.
 Konsentrasi garam tinggi  menghambat
pertumbuhan mikroorganisme lain (kecuali enterococci)
 Zona kuning di sekitar koloni produksi asam dari
mannitol
 Koagulase

Katalase + Mannitol

DNAse
Kokus
Positif S.aureus S.epidermidis S.saprophyticus
Optochin Koagulase + - -
MSA + - +
DNAse + - -
Katalase - Bile esculin

Bacitracin
MRSA

Methicillin-resistant S.aureus
Methicillin awalnya adalah penisilin resisten
betalaktamase yang digunakan mulai 1959 
S.aureus dan Staph coagulase neg mulai resisten
 menjadi penyebab infeksi serius pada
komunitas dan infeksi nosokomial
DEFINISI OPERASIONAL MRSA
 MIC oxacillin ≥ 4 µg/mL
 Cara deteksi lain: menggunakan uji difusi disk dengan
cefoxitin
 Menggunakan PCR untuk mendeteksi gen mec
 Isolat resisten oxacillin/methicillin resisten terhadap
semua betalaktam, termasuk sefalosporin (kecuali gen
5: ceftaroline, ceftobiprole)
 MIC oxacillin ≤ 2 µg/mL dianggap susceptible
Gen mec
 Adanya gen mec adalah absolut bagi S.aureus untuk
mengekspresikan resistensi metisilin
 Komponen structural gen mec, yaitu mecA, mengode penicillin-
binding protein 2a (PBP2a)  menentukan resistensi terhadap
metisilin dan betalaktam resisten-penisilinase semisintetik lain
 Gen mec umumnya juga mengode 2 komponen regulator
ekspresi gen:
 mecR1-mecI: regulator negatif transkripsi mecA  mutase gen
ini menyebabkan strain sangat resisten
 blaI, blaRI, blaZ: regulator ekspresi betalaktamase,
menyebabkan resistensi melalui mekanisme berbeda dari mec,
yaitu menghidrolisis cincin betalaktam
PBP2a
 Enzim peptidase di membrane bakteri
 Mengatalisis reaksi transpeptidase peptidoglikan saat
sintesis dinding sel
 PBP2a (dibandingkan PBP 1-4), memiliki afinitas
rendah untuk semua antibiotik betalaktam:
menginduksi resistensi terhadap semua betalaktam
semisintetik yang resisten penisilinase: methicillin,
nafcillin, oxacillin, sefalosporin
EKSPRESI RESISTENSI
 Meskipun ada gen mec pada MRSA, ekspresi fenotip
bervariasi
 3 tipe ekspresi resistensi: homogen, heterogen,
borderline (paling umum dari spesimen klinis)
 Isolat dengan resistensi heterogen (di suhu 37oC
tampak sensitive terhadap oxacillin 4 µg/mL) menjadi
sangat resisten saat ditumbuhkan di suhu 30-35oC
 Penggunaan betalaktam mendorong resistensi
homogen (akibat seleksi)
RESISTENSI BORDERLINE
Isolat ada di ambang resistensi
Sebagian strain memiliki gen mecA 
subpopulasi resisten sangat sedikit, mungkin
masih sensitif terhadap betalaktam
Pada strain tanpa mecA, terjadi perubahan atau
peningkatan ekspresi PBP lain , disertai
peningkatan enzim untuk sintesis peptidoglikan
 tetap bertumbuh dengan adanya betalaktam
PEMERIKSAAN LAB

Paling akurat: PCR deteksi gen mecA

Aglutinasi lateks produk protein mecA: PBP2a
Substitusi:
Mikrodilusi broth
Plat agar skrining dengan NaCl 4% dan Oxacillin
6 µg/mL
Disk diffusion cefoxitin
DETEKSI

Lokasi skrining:
Nares anterior (73-93% koloni asimptomatik)
Luka operasi/luka terbuka
Ulkus decubitus
Lokasi kerusakan kulit
Aksila, sela paha, tenggorokan (rutin)
UJI KEPEKAAN ANTIBIOTIK

Dulu hanya MRSA nosocomial yang multidrug

resistant
MRSA komunitas cenderung tetap sensitif
terhadap cotrimoxazole, clindamycin, dan
ciprofloxacin
Saat ini, MRSA komunitas juga multidrug resistant
TERAPI MRSA

Vancomycin adalah DoC (kombinasi dengan

cefotaxime atau ceftriaxone)
Golongan glikopeptida, menghambat sintesis
dinding sel tanpa cincin betalaktam
Susceptible jika MIC ≤ 2 µg/mL
Alternatif jika resisten vancomycin (MIC > 8
µg/mL)  teicoplanin