STRUKTUR DAN FUNGSI

PROTEIN
Retno Sintowati, dr. MSc.
 SINTESIS PROTEIN
• PROTEIN ADALAH POLIMER DARI ASAM AMINO
• PERHATIKAN TEORI DOGMA SENTRAL, PRODUK AKHIR GEN
ADALAH PROTEIN
• DNA SEBAGAI MATERI GENETIK
• mRNA SEBAGAI PEMBAWA INFORMASI GENETIK
• SINTESIS PROTEIN TERJADI DI RIBOSOM
• mRNA MEMBAWA CODON, SEDANGKAN tRNA-MEMBAWA ANTI
CODON
• PESANAN ASAM AMINO DIKODE OLEH CODON mRNA
• ASAM AMINO YANG SATU DENGAN YANG LAIN DIRANGKAI
DENGAN IKATAN PEPTIDA
• START CODON SELALU DIMULAI DENGAN METIONIN DAN
DIAKHIRI DENGAN STOP CODON
MACAM DAN FUNGSI PROTEIN
1. Protein Regulator / Bioregulator( Hormon)
2. Biokatalisator ( Enzim )
3. Protein Transport: Hb, Alb, Lipoprotein,
Transferin, protein integral membran
4. Protein Kontraktil: aktin dan miosin
5. Protein Struktural:
kolagen,tubulin,keratin,glikoprotein
6. Protein Pelindung dan pertahanan: Ig,
interferon, perforin,IL, fibrinogen
7. Protein Reseptor
• Protein memiliki 4 tingkat struktur yang berbeda :
1. Struktur primer : urutan linear asam amino dalam rantai
polipeptida
2. Struktur sekunder (mencakup heliks-α dan lembar-β) : t.a
daerah2 lokal rantai polipeptida yg mpy konformasi reguler
yg distabilkan oleh ikatan hidrogen
3. Struktur tersier : konformasi 3 dimensi total dr keseluruhan
rantai polipeptida (mencakup heliks-α, lembar-β dan
daerah berbtk globuler)
4. Struktur kuartener : konformasi 3 dimensi suatu protein
multisubunit yg t.a sejumlah rantai polipeptida disatukan
oleh interaksi nonkovalen berupa interaksi elektrostatik,
hidrofobik, dan ikatan hidrogen.
Muatan pada protein
• Muatan protein disebabkan oleh rantai sisi
residu AA.
• Krn muatannya, protein dpt bermigrasi dlm
suatu medan listrik. Sifat ini digunakan utk
memisahkan & mengidentifikasi protein.
Pelipatan protein
• Struktur primer menentukan konformasi 3 dimensi
suatu protein.
• Jenis rantai sisi msg2 residu AA menentukan bgmn
rantai mengadakan lipatan2 hingga membentuk
struktur asli.
• Stlh pelipatan, residu sistein akan membentuk ikatan
disulfida.
• Konformasi asli bs rusak/denaturasi dg pemanasan,
pH ekstrim, penambahan bahan kimia misal urea
• Jika dikembalikan kondisi faali, akan membentuk
konformasi semula
Modifikasi pasca translasi
• Sesudah sintesis protein lengkap, residu AA ttt
mengalami modifikasi kimiawi seperti :
– Fosforilasi pd residu serin, treonin, tirosin
– Penambahan asam lemak, ADP ribose, gugus metil, asetil
– Penambahan karbohidrat, tu/ protein yg berhub dg
permukaan sel, melalui glikosilasi serin, treonin, asparagin

• Hubungan antara struktur & fungsi protein

– Hb transport oksigen
– Ig, kolagen, insulin, heksokinase, dll
• Protein didlm sel berada dlm keadaan asli (native state)
• Panas, asam, dan bahan lain menyebab protein
t’denaturasi,yi konformasi 3 dimensinya terbuka /hilang
• Dalam kead asli alami di dlm sel, byk protein berikatan
dg substansi lain (ion , molekul kompleks) mis. Koenzim.
• Berbagai protein yg berbeda dpt disusun dr hanya 20
AA di mana AA ini akan saling berikatan dlm banyak
kombinasi yg berbeda.
• Perbed dlm urutan/sekuen AA pd rantai polipeptoda
menyebabkan pembentukan struktur 3 dimensi yg
berbeda shg fungsinya jg berbeda.
• Polipetida merupakan peptida dengan lebih dari 10
asam amino.
ASAM-ASAM AMINO YANG TERDAPAT
DALAM PROTEIN
Asam amino rantai samping alifatik
Glisin (Gly) = G
Valin (Val) = V
Alanin (Ala) = A
Leusin (Leu) = L
Isoleusin (Ile) = I

Asam amino rantai samping sulfur

Sistein (Cys) = C
Metionin (Met) = M

Asam amino rantai samping gugus

hidrosil (OH)
Serin (Ser) = S
Treonin (Tgr) = T
Tirosin (Tyr) = Y
 Asam amino rantai samping gugus asidik
dan amida
Asam aspartat (Asp) = D
Asparagin (Asn) = N
Asam glutamat (Glu) = E
Glutamin (Gln) = Q

Asam amino rantai samping gugus alkalis

Arginin (Arg) = R
Lisin (Lys) = K
Histidin (His) = H *

Asam amino rantai samping

mengandung cincin aromatika
Histidin (His) = H
Tirosin (Tyr) = Y * Asam amino siklik
Fenilalanin (Phe) = F Prolin (Pro) = P
Triptofan (Trp) = W
KOLAGEN
Kolagen membentuk 25% total protein mamalia yang
menggambarkan keanekaragaman struktur jaringan yang
menandai struktur sekunder protein fibrosa vertebrata.
Kolagen terdapat pada:
a. Tendon: struktur yang sangat asimetris dengan
kekuatan melawan regangan yang tinggi.
b. Kulit: membentuk serabut yang terpintal, longgar, dan
fleksibel.
c. Gigi dan kulit: mengandung suatu polimer kalsium
fosfat.
d. Kornea mata
Struktur sekunder yang stabil sgt ptg utk menghindari
kelainan biosintesis dan maturasi tropokolagen.
Contoh:
Defesiensi vitamin C berat: enzim prolil dan lisil hidroksilase
menjadi inaktif sehingga tropokolagen tidak membentuk ikatan
silang kovalen. Secara klinis disebut Penyakit Scorbut dengan
gambaran klinik berupa perdarahan gusi, kesembuhan luka yang
jelek hingga dapat menyebabkan kematian.
Defisiensi tembaga dalam diet yang berperan pada pembentukan
enzim lisil hidroksilase. Secara klinis disebut Penyakit Menkes
dengan gambaran klinis berupa rambut keriting dan kusut (Kinky
hair), retardasi pertumbuhan.
Gangguan pada gen pengkode kolagen sehingga biosintesis kolagen
terganggu dapat menyebabkan Osteogenesis imperfekta.
Defek gen yang mengkode α-prokolagen, prokolgen N-peptidase
atau lisil hidroksilase, menyebabkan Sindroma Ehler Danlos dengan
gambaran klinis berupa sendi mobile dan abnormalitas kulit.
 Structure levels in proteins
primary structure
amino acid sequence

secondary structure
spatial arrangement of amino acids within a poly-
peptide chain (a-helix, ß-sheet, unstructured turns)

tertiary structure
spatial arrangement of secondary structural elements

quatery structure
subunit interactions
 Amino acids are constituents of
proteins

there are about 20 proteinogenic amino acids

Proteins are Made of AAs Connected
by Peptide Bonds

• Ikatan peptida bersifat ikatan rangkap spt 2 lembar kertas

yang dilem
arti dipeptida, tripeptida, jml AA & ikt pep
• Pada praktikum: berwarna ungu
• STRUKTUR PROTEIN
Cell membrane structure
Protein pada membran sel
Protein transport pada membran sel
Nicotinic Acetylcholine Receptor
Thyroid hormone receptor (TR)
Epinephrine (adrenaline) receptor
Insulin receptor
A model of myoglobin at low
resolution.
Only the α-carbon atoms are
shown. The α-helical regions
are named A through H.
(Based on Dickerson RE in:
The Proteins, 2nd ed. Vol 2.
Neurath H [editor].
Academic
Press, 1964. Reproduced
with permission.)
Crystals of human insulin
Crystals of human insulin.
• Insulin is a protein hormone, crucial for
maintaining blood sugar at appropriate levels.
• Chains of amino acids in a specific sequence
(the primary structure) define a protein like
insulin. These chains fold into well-defined
structures (the tertiary structure) in this case a
single insulin molecule. Such structures
assemble with other chains to form arrays such
as the complex of six insulin molecules shown
at the far right (the quarternary structure).
These arrays can often be induced to form
well-defined crystals (photo at left), which
allows determination of these structures in
detail.
 PROTEIN BIOREGULATOR (HORMON)
• Sebagian besar hormon adalah peptida
• Contoh hormon polipeptida :
– ACTH
– Angiotensin I, II
– Gastrin
– Insulin, glukagon
– Kalsitonin
– Kolesistokinin
– GH, MSH, OT, PTH, PRL, ADH
• Hormon derivat amin/ asam amino tunggal :
– Katekolamin  EPINEFRIN, NOREPINEFRIN , DOPAMIN (dr tirosin)
– T3 dan T4 (dr tirosin)
Kelainan Hb  Hb S (sickle cell anemia)
Rantai β-globin : residu valin (hidrofobik)
mengantikan glutamat (hidrofilik)
Manifestasi klinis
HbA 

• HbS 

• deoxyHbS polymerizes into filaments