Struktur dan fungsi

protein serta enzim

Oleh

Nursal Asbiran

Staf Pengajar
Fakultas Kedokteran Unbrah
Asam amino
 Sebagai unit monomer menbangun rantai poliptida
protein
 Sbgn besar protein mgdg 20 macam asam L alfa
amino yg sama dl proporsi beragam
 Bbrp protein khusus mgd asam L alfa amino yg
diturunkan dari antara 20 asam amino utama
 AA turunan ini memberikan fungsi yg sangat spesfik
kpd protein, sehingga meningkatkan keragaman
biologi hbg
 Jenis, urutan dan hbg spasial asam-asam amino
menentukan struktur 3 dimensi dan sifat biologis
protein sederhana
 Faktor diatas turut menentukan
struktur dan fungsi protein kompleks
 Protein kompleks selain mgdg AA juga
heme, karbohidrat, lipid, asam nukleat
dll
Sifat asam amino
 Kode genetik menetukan kespesifikan AA
 Dari 300 macam AA hanya 20 monomer utk
membentuk polipeptida protein
 Kode genetik 3 huruf yg jumlahnya terbatas
dpt mengakomodir 20 AA
 Kode genetik universal yg cukup banyak
akan membatasi kodonAAyg digunakan pd
ke 20 as L alfa amino
 Semua protein mgdg 20 AA dl proporsi
beragam
AA tambahan terdapat dl
protein khusus
 Terjadi mlli modifikasi suatu AA yang
sebelumnya sudah menyatu dg
peptida/protein
 Modifikasi postranslasi mencakup
– Derivatisasi terminal N
– Derivatisasi terminal C
– Derivatisasi rantai samping AA yg terikat
peptida internal
Contoh
 Prolin 4 OH prolin
 Lisin 5 OH lisin
 Metilasi, formilasi, asetilasi,fosforilasi
gugus fungsi memperluas
keragaman biologis protein
Hanya AA asam L α amino
terdapat dialam
 AA mengandung gugus fungsional amino
dan karboksil
 AA dalam protein bisa dextrorotasinal dan
levoratasional pada pH = 7, namun tetap
punya konfigurasi absolut sama
 Dalam tubuh terdapat 2 macam AA bebas
D- serin pada bgn otak depan forebrain
D-aspartat dalam otak dan saraf perifer
Muatan asam amino
 R-COOH dan R-NH3+ adalah pasangan bersifat
asam, keduanya asam lemah, tapi R-COOH lebih
dominan
 Pada plasma pH 7.4 dan intrasel pH 7.1 hampir
semua R-COOH dalam bentuk R-COO~
 R-COO~ dan R-NH2 merupakan basa kunjugat
 AA adalah zwitter ion
 Pada pH isoelektrik (pI) AA tidak bermuatan netto
Keseimbamgam proton
asam aspartat
 pH <1 , MUATAN NET = +1
HOOC CHNH3+ CH2 COOH
. pH ~ 3, muatan net = 0
-OOC CHNH3+ CH2 COOH

. pH 6 – 8. muatan net = -1
-OOC CHNH3+ CH2 COO-

. pH 11, muatan net= -2

-OOC CHNH2 CH2 COO-
Kelarutan dan titik leleh

 AA mempunyai gugus bermuatan, mudah

larut
 Larut dalam pelarut polar spt air dan etanol,
tidak larut dalam pelarut nonpolar spt
benzen, heksan, eter
 Titik lebur tinggi (besar dari 200 oC),
sehingga perlu energi yg banyak utk
menghancurkan gaya ionik yg menjaga
kestabilannya
Pemisahan AA berdasar
polaritas gugus
 Apakah gugus yg melekat pada C alfa
polar atau tidak
 AA yg terikat atau btk bebas (bukan
dl bgn protein) punya peranan dl
proses metabolism
ornitin, sitrulin, arginin dl pbtk ureum
tiroksin dl pbtk hormon tiroid
glutamat dl biosintesis
neurotransmitter
 Klassifikasi AA berdasar
kelarutan
HIDROFOBIK HIDROFILIK
alanin Arginin histidin
isoleusin Asparagin lisin
leusin Aspartan serin
metionin Sistein treonin
fenilalanin Glutamat
prolin Glutamin
triptopan Glisin
Tirosin
valin
Gugus R menentukan
sifat AA
 Glisin adalah AA paling kecil, dapat
diakomodasi pada struktur 3 dimensi protein
yg tidak bisa dimasuki AA lain, Ia terdapat
pada regio tempat peptida melipat tajam
 Gugus R bermuatan pada AA asam atau
alkalis penting utk menstabilkan protein
spesifikmlli interaksi ionik atau pbtk
garam,contoh: putus atau terbentuknya
kembali ikatan garam terjadi menyertai
oksigenasi atau deoksigenasi
 AA dg R muatan positif atau negatif punya fungsi dl
pemancaran muatan- charge relay-mentransmisikan
muatan listrik dl jarak cukup jauh saat katalisis
enzimatik, transportasi elektron pd mitokondria saat
respirasi
 Ggs alkohol primer pd serin, -SH pd sistein adalah
nukleofilik, berfungsi saat katalisis. Ggs alkohol
sekunder pada treonin juga nukleofil, tapi tak
diperlihatkan pd katalisis
 Gggs –OH pd serin, tirosin, treonin berperan dalam
pengaturan aktifitas enzim yg aktifitas katalitiknya
tergantung fosforilasi aminoasil terhidroksilasi
 AA tak menyerap cahaya, jadi tak
berwarna, tak menyerap UV dg pjg gel
diatas 240 nm, kecuali AA aromatik spt
triptopan, fenilalanin, tirosin,histidin
 Triptopan menyerap UV 250 – 290
nm.
 Triptopan memberi kontribusi pd
sebagian protein menyerap UV pada
280 nm
Tehnik pemisahan asam
amino
 Kromatografi
AA disekat antara fase diam dan fase
mobil. Pemisahan terjadi tergantung
pada kecendrungan molekul dl
campuran utk bergabung lebih pada
salah satu fase
Kromatografi kertas
Kromatografi lapisan tipis(TLC.PTLC,
Reversed phase PTLC,TLC adsorpsi,
HPLC
 Elektroforesa voltase tinggi (HVE)
 Pemisahan AA, polipeptida dan
senyawa amfolit-muatan netto tgt pH
media- dengan arus searah
 Bahan penyanggah
AA adalah kertas, serbuk selulosa
Polipeptida, protein dgnk gel
polakrilamid
Oligomer nukleotida-agarosa,
 Pemisahan tergantung pada :
kekuatan medan listrik
muatan netto amfolit
berat molekul yang sama, bobot yg ringan
bermigrasi lebih dulu
Utk visualisasi elektroforegram diproses dg larutan
ninhidrin (AA dan Peptida),atau dg etidium
bromida kemudian dilihat dibawah UV(oligomer
nukleotida)
Pilihan pH ditentukan dari nilai pK gugus disosiasi
Gugus fungsionil
menentukan reaksi kimia AA
 Setiap gugus fungsionil (karboksilat,
amino dan yg terdapat pada R)
berpartisipasi dl reaksi kimia khas
 Ionisasi,pbtk ester amida, serya
anhidrida asam untuk ggs karboksilat
 Ionisasi, asilasi, esterifikasi ggs amino
 Oksidasi serta alkilasi ggs –SH
 Esterifikasi ggs –OH, dll
Rx AA terpenting adalah
pbtk ikatan peptida
 Pada prinsipnya pbtk ik. Peptida
adalah pengeluaran 1 mol air antara
gugus karboksilat AA pertama dg ggs
amino AA berikutnya.
 Ggs karboksil diaktifkan oleh ATP
membentuk adenosiladenilat
 ASAM AMINO
H H
I i
R - C - COOH R – C - COO-
I i
NH2 NH3 +
 Ikatan peptida
H H
R – C - COOH R - C - COOH
NH2 NH2

R – C – CO = NH – C -COOH
NH2