Protein

oleh :
MUHAMMAD YUDHARSYAH
(06101181722003)
NUR AFIFAH (06101181722004)
RIRIN APRILIA (06101181722005)

kelompok 1
STRUKTUR
PROTEIN
Ada empat tingkat struktur dasar protein, yaitu struktur
primer, sekunder, tersier dan kuartener.
Struktur protein menunjukan jumlah , jenis dan urutan asam
amino dalam molekul protein. Oleh karenia ikatan antar asam
amino ialah ikatan peptida, maka struktur primer protein juga
menunjukan ikatan peptida yang urutannya diketahui.
Untuk mengetahui jumlah, jenis, dan urutan asam amino
dalam protein dilakukan analisis yang terdiri dari beberapa
tahap:

• Penentuan jumlah rantai polipeptida yang berdiri sendiri

• Pemecahan ikatan antara rantai polipeptida

• Pemecahan masing-masing rantai polipeptida

• Analisis urutan asam amino pada rantai polipeptida

Menunjukan struktur primer enzim ribonuklease yang berasal dari
cairan pancreas.
Pada rantai polipeptida terdapat banyak gugus >C=O dan gugus >N−H. Apabila
ikatan hidrogen ini terbentuk antara gugus-gugus yang terdapat dalam satu
rantai polipeptida, akn terbentuk struktur heliks seperti tampak pada gambar di
bawah ini. Struktur alfa heliks merupakan struktur sekunder protein
Ada dua bentuk lembaran
berlipat, yaitu bentuk paralel dan
bentuk anti yang berikatan
melalui ikatan hidrogen itu sejajar
dan searah.

Sedangkan bentuk anti paralel

terjadi apabila rantai polipeptida
berikatan dalam posisi sejajar
tetapi berlawanan arah.
Struktur lembaran berlipat
merupakan struktur seunder
protein.
Struktur tersier menunjukan kecendrungsn polipeptida membentuk lipatan atau gulungan dan dengan
demikian membentuk struktur yang lebih kompleks. Struktur ini dimantapkan oleh adanya beberapa ikatan
antara gugus R pada molekul asam amino yang membentuk protein. Beberapa jenis ikatan tersebut misalnya (a)
ikatan eletrostatik, (b) ikatan idrogen, (c) interaksi hidrofob antara rantai samping non polar, (d) interaksi dipo-
dipol dan (e) ikatan disulfida yaitu suatu ikatan kovelan.
Struktur kuartener menunjukan derajat persekutuan unit-unit protein. Sebagian besar protein
globular terdiri atas beberapa rantai polipeptida yang terpisah. Rantai polipetida ini saling
berinteraksi membentuk persekutuan . Pada gambar dia atas menunjukan suatu model
struktur kuartener yng terdiri atas dua unit protein globular.
PENGGOLONGAN PROTEIN
Di tinjau dari strukturnya protein apat dibagi dalam dua golongan besar:
1. Protein sederhana
Ialah protein yang hanya terditi atas molekul-molekul asam amino, dan protein sederhana
dapat dibagi dalam dua bagian menurut molekulnya, yaitu:
a. Protein Fiber
molekul protein ini terdiri atas beberapa rantai polipeptida yang memanjang dan
dihubungkan satu dengan lain oleh beberapa ikatan silang hingga merupakan bentuk serat atau
serabut yang stabil. Ciri khas protein fiber yang terdapat pada beberapa jenis protein yang
termasuk golongan ini antara lain ialah: 1) konfigurasu alfa heliks pada keratin, 2) lembaran
berlipat parallel dan anti parallel pada protein sutera alam, 3) heliks tripel pad kolagen.

b. Protein Globular
umunya berbentuk bulat atau elips dan terdiri atas rantai polipeptida yang berlipat.
Beberapa jenis protein globular yaitu albumin , globulin, histon, dan protamin.
2. Protein Gabungan
ialah protein yang berikatan dengan senyawa yang bukan protein.
Gugus bukan protein ini disebut gugus protestik. Ada bebera jenis
protein gabungan antara lain:
a. Mukoprotein
adalah gabungan antara protein dan karbohidrat dengan kadar lebih
dari 4% dihitung sebagai heksosamina. Karbohidrat yang terikat ini
berupa polisakarida kompleks yang mengandung N-asetilheksosamina
yang mudah larut.

b. Glikoprotein
juga terdiri dari protein dan karbohidrat tetapi dengan kadar
heksosamina yang kurang dari 4%

c. Lipoprotein
adalah gabungan antara protein yang larit dalam air dengan lipid.
Lipoprotein terdapat dalam semua darah, dalam otak dan jaringan
syaraf.
Sifat-sifat
protein
1. Protein menunjukkan berbagai fungsi biologi

a. Enzim
Protein yang paling banyak bervariasi dan mempunyai
kekhususan tinggi adalah protein yang mempunyai
aktivitas katalisa, yakni enzim. Hampir semua reaksi
kimia biomolekuk organic di dalam sel dikatalisa oleh
enzim

b. Protein transport
Protein transport transport di dalam plasma darah
mengikat dan membawa molekul atau ion spesifik dari
satu organ ke organ lain
c. Protein Nutrien dan Penyimpan
Biki berbagai tumbuhan menyimpan protein nutrient yang
dibutuhkan untuk pertumbuhan embrio tanaman

d. Protein kontraktil dan motil

Beberapa protein memberikan kemampuan kepada sel dan
organisme untuk berkontaksi, mengubah bentuk, dan bergerak
aktin dan miosin dalah protein filament yang berfungsi di dalam
system kontrakstil otot kerangka dan juga di dalam banyak sel
otot

e. Protein Struktural
Banyak protein yang berperan sebagai filament, kabel, atau
lembaran penyanggah untu memberikan struktur biologi
kekuatan dan proteksi
f. Protein Pertahanan
Banyak protein mempertahankan organisme dalam melawan
serangan oleh spesies lain atau melindungi organisme tersebut
dari luka

g. Protein Pengatur
Beberapa protein membantu mengatur aktivitas seluler atau
fisologi. Dintara jenis ini terdapat sejumlah hormone seperti
insulin yang mengatur metabolism gula.

h. Protein Lain
Terdapat banyak protein lain yang berfungsi agak eksotik dan
tidak mudah diklasifikasikan. Monelin, suatu protein tanaman
dari afrika mempunyai rasa yang amat manis. Protein ini sedang
dipelajari sebagi pemanis makanan yang tidak menggemukkan
dan tidak beracun
2. Protein menghasilkan asam amino dengan proses
hidrolisis

Banyak protein yang telah diisolasi dalam bentuk krital

murni. Kristal tripsin murni, suatu enzim pencernaan
yang disekresikan ke dlam usus dan sitokhrom c, sutu
protein pembawa electron pada mitochondria. Seperti
juga pada peptide sederhana, hidrolisis protein
dengan asam atau basa menghasilkan suatu campuran
asam amino bebas, unit pembangunnya.
3. Beberapa protein mengandung gugus kimia lain
disamping asam amino

Banyak protein, seperti enzim ribonuklease dan

khimothripsinogen hanya mengandung asam amino
dan tidak gugus kimia lain, senyawa ii disebut protein
sederhana. Akan tetapi protein lain menghasilkan
komponen kimia lain di samping asam amino setelah
hidrolisis senyawa-senyawa ini disebut protein
konyugasi . Bagian yang bukan asam amino disebut
dengan gugus prostetik
4. Protein merupakan molekul berukuran besar

Polipeptida berbagai protein mungkin mempunyai

kira-kira 100 sampai sebanyak 1800 atau lebih residu
asam amino, protein bukan hanya merupakan
campuran sejumlah polipeptida dengan panjang
tertentu mempunyai komposisi, derte asam amino,
serta panjang rantai polipeptida yang sama. Berat
molekul rotein yang dpat ditentukan dengan metode
fisikokimia mungkin berkisar dari kira-kira 12000 bagi
protein kecil seperti sitokhrom c yang hanya
mempunyai 104 residu.
5. Protein dapat dipisahkan dan dimurnikan

Protein dapat dipisahkan dari senyawa dengan berat

molekul rendah yang ada di dalam ekstrak sel atau
jaringan dengan proses dialysis. Setelah campuran
protein dibebaskan dari molekul kecil oleh dialysis,
protein dapat dipisahlan berdasarkan ukuran oleh
filtrasi gel. Protein dapat juga dipisahkan satu dari
yang lain oleh elektroforesis. Masih ada lagi metoda
untuk mmisahkan protein yaitu kromatografi
pertukaran ion
 Untuk memisahkan suatu protein sepsifik dari
yang lain dibutuhkan cara pengukuran tersendiri
sehingga laju permurnia dapat diuji. Jika kita
memurnikan suatu enzim, sebagai contoh kita
dapat mengukur aktivitas katalitik enzim yang
akan membedakan protein tersebut dari yang lain
 Penentuan Deret Asam Amino dari Rantai
Polipeptida
 Tahap 1 : Penentuan Komposisi Asam Amino Tahap 2 : Identifikasi Residu Terminal
Tahap Pertama adalah hidrolisa semua Amino dan Karboksil
Tahap selanjutnya adalah identifikasi
ikatan peptida dari polipeptida murni. Campuran
residu asam amino pada ujung rantai
asam amino yang terbentuk dianalisa dengan
polipeptida yang mengandung gugus α-amino
khromatofrafi pertukaran ion untuk menentukan bebas yaitu ujung terminal amino.
asam amino mana yang ada dan jumlah relatif
masing-masing.
 Tahap 3 : Pemotongan Rantai Polipeptida
Beberapa metoda dapat dipergubakan untuk
memotong rantai polipeptida. Prosedur yang
umum adalah hidrolisis enzimatik polipeptida oleh
enzim pencerna tripsin. Enzim ini sangat spesifik
dalam aksi katalitiknya. Enzim hanya
mengkatalisa hidrolisis ikatan peptida dengan
gugus karboksil yang ada pada residu lisin atau
arganin tanpa memandang panjang atau deret asam
amino pada rantai polipeptida.
Jumlah peptida berukuran lebih kecil yang
dihasilkan oleh pemotongan tripsin . Suatu
polipeptida dengan 5 lisin atau arginin biasanya
akan menghasilkan 6 peptida yang lebih kecil pada
pemotongan dengan tripsi.
 Tahap 4 : Identifikasi Deret Fragmen Peptida
Prosedur degradasi Edman mencirikan
dan mengeluarkan hanya residu terminal
amino dari peptida dan membiarkan semua
ikatan peptida yang lain tertinggal utuh.
Setelah pengeluaran dan identifikasi residu
terminal amino dengan metoda ini, residu
terminal amino yang baru terbentuk ini
sekarang dapat dicirikan dan dipisahkan
dengan mengulang rangkaian reaksi yang
sama. Dengan cara residu ke residu, degradasi
Edman dapat menghasilkan semua deret asam
amino dari suatu peptida dengan menggunkan
satu contoh.
 Tahap 5 : Pemotongan Rantai Polipeptida Semula dengan Prosedur Kedua
Untuk menetapkan susunan fragmen peptida yang dibentuk dengan tripsin, contoh lain dari
polipeptida utuh dipotong menjadi fragmen kecil-kecil dengan metoda yang berbeda, yang memotong
ikatan peptida pada titik-titik yang berbeda dengan titik potong tripsin. Pereaksi sianogen bromida
berguna karena senyawa ini hanya memotong ikatan peptida dengan gugus karbonil pada residu
metionin. Jadi, pada polipeptida yang mengandung delapan residu metionin, pemotongan dengan
sianogen bromida biasanya akan menghasilkan sembilan fragmen peptida. Fragmen yang dihasilkan
oleh prosedur ini sekarang dipisahkan saru dengan yang lain oleh elektroforesis atau khromatografi.
 Tahap 6 : Menyusun Fragmen Peptida dengan
Penetapan Bagian yang Saling Tumpang Tindih
Peptida yang saling tumpang tindih yang
diperoleh dari pemotongan kedua menghasilkan
urutan yang benar dari fragmen peptida yang
dihasilkan pada pemotongan kedua. Kedua susunan
fragmen saling menguji kemungkinan kesalahan
dalam menentukan deret asam amino masing-
masing fragmen. Kadang-kadang, prosedur
pemotongan kedua tidak dapat menetapkan dua
atau lebih peptida yang saling tindih dengan
peptida dari pemotongan pertama. Dalam hal ini,
metoda pemotongan ketga atau keempat harus
dilakukan untuk memperoleh seperangkat peptida
yang dapat memberikan bagian saling tindih yang
dapat menyempurnakan deret.
PROTEIN DAPAT DIPISAHKAN DAN
DIMURNIKAN

Protein dapat dipisahkan dari senyawa dengan

berat molekul rendah yang ada didalam ekstrak
sel atau jaringan dengan proses dialisis.
Molekul besar seperti protein ditahan dialam
kantong terbuat dari senyawa berpori amat halus,
seperti selopan.
Jika kantong mengandung ekstrak sel atau
jaringan dimasukkan dalam air, molekul kecil
dalam ekstrak jaringan seperti garam akan melalui
pori-pori, tetapi protein dengan berat molekul
tinggi akan tertahan di dalam kantong.
Setelah campuran protein dibebaskan dari molekul kecil oleh
dialisis, protein dapat dipisahkan berdasarkan ukuran oleh
filtrasi gel.

Pada prosedur yang merupakan suatu bentuk kromatografi

larutan yang mengandung campuran protein dialirakan ke
dalam kolom yang mengandung butiran yang berpori yang
amat kecil, terbuat dari polirner berhidrat tinggi.

Molekul protein yang lebih kecil dapat menembus kedalam

pori-pori butiran, dan karena tertahan selam aliran kebawah
kolom tetapi molekul protein besar tidak dapat menembus
kedalam butiran dan melewati kolom dengan lebih cepat.

Protein ukuran menengah akan mengalir kebawah pada

kecapatan antara, tergantung kepad tingkat kemampuan
menembus butiran.

Kolom filtrasi gel seperti ini dinamakan saringan molekuler.

Pada setiap PH tertentu, suatu campuran protein akan mengandung
beberapa gugus yang bermuatan total negatif, beberapa bermuatan
total positif, dan berberapa tidak bermuatan.
Jika campuran ini ditempatkan didalam medan listrik, protein
bermuatan positif akan bergerak menuju elektroda bermuatan
negatif dan protein bermuatan negatif akan bergerak menuju
elektroda positif, serta protein tidak bermuatan akan tinggal diam.
Molekul protein dengan densitas muatan yang relatif tinggi akan
bergerak menuju elektroda secara cepat dibandingkan dengan protein
dengan densitas muatan rendah
Elektroforesis di langsungkan pada matrik teridri
dari sepotong kertas atau selulosa asetat atau
setelah selapis gel hidrofilik untuk menjaga molekul
protein yang telah terpisah supaya tidak terdisfusi
terlalu cepat kedalam fase cair.
Masih ada lagi metoda ampuh untuk memisahkan
protein satu dari yang lain yaitu kromatografi
pertukaran ion,didasarkan sebagian besar atas
perbedaan densitas dan tanda muatan listrik
protein pada PH tertentu, jadi, kromatografi
pertukaran ion dapt dipergunakan untuk
memisahkan asam amino, peptida atau protein.