Replikasi dan Reparasi DNA

oleh :
Asmarinah
Departemen Biologi FKUI
Replikasi DNA
Replikasi DNA berlangsung secara semikonservatif :
* kedua untai DNA berpisah (unwinding)
untai ganda (dsDNA)  untai tunggal (ssDNA)
* kedua ssDNA berlaku sebagai template (cetakan)
untuk sintesis DNA baru komplemennya.
* DNA generasi baru adalah dsDNA terdiri dari satu
untai DNA asal dan satu untai DNA baru hasil
sintesis  keduanya identik dengan DNA mula-
mula (parent DNA).

Replikasi DNA secara semikonservatif dibuktikan

dengan experimen oleh Messelson dan Stahl (1958).
Mekanisme replikasi DNA

Di dalam sel (in vivo) replikasi DNA melibatkan

beberapa enzim dan protein spesifik :

1. DNA helicase :
membuka dsDNA, menghasilkan 2 ssDNA
yang membentang 5’ – 3’ (lagging strand) dan 3’
– 5’ (leading strand). Kedua ssDNA
distabilkan oleh single strand binding protein
(SSB)  ssDNA menjadi lurus & tidak
membengkok  penting untuk kerja enzim
yang mensintesis untai DNA baru.
2. DNA polimerase :

mensintesis untai DNA baru dengan

menginkorporasikan dNTP ke ujung OH 3’ primer
atau nascent DNA  membentuk ikatan diester
fosfat antara hidroksil 3’ polinukleotida yang
sudah terbentuk (nascent DNA) dengan fosfat
5’ nukleotida yang diinkorporasikan  DNA
polimerase mensintesis untai baru dari 5’ – 3’ &
membaca template dari 3’ – 5’.
Sintesis DNA pada lagging strand berlangsung
melawan arah pembukaan dsDNA  dilakukan
dengan membuat segmen-segmen DNA 5’ – 3’
menggunakan primer RNA  disebut
fragmen “Okazaki”.

(Primer RNA disintesis oleh enzim primase)

Fragmen-fragmen Okazaki dihubungkan oleh DNA

ligase sehingga terbentuk ssDNA baru yang
komplementer dengan DNA template
(lagging strand).
•Pada eukariota, panjang RNA primer: 10 nukleotida, dan interval
antara primer pada lagging strand  100 – 200 nukleotida
• Sintesis DNA dimulai pada/dari ‘Replication Origins’ oleh protein
inisiator yang memecah ikatan hidrogen diantara basa nitrogen
•Kromosom sel eukariota berisi ‘replication origin’ yang multipel,
sedangkan pada bakteri hanya mempunyai satu replication origin.
• Replikasi pada sel eukariota hanya terjadi pada fase S dari siklus
selnya, dan berjalan lebih lambat dari pada bakteri.
•Replikasi pada bakteri berlangsung dengan kecepatan sampai 1000
nukleotida per detik  replikasi genome bisa dalam waktu kurang
dari 1 jam
Reparasi DNA
Mekanisme reparasi/perbaikan DNA diklasifikasikan:
1. Reparasi dengan memotong (excission repair)
Terdiri dari 3 tahap:
a. Mengenali DNA yang ‘rusak’ kemudian memotong
DNA tersebut  oleh enzim DNA glycosilase
b. Menginkorporasi nukleotida pada daerah yang
terpotong/hilang tersebut  oleh enzim DNA
polymerase
in the gap
c. Menyambungkan nukleotida yang baru pada untaian
DNA asal  oleh enzim DNA ligase
2. Reparasi yang tergantung oleh sinar (light-dependent
repair)
Misalnya, untuk kerusakan karena terjadinya Timin
dimer
Tahap-tahapnya:
a. Enzim Fotoliase mengenali adanya timin dimer dan
mengikat timin dimer tsb
b. Dengan bantuan sinar, enzim fotoliase
memotong/menguraikan ikatan antar timin tsb
 Beberapa penyakit disebabkan oleh rusaknya sistem reparasi DNA

Nama Fenotip Enzim yang dipengaruhi

---------------------------------------------------------------------------------
Xeroderma pigmentosum Kanker kulit, sensititif thdp UV nucleotide excission repair
Ataxia-telangecia (AT) Leukemia, limfoma ATM protei,
Terima kasih